فیلوژنتیک شاخه ای از علم زیست شناسی است که با استفاده از داده های موجود ، تحول مولکولی را استنباط می کند. از میان مدلهای ریاضیاتی که برای تسهیل این استنباط مورد استفاده قرار می گیرد ، مدلهای آماری کاربرد وسیع تری دارند. در این گونه از مدلها می توان فرض کرد که تحول مولکولی به عنوان یک فرایند احتمالاتی در امتداد یک درخت ریشه دار که تنها برگهای آن قابل مشاهده است، اتفاق می افتد. برای پارامتری سازی تمام مدلهای آماری فیلوژنتیک یک درخت خاص می توان مفاهیم و تکنیک های هندسه ی جبری را به کار گرفت. این کاربست به هندسه ی جبری فیلوژنتیک موسوم است.