به منظور مقایسه روش های ارزیابی ژنتیکی گاوهای شیری هلشتاین استان خراسان رضوی برای صفت تولید شیر از مدل های روزآزمون با تابعیت ثابت و تابعیت تصادفی استفاده شد. داده های مورد بررسی در این تحقیق متعلق به 19217 رأس گاو هلشتاین سه بار دوشش در روز بود، که برای اولین بار طی سال های 1370تا 1387زایش داشتند. در مدل تابعیت ثابت، گروه همزمان گله- سال- ماه تولید و متغیرهای کمکی سن هنگام اولین زایش و درصد ژن هلشتاین و هم چنین اثرات تصادفی ژنتیکی افزایشی و محیط دائمی قرار داده شد. در مدل تابعیت تصادفی گروه همزمان گله- سال- ماه تولید و متغیرهای کمکی سن هنگام اولین زایش و درصد ژن هلشتاین به عنوان اثرات ثابت در نظر گرفته شدند. اثرات تصادفی ژنتیکی افزایشی و محیط دائمی گاوها برای شکل منحنی تولید شیر در طول دوره شیردهی توسط چند جمله ای متعامد لژاندر تا توان سوم برازش شدند. نتایج به دست آمده در این تحقیق نشان داد که ماه های نیمه دوم دوره شیردهی وراثت پذیری بیشتری نسبت به ماه های نیمه اول دوره شیردهی دارند. پایین ترین و بالاترین مقادیر وراثت پذیری به ترتیب متعلق به ماه های اول(0/102) و ششم شیردهی(0/235) بودند براساس نتایج حاصل در اکثر موارد همبستگی های ژنتیکی افزایشی محیط دائمی و فنوتیپی با افزایش فاصله بین مراحل شیردهی کاهش یافتند. در این پژوهش هم چنین پیش بینی ارزش ارثی حیوانات(پدران،دختران ) با استفاده از دو روش ارزیابی ژنتیکی بر مبنای مدل تابعیت ثابت و تصادفی مقایسه گردید. میانگین ارزش اصلاحی پیش بینی شده گاوها برای 305 روز شیردهی در مدل تابعیت تصادفی از لحاظ آماری کمتر از مدل تابعیت ثابت بود. ضریب همبستگی رتبه ای بین مقادیر ارزش اصلاحی پیش بینی شده گاوهای ماده در دو روش فوق برابر0/97080 بود

در این مطالعه، بر اساس منطقه 16s rdna باکتری شکمبه ای هضم کننده سلولز، بوتیریویبریو فیبری سالونس، یک روش واکنش زنجیره ای پلیمراز رقابتی (cpcr) بهینه سازی شد. آغازگرهای اختصاصی این باکتری برای تکثیر یک قطعه 213 جفت نوکلئوتیدی از ناحیه 16s rdna (dna هدف) از منابع انتخاب گردید. برای تولید قطعه رقابتگر همولوگ با قطعه هدف، دو آغازگر داخلی، که هر کدام حامل حدود 30 نوکلئوتید در انتهای ?5 خود بودند (به صورتی که بتوانند تکثیر شوند و مکمل یکدیگر باشند) طراحی شدند و یک واکنش soe-pcr شامل سه واکنش مجزای pcr با استفاده از جفت آغازگرهای متفاوت انجام شد. قطعه حاصل از این واکنش ها در نهایت علاوه بر توالی نوکلئوتیدی قطعه هدف دارای 50 نوکلئوتید بیشتر می باشد. جهت افزایش بیشتر صحت pcr رقابتی و همچنین استفاده های آتی از این قطعه و سهولت تعیین دقیق تعداد نسخه های آن این قطعه در داخل یک ناقل پلاسمیدی (ta) و با استفاده از باکتری e. coli به عنوان میزبان، همسانه سازی شد و صحت توالی همسانه سازی شده بوسیله هضم آنزیمی پلاسمید نوترکیب مورد تأیید قرار گرفت. واکنش pcr رقابتی با استفاده از مقادیر مشخصی از dna پلاسمیدی به عنوان رقابتگر بهینه سازی شد و نتایج به دست آمده با استفاده از نرم افزار image j تجزیه و تحلیل شدند. نتایج نشان دادند روش استفاده شده به خوبی قابلیت تشخیص و تعیین کمی مقادیر باکتری بوتیریویبریو فیبری سالونس را در نمونه های گرفته شده از شکمبه را دارا می باشد.

هدف از این تحقیق امکان بررسی تشخیص انساب در اسب اصیل ترکمن ایران با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره بود. تعداد 51 نمونه خون از اسب های اصیل ترکمن در منطقه راز و جرگلان در خراسان شمالی جمع آوری شده و dna ژنومی استخراج گردید. سپس واکنش زنجیره ای پلیمراز برای تکثیر قطعات چهار جایگاه نشانگر ریزماهواره (hms02، hms03، hms07و aht04) با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی به صورت استاندارد انجام شد. محصولات واکنش زنجیره ای پلیمراز بر روی ژل اکریل آمید 8 درصد الکتروفورز شدند. جهت بررسی پارامترهای جمعیتی از نرم افزارهای popgene 3.2 و f-stat 1.2 استفاده شد. نتایج این تحقیق نشان داد که تعداد آلل ها در چهار جایگاه مورد مطالعه از 9 تا 12 آلل متغیر بود. بیشترین مقدار هتروزیگوسیتی (8847/0) مربوط به جایگاه hms02 و کمترین مقدار آن (8039/0) در جایگاه hms03 مشاهده شد. بیشترین مقدار اطلاعات چند شکلی (86/0) به جایگاه hms07 و کمترین مقدار این معیار (77/0) به جایگاه hms03 مربوط می شد. بیشترین و کمترین مقدار شاخص شانون (2617/2 و 0532/2) نیز به ترتیب در جایگاه های ژنیhms07 و aht04 برآورد گردید. بیشترین و کمترین مقدار احتمال رد در جایگاه های hms03 و hms07 با مقادیر 1 و 535/0 مشاهده شد و میانگین این معیار برا ی این 4 جایگاه 8235/0 برآورد گردید. نتایج این تحقیق مشخص نمود که این 4 جایگاه با توجه به چند شکلی و احتمال رد بالای مشاهده شده، می توانند به عنوان یک نشانگر ملکولی مناسب در تست انساب در اسب های اصیل ترکمن مورد استفاده قرار گیرند.

در این تحقیق به منظور تعیین بهترین تابع توصیف کننده منحنی شیردهی درگاو های هلشتاین از رکورد های روز آزمون تولید شیر مربوط به دوره شیردهی اول یکی از دامداری های استان خراسان که در بین سال های 1378تا 1387 توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور جمع آوری گردیده است استفاده شد. رکورد های استفاده شده بعد از ویرایش شامل2490رکورد روزآزمون مربوط به 287 گاو بود. در این تحقیق پنج تابع ریاضی ( تابع گامای ناقص خطی شده وغیر غطی، تابع رگرسیون چند جمله ای پیشنهاد شده توسط علی و شفر، تابع چند جمله ای معکو س،تابع نمائی ویلمینک) ارزیابی شدند. تمام توابع با استفاده از proc nlin و روش تکرارگاوس -نیوتن نرم افزارsas با رکورد های روز آزمون تولید شیر برازش داده شده و سپس بر اساس ضریب تعیین (r2) و ضریب تعیین تصحیح شده (r 2adj) توسط هر کدام با هم مقایسه شدند .نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که تابع پیشنهاد شده توسط گامای ناقص (وود) نسبت به سایر توابع، به نحو مطلوبتری جهت توصیف منحنی شیردهی عمل می کند. درادامه با استفاده از بهترین تابع شناخته شده در این تحقیق منحنی-های شیردهی به صورت انفرادی برای هر حیوان برازش داده شدند تا تعداد و نسبت منحنی های استاندارد و غیراستاندارد بررسی شوند.

گاو در تمدن انسان ابتدایی نقش مهمی داشته است بنابراین مطالعه خاستگاه این حیوان می تواند به ما جهت شناختن جنبه های ناشناخته تاریخ کمک کند. نژادهای گاو را می توان به دو گروه اصلی تائورین بدون کوهان و زبوی کوهان دار تقسیم کرد. با توجه به اینکه اکثر گاوهای ایرانی از زیر گروه کوهان دار می باشند، لذا مطالعه آنها از اهمیت خاصی برخوردار می باشد. این مطالعه جهت بررسی توالی جایگاههای ژنی cytochrome b و d-loop در dna میتوکندریایی و در گاوهای bos indicus (سیستانی ، نجدی و گلپایگانی) ایرانی انجام گرفت. نمونه های خون از سه جمعیت از داخل بانک خونی دانشکده کشاورزی گروه علوم دامی تهیه و از هر نژاد 20 نمونه خون (در مجموع 60 نمونه) انتخاب گردید. در این آزمایش از کیت diatom dna prep محصول شرکت biokom مسکو که مبتنی بر استفاده از روش بوم و همکاران (1990 ) بود جهت استخراج dna از نمونه های خون استفاده شد. سپس با استفاده از پرایمرهای اختصاصی دو جایگاه ذکر شده تکثیر و در نهایت برای توالی یابی ارسال شدند. پس از این مرحله نسبت به ثبت توالی ها در بانک جهانی ژن اقدام گردید، همچنین به مطالعه شجره ای آنها بر اساس توالی های dna میتوکندریایی پرداخته شد. نتایج نشان داد که پرایمرهای مورد استفاده دارای اختصاصیت و حساسیت بالایی می باشد. آنالیز شجره ای نشان داد که سه نژاد در یک گروه قرار گرفتند که این امر تاکیدی بر نزدیک بودن این گروه اصلی از گاوهای ایران می باشد. کلید واژه ها: dna میتوکندریایی، گاو بومی، cytochrome b، d-loop.

سرطان پستان مهم ترین نئوپلاسم و یکـی از عـوامل اصلـی مـرگ و میـر در زنـان می باشـد. تشخیص زودرس آن در کاهش ابتلا و مرگ میر ناشی از آن، نقشی مهمی بازی می کند به طوری که تشخیص زودرس، میزان بقا را تا 95% افزایش می دهد. چندین ژن موثر در ایجاد سرطان پستان شناسایی شده اند. هدف از مطالعه حاضر شناخت نقش جهش ژن brca1 در سرطان پستان تک گیر (sporadic) در سگ به عنوان یک مدل حیوانی می باشد. برای مشخص کردن موتاسیون ژن های brca1 از تکنیک pcr-sscp استفاده شد. تعداد 12 نمونه خون و بافت پستان از سگ های مبتلا به سرطان پستان ارجاع داده شده به کلینیک دامپزشکی دانشگاه فردوسی مشهد جراحی و جمع آوری شد. نمونه ها جهت بررسی مشخصات تومور، با تهیه لام از نمونه های بافتی، توسط پاتولوژیست تحت مطالعه قرار گرفتند. استخراج dna از نمونه ها به روش گوانیدین تیو سینات-سیلیکاژن صورت گرفت. واکنش زنجیره ای پلیمراز برای تکثیر قطعه 306 جفت بازی از اگزون 11 ژن brca1 با استفاده از جفت آغازگر اختصاصی به صورت استاندارد انجام شد. محصولات واکنش زنجیره ای پلیمراز به شیوه sscp برای بررسی تفاوت فرم فضایی رشته های منفرد بر روی ژل اکریل آمید سرد الکتروفورز و با نیترات نقره آمونیاکی رنگ آمیزی. شد. نتایج sscp جهشی در اگزون 11 در نمونه های مورد بررسی نشان نداد.

این تحقیق در سه مرحله انجام شد. در مرحله ی اول تعداد 11 تابع برای برازش منحنی های تولید شیر و تولید چربی گاومیش های نژاد آذری و خوزستانی مورد استفاده قرار گرفت. بر اساس ضریب تبیین تصحیح شده، در نژاد خوزستانی، تابع دیفازیک بهترین و تابع رووک بدترین عملکرد را نسبت به توابع دیگر داشتند. با رتبه بندی توابع بر اساس aicc در نژاد خوزستانی، توابع دیفازیک و لژاندر به ترتیب در صفت تولید شیر و تولید چربی بهترین رتبه را داشتند و توابع رووک و کبی آخرین رتبه ها را به دست آوردند. در مرحله ی دوم منحنی های تولید شیر، تولید چربی و درصد چربی با استفاده از توابع تائید شده در مرحله ی اول برای سطوح مختلف سن زایش، دوره ی شیردهی و فصل زایش مورد برازش قرار گرفتند و اثر آنها بر تغییر شکل منحنی ها بررسی شد. گاومیش های جوان، در تمام منحنی ها دارای تداوم تولید بهتری نسبت به گاومیش های مسن تر بودند. با افزایش سن زایش تا 120 ماهگی، تولید شیر اولیه، اوج تولید و تولید کل دوره ی شیردهی افزایش نشان داد ولی بعد از آن کاهش در تولید مشاهده شد. گاومیش های زایش کرده در فصول تابستان و پاییز (زایش های داخل فصلی) نسبت به زایش های خارج فصلی تولید بیشتری داشتند و الگوی تولید بهتری را نیز نشان دادند. در نژاد خوزستانی تا دوره ی دهم و در نژاد آذری تا دوره ی پنجم شیردهی ، تولید شیر و تولید چربی افزایش یافت. ولی در نژاد آذری، تولید شیر و تولید چربی بعد از دوره ی شیردهی پنجم کاهش یافت.در مرحله ی سوم، اثر عوامل محیطی موثر بر صفات تولید شیر، تولید چربی و درصد چربی، در شروع تولید، نرخ افزایش تولید تا اوج تولید، نرخ کاهش تولید بعد از اوج تولید، اوج تولید، تداوم تولید، تولید شیر(240 روز)، تولید چربی (240 روز) و متوسط درصد چربی (240 روز)، مورد مطالعه قرار گرفت.

رکوردهای ماهیانه تولد تا یک سالگی شامل 7861 بره بلوچی جهت برازش تابع گومپرتز استفاده شد. متغییرهای منحنی رشد به طور انفرادی برای هر حیوان برآورد و سپس جهت برآورد پارامترهای ژنتیکی استفاده شد. حداقل مربعات پارامترهای منحنی رشد شامل وزن مجانبی (a)، حداکثر افزایش وزن (b) و سن در زمان حداکثر افزایش وزن (c) به ترتیب 23/37 (کیلوگرم)، 216/0 ( کیلوگرم در روز) و 30/48 ( روز ) با ضربب تعیین 99/0 و وزن در نقطه عطف منحنی 7/13 کیلوگرم برآورد گردید. عوامل ثابت سال تولد ، جنس بره، نوع تولد و سن مادر مهمترین منبع تغییرات پارامترهای منحنی رشد بودند. همبستگی های بدست آمده از داده های اعتبار سنجی نشان داد که برآوردهای حاصل از مدل چند صفتی از دقت بالاتری برخوردارند. وراثت پذیری وزن مجانبی (a)، حداکثر افزایش وزن (b) و سن در زمان حداکثر افزایش وزن (c) به ترتیب 30/0 ، 18/0 و 10/0 و همبستگی ژنتیکی بین وزن مجانبی (a) و حداکثر افزایش وزن (b) 86/0 و بین وزن مجانبی (a) و سن در زمان حداکثر افزایش وزن (c) 21/0 برآورد گردید. همبستگی ژنتیکی بین پارامترهای منحنی با وزن در سنین مختلف در دامنه 43/0 تا 98/0 بودند که بالاترین میزان مربوط به وزن شش ماهگی می باشد. نتایج نشان داد که پتانسیل تغییر ژنتیکی منحنی وجود دارد و از وزن شش ماهگی به عنوان معیاری جهت تغییر منحنی رشد می توان استفاده کرد.تنوع ژنتیکی گوسفند بلوچی با استفاده از dna استخراج شده از 502 بره نر و ماده توسط 14 نشانگر میکرو ساتلایت انجام گردید. واکنش زنجیره ای پلیمراز در تمام نشانگر ها با متوسط موفقیت 52 درصد انجام شد. در مجموع 81 آلل با میانگین 8/5 آلل به ازاء هر نشانگر شناسایی شد. دامنه تغییرات هتروزیگوسیتی از 12/0 تا 68/0، میزان اطلاعات چند شکلی ( pic) از 60/0 تا 71/0 و متوسط همخونی (fis) 13/0 بدست آمد. نتایج نشان داد که جمعیت دارای تنوع ژنتیکی مناسب جهت شناسایی جایگاه های ژنتیکی صفات می باشد. به منظور شناسایی جایگاه ژنتیکی صفات کمی وزن تولد، 30، 60 و 90 روزگی گوسفند بلوچی از داده های فنوتیپی خانواده های ناتنی و نشانگرهای میکروساتلایت منطقه کاندید کروموزوم یک گوسفند استفاده شد که جمعیت مورد مطالعه شامل 434 بره نر و ماده از 11 خانواده ناتنی با تعداد فرزندان 29 تا 54 بره نر و ماده بودند.ژنوتیپ تمام حیوانات برای میکروساتلایت های مفید تعیین گردید. اثرا ت ثابت شامل سال تولد، جنس بره، نوع تولد و سن مادر همچنین روز تولد به عنوان واریانس کمکی در نظر گرفته شد.تجزیه و تحلیل qtl با روش مکان یابی فاصله ای انجام شد. نتایج تست آزمایشی نشان داد که qtl معنی داری در نزدیکی نشانگر bms2572 در موقعیت 8/204 سانتی مورگانی کروموزوم یک برای وزن تولد وجود دارد. همچنین qtl معنی داری برای وزن های 30 و 60 روزگی به ترتیب در موقعیت مکانی 213 و 189 سانتی مورگان بین نشانگرهای bms2321 و bm7145 شناسایی شد . نسبت واریانس qtl به واریانس فنوتیپی در صفات وزن تولد، 30، 60 و 90 روزگی به ترتیب 18، 12، 15 و 21 درصد بود . اثر qtl با اضافه شدن سن حیوان افزایش یافت. رکوردهای ماهیانه وزن در تولد، 30، 60، 90، 120، 180، 210و 365 روز بره های 11 خانواده ناتنی پدری جهت مکان یابی منحنی رشد استفاده شد. منحنی رشد گومپرتز برای هر حیوان برازش داده شد و پارامترهای منحنی رشد هر حیوان به عنوان صفات در مکان یابی qtl استفاده شد. نتایج نشان داد که دو خانواده با الگوی عملکردی متفاوت در بروز qtl وجود دارد که احتمالا بدلیل اثر آلل های مختلف qtl و اثر متقابل با سایر ژنوتیپ ها می باشد.

هدف اصلی این تحقیق بهینه سازی روش real-time pcr نسبی مبتنی بر سایبرگرین جهت اندازه گیری بیان ژن های ifn-? و tgf?1 در خوکچه های هندی واکسینه شده با واکسن تب برفکی تیپ o بود. برای این مطالعه، نمونه های خون از دو گروه خوکچه هندی واکسینه شده و شاهد در سه زمان متفاوت و مشخص گرفته شد. پس از انجام خونگیری، استخراج rna و تبدیل آن به cdna صورت گرفت. به منظور اندازه-گیری میزان بیان ژن‏های ifn-? و tgf?1از روش real-time pcr به صورت نسبی استفاده شد. سپس داده های خام به صورت ct از دستگاه گرفته و برای تعیین بیان ژن ها از فرمول لیواک استفاده شد. بررسی آماری داده ‏ها توسط برنامه excel و آزمون t استیودنت در سطح 5% (p<0.05) انجام شد. نتایج نشان داد بیان ژن های ifn-? و tgf?1 در خونگیری های دوم و سوم نسبت به خونگیری اول، به طور معنی داری (p<0.05) افزایش یافت.

بیماری تب برفکی یکی از بیماری های ویروسی و به شدت مسری در بین حیوانات اهلی بخصوص زوج سمان می باشد که هر ساله خسارات اقتصادی فراوانی به صنعت دامپروری کشور وارد می کند. این بیماری در کشور ایران از طریق واکسیناسیون و قرنطینه حیوانات بیمار کنترل می شود. به منظور کنترل مناسب و موثر شیوع بیماری تب برفکی، تست های تشخیصی مختلفی که قادر به شناسایی حیوانات آلوده از واکسینه شده هستند، توسعه یافته اند. در حال حاضر تشخیص آنتی بادی های پروتئین-های غیرساختاری به ویژه پلی پپتید غیرساختاری 3ab مطمئن ترین روش برای تشخیص حیوانات آلوده از واکسینه می باشد. هدف از انجام این پژوهش تعیین توالی نوکلئوتیدی ژن کد کننده ناحیه 3ab ویروس بیماری تب برفکی به منظور استفاده از آن برای تولید کیت های تشخیصی در تحقیقات آینده می باشد. در این مطالعه، سروتایپ o ویروس بیماری تب برفکی از موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی شعبه شمال شرق تهیه گردید. این ویروس در سال 2010 از نمونه های دام مشکوک به بیماری تب برفکی در استان خراسان رضوی جدا شد و توسط آزمایش های ساندویج الایزای غیرمستقیم و rt-pcr مورد تشخیص قرار گرفت و سروتایپ آن تعیین گردید. rna ویروسی از ویروس تخلیص گردید و واکنشrt-pcr با هدف جداسازی و تکثیر قطعه 672 جفت بازی ناحیه ژنی 3ab انجام پذیرفت. محصول pcr خالص سازی شد و در داخل وکتور ptz57r/t کلون گردید. پلاسمیدهای حاوی قطعه ژنی مورد نظر، تخلیص شدند و با استفاده از روش های کلونی pcr و joined pcr مورد تأیید قرار گرفتند.

در این تحقیق ساختار و تنوع ژنتیکی گله های اصلاح نژادی گوسفندان نژاد مغانی، بلوچی و ماکویی با استفاده از تجزیه و تحلیل شجره مورد بررسی قرار گرفت.میانگین فاصله نسلی در سه نژاد مغانی، بلوچی و ماکویی بترتیب 18/4، 30/3 و 95/3 برآورد گردید. تعداد نسل های معادل کامل جمعیت مرجع به عنوان معیاری جهت بررسی سطح تکامل شجره، در سه نژاد تحت بررسی بترتیب 28/4، 88/5 و 24/2 بود. میانگین همخونی جمعیت مرجع در سه نژاد مغانی، بلوچی و ماکویی بترتیب 82/0، 79/1 و 25/0 بود. . اندازه موثر جمعیت سه نژاد مغانی، بلوچی و ماکویی با استفاده از روش افزایش همخونی فردی بترتیب 5/179، 4/133 و 216 برآورد گردید. تعداد حیوانات بنیان گذار جمعیت مرجع در سه نژاد تحت بررسی بترتیب 460، 398 و 228 رأس بود. تعداد موثر حیوانات بنیان گذار جمعیت مرجع در سه نژاد مغانی، بلوچی و ماکویی بترتیب 110، 83 و 46 بود. تعداد موثر اجداد جمعیت مرجع در سه نژاد بترتیب 83، 49 و 44 بود. تعداد موثر ژنوم حیوانات بنیان گذار جمعیت مرجع در سه نژاد مغانی، بلوچی و ماکویی بترتیب 42، 71/19 و 93/35 بود.با توجه به نتایج این تحقیق میانگین همخونی و اندازه موثر جمعیت مرجع در هر سه گله نژاد مغانی، بلوچی و ماکویی در سطح پایین تری از مقادیر بحرانی قرار داشتند. ولی در هر سه نژاد با توجه به فراسنجه های بدست آمده از تجزیه و تحلیل احتمال منشأ ژن به علت اجرای برنامه انتخاب و وقوع گردنه ها در شجره و رانش ژنتیکی تصادفی، میزان مشارکت حیوانات بنیان گذار و اجداد اصلی در ایجاد جمعیت مرجع، نامتعادل گشته و باعث کاهش تنوع ژنتیکی جمعیت موجود در مقایسه با جمعیت حیوانات بنیان گذار گشته که این کاهش در نژاد بلوچی نسبت به دو نژاد دیگر بیشتر بوده است.

فیتات منبع عمده تأمین فسفر در جیره حیوانات مزرعه ای می باشد. این ترکیب دسترسی زیستی به مواد معدنی، پروتئین ها و کربوهیدرات ها را کاهش می دهد. آنزیم فیتاز با تجزیه فیتات، باعث کاهش اثر ضد تغذیه ای آن می شود. میکروارگانیسم ها بهترین منبع تولید تجاری این آنزیم محسوب می شوند. فیتاز تولید شده توسط باسیلوس سابتیلیس برای استفاده در صنعت مناسب می باشد. در این مطالعه به منظور همسانه سازی و بررسی امکان تولید فیتاز نوترکیب، ژن فیتاز با استفاده از آغازگرهای لینکردار طراحی شده از باکتری باسیلوس سابتیلیس ptcc 1156، جداسازی شد. پس از انجام واکنش pcr، ژن فیتاز با روش همسانه سازی ta در وکتور ptz57r/t کلون شد و جهت تأیید صحت، مورد توالی یابی قرار گرفت. نتایج توالی یابی صحت انجام همسانه سازی را نشان داد. توالی به دست آمده پس از ویرایش با شماره دسترسی jn886002 در ncbi ثبت شد. به منظور استخراج ژن فیتاز و همسانه سازی در وکتور بیان pet-32a(+)، پلاسمید نوترکیب و وکتور با آنزیم های برشی (bamhi و hindiii) مورد هضم قرار گرفتند. در نهایت، پس از انجام واکنش اتصال، پلاسمید حاصل به باکتری اشرشیاکلی bl21(de3) منتقل و ساختاری حاصل شد که ممکن است پس از القای بیان با القاگر مناسب قادر به تولید آنزیم فیتاز نوترکیب باشد.

این مطالعه با هدف همسانه سازی و بیان آنتی ژن سطحی ncsrs2 از انگل نئوسپورا کانینوم در دو سامانه بیانی پروکاریوتی و یوکاریوتی انجام گرفت. پس از تکثیر جایگاه ژنی ncsrs2 و تعیین توالی آن با استفاده از روش ta cloning درناقل ptz57r/t، توالی به دست آمده با توالی سایر سویه های نئوسپورا کانینوم از نظر فیلوژنتیکی مقایسه شدند. نتیجه توالی یابی تحت شماره دسترسی jq410454 دربانک جهانی ژن ثبت شد. آنالیز توالی ژن ncsrs2 بین 98 تا 100 درصد همسانی با توالی های ثبت شده نئوسپورا کانینوم نشان داد. جهت همسانه سازی در باکتری، جایگاه ژنی ncsrs2 با آغازگرهای دارای سایت برشی آنزیم های ecori و sali تکثیر شد و به درون ناقل بیانی pet32a (+) الحاق گردید و پلاسمید نوترکیب حاصل (pet32-ncsrs2) ابتدا جهت تکثیر به باکتری اشرشیا کلی سویه dh5? و سپس جهت بیان پروتئین نوترکیب به باکتری اشرشیا کلی سویه bl21(de3) انتقال داده شد. القای بیان با استفاده از iptg انجام شد. برای همسانه سازی در مخمر pichia pastoris، از آغازگرهای دارای سایت برشی آنزیم های kpni و xbai جهت تکثیر جایگاه ژنی ncsrs2 استفاده شد و فرآورده pcr به درون ناقل بیانی ppicz-b الحاق گردید. پلاسمید نوترکیب حاصل (ppiczb-ncsrs2) به باکتری اشرشیا کلی سویه dh5? انتقال داده شد. پس از غربالگری و تائید صحت همسانه سازی، پلاسمید ppiczb-ncsrs2 با آنزیم pmei خطی شد و با روش الکتروپوریشن به مخمر انتقال داده شد. مخمر نوترکیب در محیط mmh کشت داده شد و بیان پروتئین به کمک متانول تحریک شد. وضعیت بیان پروتئین ncsrs2 در هر دو سامانه بیانی به روش های sds-page، دات بلات و وسترن بلات بررسی گردید. پروتئین های تولید شده استخراج و خالص سازی شدند و فعالیت آنها در محیط آزمایشگاه با آزمون الایزای غیرمستقیم بررسی شد. نتایج این پژوهش نشان داد که ژن ncsrs2 در ناقلین pet32a (+) (باکتری) و ppicz-b (مخمر) به درستی همسانه شده است. ورود ژن ncsrs2 به باکتری bl21(de3) به روش-های کلنی pcr و هضم آنزیمی تأیید شد. ورود ژن ncsrs2 به داخل ژنوم مخمر پیشیا پاستوریس با روش نوترکیبی همولوگ با استخراج dna ژنومی مخمر و انجام pcr تائید شد. بیان پروتئین ncsrs2 در باکتری و مخمر به روش وسترن بلات با مشاهده باند اختصاصی پروتئین هدف تأیید شد. با توجه به انجام واکنش بین پروتئین های تولید شده در این سامانه های بیانی و آنتی بادی اختصاصی نئوسپورا کانینوم در محیط آزمایشگاه می توان گفت احتمالاً این پروتئین ها توانایی ایجاد ایمنی حفاظتی علیه انگل نئوسپورا کانینوم را خواهند داشت. به طور کلی می توان گفت که در این تحقیق ژن ncsrs2 با موفقیت در سامانه-های بیانی پروکاریوتی و یوکاریوتی همسانه و بیان شد به نحوی که پروتئین های تولید شده احتمالاً قادر به تحریک سیستم ایمنی علیه انگل نئوسپورا کانینوم و پیشگیری از انتقال آلودگی می باشند.

هدف از انجام این مطالعه توالی یابی و بررسی سازماندهی ژن هورمون رشد (gh) و ناحیه پروموتور آن و همچنین بررسی تفاوت های تک نوکلئوتیدی (snps) ممکن این ژن در دوگونه شتر تک کوهانه و دو کوهانه ایران بود. تعداد 10 عدد نمونه خون شتر نر و ماده تک کوهانه از کشتارگاهی در یزد، همچنین تعداد 6 عدد نمونه خون شتر های نر و ماده دو کوهانه از ایستگاه تحقیقات منابع طبیعی و امور دام استان اردبیل واقع در روستای جهاد آباد و همچنین یک عدد نمونه خون شتر دو کوهانه از باغ وحش مشهد تهیه گردید. پس از عمل استخراج dna واکنش pcr برای هریک از نمونه ها توسط پرایمرهای اختصاصی انجام شد و عمل توالی یابی با استفاده از محصولات pcr انجام شد. توالی های مورد توافق برای هریک از شترهای تک کوهانه و دوکوهانه بدست آمد. با استفاده از همین توالی های مورد توافق ترکیب نوکلئوتیدی، بررسی های فییلوژنتیکی و سایر بررسی ها انجام شد. همانند سایر پستانداران، ژن هورمون رشد در شتر دارای 5 اگزون است که توسط 4 اینترون از هم جدا شده اند. بر اساس مقایسه توالی های بدست آمده در مطالعه با توالی ثبت شده در ncbi مشخص شد که توالی ژن هورمون رشد شتر تک کوهانه کاملاً با توالی ثبت شده در ncbi مشابه می باشد. در مرحله بعد بیشترین شباهت را مربوط به lama pacos و lama glama بود که به ترتیب 93/92% و 53/92% بود. همچنین توالی بدست آمده ژن هورمون رشد شتر دوکوهانه بیشترین شباهت را با توالی این ژن در شتر تک کوهانه داشت که 52/99% بود. بعد از آن بعد بیشترین شباهت را مربوط به lama pacos و lama glama بود که به ترتیب 93/92% و 53/92% بود. در ناحیه پروموتور توالی جعبه tata یک جهش را نشان داد و به ctat تبدیل شده بود. مشابه همین حالت در لاما (lama glama) نیز مشاهده شده است. توالی یابی10 نمونه مختلف ژن هورمون رشد از شتر تک کوهانه و 7 نمونه مختلف از شتر دوکوهانه به ما این اجازه را داد که تعدای تفاوت تک نوکلئوتیدی را در این ژن شناسایی کنیم. بررسی ها دو نوع هاپلوتایپ را در شتر های تک کوهانه نشان داد. همچنین مقایسه توالی های مورد توافق شتر تک کوهانه و دو کوهانه 9 اختلاف تک نوکلئوتیدی را بین این دو گونه مشخص کرد.

ساخت حیوانات تراریخته با استفاده از اسپرم به عنوان حامل dna خارجی (smgt) یکی از روش های شناخته شده در بحث حیوانات تراریخته محسوب می شود. امروزه از تزریق درون سیتوپلاسمی اسپرم (icsi) در این روش، استفاده های قابل توجهی به عمل می آید. با توجه به سادگی و راندمان بالا در ساخت حیوانات تراریخته در روش smgt الحاق تصادفی ژن در این روش یکی از ایرادهای اساسی مرتبط با این تکنیک محسوب می شود. در این مطالعه سعی گردید کارائی سیستم phic31 integrase به عنوان یک روش انتقال هدفمند ژن، در بهبود روش smgt مورد ارزیابی قرار گیرد. بدین منظور ابتدا روش icsi با استفاده از اعمال پیش تیمار هپارین-گلوتاتیون بر روی اسپرم بهینه سازی گردید. در مرحله بعد پروتئین و mrna اینتگراز در شرایط آزمایشگاهی تولید و عملکرد محصولات تولید شده مورد ارزیابی قرار گرفت. تعداد 7 جایگاه قابل شناسائی توسط سیستم phic31 integrase بر روی ژنوم گاو در نظر گرفته شد. با طراحی پرایمرهای مناسب و واکنش pcr صحت این جایگاه ها در فیبروبلاست های تراریخته شده گاوی به وسیله سیستم phic31 integrase ، مورد بررسی قرار گرفت. راندمان سیستم phic31 integrase با استفاده از تزریق mrna به همراه اسپرم حاوی dna بررسی گردید. نتایج این مطالعه نشان داد، سیستم phic31 اینتگراز توانائی انتقال هدفمند ژن به داخل جنین های حاصل از smgt را داشت.

هدف از این تحقیق، برآورد رابطه بین نمره سلول های بدنی و صفات تولیدی (تولید شیر، تولید چربی و تولید پروتئین) و همبستگی بین نمره سلول های بدنی و صفات تولیدی شیر در گاوهای هلشتاین ایران است. رکوردهای 305 روز صفات تولیدی شیر و شمار سلول های بدنی که توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور بین سالهای 1373 تا 1389 جمع آوری شده بود مورد استفاده قرار گرفت. برای نرمال کردن توزیع رکوردهای روز آزمون، شمار سلول های بدنی تبدیل لگاریتمی شده و به صورت نمره سلول های بدنی تغییر داده شدند. مدل حیوانی تک صفته که نمره سلول های بدنی به صورت متغییر کمکی در مدل وارد شده بود برای برآورد اثر نمره سلول های بدنی بر صفات تولیدی شیر در شکم های زایش مختلف مورد استفاده قرار گرفت. مدلهای دو صفته بین نمره سلول های بدنی و صفات تولیدی شیر در شکم های زایش متفاوت برای برآورد همبستگی های ژنتیکی، محیطی و فنوتیپی استفاده شد. میانگین شمار سلول های بدنی برای شکم اول و سوم در فصل زمستان بالاترین مقدار و برای شکم دوم، فصل بهار بالاترین مقدار را داشت. میانگین شمار سلول های بدنی برای تمامی شکم های زایش روند کاهشی را در سالهای اخیر داشت. اثر نمره سلول های بدنی بر تمام صفات در شکم های زایش اول، دوم و سوم منفی بود. دامنه اثر کاهشی نمره سلول های بدنی بر تولید شیر، تولید چربی و تولید پروتئین در شکم های اول، دوم و سوم به ترتیب 78/107- 41/220، 32/2- 08/7 و 1/2 – 19/5 کیلوگرم به ازای افزایش یک واحد نمره سلولهای بدنی برآورد شد. همبستگی های ژنتیکی، فنوتیپی و محیطی بین نمره سلول های بدنی و صفات تولیدی شیر منفی و مقدار آن پایین بود. وراثت پذیری نمره سلول های بدنی در دامنه 05/0- 08/0 برآورد شد و برای تمامی صفات با افزایش شکم های زایش، مقدار وراثت پذیری صفات پایین شد.

به دلیل پیچیدگی مکانیسم تاثیر عوامل ژنتیکی و غیر ژنتیکی مسئول بروز فنوتیپی صفت، منظور نمودن همه عوامل واقعی فوق در مدل کاربردی امکانپذیر نمی باشد. همچنین زمان بر و پر هزینه بودن تهیه جمعیت مناسب برای مطالعه، باعث گردیده است که از مطالعات شبیه سازی برای بررسی نحوه تاثیر برخی از شرایط بر روی نتایج مطالعات ژنومی استفاده شود. به دلیل زمان و هزینه بر بودن برخی از مطالعات شبیه سازی، مدلسازی و بسط مطالعه شبیه سازی با استفاده از شبکه عصبی مصنوعی (ann) از دیگر اهداف این تحقیق می باشد. در این تحقیق سه مطالعه شبیه سازی جهت بررسی تاثیر پارامترهای آزمایشی بر روی نتایج مطالعه ژنومی مورد بررسی قرار گرفت. در مطالعه شبیه سازی اول انحراف استاندارد qtl و اندازه جمعیت، فاصله مارکری میزان قدرت تشخیص qtl و صحت برآورد موقعیت و اثرات qtl را تحت تاثیر قرار داد. فواصل یک lod پشتیبان و بیزی کوچکتر بود و درصد بیشتری از آنها موقعیت qtl را در بر داشتند. در مطالعه شبیه سازی دوم مدل شبکه عصبی مصنوعی (ann) با r2 برابر 99/0 و rmse برابر 34/3 بهترین پیش بینی را نسبت به فرمولهای پیشنهاد شده ارائه داد. در مطالعه شبیه سازی سوم تاثیر برخی پارامترهای آزمایشی بر روی دقت ارزیابیهای ژنومی توسط روش glm و ann مدلسازی گردید. در کلیه مطالعات شبیه سازی نشان داده شد که مدلسازی ann بهتر از دیگر روشهای مدلسازی و فرمولهای پیشنهاد شده می باشد. کلیه مطالعات شبیه سازی با استفاده از بهترین مدل ann بسط یافته و مورد بررسی قرار گرفت. با مقایسه نتایج حاصل از مطالعات شبیه سازی اصلی و بسط یافته مشخص شد که در مطالعات بسط یافته روند تاثیر هر یک پارامترها مشابه با مطالعه اصلی می باشد و همچنین وضوح تاثیر سطوح مختلف پارامترهای آزمایشی و اثرات متقابل آنها در مطالعات بسط یافته بسیار بهتر می باشد.

اثر منبع انرژی به شکل جیره های لیپوژنیک یا گلوکوژنیک در دوره انتقال بر عملکرد های تولیدی و تولید مثلی گاوهای هلشتاین تازه زا در سه آزمایش مورد بررسی قرار گرفت. در آزمایش اول، 36 رأس گاو چند شکم زایش بطور تصادفی و در قالب یک طرح آزمایشی کاملاً تصادفی در سه گروه آزمایشی قرار گرفتند. همه حیوانات از 21 روز قبل از تاریخ تخمینی زایمان یک جیره یکسان گلوکوژنیکی را مصرف کردند. پس از زایمان، گاوها تا روز 42 شیردهی جیره گلوکوژنیکی دریافت کردند (گروه ggg) یا جیره غذایی آنها در روز های 1 (گروه gll) و یا 21 (گروه ggl) شیردهی به جیره غذایی لیپوژنیک تغییر داده شد و تا روز 42 شیردهی جیره های مذکور را مصرف نمودند. پس از زایمان، برای گاوهای گروه gll ماده خشک مصرفی بطور معنی دار(05/0p<) و وزن بدن، نمره بدنی، تولید شیر و مقدار پروتئین و لاکتوز شیر بطور غیر معنی دار کمتر (1/0p<) بود. در هفته های 5 و 6 شیردهی، توازن انرژی برای حیوانات گروه gll منفی تر بود (05/0p<). غلظت های ast، کلسترول و اوره خون برای گاوهای گروه gll بیشتر بود (05/0p<). درگروه ggg غلظت گلوکز بیشتر (05/0p<) ولی غلظت های bhba و nefa کمتر (05/0p<) بود. تعداد فولیکول های بزرگتر از 10 میلی متر برای گاوهای گروه ggg بیشتر (05/0p<) بود. تعداد روز تا تخمک اندازی و قطر دهانه رحم در گروه آزمایشی gll بیشتر (05/0p<) بود. نتایج این آزمایش نشان داد که با یک جیره قبل از زایش گلوکوژنیکی، شروع خوراک لیپوژنیکی بلافاصله پس از زایمان بر توازن انرژی، تعادل متابولیکی و دینامیک فولیکولی اثر منفی خواهد داشت. در آزمایش دوم، 36 رأس گاو چند شکم زایش بطور تصادفی و در قالب یک طرح آزمایشی کاملاً تصادفی در سه گروه آزمایشی قرار گرفتند. همه حیوانات از 21 روز قبل از تاریخ تخمینی زایمان یک جیره یکسان لیپوژنیکی را مصرف کردند. پس از زایمان، گاوها تا روز 42 شیردهی جیره لیپوژنیکی دریافت کردند (گروه lll) یا جیره غذایی آنها در روز های 1 (گروه lgg) و یا 21 (گروه llg) شیردهی به جیره غذایی گلوکوژنیک تغییر داده شد و تا روز 42 شیردهی جیره های مذکور را مصرف نمودند. در گروه آزمایشی lgg، تولید شیر و مقدار پروتئین و لاکتوز شیر بیشتر (05/0p<) ولی نسبت چربی به پروتئین شیر، نسبت ماده خشک مصرفی به تولید شیر و غلظت bhba خون کمتر (05/0p<) از سایر گروه ها بود. تغذیه گاوهای شیری با استراتژی lgg موجب افزایش (05/0p<) قطر اولین فولیکول غالب و نیز تعداد فولیکول های بزرگتر از 10 میلی متری شد. نتایج این آزمایش نشان داد که با یک جیره لیپوژنیکی قبل از زایش ، شروع جیره گلوکوژنیکی بلافاصله پس از زایش تعادل متابولیکی، تولید شیر و دینامیک فولیکولی گاوهای شیری را بهبود داد. در آزمایش سوم، 24 رأس گاو چند شکم زایش بطور تصادفی و در قالب یک طرح آزمایشی کاملاً تصادفی در دو گروه آزمایشی قرار گرفتند. گاوها از هفته 3 قبل از زایش با یک جیره غذایی لیپوژنیک (گروه lg) یا گلوکوژنیک (گروه gg) تغذیه شدند. پس از زایمان به تمام گاوها یک جیره غذایی یکسان گلوکوژنیکی به مدت 8 هفته خورانده شد. مصرف خوراک، نمره بدنی، تولید شیر، مقدار ترکیبات شیر و توازن انرژی حیوانات تحت تأثیر رژیم های غذایی قبل از زایش قرار نگرفت. غلظت های سرمی کلسترول و nefa در هر دو دوره قبل و بعد از زایش در خون گاوهای گروه gl بطور معنی دار (05/0p<) بیشتر بود. جیره های قبل از زایمان اثر معنی داری بر جمعیت کلاس های مختلف فولیکولی نداشت. با این حال طی 100 روز اول شیردهی، درصد گاوهای آبستن در گروه gg از نظر عددی بیشتر بود. نتایج این آزمایش اثر مثبت مصرف قبل از زایش خوراک گلوکوژنیکی، بر تعادل متابولیکی و تا حدودی درصد آبستنی را بطور نسبی تأیید کرد. بطور کلی نتایج این رساله نشان داد که تغذیه گاوهای شیری با یک جیره گلوکوژنیک از هفته 3 قبل از زایش و ادامه استفاده از این جیره غذایی تا پایان هفته ششم شیردهی، موثرترین برنامه غذایی جهت بهبود توازن انرژی و تعادل متابولیکی و نیز ارتقاء عملکرد های تولیدی و تولید مثلی بود.

سالیان متمادی است که حیوانات جزئی از زندگی روزانه کشاورزی و دامپروری به شمار می آیند. اهلی کردن حیوانات مربوط به 6 هزار سال قبل از میلاد بر می گردد که بشر زندگی خود را تغییر داد، شکار حیوانات را کنار گذاشت و به زراعت و اهلی کردن حیوانات پرداخت. حیوانات به طور عام در زندگی بشر و به طور خاص در زندگی دامپروران اهمیت ویژه دارند. اولین هدف دامدار افزایش تولید و در نتیجه درآمد بیشتر است و برای افزایش تولید در حیوانات سه مقوله تغذیه، بهداشت و اصلاح دام را بکار گرفت. اصلاح دام عبارت است از تمامی اقدامات و فعالیت هایی که سبب می شود در نسل های بعد حیوانات تولید بیشتر و سود فراوانی داشته باشند. با توجه به محدودیت زمین های قابل کشت جهت تامین احتیاجات غذایی جمعیت در حال رشد، نمی توان زمین های زراعی را وسعت داده و غذای بیشتری را تولید کرد ولی با بکار بردن اصول و روشهایی می توان تولید را در واحد سطح افزایش داد. به همین ترتیب، برای تامین احتیاجات غذایی با منشا دامی نمی توان تعداد حیوانات موجود را افزایش داد لذا باید روشهایی که سبب افزایش تولید در واحد های دامی می شود، را جستجو کرد. در پرورش گاوهای شیری برای افزایش سود آوری گله که مهم ترین هدف اصلاح نژاد است تصمیمات لازمه در انتخاب گاو های نر خیلی مهم می باشد. یک اصلاحگر با انتخاب گاو های نر برخوردار از صفات تولیدی برجسته و جلوگیری از آمیزش میان خویشاوندان نزدیک، برای تغییر خصوصیات ژنتیکی جمعیت تلاش می کند تا به بازدهی بالا در این زمینه دست یابد .

آنزیم اندوگلوکاناز اولین آنزیم از کمپلکس آنزیمی سلولاز است که باندهای داخلی گلیکوزیدی زنجیره‏ی سلولزی را می‏شکند و زنجیره های پلی ساکاریدی مجزای سلولز را به وجود می‏آورد. یکی از بهترین منابع تولید آنزیم اندوگلوکاناز باکتری باسیلوس سابتیلیس می‏باشد که اندوگلوکاناز مقاوم در برابر حرارت تولید می‏کند. در این تحقیق، ژن کد کننده ی آنزیم اندوگلوکاناز خارج سلولی باکتری باسیلوس سابتیلیس بومی جداسازی شده از چشمه‏های آب گرم با استفاده از آغازگرهای دارای جایگاه برشی اختصاصی، حاوی سایتهای برشی xhoi و bamhi جداسازی شده و پس از توالی‏یابی و بررسی خصوصیات، ژن تکثیر شده به ناقل ptz57r/t انتقال داده، سپس وارد باکتری e .coli dh5? شد. غربالگری کلونی‏های حاوی پلاسمید نوترکیب با استفاده از روش انتخابی آبی/سفید و با استفاده از iptg و x-gal صورت گرفت. حضور ژن هدف در ناقل کلونینگ ptz57r/t با استفاده از روش کلونی pcr و هضم آنزیمی تایید شد. سپس ژن اندوگلوکاناز را وارد ناقل بیانی(+)pet-21a کرده و پس از توالی‏یابی و تائید صحت قطعه همسانه‏سازی شده، ناقل بیانی وارد باکتری e. coli bl21(de3) شد. القا بیان به وسیله iptg با غلظت 1 میلی مولار صورت گرفت. صحت بیان پروتئین اندوگلوکاناز با استفاده از روش sds-page تایید شد که باند kd 47 را نشان داد.

چکیده با پیشرفت توالی یابی ژنوم و رمز گشایی ژنوم گونه های اهلی، استفاده از تنوع های موجود در ژنوم در برنامه های اصلاح نژاد دام سرعت بیشتری گرفت. در آزمایش اول این پژوهش، از نژاد های هلشتاین (1073 نمونه)، براوون سوئیس (775 نمونه)، مارکیجانا (410 نمونه)، پایمونتزا (479 نمونه) و پزاتاروسا (364 نمونه) نمونه خون تهیه شد و سپس با چیپ 50 کی گاوی ایلومینا برای 54001 جهش تک نوکلئوتیدی در سراسر ژنوم بر اساس دستورالعمل تعیین ژنوتیپ شد. بدلیل اهمیت کروموزوم 14 در مطالعات نقشه یابی جایگاه صفات کمی، جهش های تک نوکلئوتیدی آن بر اساس اسمبلی umd3.1 ژنوم گاو تفکیک شد و دو پارامتر r2 و d? برای ارزیابی وسعت و بزرگی عدم تعادل لینکاژی در جمعیت های مختلف محاسبه شد. فاصله جفت مارکر ها بر اساس منابع مختلف به 15 گروه برای پوشش کل کروموزوم 14 تقسیم شد. روند میانگین و میانه r2 و d? با افزایش فاصله جفت مارکر ها کاهشی بود و شیب این روند کاهشی در نژاد های گوشتی تند تر از شیری بود. وسعت عدم تعادل لینکاژی در نژاد های شیری بیشتر از نژاد های گوشتی بود، بطوری که کاهش بزرگی متوسط r2 از 4/0 به 2/0 (سطح پایه عدم تعادل لینکاژی) در نژاد های شیری در فاصله 500-400 کیلو جفت باز حاصل شد اما در نژاد های گوشتی این مقدار در کمتر از 100 کیلو جفت باز مشاهده شد. ترسیم پلات نقطه ای میزان r2 بر اساس فاصله نشان داد در نژاد هلشتاین به دلیل فشار انتخاب بیشتر، جفت مارکر هایی وجود داشت که با فاصله بزرگتر از 10 مگا جفت باز 6/0 < r2 داشتند. اگر سطح مفید عدم تعادل لینکاژی را 2/0 = r2 در نظر بگیریم بطور تقریبی برای براوون سوئیس و هلشتاین به ازاء هر، به ترتیب 80 و 60 کیلو جفت باز یک مارکر برای مطالعات ارتباطی مورد نیاز است و در نژاد های گوشتی به ازاء حداقل هر 50 کیلو جفت باز یک مارکر مورد نیاز است. با این سطح r2 بطور تقریبی حداقل 37500 و حداکثر 64000 مارکر برای مطالعات ارتباطی در جمعیت های مورد مطالعه مورد نیاز است. پایداری فاز عدم تعادل لینکاژی در جمعیت ها و فواصل مختلف با محاسبه همبستگی r بررسی شد. در کلیه فواصل کمترین همبستگی بین هلشتاین فریزین و براوون سوئیس و بیشترین آن بین دو نژاد پایمونتزا و پزاتاروسا مشاهده شد. اندازه موثر جمعیت روند کاهشی داشت بطور که در 2500 نسل قبل برای هلشتاین، براوون سوئیس، مارکیجانا، پزاتاروسا و پایمونتزا به ترتیب 1590، 1409، 1467، 1726 و 1955 برآورد شد که در نهایت در حدود 10 نسل قبل به ترتیب به 120، 95، 245، 245 و 495 راس کاهش یافت. تعداد و میانگین طول بلوک های هاپلوتیپی در نژاد های شیری بیشتر از گوشتی بود. در هلشتاین از 84 مگا جفت باز طول کروموزوم 14 تقریبا 5/8 مگاجفت باز آن (بیش از 10%) ساختار بلوکی داشت. در نژاد های گوشتی مساحت کروموزومی پوشیده شده با بلوک ها کمتر از نژاد های شیری بود. بطوری که مساحت بلوک ها در سه نژاد گوشتی معادل با 60% مساحت بلوک در نژاد هلشتاین بود. تشابه در محل فیزیکی بلوک ها بین نژاد های شیری و گوشتی مشاهده شد. در آزمایش دوم 473 راس گاو نر نژاد هلشتاین نمونه گیری شد و با چیپ 50 کی نوع دو برای 54628 جهش تک نوکلئوتیدی بر اساس دستورالعمل تعیین ژنوتیپ شد و با استفاده از نرم افزار پنسی.ان.وی تنوع تعداد کپی نواحی ژنوم (سی.ان.وی) مورد بررسی قرار گرفت. در کل ژنوم گاو تعداد 1451 سی.ان.وی با میانگین و میانه به ترتیب 7/213 و 5/124 کیلو جفت باز بدست آمد. از کل این تعداد 707 سی.ان.وی فقط در یک حیوان مشاهده شد (49%). طول تنوع از 24 کیلو جفت باز تا 5/4 مگا جفت باز متفاوت بود که 6/94 مگا جفت باز از ژنوم گاو را پوشش می داد (8/3%). در این مطالعه 388 ناحیه سی.ان.وی با میانگین و میانه به ترتیب 9/243 و 9/133 کیلو جفت باز شناسایی شد. که 64% از این نواحی فراوانی کمتر از 5/%0 (یک تکرار) داشتند. بدون احتساب سی.ان.وی ها با یک تکرار فقط 14% نواحی سی.ان.وی ها فراوانی بالاتر از 2% داشته اند. تعداد 200 پپتید و ژن در نواحی سی.ان.وی ها با فراوانی بالاتر از 2% یافت شد که بیشترین تعداد ژن ها بر روی ناحیه سی.ان.وی 2491556-1616618 کروموزوم 14 شناسایی شد (56 ژن). بطور کلی بر اساس نتایج این پژوهش به نظر می رسد تنوع های موجود در ژنوم پتانسیل بالایی برای بکارگیری در برنامه های اصلاح نژادی دارند.

سلول های بنیادی اسپرماتوگونی، سلول های منحصر به فردی در بیضه هستند که به محض انتقال به بیضه می توانند قابلیت باروری را به حیوان گیرنده نابارور باز گردانند. انتقال ژن به این سلول ها و سپس منتقل کردن آنها به بیضه بز گیرنده راهکار مناسبی جهت تولید حیوان تراریخت می باشد. به علت کم بودن تعداد این سلول ها در بیضه، انتخاب روش مناسب جهت خالص سازی و همچنین نشانگرهای اختصاصی برای شناسایی این سلول ها از اهمیت زیادی برخوردار است. در حالیکه thy1 یکی از نشانگرهای حفاظت شده در سلول های اسپرماتوگونی تمایز نیافته در گونه های گاو، جوندگان و پستانداران اولیه می باشد، در بز گزارشی در این مورد ارائه نشده است. به دنبال سه مرحله هضم آنزیمی و جداسازی سلول های اسپرماتوگونی تمایز نیافته بیضه با استفاده از روش macs، به آنها توسط حامل های ویروسی ژن gfp منتقل و این سلول ها به بیضه موش منتقل شدند. میزان بیان ژن های thy1، vasa، uchl1، bcl6b و plzf، بیان پروتئین plzf و همچنین درصد سلول های gfp+ در این سلول ها مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتایج بدست آمده نشان داد که سلول های thy1+ خالص سازی شده بطور معنی داری ژن های مورد نظر را بیشتر از گروه کل سلول های اولیه بیضه بز بیان می کردند. همچنین نتایج فلوسیتومتری نشان داد که 72? این سلول ها ژن gfp را دریافت و بیان می کردند. نتایج انتقال این سلول ها به بیضه موش نشان داد که تعداد کلونی های سلولی pkh26 در بیضه موش های دریافت کننده سلول های thy1+ و gfp+ به مراتب بیشتر از تعداد کلونی های سلولی pkh26 در بیضه موش های دریافت کننده کل سلول های اولیه بیضه بودند. در نهایت نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که جداسازی سلول های اسپرماتوگونی تمایز نیافته بیضه بز با کمک نشانگر thy1 با استفاده از روش macs، انتقال ژن به انها در شرایط آزمایشگاهی و منتقل کردن این سلول ها به بیضه حیوان گیرنده می تواند راهکار مناسبی جهت تولید حیوان تراریخت در گونه بز باشد.

اطلاعات طول عمر و زنده مانی 6426 بره قره گل (سال 70 تا 87)، 11321 بره بلوچی (سال 68 تا 90)، 2404 میش قره گل(سال 64 تا 87) و 2932 میش بلوچی (سال 57 تا 88) مراکز اصلاح نژاد قره گل سرخس و عباس آباد مشهد مورد استفاده قرار گرفت. داده بره ها با مدل های خطی و مخاطره نسبی ویبول تجزیه شد. مدل ها شامل عوامل ثابت سال، ماه، نوع تولد و جنس بره و سن میش هنگام تولد بره، و وزن تولد بره به صورت متغیر کمکی خطی و درجه دوم و اثرات تصادفی ژنتیکی افزایشی مستقیم، ژنتیک افزایشی مادری، محیط مشترک مادری و باقیمانده بود. پارامترهای ژنتیکی به روش حداکثر درست نمائی محدود شده با و بدون اثرات مادری و همچنین مدل پدری برآورد گردید. طول عمر تولیدی و بقاء میش در گله از 3 تا 7 سالگی و ارتباط آنها با یکدیگر و با صفات تولید مثلی توسط مدل حیوانی خطی بررسی شد. میانگین کل طول عمر و میزان زنده مانی تجمعی بره ها از زمان تولد تا یک سالگی در نژاد قره گل 7/117±3/274 روز و 35/0±85/0 درصد و در نژاد بلوچی 116±5/282 روز و 4/0±78/0 درصد بود. در هر دو نژاد سال، ماه، وزن تولد، نوع تولد و جنس بره بر صفات مورد بررسی تأثیر معنی داری داشت. طول عمر و زنده مانی بره های هر دو نژاد از ماه اول تا سوم زایش روند نزولی داشت. در گوسفند قره گل طول عمر و زنده مانی یک قلوها بیشتر از دو قلو ها و در گوسفند بلوچی طول عمر و میزان زنده مانی سه قلوها کمتر از یک و دوقلوها بود. طول عمر و زنده مانی بره های نر کمتر از ماده ها بود. با افزایش وزن تولد طول عمر و زنده مانی کاهش و مرگ و میر افزایش یافت. وراثت پذیری مستقیم طول عمر و میزان زنده مانی بره ها در مدل های مختلف خطی در حد پایین (01/0 تا 04/0 در قره گل و 007/0 تا 07/0 در بلوچی) برآورد شد. وراثت پذیری مادری در قره گل صفر تا 028/0 و در بلوچی از صفر تا 03/0 بود. برآورد وراثت پذیری های پدری در مقیاس های لگاریتمی، اولیه و موثر حاصل شده از مدل پدری دارای تابع ویبول در مقایسه با برآوردهای مدل های مختلف خطی بیشتر بودند. بنابراین، تجزیه زنده مانی با استفاده از مدل های خطی و تابع ویبول منجر به برآورد یکسان برای اثرات ثابت و متفاوت برای اثرات تصادفی شد. وراثت پذیری صفت طول عمر تولیدی در هر دو گله 01/0 برآورد شد. در هر دو گله همبستگی های ژنتیکی معیارهای بقا با یکدیگر مثبت و بزرگ هستند. همبستگی ژنتیکی معیارهای بقا با مجموع صفات تولید مثلی مطلوب بود. متوسط صفات تولید مثلی با طول عمر تولیدی در قره گل همبستگی کوچک و منفی و در بلوچی همبستگی مثبت و متوسط داشت. بطور کلی می توان نتیجه گرفت که با بهبود صفات تولید مثلی، طول عمر تولیدی میش کاهش نخواهد یافت.

اهداف مطالعه حاضر عبارت بودند از: الف) تست فعالیت تال افکتورهای مصنوعی در سلول-های گاوی و استفاده از آن ها جهت افزایش بیان ژن ساکس2 ، ب) توسعه روشی جهت مهندسی تال افکتورهای واجد عملکرد در سلول های پستانداران و پ) بررسی اثر سینرژتیک چندین تال افکتور. در آزمایش اول از یک تال افکتور قبلاً به کار برده شده جهت افزایش بیان ژن ساکس 2 انسانی جهت افزایش بیان ژن ساکس2 گاوی استفاده شد. نتایج آنالیز کمی بیان ژن نشان داد که تال افکتورها در سلول های فیبروبلاست گاوی دارای عملکرد هستند و میزان بیان ژن ساکس2 گاوی در نتیجه عملکرد تال افکتور ذکر شده با موفقیت به بیش از سه برابر افزایش یافت. در آزمایش دوم روش golden-gate cloning که جهت ساخت تالن ها به فراوانی استفاده شده بود، جهت ساخت تال افکتورها با دامین فعال کننده بیان ژن (vp64) توسعه یافت. به این منظور یک پلاسمید انتهایی سازگار با این روش حاوی یک کاست nls-vp64-2a-egfp ساخته شد و با استفاده از آن چهار تال افکتور جدید جهت هدف گیری مناطق اطراف نقطه شروع نسخه برداری ژن ساکس2 ساخته شد. به منظور نشان دادن واجد عملکرد بودن تال افکتورهای ساخته شده در سلول های پستانداران، یک سیستم گزارشگر بر اساس پروتئین فلورسنت mcherry جهت تست فعالیت یکی از تال افکتورهای مهندسی شده در سلول های hek293 توسعه داده شد. سلول های ترانسفکت شده با پلاسمیدهای کد کننده تال افکتور و گزارشگر که هر دو پلاسمید را دریافت کرده بودند دارای سیگنال قوی تری از فلورسنت بودند که نشان دهنده واجد عملکرد بودن تال افکتور مهندسی شده در سلول های hek293 بود. در آزمایش سوم مناطق کد کننده چهار تال افکتور مهندسی شده برای هدف گیری ژن ساکس2 گاوی در یک ناقل رتروویروسی (pmxs) کلون شدند و با استفاده از ترانسفکشن همزمان با پلاسمید pvsv-g در سلول های hek293-gp2، رتروویروس های حاوی تال افکتورها تولید شد. برای هر یک از 15 ترکیب های ممکن از چهار تال افکتور ساخته شده سه تکرار در نظر گرفته شد. نتایج فلوسیتومتری نشان داد رتروویروس ها یک ابزار با کارایی بسیار بالا جهت انتقال ژن به سلول-های فیبروبلاست گاوی هستند (81-94 درصد). نتایج آنالیز کمی بیان ژن ساکس2 نشان داد با استفاده از ترکیبی از تال افکتورها می توان بیان ژن ساکس2 را به صورت سینرژتیکی تا بیش از 5 برابر افزایش داد. این مطالعه اولین گزارش از به کاربردن تال افکتورها به منظور افزایش بیان ژن ها در سلول های حیوانات مزرعه ای است. تال افکتورها با توجه به سهولت ساخت و دارا بودن کارایی مناسب می توانند کاربردهای بسیاری در حیطه های مختلف علوم طبیعی از جمله بیوتکنولوژی کشاورزی داشته باشند.

هدف از انجام این مطالعه شناسایی سویه های مختلف blv در استان خراسان رضوی بود. برای انجام این کار از 111 راس گاو شیری از 9 گاوداری درتعدادی از شهرستان های مختلف استان خونگیری شد. همچنین از 29 راس گاو مبتلا به سرطان غدد لنفاوی در کشتارگاه مشهد نمونه بافت تهیه گردید. علاوه بر این از 1 راس گاو نر مولد نمونه خون و اسپرم گرفته شد. جهت شناسایی عامل بیماری از واکنش زنجیره ای پلیمراز ) pcr ( استفاده که در نتیجه 22 راس از گاوهای خونگیری شده ) 22.1 %( و 22 راس از گاو های کشتار شده ) 91 %( آلوده به ویروس لوکوز بودند. اسپرم و خون گاو نر تست شده نیز آلوده به ویروس لوکوز بود. جهت شناسایی سویه های ویروس از تکنیک چند شکلی طول قطعه محدود ) rflp ( استفاده شد. از 22 نمونه خون آلوده به ویروس لوکوز، 12 نمونه ) 22.2 %( به سویه شماره یک و 11 نمونه ) 32.1 %( به سویه شماره چهار ویروس آلودگی داشتند. همچنین از 22 نمونه بافت آلوده، 22 )% نمونه ) 23 %( آلوده به سویه شماره یک، 2 نمونه ) 22.2 %( آلوده به سویه شماره چهار و 1 نمونه ) 1.3 آلوده به سویه شماره سه بودند. جهت تایید نتایج حاصل از rflp ، از هر سوی? شناسایی شده یک نمونه توالی یابی شد. با استفاده از داده های مربوط به توالی یابی آنالیزهای فیلوژنیکی انجام و درخت فیلوژنیکی رسم گردید. تا به امروز سوی? شماره 1 تنها سوی? شناخته شد? blv در ایران بوده و تاکنون هیچ گزارشی مبنی بر وجود سویه های شماره 1 و 3 ویروس لوکوز گاوی در کشور ارائه نشده است. با توجه به نتایج به دست آمده در این مطالعه مبنی بر اینکه بالاترین نرخ آلودگی به blv و بالاترین نرخ ایجاد سرطان غدد لنفاوی در گاو مربوط به سوی? شماره 1 است، می توان عنوان کرد که این سویه از ویروس لوکوز گاوی می تواند اصلی ترین عامل بروز بیماری لوکوز انزوتیک گاوی در استان خراسان رضوی باشد.

هدف از این مطالعه مهندسی و ساخت یک سری از فیوژن آنتی بادی های کاملاً انسانی بود. مهندسی و تعویض اسید آمینه های هدف ژن وحشی کد کننده توالی hp-rnase (k7a/n71a/n88a/r91d/e111/a) توسط روش site-directed mutagenesis pcr صورت گرفت. ژن های وحشی و مهندسی شده در باکتری اشرشیاکلی سویه ی bl21(d3) بیان گردیدند و خالص سازی با استفاده از سیستم کروماتوگرافی تمایلی علیه his-tag صورت گرفت. غلظت فیوژن پروتئین ها به ترتیب 4 و 3.2 گرم بر لیتر برای hp-rnase وحشی و مهندسی شده بود. اختصاصیت فرآورده های آنزیمی نوترکیب توسط آزمون های sds- page و وسترن بلات تائید شدند. نتایج اندازه گیری فعالیت هیدرولازی hp-rnase در حضور غلظت های مختلفی از ممانعت کننده های ریبونوکلئازی (ri) نشان داد که سویه مهندسی شده توانایی فرار از دست ممانعت کننده های ریبونوکلئازی را کسب نموده و 2.5 برابر بیشتر از سویه وحشی سوبسترای rnaی را هدف قرار می دهد. ازاینرو ما فیوژن پروتئینی را طراحی و بیان نمودیم که حاوی تعداد دو 4d5 scfv آنتی بادی ضد her2، یک ناحیه ثابت igg1 انسانی و تعداد دو hp-rnase مهندسی شده بود (scfv-fc-hpr). همچنین ساختار های متفاوتی از فیوژن آنتی بادی با استفاده از قرار دهی قطعات لینکر های برشی (هوشمند) و پپتید نفوذ پذیر طراحی شده در موقعیت های مختلف در تلاش برای بهبود استقرار hp-rnase در سیتوزول یا هسته و افزایش نرخ فرار آن از کیسه های اندوزومی پس از داخل شدن به واسطه رسپتور های سطح سلول ایجاد گردید. ساختار ژنی در لاین سلولی hek-293t به صورت موقتی بیان گردید. خالص سازی با استفاده از سیستم کروماتوگرافی تمایلی علیه his-tag صورت گرفت و غلظت فیوژن پروتئین ها به ترتیب 2.8، 2.9، 2.4 و 3.9 گرم بر لیتر برای ab. 1، ab. 2، ab. 3 و ab. 4 بود. اتصال فیوژن آنتی بادی ها به قسمت خارج سلولی آنتی ژن her2 به صورت موازی با استفاده از فلوسایتومتری در لاین های سلولی sk-br3 و mda-mb-468 بررسی شد. این نتایج نشان دادند که آنها دارای شدت فلورسانس قابل تشخیص بسیار قوی در لاین سلولی sk-br3 که her2 مثبت و فقدان فلورسانس قابل تشخیص در لاین سلولی mda-mb-468 که her2 منفی بودند. از اینرو افینیتی فیوژن آنتی بادی ها به her2-ecd بر اساس روش بیوسنسوری توسط دستگاه رباتیک octet red 96 اندازه گیری شد و با افینیتی آنتی بادی تراستوزوماب مقایسه گردیدند. نتایج نشان دادند که افینیتی فیوژن آنتی بادی ab. 1، ab. 2، ab. 3 وab. 4 به ترتیب 17، 18، 18.5 و 12 بود. نتایج آزمایشگاهی آزمون dose response cytotoxicity نشان دادند که فیوژن آنتی بادی های شماره 1 و 2 قادرند به طور معنی داری رشد سه لاین سلولی her2 مثبت و همچنین لاین سلولی مقاوم به هرسپتین را در مقایسه با تراستوزوماب مهار نمایند. بعلاوه اینکه آنها هیچ اثر قابل تشخیصی بر روی زنده مانی سه لاین سلول سرطانی her2 منفی از خود نشان ندادند. به طور کلی نتایج ما نشان دادند که اثر متقابل بین hp-rnase و ri را می توان با دستکاری اسید آمینه های درگیر در این برهمکنش مختل نمود. همچنین نتایج پژوهش حاضر نشان دادند که scfv-fc-hpr آنتی بادی های مهندسی شده می توانند امید بخش معرفی یک داروی جدید ضد سرطان کاملاً انسانی برای درمان سرطان پستان محسوب گردند.

تریپتوفان یک اسید آمینه آروماتیک ضروری است که کاربرد گسترده ای در زمینه های مختلف مثل مکمل های غذایی انسان و دام، مواد دارویی مثل داروهای خواب آور،آرام بخش یا محلول رینگر و مواد بهداشتی دارد. باکتری اشرشیاکلی میزبانی با استفاده گسترده که دارای زمینه ی ژنتیکی شفاف و معلوم ، ابزارهای مهندسی متابولیک مناسب و در دسترس و رشد سریع در محیط کشت ارزان است ، توجه زیادی را برای تولید تریپتوفان و دیگر ترکیبات آروماتیک به خود جلب کرده است. دراین پروژه با در نظر گرفتن عناصر تنظیم کننده نسخه برداری در ناحیه ی پروموتوری و نقش احتمالی این عناصر در افزایش بیان ،الگوهای جدیدی از اپرون تریپتوفان اشریشیا کلی با تمرکز بر یکی از مهمترین قسمتهای آن یعنی ناحیه ی پروموتور ارائه شد. بدین منظور از آنالیزهای بیوانفورماتیکی برای ارزیابی پروموتورهای ارائه شده از لحاظ خصوصیات ساختاری انحنا وانعطاف پذیری وخصوصیات ترمودینامیکی پایداری و انرژی انباشت و همچنین فاکتور ناپایداری ناشی از فشار داپلکس (sidd) استفاده شده و بر پایه ی این خصوصیات 10 هسته ی پروموتوری برتر و 5 ناحیه ی فرادست پروموتور جهت استفاده در پروسه های آزمایشگاهی پیشنهاد گردید.

بیماری تب برفکی اولین بیماری ویروسی شناخته شده در حیوانات است که با گذشت بیش از صد سال از شناخت آن، همچنان یکی از مهمترین خطراتی است که صنعت دامپروری دنیا را تهدید می نماید. یکی از مهمترین روش های شناسایی حیوان واکسینه شده از حیوان مبتلا به تب برفکی استفاده از پروتئین غیرساختاری 3abcبه عنوان آنتی ژن در کیت الایزا می باشد. از اینرو، ژن 3abc ویروس تب برفکی سروتایپ o با استفاده از واکنش زنجیره پلیمراز و پرایمرهای اختصاصی حاوی سایت های برشی bamhi و hindiii جداسازی شد. به منظور بررسی خصوصیات نوکلوتیدی، ژن تکثیر شده به ناقل ptz57r/t انتقال و حضور ژن هدف در ناقل کلونینگ ptz57r/t با استفاده از روش¬های کلونی pcr، هضم آنزیمی و توالی یابی تایید شد. به منظور تولید آنتی ژن نوترکیب، ژن هدف به وکتور بیانی pet21a (+) وارد و سپس به باکتری اشرشیاکلی bl21(de3) به عنوان میزبان بیان منتقل شد. باکتری حاوی وکتور نوترکیب با استفاده از iptg در غلظت نهایی5/1 میلی مولار القا شد. تولید پروتئین نوترکیب با استفاده از الکتروفورز پروتئین و وسترن بلاتینگ تایید شد. وزن مولکولی پروتئین تولید شده در حدود 50 کیلودالتون مشخص شد. نتایج آزمون الایزا نشان داد که آنتی ژن نوترکیب تولید شده به خوبی با آنتی بادی اختصاصی اتصال پیدا می کند و این آنتی ژن، پتانسیل مناسبی جهت استفاده در کیت تشخیصی الایزا برای شناسایی حیوانات اهلی آلوده از حیوانات واکسینه شده دارد.

چکیده میوستاتین کنترل کننده منفی رشد عضله است. جهش¬های طبیعی که در ژن کد کننده آن در طول تکامل نژادها رخ داده است، رابطه معنی¬داری را با حجم و رشد عضله نشان می¬دهند. این جهش¬ها به دو صورت، تخریب ژن میوستاتین و یا کاهش سطح رونوشت آن، موجب ایجاد فنوتیپ "عضله مضاعف" در برخی نژادهای گاو، گوسفند و سگ می¬شوند. این یافته¬ها این فرضیه را تقویت می¬کنند که با استفاده از تکنیک¬های زیست فن¬آوری برای تخریب ژن میوستاتین، می¬توان فنوتیپ عضله مضاعف را دیگر نژادهای حیوانات مزرعه¬ای و از جمله نژادهای بومی کشور ایجاد نمود. اهداف اصلی این مطالعه عبارت بودند از: الف) توسعه روشی برای مهندسی تالن¬ها ب) ساخت یک جفت تالن برای تخریب ژن میوستاتین در گوسفند، گاو و بز و ج) تست فعالیت تالن¬های ساخته شده در سلول¬های بنیادی جنینی موشی. به این منظور روش golden-gate cloning برای ساخت تالن¬ها با اعمال تغییراتی در پروتکل آن بهینه¬سازی شد. همچنین دو ناقل پلاسمیدی جدید حاوی رنگ¬های فلورسنت mcherry و egfp جهت کلون نمودن منطقه کد کننده تالن¬ها ساخته شدند. با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک منطقه¬ای در اگزون دوم ژن میوستاتین برای هدف¬گیری بوسیله تالن¬ها انتخاب گردید. این ناحیه در گوسفند، بز، گاو، خوک و موش کاملاً یکسان بود. سه جفت تالن در پلاسمیدهای متفاوت جهت هدف¬گیری این منطقه خریداری و یا بوسیله روش مذکور ساخته شد. فعالیت تالن¬هایی که برای هدف¬گیری این منطقه طراحی و ساخته شده بودند در سلول¬های بنیادی جنینی موشی مورد بررسی قرار گرفت. کلونی¬های سلولی بوسیله تکنیک high resoloution melting (hrm) جهت تشخیص جهش¬های القا شده بوسیله تالن¬ها در منطقه هدف غربالگری شدند. نتایج نشان دادند که تالن¬های مهندسی شده برای هدف¬گیری اگزون دوم میوستاتین قابلیت القای موتاسیون با کارایی بین 5 الی 35 درصدی را دارا هستند. جهت تایید این نتایج، سه کلونی که بوسیله hrm جهش یافته تشخیص داده شده بودند برای منطقه هدف توالی¬یابی شدند. به این وسیله، سه آلل حاوی جهش که هر کدام به ترتیب حاوی 7، 11 و 22 جفت باز حذف شده در منطقه هدف بودند شناسایی شدند. نتایج این مطالعه قابل تعمیم به دیگر نژادها هم هستند و لذا کارایی بالای تالن¬ها این امکان را فراهم می¬آورد تا محدودیت¬های تکنیکی برای تولید حیوانات تراریخت مزرعه¬ای به نحو بسیار چشمگیری کاهش یابد. کلیدواژه¬ها: میوستاتین، تالن، جهش زایی، هدف¬گیری ژن¬ها.

هدف از این تحقیق، تعیین برنامه اصلاحی مناسب برای گاوهای هلشتاین ایران با استفاده از شبیه سازی تصادفی بود. شبیه سازی با استفاده از مولفه های (کو) واریانس بدست آمده توسط روش بیزین از طریق نمونه گیری گیبس انجام گرفت. میانگین پسین وراثت پذیری برای صفات تولید شیر، چربی و پروتئین، سن در اولین گوساله زایی، فاصله گوساله زایی و نمره سلول های بدنی به ترتیب 0001/0 ±26/0، 0001/ 0±21/0، 0002/0 ±21/0، 0001/0 ±27/0، 0001/0 ±07/0 و 0001/0 ±06/0 بود. همبستگی های ژنتیکی برآورد شده پیشنهاد می کنند که در صورت افزایش صفات تولید شیر در اهداف انتخابی، فاصله گوساله زایی می تواند تحت تاثیر قرار بگیرد. روند ژنتیکی بدست آمده برای صفات نشان دهنده بازده پایین برنامه اصلاحی اجرا شده در سالهای اخیر است. با استفاده از شبیه سازی تصادفی، دو سطح اهداف اصلاحی (محدود و وسیع)، سه سطح اندازه گله (100، 200 و 400 راسی)، دو سطح نوع اسپرم (معمولی، تعیین جنس شده)، چهار سطح هم پوشانی نسل (کم، متوسط 1و 2 و زیاد)، دو سطح نوع آمیزش (تصادفی و حداقل هم تباری)، دو سطح شدت انتخاب برای چهار مسیر انتخابی (بالا و پایین) با و بدون استفاده از انتقال جنین برای مادر نرها باهم ترکیب شده و در کل 384 راهبرد مورد مقایسه قرار گرفت. تعداد 5000 راس گاو ماده ثبت شده برای 6 صفت برای 30 سال شبیه سازی شد. تغییرات ژنتیکی کل، هم خونی، فاصله نسلی، تغییرات ژنتیکی صفات، شدت و صحت انتخاب برای میانگین تمامی راهبردها مورد بررسی قرار گرفت. نتایج این تحقیق پیشنهاد می کند که در برنامه های اصلاح نژادی استفاده از، اندازه بزرگ گله، هم پوشانی نسلی کم، آمیزش براساس حداقل هم تباری، استفاده از انتقال جنین و اسپرم تعیین جنس شده (درصد پایین) مناسب می تواند موثر باشد.

منابع پروتئینی در تغذیه انسان نقش مهمی دارند. شیر شتر یکی از منابع پروتئینی غنی به شمار می آید. ? –لاکت آلبومین یکی از پروتئین های مهم آب پنیر شیر شتر می باشد . نواحی کد کننده ، نواحی هستند که در بیان ژن اهمیت ویژه ای دارند . به این دلیل هدف از این تحقیق بررسی ساختار ناحیه تنظیمی ژن ?–لاکت آلبومین به طول حدود 1020 نوکلئوتید می باشد که احتمالاً در 2 گونه شتر تک کوهانه و 2 کوهانه ایران به مقدار زیادی مشابه می باشد. 10 نمونه خون از شتر تک کوهانه و 5 نمونه خون از شتر 2 کوهانه جمع آوری شد. ناحیه مورد نظر با استفاده از آغازگر های اختصاصی تکثیر و توالی یابی شد. پس از تجزیه و تحلیل به دست آمده ، 5 هاپلوتایپ در نژاد های تک کوهانه و 3 هاپلوتایپ در نژاد های 2 کوهانه مشاهده گردید. همچنین 7 ناحیه تنظیمی در نژاد تک کوهانه و 7 ناحیه تنظیمی در نژاد دو کوهانه مشاهده شد.

منابع پروتئینی در تغذیه انسان نقش مهمی دارند. شیر شتر یکی از منابع پروتئینی غنی به شمار می آید. لاکتوفورین یکی از پروتئین های مهم آب پنیر شیر شتر می باشد . نواحی غیر کد کننده ، نواحی هستند که در بیان ژن اهمیت ویژه ای دارند . به این دلیل هدف از این تحقیق بررسی ساختار ناحیه تنظیمی ژن لاکتوفورین به طول حدود 790 نوکلئوتید می باشد که احتمالاً در 2 گونه شتر تک کوهانه و دو کوهانه ایران می باشد. 10 نمونه خون از شتر تک کوهانه و 5 نمونه خون از شتر دو کوهانه جمع آوری شد. ناحیه مورد نظر با استفاده از آغازگر های اختصاصی تکثیر و توالی یابی شد. پس از تجزیه و تحلیل به دست آمده ، 4 هاپلوتایپ در نژاد های تک کوهانه و3 هاپلوتایپ در نژاد های 2 کوهانه مشاهده گردید. همچنین 12و 10 موتیف به ترتیب در شتر های تک کوهانه و دو کوهانه مشاهده شد .

اهداف این رساله، بررسی میزان خطای امپیوت و تاثیر آن بر قابلیت اعتماد ارزش اصلاحی ژنومی برآورد شده (gebv) حیوانات جمعیت آزمون، زمانی که ژنوتیپ های 6000 نشانگر snp به الگوی 50000 نشانگر با استفاده از نرم افزار fimpute امپیوت می شوند و همچنین بررسی تاثیر توسعه جمعیت مرجع بوسیله تعداد متفاوت ماده-ها با الگوهای تراکم نشانگری مختلف در جمعیت شبیه سازی شده یک نژاد کوچک گاو شیری (جرسی) بر قابلیت اعتماد gebv بود. بر اساس جمعیت گاوهای جرسی دانمارک، جمعیتی از گاوهای شیری در ده تکرار، برای صفات تولیدی و عملکردی، شبیه سازی شد که هر تکرار شامل 20 سال رکوردبرداری از حیوانات موجود در هر تکرار بود. سالانه 60 گاو نر آزمون نتاج شده به هر تکرار (گله) افزوده گردید. تمام 900 راس گاو نر آزمون نتاج شده موجود در نسل یک تا هفده جمعیت با الگوی نشانگری k50 در تمام سناریوها در جمعیت مرجع استفاده شدند. حیوانات نسل های 18 تا 20 نیز به عنوان حیوانات جمعیت آزمون (3000 راس) انتخاب شدند. برای قرابت هرچه بیشتر به جمعیت آزمون، انتخاب ماده ها از نسل های 15 تا 17 صورت گرفت. سناریو انتخاب ماده ها و افزودن آنها به جمعیت مرجع به صورت 1000، 2000، 4000 و 8000 ماده k50 و 2000، 4000، 8000 و 16000 ماده امپیوت شده بود. در سناریو دیگری علاوه بر ماده های مرجع، حیوانات جمعیت آزمون هم به k50 امپیوت شدند. دقت امپیوت نشانگرهای ماده ها از k6 به k50 زمانی که 900 گاو نر به عنوان جمعیت معرف بودند با افزایش تعداد ماده ها، از 04/98 به 70/98 درصد افزایش یافت. کمترین دقت امپیوت به دست آمده برای جمعیت آزمون بود (9377/0) زمانی که جمعیت معرف تنها از 900 راس گاو نر k50 تشکیل شده بود و با افزایش ماده ها هم به جمعیت معرف و هم به جمعیت هدف، دقت امپیوت به ترتیب به 04/97 و 81/97 درصد افزایش یافت. نتایج نشان می دهد در تمام سناریوها، صرف نظر از صفت مورد مطالعه و تراکم نشانگرها اعم از k50 و امپیوت شده، با افزودن ماده ها به جمعیت مرجع، قابلیت اعتماد ارزش اصلاحی ژنومی حیوانات جمعیت آزمون افزایش می یابد و هرچه حیوانات جمعیت آزمون از جمعیت مرجع دورتر باشند، ارزش اصلاحی برآورد شده آنها از دقت و قابلیت اعتماد کمتری برخوردار خواهد بود. کمترین قابلیت اعتمادgebv زمانی که جمعیت مرجع تنها از نرها تشکیل شده بود به دست آمد و با افزودن 1000 ماده k50، gebv جمیت آزمون برای صفات تولیدی و عملکردی به ترتیب 13 و 11 درصد افزایش یافت. بالاترین میزان قابلیت اعتماد gebv برای صفات تولیدی و عملکردی به ترتیب 687/0 و 456/0 به دست آمد. این قابلیت اعتماد زمانی که حیوانات آزمون نیز امپیوت شده باشند تنها با اختلاف جزئی یک درصد به ترتیب 680/0 و 453/0 کاهش می یابند. بیشترین اختلاف قابلیت اعتماد متوسط سه نسل جمعیت آزمون زمانی حاصل می شود که برای صفات تولیدی به جای انتخاب 2000 ماده k50، 4000 راس گاو ماده امپیوت شده را به جمعیت مرجع افزود. با افزودن این تعداد، قابلیت اعتماد ارزش اصلاحی ژنومی 4/15 درصد (423/0 در برابر 500/0) افزایش خواهد یافت و برای صفات عملکردی بیشترین اختلاف قابلیت اعتماد متوسط سه نسل 5/17 درصد بود زمانی که قابلیت اعتماد gebv 8000 ماده k50، 349/0 و قابلیت اعتماد gebv 16000 ماده امپیوت شده 423/0 به دست آمد.

تکوین پیش از لانه گزینی در پستانداران با فیوژن هسته اسپرم و تخمک آغاز می گردد و در ادامه منجر به پدید آمدن ساختار پیچیده ای همچون بلاستوسیست می شود. در روند تکوین اولیه جنین دو رخداد تمایزی مهم حادث می شود که در اولین رخداد تمایزی جنین اولیه به تروفواکتودرم و توده سلولی داخلی تفکیک می شود. دومین مرحله تمایز که در حدود مرحله بلاستوسییستی رخ می دهد توده سلولی داخلی به اپی بلاست و اندودرم اولیه تمایز می یابد. دوفاز تمایزی از اینرو دارای اهمیت است که دو تیپ سلول های بنیادی پایدار و پرتوان بکر موشی و اولیه انسانی به ترتیب از توده سلولی داخلی و اپی بلاست بدست آمده. در تمایز یا تفکیک لایه های جنینی مسیر های تمایزی و نیز فاکتور های رونویسی مهمی نقش بازی می کنند که بیان یا عدم بیان هر یک در سرنوشت لایه ها دارای نقش تنظیمی کلیدی بازی می کند و در تعیین پرتوانی یا تمایز دخیل است. تاکنون به دلیل عدم شناخت دقیق از مارکر های پرتوانی قابل اعتماد و نیز الگو ی بیان آنها در مراحل مختلف تکوین، سلول های بنیادی قابل اعتمادی از گونه هایی همچون بز و گاو و گوسفند بدست نیامده است. بیان مارکر های پرتوانی و اختصاصی لایه ها و همچنین ژن های مسیر های پیام رسانی دخیل در مراحل تکوین نشان داد که، بیان ژنهای پرتوانی در مرحله 16-8 سلولی دارای بیشترین بیان بودند و این فرض را تقویت نمود که اولین مرحله اساسی تکوین در این مرحله رخ می دهد. با بررسی بیان ژن هایی oct4, cdx2 و gata4 این احتمال مطرح گردید که بر خلاف گونه موشی و انسانی دومین فاز تکوین در این گونه احتمالا در مرحله بلاستوسیست روز 14 رخ می دهد. در پی آیند برای برآورد تاثیر هر یک از مسیر های تکوینی بر پرتوانی سلول های جنینی هر یک از مسیر های پیام رسانی به واسطه ریزمولکول هایی مهار شدند که نتایج بدست آمده نشان داد که نتایج آزمایشات نشان داد که به کار بردن مهار کننده های pd0325901 برای مسیر mapk/erk و chir99021 برای مهار gsk3 از مسیر wnt سبب تغییر بیان مارکر-های پرتوانی و اختصاصی لایه ها می گردد. از منظر سلول های بنیادی و پرتوانی جنین های بزی بخواهیم بنگریم باید خاطر نشان کرد که مهار مسیر tgf-? هیچ کمکی به افزایش پرتوانی سلول یا تکثر سلول-های پرتوان نکرده و تا حدودی منجر به افزایش بیان مارکر های تمایزی چون cdx2 و gata4 نیز گردیده است. به دیگر سخن چنین می توان گفت که مهار مسیر وابسته به smad2,3 تا حدودی باعث ازدیاد میل به تمایز در سلول های جنینی گردیده است, و احتمالا در گونه بزی smad2,3 در سرکوب تمایز نقش دارند.

آلفا کازئین1s یکی از چهار پروتئین کازئین موجود در شیر شتر است. بخش عمده ای از پروتئین شیر شتر توسط کازئین های¬ sکه از ترکیب آلفا کازئین¬1s و آلفا کازئین¬2s می باشد تشکیل شده است. کازئین ها در رسوب و اسیدی شدن شیر نقش دارند، در نتیجه جزء پروتئین های نامحلول شیر به حساب می آیند. تحقیقات نشان می دهد که سطوح پایین آلفا کازئین¬1s در شیر، با کاهش حساسیت به شیر برای برخی افراد در ارتباط است. هدف از انجام این مطالعه تعیین توالی و آنالیزهای بیوانفورماتیکی بخشی از ناحیه کد کننده و غیر کد کننده ژن آلفا کازئین1¬s و همچنین بررسی تفاوت های تک نوکلئوتیدی (snps) ممکن این توالی ژن در دوگونه شتر تک کوهانه و دو کوهانه ایران بود. تعداد 10 عدد نمونه خون شتر نر و ماده تک کوهانه از کشتارگاهی در شهر مشهد واقع در جاده فریمان روستای تپه سلام مشهد و همچنین تعداد 5 عدد نمونه خون شتر های نر و ماده دو کوهانه از ایستگاه تحقیقات منابع طبیعی و امور دام استان اردبیل واقع در روستای جهاد آباد مشکین شهر تهیه گردید. پس از عمل استخراج dna واکنش¬ pcr برای هریک از نمونه ها توسط پرایمرهای اختصاصی انجام شد و عمل توالی یابی با استفاده از محصولات pcr انجام شد. توالی های مورد توافق با استفاده از نرم افزار clc main workbench 5برای هریک از شترهای تک کوهانه و دوکوهانه بدست آمد. با استفاده از همین توالی های مورد توافق، بررسی ترکیب نوکلئوتیدی، بررسی های فیلوژنتیکی و سایر آنالیز های بیو انفورماتیکی انجام شد. بر اساس مقایسه توالی های بدست آمده در این مطالعه با توالی ثبت شده در پایگاه اطلاعاتی ncbi که طول قطعه ی اولیه ی بررسی شده در این مطالعه شامل ناحیه ی ژنی ( اگزون3 - اگزون 7) ژن آلفا کازئین1 sمی باشد، مشخص شد که بیشترین شباهت، مربوط به شتر تک کوهانه بود. از توالی یابی نمونه های گرفته شده تعدادی تفاوت تک نوکلئوتیدی در این ژن شناسایی شد. بررسی ها در این مطالعه نشان داد که در مجموع 4 هاپلوتایپ حاصله از شتر های تک کوهان ناشی از وجود 4 جایگاه چند شکلی بوده است. و با بررسی توالی شترهای دوکوهانه یک چندشکلی را در این مطالعه نشان داد، که 2 هاپلوتیپ حاصله از شتر های دو کوهانه ناشی از جهش g / t در موقعیت 500 این قطعه می باشد. همچنین مقایسه توالی های مورد توافق شتر تک کوهانه و دو کوهانه 7 اختلاف تک نوکلئوتیدی را بین این دو گونه مشخص کرد.

ریزرِنا ها توالی های کوتاه رِنا با طولی حدود 22 نوکلئوتید می باشند، که با اتصال به نواحی خاصی از رِناپ ، منجر به کاهش بیان آنها در مرحله پس از نسخه برداری می شوند. این عوامل در غالب مسیرهای بیولوژیکی نقش ایفا می کنند و از بزرگترین کلاسهای تعدیل کننده بیان ژن در حیوانات محسوب می شوند. چالش اصلی در مطالعه و کاربرد ریزرِناها، شناسایی ژنهایی است که بوسیله هر ریزرِنا تنظیم می شوند. در این حوزه ابزارهای محاسباتی مهمترین نقش را بر عهده دارند، اما سرعت رشد بالا و افزایش پیچیدگی داده های بیولوژیکی موجب شده است که مشکلات اساسی در زمینه دقت و قدرت تعمیم دهی این روش ها وجود داشته باشد. هدف از انجام این پژوهش ارائه مدلی جامع، دقیق و با قابلیت تعمیم دهی بالا، به منظور پیش بینی جایگاه های هدف کارکردی ریزرِناها بر اساس شواهد دقیق آزمایشگاهی، الگوریتم تکاملی و روش های بهینه سازی و محاسباتی هوشمند بود. بدین منظور داده های تایید شده آزمایشگاهی از منابع مربوطه جمع آوری، پالایش و تصحیح شدند و به کمک روش های مبتنی بر شناسایی بیان اختصاصی ژنها و الگوریتم ژنتیک اقدام به تکمیل سازی آنها شد. در مرحله بعد، ویژگی های مهم جایگاه های هدف طراحی و محاسبه شده و پس از مهندسی ویژگی، خصیصه های کلیدی انتخاب شدند. برای پیاده سازی مدلِ پیش بینی کننده، از انواع روش های یادگیری ماشینی مبتنی بر شبکه های عصبی مصنوعی و ماشین های بردار پشتیبان استفاده شد و ارزیابی مدلها در دو سطح داده های اصلی و داده های مستقل صورت پذیرفت. در نهایت، مدل منتخب در سطح داده های پروتئومیکس نیز ارزیابی و با دیگر روش های موجود مقایسه شد. نتایج نشان داد که روش پوششی rsfs با 48 و روش رتبه بندی sd با 50 خصیصه انتخابی بهترین کارایی را در انتخاب ویژگی ها دارند و ویژگی هایی نظیر حداقل انرژی آزاد کل داپلکس، حفاظت شدگی ژنتیکی و ماهیت نوکلئوتیدی در موقعیت های خاص جایگاه هدف، طول و ترکیب 3’utr، قابلیت دسترسی و مجاورت جایگاه با موتیف های ares، بیش نمایش آماری آن و طول بلندترین ساختار پیوسته مهمترین ویژگی ها در شناسایی جایگاه های هدف کارکردی می باشند. مدل های مبتنی بر ماشین های بردار پشتیبانِ بهینه سازی شده، با هسته تابع شعاعی پایه و الگوریتم یادگیری حداقل مربعات یا برنامه ریزی درجه دو، با دقت 99 درصد بر حسب هر دو معیار صحت و ضریب همبستگی متیو، بهترین عملکرد را در پیش بین جایگاه های هدف داشتند. ارزیابی با داده های مستقل نیز نشان داد که شبکه عصبی تشخیص الگو، دارای 16 نرون در لایه میانی، با دقت 86 و 75 درصد به ترتیب بر اساس معیار صحت و ضریب همبستگی متیو، بالاترین توان را در تعمیم دهی نتایج دارد. به طور کلی بهترین مدل از هر دو جنبه دقت و توان تعمیم دهی، ماشین بردار پشتیبان با هسته چندجمله ای درجه 3 و الگوریتم یادگیری بهینه سازی حداقلی پی در پی بود. ارزیابی این مدل به کمک داده های پروتئومیکس و مقایسه با دیگر روش های موجود نشان داد که مدل پیشنهادی در این مطالعه حداقل 7/0 درصد از لحاظ دقت و 5/11 درصد از لحاظ حساسیت، عملکرد بالاتری نسبت به بهترین روش موجود دارد.

هدف از انجام این تحقیق بررسی وضعیت موجود، تهیه برنامه حفاظت و تعیین هدف اصلاحی برای جمعیت بز مرخز بود. بررسی پراکنش، فراسنجه های زیستی، تهدیدها و مخاطره های جمعیتی، جغرافیایی و ژنتیکی جمعیت بز مرخز در زیستگاه آن به منظور بررسی وضعیت موجود صورت گرفت. دینامیک گذشته وآینده جمعیت با تداوم شرایط موجود و تحت سناریوهای مختلف مدیریتی نیز جهت تهیه اطلاعات مورد نیاز برنامه حفاظت شبیه سازی شدند. در یک دوره تولیدمثلی نیز تعدادی گله جهت جمع آوری اطلاعات دقیق از سیستم پرورش تحت پوشش و بررسی دوره ای قرار گرفتند. داده های جمع آوری شده جهت برآورد ضرایب اقتصادی، وزن اقتصادی و اهمیت نسبی صفات و تعیین هدف اصلاحی مورد استفاده قرار گرفتند.

کاپا کازئین یک پروتئین گلیکوزیله متعلق به خانواده فسفولیپیدها ) (αs1 ,αs2 ,β ,κ می باشد که نقش اصلی در ترکیب پروتئین های شیر را بازی می کند. کاپاکازئین همچنین در پایداری میسیلهای کازئین، اندازه و عملکرد اختصاصی آنها دارای اصلی ترین نقش در بین پروتئین های شیر می باشد. این تحقیق به منظور بررسی ژنتیکی و فیلوژنتیکی توالی نوکلئوتیدی ناحیه غیر کد کننده ژن کاپا کازئین به طول حدود 1200 نوکلئوتید قبل از شروع کدون آغاز در دو گونه شتر تک کوهانه و دو کوهانه ایران انجام گرفت. نمونه خون از 10 نفر شتر تک کوهانه از کشتارگاه مشهد و تعداد 5 نمونه خون شتر دو کوهانه از مرکز اصلاح نژاد شهر مشکین شهر استان اردبیل جمع آوری شد. ناحیه ی مورد نظر با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر و توالی یابی شد. پس از تجزیه و تحلیل های بدست آمده، 3 هاپلوتایپ در نژادهای تک کوهانه و 4 هاپلوتایپ در نژادهای دو کوهانه مشاهده گردید. درخت فیلوژنتیکی با استفاده از روش neighbor-joining به روش هم ترازی توالی تعیین توالی شده با توالی های مشابه ثبت شده در بانک ژنی ترسیم شد. نتایج فیلوژنی مشخص کرد که گونه شتر در میانه گونه هایی که توالی آنها در بانک ژنی ثبت شده بودند بیشترین شباهت را با نژاد bos taurus از خانواده bovidae دارا می باشد.

سالمونلا یک باکتری گرم منفی، بی هوازی اختیاری و تاژکدار است که در جنس سالمونلا و در خانواده انتروباکتریاسه قرار دارد که یکی از بیماریهای مهم عفونی و به عنوان یک بیماری مشترک در انسان و حیوانات شناخته شده است. در سالهای اخیر، انواع مختلفی از آنتی بیوتیک ها برای مقابله با سالمونلا استفاده شده است که با افزایش تعداد باکترهای مقاوم به آنتی بیوتیک، استفاده از روش های جایگزین ضروری به نظر می رسد. هدف از انجام این مطالعه تولید پروتئین نوترکیب invg به منظور استفاده از آن در ایجاد ایمنی بر علیه باکتری سالمونلا بود، این پروتئین یکی از عوامل آنتی ژنیک اصلی برای ایجاد بیماری سالمونلازیس است. این ویژگی invg ثابت می کند که استفاده از این ژن به عنوان یک زیر واحد برای تولید پروتئین نوترکیب جهت تحریک سیستم ایمنی مناسب می باشد. ژن invg از سالمونلا انتریکا با استفاده از واکنش زنجیره پلیمراز و آغازگرهای اختصاصی حاوی مکان های برشی bamhi و xhoi تکثیر و جداسازی شد. به منظور بررسی خصوصیات نوکلئوتیدی، ژن تکثیر شده به ناقل کلونینگ ptz57r/t انتقال و حضور ژن هدف در این ناقل با استفاده از روش های کلونی pcr، هضم آنزیمی و توالی یابی تایید شد. به منظور تولید آنتی ژن نوترکیب، ژن هدف به ناقل بیانی (+)pet32a وارد و سپس به باکتری اشریشیاکلی سویه (bl21(de3 به عنوان میزبان بیان منتقل شد. باکتری حاوی ناقل نوترکیب با استفاده از iptg در غلظت نهایی5/1 میلی مولار القاء شد. تولید پروتئین نوترکیب با وزن تقریبی 81 کیلو دالتون به روش آنالیز sds-page و وسترن بلاتینگ تایید شد. نتایج الایزا نشان داد که مرغ های ایمن شده با آنتی ژن invg واکنش ایمنی قابل توجهی به آن نشان دادن و سطح بالایی از igy اختصاصی علیه آن تولید کردند. در نهایت، نتایج نشان دهنده موفقیت تولید آنتی ژن نوترکیب و ایجاد مقدار مناسب آنتی بادی اختصاصی علیه این آنتی ژن در تخم مرغ مرغ های تخمگذار بود. کلید واژه ها: ایمونوگلوبینy، ایمنی زایی، پروتئین نوترکیب، ژن invg ، سالمونلا

علاقه به تولید آنزیم فیتاز در حقیقت به جهت افزایش دسترسی فسفر و دیگر مواد معدنی در جیره پرندگان و تک معده ای ها و کاهش آلودگی محیطی می باشد. جدایه از قارچ آسپرژیلوس نایجر که بزرگترین هاله را بر روی محیط کشت همراه با سوبسترای اختصاصی داشت، به عنوان سویه اصلی جهت جداسازی ژن فیتاز و کلونینگ آن در حامل ptz57 r/t در نظر گرفته شد. واکنش زنجیره ای پلیمراز برای تکثیر قطعه 1347 جفت بازی ژن phya انجام و با موفقیت به حامل کلونینگ منتقل شد. بررسی ویژگی های نوکلوتیدی ژن phya جدا شده در این پژوهش نشان داد که قابلیت مناسبی جهت بیان نوترکیب در میزبان بیانی پیشیاپاستوریس دارد.

مدل سازی متابولیسم تولید شیر مبتنی بر بازسازی شبکه متابولیکی بافت غده پستانی گاو، می تواند منجر به دیدگاه سیستمی به این فرآیند پیچیده و درک بهتر آن گردد. این بازسازی با استفاده از اطلاعات ژنومی قابل دسترس گاو امکان پذیر است. در این پژوهش، اطلاعات مورد نیاز، از پایگاه های داده ncbi ، uniprot، kegg و brenda جمع آوری و مورد استفاده قرار گرفتند. . نتایج آنالیزهای انجام شده در این تحقیق می تواند برای مدلینگ و شبیه سازی سیستم بیولوژیکی بافت غده پستانی گاو برای طراحی فنوتیپ مطلوب برای افزایش کمیت و کیفیت شیر در گاو بکار رود. در نهایت، این پژوهش به بهبود درک تولید شیر با نگاه شبکه ای کمک کرده و تلفیق آن با نتایج آنالیز داده های اومیکس در سایر سطوح برای این بافت، یک دیدگاه جامع و سیستمیک از عمکرد این بافت برای تولید شیر ارائه می دهد که می تواند قدم مفیدی در ارائه استراتژی پرورش واصلاح نژاد گاو داشته باشد.

میکروب های موجود در اکوسیستم میکروبی شکمبه نشخوارکنندگان که کنسرسیوم پیچیده ای از گروه های مختلف میکروبی را تشکیل می دهند، به عنوان دستگاه های متابولیک انجام وظیفه می کنند. این میکروب ها نقش مهمی را در سلامت و عملکرد حیوان ایفا می کنند. کارایی نشخوارکنندگان در استفاده از خوراک های مختلف به علت وجود اکوسیستم به شدت متنوع میکروبی شکمبه می باشد. یکی از مهمترین اختلالات متابولیکی که در نشخوارکنندگان در اثر بر هم خوردن توازن میکروبی و همچنین روابط متقابل میان آنها رخ می دهد اسیدوز شکمبه ای می باشد. این اختلال در اثر تولید بیش از حد اسید لاکتیک در محیط شکمبه پدید می آید و سالانه خسارات فراوانی را بر دامداری های صنعتی سراسر جهان وارد می کند. امروزه علم بیوانفورماتیک جایگاه خاصی را در تمام شاخه های علوم زیستی به خود اختصاص داده و علوم دامی نیز از آن مستثنی نبوده است. در طی سال های اخیر، شبکه متابولیکی شمار زیادی از ارگانیسم های مختلف ساخته شده است، اما مطالعات مرتبط با شبکه های متابولیک میکروب های شکمبه کمتر انجام شده است. شمار ارگانیسم هایی که برای آنها شبکه متابولیکی بازسازی شده است به طور موازی با توالی یابی کامل ژنومی افزایش پیدا کرده است. شبکه های متابولیکی بازسازی شده به یک ابزار ضروری برای مطالعه سیستم بیولوژی متابولیسم تبدیل شده اند. مدل های متابولیکی مبتنی بر ژنوم یک بستر قدرتمندی را برای معنا نمودن اطلاعات ژنومی به بینش عمیق زیستی فراهم می کنند. در پژوهش حاضر به عنوان یکی از اولین مطالعات سیستم بیولوژی شکمبه، مدل های متابولیکی مبتنی بر ژنوم دو گونه باکتریایی استرپتوکوکوس بویس و مگاسفرا السدنی ساخته شدند. در محیط شکمبه یک رابطه متقابل میان این دو باکتری وجود دارد، به طوری که استرپتوکوکوس بویس اسید لاکتیک را تولید می کند و مگاسفرا السدنی آن را مصرف می کند. در گام اول، توالی کامل ژنومی هر دو گونه باکتریایی که از قبل توالی یابی شده بودند و در پایگاه داده img نگهداری می شوند مورد استفاده قرار گرفتند. در این تحقیق، ساخت شبکه متابولیک اولیه از روی اطلاعات انوتیشن ژنومی باکتری ها با استفاده از زبان برنامه نویسی متلب و جعبه ابزار raven صورت گرفت. سپس شبکه های اولیه تصحیح و بهبودبخشی شدند و شکاف های مدل در طی یک فرآیند زمانبر پر گردید. آنالیز موازنه شار بر روی هر یک از مدل ها انجام شد و کیفیت ساخت مدل ها ارزیابی گردید. علاوه بر این از آنالیزهای تغییرپذیری شار، حسایت و توپولوژی برای مطالعه مدل ها با اهداف خاص استفاده شد. نتایج بدست آمده نشان داد که مدل باکتری استرپتوکوکوس بویس (istr472) 694 واکنش، 626 متابولیت و 472 ژن را شامل گردید. همچنین مدل متابولیکی باکتری مگاسفرا السدنی (imeg618) 851 واکنش، 787 متابولیت و 618 ژن را شامل گردید. مدل ها با اطلاعات درون تنی و آزمایشگاهی اعتبارسنجی شدند و توانایی پیش بینی بالقوه آنها برای رفتارهای متابولیکی مورد ارزیابی قرار گرفت. همچنین در این پژوهش روابط متقابل باکتری های تحت مطالعه در تولید و مصرف اسید لاکتیک با استفاده از دو روش مدل سازی اجتماعی (روش آنالیز موازنه شار و optcom) شبیه سازی شدند و مقایسه گردیدند. مقایسه دو روش نشان داد که میان روش ها تفاوت معنی داری وجود ندارد و بهتر است که برای مدل های ساده روابط میکروبی از آنالیز موازنه شار استفاده گردد. در نهایت، کنسرسیوم دو مدل متابولیکی مبتنی بر ژنوم برای پیش بینی مصرف لاکتات تولیدی توسط مگاسفرا السدنی که نقش مهمی را در کنترل اختلال متابولیکی اسیدوز ایفا می کند به کار برده شد. روی هم رفته، مدل های ساخته شده ارگانیسم ها مدل های پیش بینی کننده ای بوده که قادرند بینشی را درباره تولید و مصرف لاکتات میکروبی در شکمبه ایجاد کرده و پیش بینی هایی را نیز از رفتار فیزیولوژیکی ارگانیسم ها ارائه کنند. همچنین از این مدل ها می توان به عنوان ابزاری برای درک بهتر متابولیسم و مهندسی متابولیک باکتری های تحت مطالعه به منظور تولید کمتر لاکتات یا مصرف بیشتر آن در محیط شکمبه بهره برد. در فاز دوم تحقیقاتی، یک سیستم تلفیقی از gis و آنتولوژی برای مدیریت اطلاعات متابولیکی و ژنومی باکتری های مذکور طراحی گردید. سیستم پیشنهادی از توانایی بالایی برای نمایش، مدیریت، استفاده مجدد، به اشتراک گذاری و کوئری نمودن اطلاعات متابولیکی و ژنومی برخوردار است. اطلاعات مدل های ساخته شده در سامانه ابداعی به منظور ارزیابی عملکرد سیستم ثبت گردیدند و عملکرد سیستم با موفقیت آزمون شد. از ویژگی های منحصر به فرد سیستم پیشنهادی می توان به گسترش پذیری آن برای مدیریت اطلاعات متابولیکی و ژنومی سایر میکروب ها نیز اشاره کرد.

جمعیت شترهای تک کوهانه و دوکوهانه ایرانی به ترتیب در حدود 150000 و 100 نفر می باشد. شتر دوکوهانه ایران جزء گونه های در معرض خطر محسوب شده و زیستگاه آن در شمال غربی ایران است. از این بابت توجه بیشتر به این نژاد از دیدگاه ژنتیک حفاظتی با توجه به کاهش شدید جمعیت آن، بسیار حائز اهمیت است. این پروژه با هدف تعیین توالی ژنوم میتوکندری و بررسی های بیوانفورماتیکی در دو گونه شتر تک کوهانه و دو کوهانه ایران انجام گرفت. برای انجام این پژوهش 10 نمونه خون از شترهای تک کوهانه و 15 نمونه خون از شترهای دوکوهانه به طور تصادفی انتخاب شدند. پس از استخراج dna، قطعات مورد نظر به روش pcr تکثیر و سپس توالی یابی شدند.. پس از آن توالی های مورد توافق با استفاده از نرم افزار clc main workbench 5برای هریک از شترهای تک کوهانه و دوکوهانه بدست آمد و آنالیز های بیو انفورماتیکی بر روی آن ها انجام شد.

از آنجایی که حساسیت به آسیت موروثی بوده، در نتیجه یکی از راه های کنترل این عارضه انتخاب در جهت بهبود کیفیت فراسنجه های خونی است. تخمین پارامترهای ژنتیکی مربوط به فراسنجه های خونی و انتخاب پرندگان بر اساس ساختار ژنتیکی این صفات می تواند در بهبود جوجه های گوشتی موثر باشد. بنابراین هدف این مطالعه تخمین وراثت پذیری و همبستگی ژنتیکی و فنوتیپی بین پارامتر های خونی و نسبت وزن بطن راست به کل بطن ها (وزن شاخص کارایی قلب) و اندازه گیری وزن بدن در سه سن مختلف (به عنوان شاخص عملکرد) بود. فراسنجه های خونی شامل فشار دی اکسید کربن، فشار اکسیژن خون، اکسیژن اشباع خون، هماتوکریت، بیکربنات و ph خون سیاهرگی که در سن 21 روزگی در 250 جوجه از نژاد آرین اندازه گیری شد.

چکیده ندارد.

رکوردهای تولید شیر وچربی 28 گله گاو هلشتاین خراسان رضوی مربوط به سالهای1368-1387 مورد بررسی قرار گرفت. صفات مورد مطالعه تولید شیر وچربی 305 روز و دو بار دوشش دوره شیردهی اول تا سوم بود. اثرات ثابت گله، سال زایش، فصل زایش و سن زایش(تابعیت درجه دوم) روی تولید شیر وچربی دوره شیردهی اول تا سوم، تولیدات هرسه دوره( تکراررکورد) و اثر دوره خشکی شیردهی قبلی (تابعیت درجه دوم) روی تولیدات دوره شیردهی دوم وسوم معنی دار بود(0/01> p). تخمین ارزش ارثی حیوانات با روش blup با استفاده از مدل های حیوانی مختلف صورت گرفت. همچنین برآورد مولفه های کو(واریانس) با روش حداکثردرست نمائی محدود شده (reml) با نرم افزار wombat صورت گرفت.وراثت پذیری دوره شیردهی اول تا سوم ( مدل تک صفته) برای صفت تولید شیر 0/27، 0/19 و0/13 وبرای تولید چربی 0/18، 0/15 و 0/14 بود. وراثت پذیری تولید شیر وچربی(مدل تکرار پذیری) 0/21 و 0/15 و تکرارپذیری این صفات 0/46 و 0/35به دست آمد. مقادیر وراثت پذیری تولید شیر وچربی(مدل دوصفته) 0/28و 0/18 به دست آمد. همبستگی های ژنتیکی، فنوتیپی و محیطی بین شیر و چربی 0/84، 0/79و 0/78 بود. وراثت پذیری دوره شیردهی اول تا سوم (مدل سه صفته) برای تولید شیر 0/28، 0/22و 0/16 بود، همبستگی های ژنتیکی، فنوتیپی و محیطی بین صفات تولید شیردوره شیردهی اول و دوم 0/92، 0/55، 0/43 و بین دوره های شیردهی اول و سوم 0/87، 0/46، 0/35، و بین دوره های شیردهی دوم وسوم 0/97، 0/57 و 0/48 بود. این نسبت ها برای تولید چربی برای وراثت پذیری 0/18، 0/18، 0/16، و برای همبستگی بین دوره های اول ودوم 0/94، 0/43، 0/31، و برای همبستگی بین دوره های اول وسوم 0/82، 0/34، 0/23، و برای همبستگی بین دوره های دوم وسوم 0/93، 0/43 و 0/32 بود.

در این پژوهش داده های مربوط به صفات وزنهای تولد، سه ماهگی، شش ماهگی، نه ماهگی، یک سالگی، میزان رشد روزانه از تولد تا سه ماهگی، از سه تا شش ماهگی، از شش تا نه ماهگی، از نه تا یک سالگی و درجه پوست به ترتیب به تعداد 10728، 4098، 4227، 2518، 2027، 1138، 1138، 1138، 1138 و 11407 مشاهده برای بررسی اثرات عوامل محیطی و ژنتیکی برآورد پارامترهای ژنتیکی و فنوتیپی مورد استفاده قرار گرفت . وراثت پذیری صفات مختلف از روش همبستگی داخل گروهی ناتنی های پدری، همبستگی ژنتیکی و فنوتیپی بین صفات از روش تجزیه کوواریانس ناتنی های پدری، اثرات عوامل محیطی و ژنتیکی از روش تجزیه واریانس حداقل مربعات و برای پیش بینی ارزش قوچهای گله از روش بهترین پیش بینی خطی بدون تمایل ویژه (blup) محاسبه گردیدند.