در این مطالعه ساختار ژنتیکی جمعیت ماهی راشگو معمولی(eleutheronema tetradactylum) در خلیج فارس و دریای عمان با استفاده از نشانگر rapd و توالی یابی ژن 28s rrna بررسی گردید. آزمایش ها با استفاده از 158 نمونه، که از ایستگاه های خوزستان، بوشهر، هرمزگان و سیستان و بلوچستان از زمستان 87 تا بهار 89 صید شده بودند، انجام شد. dna، توسط روش فنل- کلروفرم از بافت باله پشتی و شکمی ماهی استخراج و کمیت و کیفیت آن با استفاده از روش اسپکتروفتومتری و ژل آگارز 7/0 درصد تعیین گردید. در روش rapd، واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از 9 آغازگر انجام شد و محصولات pcr، پس از الکتروفورز افقی بر روی ژل آگارز، با اتیدیوم بروماید رنگ آمیزی شدند.. در روش توالی یابی، آغازگرها از روی ژن 28s rrna ثبت شده در بانک ژنی، طراحی شدند. سپس محصولات pcr، توالی یابی اتوماتیک شدند. آنالیز آماری در rapd، با استفاده از بسته های نرم افزاری popgene و genalex و در توالی یابی با استفاده از dnasp ,bioedit و arlequin انجام شد. جهت رسم درخت های تبارزایی، از نرم افزار mega استفاده گردید. در نتایج rapd، بیشترین و کمترین پلی مورفیسم به ترتیب در بوشهر (60/93) و سیستان و بلوچستان(01/63) ثبت شد. حداکثر تنوع ژنتیکی در ناحیه بوشهر و هرمزگان(22/0) و حداقل در ناحیه سیستان و بلوچستان(17/0) محاسبه گردید. بیشترین اختلاف ژنتیکی بین جمعیت های خوزستان- سیستان وبلوچستان و هرمزگان- سیستان و بلوچستان(04/0) ثبت شد. کمترین اختلاف ژنتیکی بین خوزستان- بوشهر(01/0) محاسبه شد. کمترین جریان ژنی میان جفت نواحی خوزستان- بوشهر(09/0) ثبت گردید. بیشترین جریان ژنی میان جفت نواحی خوزستان و سیستان و بلوچستان(19/0) محاسبه شد که می تواند متاثر از جریان های آبی دریای عمان به خلیج فارس باشد. ساختار ژنتیکی راشگو معمولی در سیستان و بلوچستان ضعیف بود. تنوع ژنتیکی در دو منطقه خلیج فارس و دریای عمان نشان داد که اختلاف ژنتیکی میان مناطق، میان نواحی و درون نواحی معنی دار نیستند(01/0p>). براساس دندروگرام رسم شده، نمونه های مناطق مختلف به دو کلاستر تقسیم شدند. کلاستر اول شامل سیستان و بلوچستان بود و کلاستر دوم با دو شاخه، شامل گروه هرمزگان، خوزستان و بوشهر بود. در نتایج حاصل ازتوالی یابی ژن 28s rrna، میانگین تنوع هاپلوتیپی و نوکلئوتیدی برای ژن مورد مطالعه، به ترتیب(52/0) و (29/0) بدست آمد. تعداد و تنوع هاپلوتیپی و نوکلئوتیدی در هرمزگان، از آن جمعیتی با پویایی ژنتیکی بالاتر از سایر نواحی مورد بررسی به نمایش گذاشت. در مقابل، ناحیه بوشهر فاقد هاپلوتیپ وگوناگونی نوکلئوتیدی بود. در این تحقیق 6 هاپلوتیپ در ژن 28s rrna راشگو معمولی یافت شد و در بانک ژنی sakura ثبت گردید. بالاترین تنوع هاپلوتیپی بین جفت نواحی خوزستان– هرمزگان(84/0) و پایین ترین، بین بوشهر– سیستان و بلوچستان(11/0) بدست آمد. بیشترین اختلاف ژنتیکی(29/0) و کمترین جریان ژنی(60/0) بین جفت جمعیت های بوشهر- هرمزگان و بوشهر-خوزستان(28/0) و (64/0) و کمترین اختلاف ژنتیکی و جریان ژنی بین جفت جمعیت های بوشهر- سیستان و بلوچستان(00/0) و (00/0) ثبت شد. بر این اساس احتمال می رود که جمعیت بوشهر متعلق به ذخیره ژنتیکی واحد و جدا از جمعیت های دیگر باشد. فراوانی هاپلوتیپی میان جفت جمعیت های هرمزگان- بوشهر و بوشهر- خوزستان معنی دار بود (05/0< p)، لذا می تواند موید فرضیه جدایی این جمعیت، از جمعیت های هم جوار باشد و یا این جمعیت را متاثر از پدیده پاره های آشفته دانست. بیشترین جریان ژنی (33/2) بین جفت جمعیت های خوزستان و هرمزگان محاسبه گردید. جفت جمعیت های خوزستان- سیستان و بلوچستان و هرمزگان- سیستان و بلوچستان تمایز بالا و جریان ژنی پایین داشتند. علت این پدیده، می تواند فاصله جغرافیایی بین ناحیه سیستان و بلوچستان با دو ناحیه دیگر باشد تمایز ژنتیکی سیستان و بلوچستان با بوشهر صفر محاسبه شد.. این نتیجه، می تواند متاثر از تعامل ژنتیکی ضعیف جمعیت e. tetradactylum در بوشهر باشد و یا حکایت از واحد بودن دو جمعیت مذکور نماید. مقادیر حاصل از بررسی تنوع ژنتیکی در دو منطقه خلیج فارس و دریای عمان معنی دار نبودند(05/0<p). این امر نشان می دهد، علی رغم جدایی جمعیتی که برای گونه هدف در بوشهر دیده می شود، ساختار ژنتیکی آن درخلیج فارس و دریای عمان خیلی با یکدیگر متفاوت نیست. درخت تبار زایی حاصل از داده های توالی یابی ژن 28s rrna به روش های(upgma,mpوnj)، هیچ جدایی مشخصی را برای نمونه های نواحی مورد مطالعه، فراهم نکرد.