ملاصدرا بر اساس حرکت جوهری و تشکیک مراتب وجود، نظریه ای را پی ریزی می نماید که بر اساس آن، نفس، جسمانی الحدوث و روحانیه البقاء است. او با تبیین اصل فوق الذکر، سعی در حل مشکلاتی همچون بیان چگونگی رابطه ی نفس و بدن دارد و در نظریه ی خود از آیات،روایات و منابع عرفانی بهره های بسیاری برده است فلسفه ی ملاصدرا بر سه محور برهان، عرفان و قرآن بنا گشته است. آثار او مشحون از نوشته های ابن عربی می باشد که آنها را در راستای عقاید خود و تطبیق آن با فلسفه اش مورد تعبیر و تفسیر قرار داده و در جای جای تألیفاتش به عقاید و افکار این عارف بزرگ استناد نموده است. ملاصدرا، خود یکی از مفسرین صاحب نام قرآن می باشد که با رویکردی فلسفی آیات این کتاب مقدس را تأویل و تفسیر کرده است. علاوه بر این تمام آثار این فیلسوف گرانقدر، مزین به آیات و روایات اسلا می می باشد و این نشانگر عمق ایمان و دلبستگی او به اسلام و مذهب تشیع است. ملاصدرا را باید نخستین فیلسوفی دانست که معاد جسمانی را به شکلی نظام مند وارد فلسفه کرده و بر آن اقامه ی برهان نموده است. اگرچه بسیاری از اندیشمندان مسلمان معاد مثالی او را مغایر با معاد جسمانی مورد نظر قرآن و احادیث و روایات می دانند، ولی باید گفت همین اندازه که او باب بحث از معاد جسمانی را در فلسفه باز کرده، تحولی در معاد شناسی بوجود آورده است. کلید واژه ها: حدوث،بقاء، نفس، حرکت جوهری