درختان سیب همانند تعدادی دیگر از میوه های تیره رزاسه خودناسازگار هستند. سیستم خودناسازگاری در سیب گامتوفتیک است و به وسیله یک مکان ژنی با چند آلل کنترل می شود. در این مطالعه خودناسازگاری در22 رقم سیب به روش واکنش زنجیره ای پلی مراز و با استفاده از 12 آغازگر ویژه آلل های s1، s2، s3، s4، s5، s9، s18، s19، s20، s23، s24و s26 مطالعه شد. در 13 رقم که شامل گلاب اصفهان (s1 s24)، گلاب نوری مراغه (s4 s23)، قاسم شاهی (s1 s23)، گلمکانی (s3 s23)، ملکه لبنان (s23 s24)، اطلسی (s1s20)، وسط رس قرمز (s4s18)، کدو سیب اخلمد (s1s26)، اوگنجی خرو (s1s26)، عباسی گرد خرو (s23s26)، عباسی دراز خرو (s1s7)، خوشه ای خرو (s1s23) و علیمره ای اول رس (s1s23) می باشند، هر دو آلل شناسایی شد، ولی در 9 رقم دیگر فقط یک آلل شناسایی شد. نتایج بدست آمده نشان می دهد که رقم های کدوسیب اخلمد و اوگنجی خرو نسبت به هم و همین طور ارقام خوشه ای خرو، علیمره ای اول رس و قاسم شاهی نسبت به یکدیگر ناسازگار هستند. برای شناسایی آلل s1 در ارقام ایرانی از سه آغازگر مختلف استفاده گردید. در برخی از ارقام هیچ باندی تشکیل نشد و یا باندهای غیر تخصصی نمایان شدند. آغازگر mds1spf در 9 رقم، آغازگر fs1 در 12رقم و آغازگر ftc168در 4 رقم باند تشکیل دادند. در سه رقم محلی شیخی زودرس، قاسم شاهی و علیمره ای اول رس آلل s1 توسط هر سه آغازگر تکثیر شد.