سویا (glycine max (l.) merr)، یکی از مهمترین گیاهان زراعی دنیاست که دارای میزان بالایی روغن و پرتئین است. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی 45 ژنوتیپ سویا، از دو نوع نشانگر مولکولی rapd (10 آغازگر تصادفی) و isj (15 آغازگر نیمه تصادفی) استفاده شد. اطلاعات حاصل از هر دو نشانگر به طور جداگانه و با هم مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. از مجموع 103 باند rapd،60% باندها و از مجموع 129 باند تولیدی توسط نشانگر isj، 87% باندها چندشکل بودند. نتایج مقایسه میزان چندشکلی حاصل از هر دو روش نشان داد که نشانگر isj در مجموع حدوداً 27 درصد بیشتر از نشانگر rapd چندشکلی بین ژنوتیپ ها را آشکار می کند. تجزیه کلاستر بر اساس ضریب تشابه تطابق ساده و به روش upgma صورت گرفت. میزان ضریب همبستگی برای نشانگرهای rapd وisj به ترتیب 95/0 و 81/0 بود. نتایج حاصل از دندروگرام ها نشان داد که rapd در مقایسه با isj نمی تواند تنوع ژنتیکی را در بین ژنوتیپ های سویا به خوبی نشان دهد. نتایج این مطالعه نشان داد که می توان از نشانگرهای isj برای تمایز ژنوتیپ های بسیار نزدیک به هم استفاده کرد. با دسته بندی آغازگرهای نیمه تصادفی به دو گروه آغازگرهای با هدف تکثیر توالی اینترونی و اگزونی، نتایج نشان داد که آغازگرهای گروه et با نتایج نشانگرisj هماهنگی بیشتری دارند. همچنین با مقایسه نتایج حاصل از تجزیه به مولفه اصلی، آغازگرهای et به دلیل داشتن بیشترین سهم مولفه ها، گستردگی کمتری در سطح ژنوم دارند و آغازگرهای گروه itکمترین سهم را در بین مولفه ها داشته که نشان از توزیع یکنواخت این گروه از آغازگرها در سطح ژنوم می باشد. در صورت استفاده از نشانگر isj، استفاده از آغازگرهای et پیشنهاد می شود.