بخش قابل ملاحظه ای از آثار حدیثی شیخ بهایی به دو حوزه نقد و فهم حدیث اختصاص یافته است. وی در حوزه نقد حدیث به نقد اسنادی بر پایه های علوم رجال و درایه پرداخته است. شیخ بهایی در حوزه فهم حدیث از علومی چون لغت، نحو، فقه، اصول فقه، تفسیر، کلام، اخلاق، عرفان بهره برده و به شرح احادیث بر اساس اصول و قواعدی چون التزام به ظاهر متن، فهم عرفی، سیاق، فهم مشهور، آیات مرتبط، روایات مشابه، احادیث عامه، آثار شارحان، پرسش راوی و رهنمودهای عقلی پرداخته است. بررسی شیوه فقه الحدیثی شیخ بیانگر آن است که وی به پیش نیازهای فهم حدیث آشناست. نسخه های مختلف یک حدیث را می یابد و به تصحیف توجه می دهد. مراحل فهم حدیث نزد شیخ بهایی را می توان در دو مرحله کلی جای داد: فهم ظاهر و فهم مقصود. در فهم ظاهر، مفردات، علم صرف و دانش نحو و معانی بیان را به کار می برد. در فهم مقصود نیز این گونه عمل می کند: به قرینه های متصل کلامی مانند تلمیح، تعلیل، سوال و تفسیر راوی و سیاق کلام نظر دارد. قرینه های منفصل که مهم ترین آن خانواده حدیث است مورد اهتمام شیخ بهایی است و با این قرینه که همان احادیث مشابه است احادیث را تخصیص و تقیید می زند و گاه تبیین می کند. برای تبیین حدیث از آیات بهره می گیرد. وی با توجه به احادیث معارض، در حل تعارض یکی از دو حدیث را بر جواز، استحباب، کراهت، ضرورت، تخییر یا تقیه حمل می کند. از دانشهای بشری چون طب، حساب و نجوم برای شرح حدیث استفاده می کند. وی با موانع فهم حدیث در هر دو مرحله فهم ظاهر و فهم مقصود آشناست. موانع فهم ظاهر نزد ایشان، اشتراک لفظی، تحول زبان، خلط لغت با اصطلاح، عدم توجه به حروف جر، آشنا نبودن با تصحیف و ادراج و تقطیع نادرست است. وی در شناخت موانع فهم مقصود به موانعی چون عدم تتبع کامل، ساده انگاری، جمود، اخباریگری و بی توجهی به آهنگ سخن آگاهی می دهد. پس از آشنایی با روش حدیث پژوهی شیخ بهایی، ضمن انجام مقایسه ای مختصر بین ایشان وملا محسن فیض کاشانی می توان نقاط مشترک بسیاری بین روش کاری این دو عالم برجسته یافت. در پاره ای موارد نیز روش ایشان تفاوتهایی با مرحوم فیض دارد که در فصل اخیر پایان نامه مورد بررسی قرار میگیرد.