گندم یکی از گیاهان مهم اساسی و یک منبع غذایی غنی، اقتصادی و مناسب است. عوامل بیماری زا، آفات، علف های هرز و تنش های غیر زنده از جمله فاکتورهایی هستند که باعث کاهش عملکرد گندم می شوند. یکی از بیماری های مهم قارچی در گندم، بیماری سپتوریای برگی گندم است که عامل آن در مرحله جنسی mycosphaerella graminicola می باشد. در این مطالعه به منظور بررسی و تأیید تفاوت در واکنش ژنوتیپ مقاوم و حساس، در مرحله ی گیاهچه ای صفات سطح نکروز، سطح پوشش پیکنیدی و سطح زیر منحنی پیشرفت بیماری برای هر صفت و در مرحله ی گیاه کامل شدت بیماری و سطح زیر منحنی پیشرفت شدت بیماری مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج برای هر دو آزمایش گیاهچه ای و گیاه کامل نشان داد که بین ژنوتیپ لاین مقاوم و رقم حساس تجن برای هر کدام از صفات مورد ارزیابی تفاوت معنی داری وجود دارد. سپس به منظور بررسی الگوی بیان برخی از ژن های دخیل در واکنش های دفاعی سه رقم گندم به سپتوریای برگی و نیز برای تعیین زمان برهم کنش گندم- عامل بیماری سپتوریای برگی در واکنش سازگار و ناسازگار بین آنها، الگوی تظاهر ژن های بتا-1،4-گلوکاناز، بتا-1،4،1،3-گلوکاناز، اسیدیک کیتیناز در مرحله ی دو برگی در ژنوتیپ لاین مقاوم، رقم متحمل آرتا و رقم حساس تجن در شرایط گلخانه ای با استفاده از روش real-time pcr مورد بررسی قرار گرفت. همچنین الگوی تظاهر ژن های بتا-1،3-گلوکاناز، بتا-1،4-گلوکاناز، بتا-1،4،1،3-گلوکاناز، pr-1.2، اسیدیک کیتیناز، فنیل آلانین آمونیالیاز، کالکون سینتاز و اگزالات اکسیداز در شرایط مزرعه ای در ژنوتیپ لاین مقاوم و رقم حساس تجن بررسی شد. تجزیه و تحلیل نتایج در نرم افزار rest نشان دهنده بیان افتراقی این ژن ها بین ارقام حساس و مقاوم به سپتوریای برگی بود. مقایسه نتایج به دست آمده در شرایط گیاهچه ای و گیاه کامل، حاکی از آن بود که ژن های اسیدیک کیتیناز، بتا-1،3-گلوکاناز و اگزالات اکسیداز کاندیداهای خوبی به عنوان ژن های واکنش دفاعی گندم به بیماری لکه برگی سپتوریایی محسوب می شوند. ژن های کالکون سینتاز و pr-1.2در شرایط گیاه کامل و ژن فنیل آلانین آمونیالیاز در شرایط گیاهچه ای در مسیر سیگنال مقاومت نقش داشتند. ژن های بتا-1،4-گلوکاناز، بتا-1،4،1،3-گلوکاناز نقشی در مسیر سیگنال مقاومت نداشتند.