از جمله نرم افزارها یی که در این تحقیق از آن ها استفاده شده است، گوسینgauss view , chem office 98 می باشد. توسط این نرم افزارها، طراحی چند ماشین مولکولی انجام شد و مقادیر انرژی تشکیل ،hf ونیز میزان اختلاف انرژی بین ایزومرها ، e? ، محاسبه گردید. همچنین ساختارهای بهینه ی هر یک به تصویر کشیده شد. در هر دسته از ماشین ها، هترو اتم های مختلف جایگزین شدند تا پایدار ترین وضعیت، برای ماشین و در مسیر بهبود عملکرد آن معیّن گردید. در نهایت با مقایسه ی مقادیر ذکر شده و در نظر گرفتن ساختار های نهایی مولکول ها، در مورد پایداری آن ها و دلایل این پایداری، بحث و نتیجه گیری شده است