گندم نان یکی از مهمترین گیاهان زراعی در جهان و ایران به شمار می رود که نقش بسیار مهمی در تأمین نیازهای غذایی مردم در بسیاری از کشورها ایفا می کند. اغلب تلاش هایی که برای تولید و معرفی ارقام با عملکرد مناسب در کشور انجام شده است، به دلیل اتکاء به شیوه های کلاسیک اصلاحی و عدم توجه به جنبه های مولکولی موضوع در تراژنی به نتایج دلخواه نرسیده است. نقشه یابی مکان های ژنی صفات کمّی با کمک نشانگرهای مولکولی با تأکید بر جنبه های فیزیولوژیک پاسخ های گیاهی، به لحاظ کاربرد نتایج آنها در پروسه انتخاب و معرفی ارقام با عملکرد بیشتر از اهمیت روزافزون برخوردار است. در این آزمایش، تعداد 133 لاین بک کراس پیشرفته (bc2f5) گندم نان حاصل تلاقی واریته محلی ایرانی طبسی و واریته اصلاح شده اروپایی تایفون در قالب طرح آگمنت بر پایه طرح بلوک های کامل تصادفی شامل چهار واریته شاهد و شش تکرار در مزرعه دانشکده کشاورزی دانشگاه تربیت مدرس تهران در فصل زراعی 88-87 برای پانزده صفت مورفولوژیک و فیزیولوژیک مورد ارزیابی فنوتیپی قرار گرفتند. ارزیابی های ژنوتیپی بر روی لاین های تلاقی برگشتی پیشرفته در سال 2007 توسط کردنائیج با استفاده از 204 نشانگرریزماهواره انجام شد. نقشه پیوستگی شامل 216 مکان ژنی تهیه و برای شناسایی مکان های ژنی صفات مورفولوژیک و فیزیولوژیک مورد استفاده قرار گرفت. بر اساس آنالیز qtl به روش نقشه یابی فاصله ای مرکب، بیست و دو qtl برای صفات تعداد پنجه، ارتفاع گیاه، وزن هزاردانه، عرض برگ پرچم، دمای کانوپی برگ، پتانسیل آب برگ، دمای سطح برگ و میزان فتوسنتز شناسایی شدند به طوری که ده qtl بر روی ژنوم a، هشت qtl بر روی ژنوم b و چهار qtl نیز بر روی ژنوم d تعیین مکان شدند. بیشترین ارزش فنوتیپی برای qtl عرض برگ پرچم (67%r2 = ) بر روی کروموزوم 6a و کمترین ارزش فنوتیپی نیز برای qtl دمای کانوپی برگ (1/6%r2 = ) بر روی کروموزوم 5b بوده اند. در این بررسی برای کروموزوم های 1a، 1b، 1d، 2b، 3b، 3d، 4d و 7a هیچ qtlای شناسایی نشد.