نام پژوهشگر: فرزانه مردمومن

شناسایی، جداسازی و تعیین خصوصیت ژن های با بیان افتراقی در پاسخ به توکسین دی اکسی نیوالنول در مرحله جوانه زنی گندم
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان 1390
  فرزانه مردمومن   ساناز رمضانپور

بیماری سوختگی فوزاریومی یکی از مهم ترین بیماری های گندم است که علاوه بر ایجاد افت در محصول نهایی باعث آلودگی دانه به صد ها مایکوتوکسین به خصوص توکسین دی اکسی نیوالنول می گردد. این مساله که ارقام مقاوم دارای پتانسیل ژنتیکی به منظور سم زدایی و تحمل توکسین های فوزاریوم هستند به تایید رسیده است. با وجود تحقیقات گسترده بر روی این بیماری، مکانیسم های مولکولی دخیل در این امر هنوز به روشنی مشخص نگردیده است. در این تحقیق به منظور شناسایی ژن های با بیان افتراقی در پاسخ به توکسین دی اکسی نیوالنول از روش cdna-aflp استفاده گردید. بذور رقم سومای تری به عنوان رقم مقاوم و رقم فلات به عنوان رقم حساس بر روی محیط کشت حاوی ppm30 توکسین دی اکسی نیوالنول به منظور جوانه زنی قرار گرفتند و نمونه برداری در زمان های صفر، 12 و 48 ساعت و تیمار های دائم بر روی محیط حاوی توکسین انجام گرفت. تمام نمونه های گیاهی در یک مرحله مورفولوژیک برداشت شدند و به منظور استخراج rna کل در نیتروژن مایع منجمد گردیدند. به منظور ساخت mrna از تیوب های پوشیده با استراپتاویدین و آغازگر های دارای بیوتین استفاده گردید. پس از سنتز رشته ی اول و دوم cdna از آنزیم های برشی psti و taqi که دارای جایگاه برشی 6 و 4 نوکلئوتیدی می باشند استفاده گردید. با استفاده از الکتروفورز عمودی باند های با بیان افتراقی جدا شده و همسانه سازی با استفاده از کیت clonejet و باکتری e.coli انجام گرفت و باند های مورد نظر توالی یابی شدند. آنالیز توالی های همسانه سازی شده توسط نرم افزار blastx انجام پذیرفت. توالی های مهم بدست آمده شامل ژن های هیستیدین کیناز (تنظیم کننده پاسخ دفاعی)، آنزیمgdp مانوز 3 و 5 اپیمراز، تیوردوکسین پراکسیداز، آنزیم gtpase، پروتئین کالترین، پروتئین خانوادهabc وکالنکسین بودند. به طور کلی توالی های بدست آمده در سه گروه ژنی شامل ژن های ساختاری، توالی های انتقال سیگنال و پروتئین های دفاعی گیاه طبقه بندی شدند.

شناسایی و جداسازی ژن های پاسخ دهنده به تنش شوری در گیاه اسطوخودوس با روش cdna-aflp
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان - دانشکده تولیدات گیاهی و دامی 1392
  مانیا بنی کمالی   ساناز رمضانپور

چکیده در سال¬های اخیر اهمیت استفاده از گیاهان دارویی و فرآورده¬های حاصل از آن، نقش این گیاهان را در چرخه اقتصاد جهانی بسیار مشخص تر کرده است. گیاه دارویی اسطوخودوس فرانسوی از خانواده نعناع می باشد و کاربردهای فراوانی در جنبه های مختلف صنعت برای آن برشمرده اند. ترکیبات فراری که در ماده مؤثره اسطوخودوس بیشترین اهمیت را دارند به میزان زیادی از محیطی که گیاه در آن توسعه یافته تأثیر می پذیرند. تکنیک cdna-aflp برای شناسایی برخی از ژن های افتراقی پاسخ دهنده به تنش شوری در گیاه اسطوخودوس به کار گرفته شد. گیاه اسطوخودوس در بستر پرلیت کوکوپیت (2:1) در قالب طرح کاملاً تصادفی در سه تکرار کشت گردید. تیمار شوری با غلظت های صفر، 25 و 50 میلی مولار از nacl اعمال شد. نمونه برداری از برگ و گل برای استخراج rna با روش بیوزول صورت گرفت. خالص سازی mrna از rnaکل با استفاده از کیتmrna capture انجام شد. رشته اول cdna از روی mrna توسط آنزیم رونوشت بردار معکوس ساخته شد و سنتز رشته دوم cdna با استفاده از آنزیم dna پلیمراز از روی رشته اول cdna تکمیل گردید. آنزیم هایpsti وtaqi جهت هضم آنزیمی cdna دو¬رشته ای استفاده شد. بعد از تکثیر با آغازگر¬های عمومی، cdna¬ها با آغازگرهای اختصاصی تکثیر شدند. با استفاده از 23 ترکیب آغازگری، 43 باند افتراقی از الکتروفورز عمودی با ژل پلی¬اکریل¬آمید 5 درصد جداسازی شد. بعد از تکثیر مجدد باندها با آغازگرهای اختصاصی خود و بارگذاری روی ژل آگارز، tdf 15 برای همسانه سازی تائید شد. بعد از انجام همسانه¬سازی در باکتری e.coli با استفاده از کیت کلون جت و توالی یابی آنها، ژن ها با نرم افزار blastxمورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. ژن هایی که درنتیجه این تحقیق شناسایی شدند در گروه های ژنی مربوط به تنش شوری مثل اکسیدوردوکتاز، انتقال سیگنال مانند کالمودولین، سرین/ ترئونین کیناز و پروتئین های غشایی، حمل¬و نقل همچون سدیم:پروتون آنتی پورتر و منیزیم ترانسپورتر، ایجاد مکانیسم دفاعی از جمله سیتوکروم p450 و پکتین استراز، دفع سموم آلدئیدی مانند ایزوبوتیرات دهیدروژناز، کنترل کیفیت پروتئین¬ها مثل چاپرون clpb و پروتئین مرتبط با یوبی کوئیتین و انتقال سیگنال¬های هورمونی مانند gamyb و استروئیدهای گیاهی طبقه بندی شدند که بسیاری از ژن¬های مربوطه نقش مستقیم در تحمل به شوری دارند. کلمات کلیدی: اسطوخودوس، تنش شوری، بیان افتراقی، cdna-aflp