پوسیدگی های نرم سیب زمینی از جمله بیماری های مخرب این محصول در بسیاری از مناطق کشت آن به شمار می روند. باکتری ها بهویژه اعضای جنس pectobacterium از جمله مهمترین عوامل ایجاد بیماری در سیب زمینی هستند که بهواسطه داشتن آنزیم های پکتولیتیک مختلف توان تخریب ساختمان های نگهدارنده (تیغه میانی) در بافت های گیاهی و در نتیجه پوسیدگی نرم را دارند .طیف وسیع آنزیم های پکتولیتیک و ژن های کدکننده آنها همراه با سایر ژن های بیماری زا، باعث گستردگی خسارت این باکتری ها شده است. از خصوصیات بیوشیمیایی و توالی ژن های کدکننده آنزیم های پکتولیتیک می توان جهت شناسایی و تفکیک گونه ها و جمعیت های این باکتری استفاده کرد. به این منظور از حدود 200 نمونه با علائم پوسیدگی نرم و ساقسیاه جمع آوری شده از مزارع (در مراحل کاشت، داشت و برداشت) و انبارهای مختلف سیبزمینی در استان چهارمحال و بختیاری، با توجه به خصوصیات مرفولوژیکی حدود 41 جدایه باکتری بهدست آمد که با آزمایشات بیوشیمیایی، فیزیولوژیکی و بیماریزایی 32 جدایه pectobacterium carotovorum تشخیص داده شدند. برای تأیید شناسایی از ژن پکتاتلیاز (ناحیه معروف به pel) اختصاصی گونه نیز استفاده شد. بدین ترتیب که با استفاده از آغازگرهای اختصاصی y1 و y2 در واکنش زنجیرهای پلیمراز در تمامی جدایهها قطعه 434 جفت بازی تکثیر گردید. برای مقایسه جدایه های مختلف نیز از توالی همین قطعه تکثیر شده استفاده شد. به این منظور، محصول pcr تکثیر شده، با 5 آنزیم برشی (haeii، hpaii، alui، sau3ai و hhai) به مدت 4 ساعت هضم گردید و محصول حاصل با الکتروفورز روی ژل آگارز 3% تفکیک شد. آنالیز الگوهای برش ایجاد شده بهوسیله نرم افزار 2.21 ntsys-pc انجام شد و جدایه های مورد بررسی را در 5 گروه تفکیک کرد. اعضای گروه اول و دوم از نظر رشد در °c37، رشد ضعیف روی محیط حاوی آلفا متیل دیگلوکوزاید و توانایی استفاده از قندهای مورد آزمایش به زیرگونهp.carotovorum subsp. carotovorum شباهت داشتند. اعضای گروه سوم و چهارم به علت عدم توانایی رشد در °c37 و تولید کلنیهای قرمز در محیط حاوی آلفا متیل دیگلوکوزاید مشابه زیرگونهp.carotovorum subsp. atrosepticum بودند. گروه پنجم نیز خصوصیات حدواسط با مشخصات زیرگونهp.carotovorum subsp. carotovorum وp.carotovorum subsp atrosepticum را داشتند این گروه بندی نشان دهنده تنوع زیاد جمعیت های این گونه در استان میباشد که باید جهت برنامه ریزی برای مدیریت بیماری های ناشی از این باکتری ها مورد توجه قرار گیرد. نه جدایه دیگر هر چند از بعضی جهات مشابه dickeya spp بودند ولی از نظر سایر خصوصیات با جنس مذکور تفاوت داشتند.