تأثیر متقابل برهم کنش ?-? و انرژی پیوندهای هیدروژنی مجزا در کمپلکس های سه تایی فنیل آلانین-گوانین-سیتوزین (ph:g-c) و فنیل آلانین-سیتوزین-گوانین (ph:c-g) در سطوح نظری mpwb1k/6-311++g** و m05-2x/cc-pvdz مورد مطالعه قرار گرفته است. برهم کنش بین پیوند هیدروژنی و برهم کنش استکی نشان می دهد هر دو برهم کنش اثر ضعیف کنندگی روی یکدیگر دارند. اثر برهم کنش استکی روی ساختارها و انرژی های مجزا در جفت باز گوانین-سیتوزین (g-c) با استفاده از مقادیر چگالی الکترونی در نقاط بحرانی پیوندها (bcp) بدست آمده از روش اتم ها در مولکول ها (aim) محاسبه شده است. نتایج آنالیز aim در توافق خوبی با انرژی پیوندهای هیدروژنی مجزا هستند. در کمپلکس های ph:g-c برهم کنش ?-?، hb1 را تقویت و hb2 و hb3 را تضعیف می کند، درحالیکه این تغییرات برای کمپلکس های ph:c-g کاملاً معکوس می شود. با افزایش فاصله میان حلقه ی فنیل آلانین و گروه درگیر پیوند هیدروژنی، تغییرات در انرژی های ?-? و پیوندهای هیدروژنی مجزا کاهش می یابد. کلمات کلیدی: پیوند هیدروژنی، برهم کنش ?-? استکی، پیوند هیدروژنی مجزا، چگالی الکترونی، گوانین، سیتوزین، فنیل آلانین، aim، nbo.