یونجه (medicago sativa l.) یکی از مهمترین گیاهان علوفه ای در جهان به شمار می رود که با حدود 32 میلیون هکتارسطح زیر کشت، بیشترین سطح کشت لگوم علوفه ای را در سطح جهان دارا است. مطالعه تنوع ژنتیکی نه تنها برای سازماندهی و حفاظت مواد گیاهی بلکه برای پدیده هتروزیس و تولید بذور هیبرید نیز اهمیت دارد. به این منظور بررسی تنوع ژنتیکی 150 ژنوتیپ یونجه زراعی با 17 صفت در قالب طرح کاملا تصادفی با 2 تکرار در سال زراعی 89-88 صورت گرفت. تجزیه واریانس ژنوتیپ ها در هر کدام از 3 چین مورد مطالعه نشان داد که بین اکثر صفات مهم زراعی مورد مطالعه تفاوت معنی داری وجود دارد. بیشترین عملکرد خشک علوفه در چین های اول، دوم و سوم به ترتیب مربوط به ژنوتیپ های کدی 108، تالنت 2 و بهار همدان28 بود. برترین کیفیت علوفه متعلق به ژنوتیپ های فیض43، سیمرچنسکایا111 و یزدی36، به ترتیب در چین های اول، دوم و سوم بود. در مجموع چهار چین، تجزیه مرکب صفات بر اساس طرح کرت های خرد شده در زمان، حاکی از تنوع مطلوب بین ژنوتیپ ها بود. به طوری که ژنوتیپ های کرج2122 بیشترین و همدانی29 کمترین ارتفاع را به خود اختصاص دادند و بهترین عملکرد تر و خشک علوفه را در مجموع چهار چین، ژنوتیپ های تالنت2، فریکن و سیمرچنسکایا111 به خود اختصاص دادند و بالاترین کیفیت متعلق به شهرضااصفهان، یزدی36 و همدانی29 بود. ضرایب همبستگی صفات در مجموع چهار چین بیان گر همبستگی منفی و معنی دار میان صفات کیفیت علوفه و عملکرد خشک علوفه بود. همچنین عملکرد خشک علوفه همبستگی مثبت و معنی داری با صفات ارتفاع بوته و تعداد روز تا 10 درصد گلدهی داشت. در تجزیه به مولفه های اصلی، دو مولفه اول توانستند در مجموع 88 درصد از تنوع صفات را توجیه کنند که با توجه به تاثیر صفات در این مولفه ها، مولفه اول مولفه ی کیفیت علوفه و مولفه ی دوم مولفه ی عملکرد علوفه نامیده شد. نتایج تجزیه خوشه ای بر اساس تمامی صفات اندازه گیری شده در چهار چین، ژنوتیپ ها را در سه گروه قرار داد به طوری که ژنوتیپ های خوشه دوم از لحاظ کیفیت علوفه و ژنوتیپ های خوشه سوم از نظر عملکرد علوفه برتر بودند. بیشترین فاصله ژنتیکی ، بین ژنوتیپ های بمی 80 و یزدی 105 بود که از آن ها می توان در تولید ارقام مصنوعی جهت افزایش هتروزیس در نتاج استفاده نمود. بر اساس مقایسه میانگین ها و تجزیه خوشه ای در تجزیه مرکب صفات در سه چین، 35 ژنوتیپ با در نظر گرفتن صفات مهم زراعی انتخاب شدند و تجزیه و تحلیل های آماری برای هر چین به طور کامل صورت گرفت. در مجموع نتایج نشان می دهد که ظرفیت های بالایی در انتخاب والدین مناسب در برنامه های اصلاح کیفی و کمی علوفه و استفاده از بنیه هتروزیس در ژنوتیپ های یونجه وجود دارد.