در بررسی این مسئله مشخص شد که علامه طباطبائی و آیت الله جوادی آملی به هماهنگی عقل و دین معتقد هستند آنها عقل را به عنوان معیاری برای محک زدن دین مطرح می کنند و معتقدند آنچه عقل بر آن استدلال می کند به هیچ وجه با شرع تعارض نداشته و عقل و دین همدیگر را تائید می کنند در مقابل این دیدگاه، مکتب تفکیک قرار دارد که به طور کلی معتقد است باید بین عقل و دین تفکیک قائل شد البته پیروان این مکتب در مورد عقل و دستاورد های آن به دو دسته تقسیم می شوند. افراطییون معتقدند که براهین عقلی به هیچ وجه اعتبار ندارند و از این جهت آنها علومی مثل منطق و فلسفه که از دستاوردهای عقل محسوب می شوند علوم معتبری نمی دانند. اعتدلالییون صرفاً بر تفیک حوزه عقل و دین تاکید کرده و معتقدند علوم عقلی در جای خود معتبرند، اما نباید در تفسیر دین بکار گرفته شود البته هر دو گروه دستاورد های عقلی مثل علیت بین ممکنات و سنخیت بین علت و معلول که با ظواهر شرع مغایرت داشته باشد رارد می کنند و بنابر این می توان گفت که در مکتب تفکیک ظواهر شرع بر برهان و استدلال عقلی مقدم است.