اصل استقلال قضایی در تاریخ نظامهای حقوقی ریشه دارد و امروز هم اهمیت آن افزون شده است. منظور از استقلال قضات در نظام قضایی این است که قضات مطابق قانون و و جدان و بنابر تشخیص قضایی خود و بدون نفوذ هرگونه مقامی حتی مقامات قضایی بالاتر از خود مبادرت به صدور حکم و اتخاذ تصمیم قضایی نمایند. بررسی استقلال قضایی در دو مرحله مهم از مراحل فرایند کیفری، مرحله تحقیقات مقدماتی و مرحله دادرسی به شکل مقایسه ای در قوانین ایران و افغانستان، نقاط قوت و ضعف را مشخص می کند. شاخصه های متنوعی برای این سنجش مورد استفاده قرار گرفته است: شاخصه های حرفه ای استقلال قاضی، شاخصه های ساختاری و شاخصه های مرتبط با فرایند کیفری. طبق اصل 164قانون اساسی ایران، مصونیت شغلی قضات در قالب دو قاعده کلی بیان شده است: اول ، منع عزل قضات؛ دوم ، منع نقل و انتقال و تغییر قضات، اما طبق ماده 117 قانون اساسی افغانستان مصونیت شغلی قاضی صرفاً در قالب قاعده منع عزل قضات بیان می شود. قوانین اساسی و عادی ایران و افغانستان استقلال قاضی را بعنوان پیش شرط ضروری بی طرفی قاضی مورد توجه قرار داده اند. در بی طرفی، از رابطه قاضی و طرف های دعوا سخن به میان می آید و در استقلال، موضوع مطالعه، رابطه دادرس و نیروهای دارای توان دخالت در کار وی است. استقلال قاضی مطلق نیست و با محدودیت های روبروست؛ در کنار تأمین استقلال قاضی، نظام مسوولیت قضات نیز در قالب مسوولیت مدنی، مسوولیت انتظامی و مسوولیت کیفری برای قضات مورد بررسی قرار می گیرد.