ایران و شورای همکاری خلیج فارس دو بازیگر مهم منطقه خلیج فارس محسوب می شوند. شورای همکاری خلیج فارس از بدو تاسیس چالش های و تضاد های اساسی با جمهوری اسلامی ایران داشت. اساسا یکی از دلایل تشکیل شورا همکاری خلیج فارس، مقابله با ایران و اندیشه انقلابی آن بوده است. لذا با توجه به این مساله، هدف نگارنده از این پژوهش بررسی چالش های سیاسی– امنیتی بین ایران و شورای همکاری خلیج فارس می باشد و به دلیلی اهمیت عربستان در بین این کشورها، تاکید بیشتری روی عربستان می شود. از سوی دیگر نقش قدرت های بزرگ در این چالشها نیز مورد بررسی قرار می گیرد. سئوال اصلی این پژوهش این است که مهمترین چالشهای بین ایران و شورای همکاری خلیج فارس کدامند؟ فرضیه ارائه شده بدین ترتیب است که مهترین چالش های بین ایران و شورای همکاری خلیج فارس، مسئله جزایر سه گانه، بحث هسته ای ایران، مسئله شیعه و سنی و سیاست های منطقه ای متفاوت می باشد. یافته هایاین پژوهش نشان می دهد که وجود تضادهای بنیادین بین طرفین مانند مساله شیعه و سنی، عرب و عجم و پیشینه تاریخی دو طرف باعث ایجاد ذهنیت منفی نسبت به یکدیگر گردیده است که رفع این ذهنیت نیاز به یک دوره طولانی تنش زدایی میان طرفین دارد. از سوی دیگر به دلیل اهمیت خلیج فارس برای قدرت های بزرگ، این منطقه همواره شاهد حضور نیروهای بیگانه در منطقه بوده است که تاثیر زیادی بر روابط کشورهای منطقه داشته است و نمونه آن را پس از حادثه 11 سپتامبر و حضور مستقیم نیروهای نظامی آمریکا در منطقه شاهد هستیم. لذا به نظر می رسد هر نوع سیستم امنیتی در منطقه به نوعی باید به منافع قدرت های بزرگ نیز توجه داشته باشد. نتیجه این پژوهش نشان می دهد که مهمترین چالش های بین ایران و شورای همکاری عبارتند از مساله جزایر سه گانه، بحث هسته ای ایران، مسابقه تسلیحاتی، مساله شیعه و سنی، بحث بازار انرژی و سیاست های متفاوت منطقه ای.