چکیده هدف از این پژوهش ارزیابی تنوع ژنتیکی سنجاب های ایرانی در دو شهرستان بانه و مریوان در استان کردستان با استفاده از نشانگرهای بین ریزماهواره ای برای اولین بار بود. در این تحقیق dna لازم از پیاز موی 42 نمونه سنجاب که در سه منطقه تاژان (شهرستان بانه)، ورگول (منطقه اورامان) و گوشخانی (شهرستان مریوان) صید شده بودند استخراج شد. استخراج dna براساس روش فنل- کلروفرم انجام گرفت. در این تحقیق شش آغازگر طراحی گردید که سه آغازگر از آنها به دلیل ایجاد تعداد باند و چندشکلی بیشتر برای اجرای این طرح انتخاب شدند. سه آغازگر انتخاب شده در مجموع 56 باند تولید کردند که 50 باند آنها چند شکل و نسبت چند شکلی آنها 28/89% بود. با استفاده از اطلاعات حاصل میانگین (± انحراف معیار) تنوع ژنی برای سه جمعیت تاژان، ورگول و گوشخانی بر حسب هر سه آغازگر به ترتیب (166/0±334/0)، (214/0±262/0) و (213/0±254/0) به دست آمد. بررسی تنوع ژنتیکی بین سه جمعیت به دو روش استاندارد nei نئی (1972) و روش فاصله نااریب nei(1978) نشان داد که کمترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت دو منطقه ورگول و گوشخانی و بیشترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت های دو منطقه تاژان و گوشخانی وجود دارد. دندروگرام فاصله ژنتیکی بین جمعیت ها نشان داد که جمعیت های دو منطقه ورگول و گوشخانی در یک شاخه و جمعیت منطقه تاژان در شاخه دیگر دسته بندی می-شوند. با استفاده از تابع تشخیص چند متغیره (da) هفت لوکوس که نسبت به بقیه لوکوس ها از اهمیت بیشتری در تعیین تنوع ژنتیکی برخوردار بودند شناسایی شده و بر اساس آنها سهم هر کدام از جمعیت ها در تنوع کل به روش آنالیز واریانس مولکولی (amova)تعیین شد.