بیماری آنفلوانزای طیور یکی از بیماری های واگیر دار ویروسی موثر بر دستگاه تنفسی، گوارشی و عصبی گونه های متعدد پرندگان می باشدکه دارای قدرت انتشار سریع و از خانواده اورتومیکسوویروس ها می باشد. اینترفرون نوع 1 اولین خط دفاعی قوی و تحریک کننده قوی برای بیان پروتئین های آنتی ویروسی می باشد که اثرات حفاظتی خود را با بیان ژن mx نشان می دهند. یک جابجایی نوکلئوتیدی در جایگاه 2032، موجب تنوع پروتئین در جایگاه 631 می شود که فعالیت مثبت و منفی پروتئین های mx را تعیین می کند، به طوری که آلل a و g در جایگاه 2032 به ترتیب موجب فعالیت آنتی ویروسی مثبت و منفی می شود. برای شناسایی چند شکلی های آللی در جایگاه ژنی mx در سویه های مرغ تجاری گوشتی، تخم گذار و مرغ های مولد از ایستگاه اصلاح نژاد مرغ بومی مازندران، فارس و خراسان ( 50 نمونه به ازای هر جمعیت) انجام گرفته است. نمونه های خون به طور تصادفی از 250 قطعه مرغ از این سه جمعیت جمع آوری و استخراج dna با روش نمکی بهینه یافته انجام شد. با استفاده از pcr و آغازگرهای ویژه mx قطعه ای به طول 299 جفت باز تکثیر شد. از روش pcr-rflp برای شناسایی چند شکلی استفاده شد و محصولات pcr به دست آمده از اگزون 13 ژن mx تحت تیمار آنزیم های محدودگر hpy8i قرار گرفتند. در جمعیت مرغ های بومی ساری سه ژنوتیپ aa، ag و gg به ترتیب با فراوانی 18/0، 423/0و 97/0، مرغ بومی مشهد با فراوانی 437/0، 33/0و 23/0و در مرغ بومی شیراز با فراوانی 347/0، 461/0و 192/0 درصد محاسبه شد. همچنین در مرغ تخم گذار فراوانی ژنوتیپی aa و ag به ترتیب، 72/0 و 28/0 و در جمعیت مرغ گوشتی فراوانی ژنوتیپ های aa، ag و gg به ترتیب 32/0، 48/0 و 4/0 برآورد شد. فراوانی آللی در جمعیت مرغ های بومی ساری (692/0) a و (308/0) b، مرغ بومی شیراز (577/0) a و (423/0) b، مرغ بومی مشهد (604/0) a و (396/0) b، جمعیت مرغ گوشتی (46/0) a و (54/0) b و در جمعیت مرغ تخم گذار (86) a و (14) b محاسبه شد. برای مقایسه فراوانی ژنوتیپی و ژنی به ترتیب از آزمون کای اسکور و فیشر استفاده شد. در مقایسه فراوانی ژنوتیپی بین جمعیت های مورد مطالعه اختلاف معنی دار وجود داشت )001/0>p ). بین سویه مرغ گوشتی و مرغ بومی ساری نیز اختلاف معنی داری وجود داشت. در مقایسه فراوانی ژنی جمعیت های مورد مطالعه، بین جمعیت های مرغ بومی ساری و مرغ تخم گذار، همچنین مرغ بومی مشهد و مرغ گوشتی اختلاف معنی داری وجود داشت )005/0>p ). در این تحقیق به دلیل مشاهده چند شکلی در موقعیت 631 پروتئین mx و نقش مهم آن در برابر حساسیت بیماری آنفلوانزا و آبسه مخاط دهانی می توان در در برنامه های اصلاح نژاد نقش مهمی ایفا کند. کلمات کلیدی: آنفلوانزا، چندشکلی، ژن mx، مرغ بومی، مرغ گوشتی، مرغ تخمگذار