چکیده: برای بررسی تنوع ژنتیکی 21 رقم کلزا (brassica napus l.) از نشانگر نیمه تصادفی isj استفاده شد.در این مطالعه از دو دسته از آغازگر های نیمه تصادفی استفاده شد که مکان هدف آنها بر اساس توالی نواحی برش اتصال اینترون- اگزون (isj) طراحی می شوند. 10 آغازگر نیمه تصادفی در مجموع 116 باند واضح تولید نمودند که از این تعداد، 107 باند (92%) چند شکل بودند. تفاوت معنی داری بین گروه آغازگر های it و et از نظر میزان چند شکلی مشاهده نشد. بیشترین و کمترین تعداد باند به ترتیب متعلق به آغازگر های et15-35 و isj3 با 16 و5 باند بود. متوسط تعداد باند برای هر آغازگر 6/11 عدد برآورد شد. براساس تجزیه کلاستر به روش upgma و ماتریس تشابه دایس ژنوتیپ های کلزا به 3 گروه تقسیم شدند. بر اساس ماتریس تشابه، بیشترین شباهت (86/0) مربوط به ژنوتیپ های ks-11 و kiloz و کمترین تشابه (37/0) مربوط به ژنوتیپ های option504 و licord بود. در این گروه بندی، ژنوتیپ های ایرانی و خارجی در یک گروه قرار گرفتند. این موضوع قرابت و خویشاوندی ژنوتیپ های ایرانی و خارجی را نشان می دهد. واژه های کلیدی: آغازگر،تنوع ژنتیکی، کلزا، نشانگر مولکولی isj