چکیده شاه کولی جنوبی alburnus mossulensis heckel, 1843 در ایران پراکنش وسیعی در حوضه فارس، اصفهان، دجله و بوشهر دارد. با توجه به اهمیت مطالعه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت در مدیریت و حفاظت از گونه ها، تنوع ژنتیکی ذخایر شاه کولی جنوبی با استفاده نشانگر مولکولی ریزماهواره مورد مطالعه قرار گرفت. در این بررسی 30 قطعه ماهی از هر یک از رودخانه های کنجان-چم، کشگان، گاماسیاب، دورود و دوپلان و 25 قطعه ماهی از رودخانه داوودعرب صید شد. استخراج دی.ان.ا. به دو روش استات آمونیوم و کیت تاکارا از قسمتی از بدن انجام گرفت و واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از چهار جفت آغازگر cypg24، bl1-2b، bl1-98 وrser10 ریزماهواره در دمای الحاق °c 56 انجام شد. محصولات واکنش زنجیره ای پلیمراز روی ژل اکریلامید ?? درصد الکتروفورز و به روش نیترات نقره رنگ آمیزی شد و نتایج حاصل از آنها با استفاده از نرم افزار های powermarker ver 3.0، popgene ver 3.2، ver 3.11 arleguin، mega ver 4 و ntsys ver 2.02 آنالیز شد. چهار جفت آغازگر منتخب در این مطالعه، 8 آلل (bl1-98) تا 14 آلل (cypg24) و در مجموع 43 آلل، با میانگین 75/10 به ازای هر مکان ژنی تکثیر کردند. محدوده آللی برای نشانگر cypg24 بین138-215 جفت باز، برای نشانگر bl1-2b بین 141-180 جفت باز، نشانگر bl1-98 272-300 جفت باز و rser10 بین 176- 240 جفت باز ارزیابی شد. ارزش میانگین محتوای اطلاعات چندشکلی برای تمامی مکان های ژنی 835/0 محاسبه شد. در میان چهار جایگاه چندشکل، نشانگر bl1-98 در پایین ترین چندشکلی و نشانگر cypg24 بالاترین چندشکلی را نشان داد. هترزایگوسیتی مورد انتظار از 79/0 (داوودعرب) تا 84/0 (کنجان چم، کشگان) با میانگین 825/0 و هتروزایگوسیتی مشاهده شده از 69/0 در جمعیت کنجان چم تا 81/0 در جمعیت کشگان با میانگین 75/0 متغیر بود. آزمون تعادل هاردی- واینبرگ برای تمام مکان های ژنی در تمام جمعیت ها نشان داد که نشانگر-های bl1-98، bl1-2b و cypg24 در تمام جمعیت ها و نشانگر rser10 در جمعیت داوودعرب به طور معنی داری از تعادل منحرف بودند (001/0p<). میانگین fst در بین جمعیت های مورد مطالعه 02/0 و بین سه حوضه 0071/0 محاسبه شد. نتایج حاصل از تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که 01/2 بین جمعیت ها، 6/15 درصد تنوع بین افراد داخل جمعیت ها و 4/82 درصد داخل افراد وجود داشت یعنی این که بیشتر تنوع کل به تفاوت در داخل افراد تعلق داشت و فقط سهم کوچکی از تنوع به تفاوت بین جمعیت ها اختصاص داشت. میزان شباهت و فاصله ژنتیکی بین جمعیت ها به ترتیب از دامنه 696/0- 894/0 و 111/0- 34/0 به دست آمد. در مطالعه حاضر تنوع ژنتیکی جمعیت های شاه کولی جنوبی بالا بود ولی مقایسه مقادیر هتروزایگوسیتی مورد انتظار نشان داد که این جایگاه-ها تفاوت معنی داری در سطح احتمال یک صدم بین جمعیت ها ایجاد نکردند. با وجود این که تفاوت بسیار معنی داری در تنوع ژنتیکی بین جمعیت ها مشاهده نشد ولی تفاوت ژنتیکی بین جمعیت ها معنی دار بود (05/0>p). در مطالعه حاضر علت پایین بودن تفاوت ژنتیکی را می توان جریان ژنی بالا بین جمعیت ها و یا کوتاه بودن زمان چند تکه شدن زیستگاه این ماهی در گذشته دانست. جهت درک بهتر ساختار جمعیتی شاه کولی جنوبی مطالعه ساختار جمعیتی آن با استفاده از دیگر نشانگرهای مولکولی از تمامی مناطق پراکنش آن و همچنین مطالعات بیولوژیکی و اکولوژیکی توصیه می شود. کلمات کلیدی: شاه کولی جنوبی، alburnus mossulensis، ریزماهواره، تنوع ژنتیکی، تفاوت ژنتیکی.