چکیده کلستریدیوم پرفرینجنس مسئول ایجاد بیماری های زیادی در انسان و حیوانات می باشد. این باکتری دارای پنج تیپ مختلف است که هر کدام بیماری های خاصی را موجب می شوند. جهت شناسایی ژنوتیپ های مختلف این باکتری روش های متفاوتی وجود دارد که هر کدام مزایا و معایبی دارد. هدف از انجام این تحقیق استفاده از روش های پیشرفته ی مولکولی جهت شناسایی ژنوتیپ های مختلف باکتری کلستریدیوم پرفرینجنس در استان کرمان می باشد. در این مطالعه 120نمونه مدفوع از شترمرغ های 12 روستا در اطراف کرمان بطور تصادفی و در دو مرحله گرفته شد. پس از فرآوری و کشت نمونه ها، کلونی های حاصل از نظر ساختاری و رنگ آمیزی بررسی شدند و با استفاده از آزمون های بیوشیمیایی، گونه های آنها شناسایی شد. آزمایش های بیوشیمیایی انجام شده عبارت بودند از: کاتالاز، هیدرولیز ژلاتین، هیدرولیز لستین و لیپاز، تولید اندول، حرکت، واکنش شیر تورنسل دار و تخمیر قندهای ساکارز، گلوکز، لاکتوز و مالتوز. در این تحقیق کلستریدیوم های جدا شده 36.6 درصد نمونه ها را شامل می شدند که عبارت بودند از کلستریدیوم های پرفرینجنس، اسفنوئید، بوتیریکوم، هیستولیتیکوم، پوتریفیکوم ، اینوکوم، سپتیکوم، باراتی ، کارنیس . استخراج dna فقط بر روی گونه ی کلستریدیوم پرفرینجنس جدا شده انجام شد. واکنش pcr با پرایمرهای اختصاصی هر تیپ انجام گردید و سپس جهت تعیین تیپ سویه های کلستریدیوم پرفرینجنس ،از روش multiplex pcr استفاده شد. تنها تیپ جدا شده ی کلستریدیوم پرفرینجنس ، تیپ a بود که جداسازی انواع کلستریدیا از شترمرغ و تعیین تیپ کلستریدیوم پرفرینجنس با روش multiplex pcrبرای اولین بار در دنیا، توسط این مطالعه در ایران انجام گردید. همچنین در این مطالعه، تاثیر جنسیت بر تعداد کلستریدیوم پرفرینجنس جدا شده بررسی شد، بطوری که درصد جداسازی این باکتری بین نرها و ماده ها به ترتیب 2352% و29/16% بود که با احتمال 95% ?<0.05)) معنی دار است.علاوه بر این تاثیر نوع اجزای جیره بر میزان جداسازی این باکتری بررسی شد که نشان داد تغییر جیره بطور معنی داری باعث افزایش تعداد کلستریدیوم پرفرینجنس جدا شده، می گردد. کلمات کلیدی: کلستریدیوم پرفرینجنس، آزمایش های بیوشیمیایی، multiplex pcr