قلعه فرخشهر پس از سپری شدن دوره خان و خان سالاری بدلیل متلاشی شدن بنیاد زندگی گروهی و طایفه ای که منجر به سکنی گزینی مستقل افراد ساکن در این اقامتگاه گردید آسیبهای زیادی را متحمل شد. از جمله ؛عوامل آسیب رسان جوی را میتوان نام برد که البته باتوجه به حجم و وسعت بنا پدیده ای طبیعی است. با کمی تامل متوجه میشویم که ماه عسل این پدیده ( متروکه شدن بنا ) است که خود زمینه ساز بروز بسیاری از آسیبها است که سرقت اجزاء و عناصر ساختمان بخشی از آنهاست.بنابر این توانیر مجموع این آسیبها منجر به ( تخریب کلی بنا ) میشود و این قاعده در قلعه فرخشهر مشهود است.دراین پژوهش سعی بر آن شده است که با بررسی عوامل آسیب رسان به بنا ودادن طرح مرمت وکاربری جدید به پا بر جا ماندن این بنای تاریخی کمک نماییم.