ماهی قزل آلای رنگین کمان (oncorhynchus mykiss) متعلق به خانواده آزادماهیان (salmonidae) مهمترین ماهی پرورشی سردآبی در ایران است. با توجه به اهمیت مطالعه تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت در مدیریت و انتخاب مولدین شایسته جهت تکثیر در کارگاه ها، تنوع ژنتیکی گله های پرورشی قزل آلای رنگین کمان با استفاده از روش ریزماهواره مورد مطالعه قرار گرفت. در این بررسی 30 قطعه ماهی از هر یک از گله های ایرانی، آمریکایی، اسپانیایی و فرانسوی از مراکز پرورش تهیه شدند. به منظور اجرای مطالعات مولکولی، استخراج دی.ان.ا به روش استات آمونیوم از بافت نرم باله دمی یا قسمتی از بدن انجام گرفت.کیفیت دی.ان.ا استخراج شده به وسیله الکتروفورز ژل 1% و رنگ آمیزی با اتیدیوم بروماید بررسی شد. واکنش pcr با استفاده از چهار جفت آغازگر ریزماهواره (omy77, omy325, omm1332 و omm1329) در دمای الحاق 58 -5/62 انجام شد. محصولات pcr روی ژل اکریلامید 12% الکتروفورز و به روش نیترات نقره رنگ آمیزی شد و نتایج حاصل از آنها با استفاده از نرم افزار genalex6 آنالیز شد. در مجموع تمامی آغازگرهای مورد استفاده چندشکلی بالایی نشان دادند. تعداد آلل مشاهده شده در تمامی جایگاه ها در گستره 16-8 عدد محاسبه شد. میانگین تعدادآلل مشاهده شده در گله ایرانی 75/10، آمریکایی 11، اسپانیایی 50/11 و فرانسوی 10 محاسبه شد. تعداد آلل موثر در تمام جایگاه ها در گستره 53/11-40/5 عدد بود. میانگین تعداد آلل موثر در گله ایرانی 43/7، آمریکایی 03/8، اسپانیایی 65/8 و فرانسوی 19/7 بود. به طور کلی دامنه باندی در جایگاه های omy77, omm1329, omy325 و omm1332 به ترتیب 178-102، 150-100، 198-122 و204-172 جفت باز بود. میانگین هتروزایگوسیتی مشاهده شده در گله ایرانی 591/0، آمریکایی 591/0، اسپانیایی 633/0 و فرانسوی 566/0 به دست آمد. میانگین هتروزایگوسیتی مورد انتظار در گله ایرانی 861/0، آمریکایی 868/0، اسپانیایی 879/0 و فرانسوی 854/0 بود. نتایج مولکولی انحراف ازتعادل هاردی-واینبرگ را 14 آزمون از 16 آزمون مورد بررسی (جایگاه*گله)، افزایش نسبی هتروزایگوسیتی مشاهده شده به هتروزایگوسیتی مورد انتظار در جایگاه omy325 گله ایرانی، جایگاه omy325 گله آمریکایی، جایگاه omy325 گله اسپانیایی و گله فرانسوی، تمایز ژنتیکی پایین بین گله ها (7%) و تنوع ژنتیکی بالای درون گله ها (93%) و وجود جریان ژنی قابل توجه بین چهار گله (07/16) را نشان داد. همچنین میزان شباهت و فاصله ژنتیکی بین گله ها به ترتیب از گستره 847/0-727/0 و 319/0-166/0 به دست آمد. آنالیز های مولکولی با ارزیابی تنوع ژنتیکی مطلوب درون هر گله قادر به تفکیک مناسب گله ها از یکدیگر بود. ترسیم نمودار شجره ای در چهار گله مورد بررسی براساس فاصله ژنتیکی (1972، 1978) nei و به روش upgma انجام گرفت. بر اساس نتایج حاصله نمونه های گله های آمریکایی، اسپانیایی و فرانسوی در یک شاخه و نمونه های گله ایرانی در شاخه ای جداگانه قرار گرفت. میزان fst 023/0 به دست آمد. میزان شاخص درون آمیزی (fis) در گله های ایرانی، آمریکایی، اسپانیایی و فرانسوی به ترتیب 329/0، 334/0، 295/0 و 343/0 به دست آمد. میزان تنوع ژنتیکی درون گله نمونه های اسپانیایی از دیگر گله ها بیشتر بود. با توجه به جدایی گله ایرانی از دیگر گله ها می توان عنوان نمود که برای انجام برنامه تلاقی دو گله جهت هیبریدگیری، بهترین برنامه تلاقی گله ایرانی با یکی دیگر از گله ها است.