نام پژوهشگر: اسما افشاری

بررسی تنوع ژنتیکی در سویه های اشریشیا کلی انسان و دام (گوساله) با استفاده از روش rapd pcr در استان خراسان رضوی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده دامپزشکی 1390
  اسما افشاری   مهرناز راد

چکیده بررسی تنوع ژنتیکی در سویه های اشریشیا کلی انسان و دام (گوساله) در استان خراسان رضوی rapd pcr با استفاده از روش به کوشش اسماء افشاری در این مطالعه در مجموع 110 سویه اشریشیا کلی از منابع مختلف مورد استفاده قرار گرفت از جمله : تعداد 40 سویه اشریشیا کلی جدا شده از مدفوع گوساله های مبتلا به اسهال (موجود در کلکسیون باکتری های بخش میکروبیولوژی دانشکده دامپزشکی فردوسی مشهد)، جداسازی و تشخیص این سویه ها تحت عنوان اشریشیا کلی انجام گردیده بود و در محیط کشت مایع مغذی حاوی15% گلیسرول و در 20- درجه سانتی گراد حفظ گردید.40 سویه از ادرار افراد مبتلا به عفونت ادراری جداسازی گردید.40 سویه اشریشیا کلی جدا شده از ادرار افراد مبتلا به عفونت ادراری و 30 سویه اشریشیا کلی جدا شده از گوساله های تلف شده به علت سپتی سمی جداسازی گردید و بعد از تایید سویه ها به عنوان اشریشیا کلی با روشهای باکتریولوژیکی وبیوشیمیایی ، استخراج dna از سویه ها با استفاده از کیت تجاری شرکت bioneer کره جنوبی صورت گرفت. در این بررسی تایپینگ مولکولی سویه های اشریشیا کلی با روش rapd-pcr با هدف بررسی ساختار ژنتیکی سویه های اشریشیا کلی با منشا مختلف و بررسی درجه پلئومورفیسم در بین سویه های مختلف در عفونتهای دستگاه گوارش و عفونتهای خارج ازدستگاه گوارش، انجام گرفت. به این منظور از دوپرایمرمختلف با اندازه 10 جفت باز با سکانسهای نوکلئوتیدی اختیاری (gtggccgatg) و (cctgggtcag) بطورجداگانه برای هرسویه درروش rapd-pcr مورد استفاده قرارگرفت. نهایتا محصول pcr هرسویه با روش الکتروفورز روی ژل آگارز 5/1% حاوی اتیدیوم بروماید مورد بررسی قرارگرفت. آنالیز تصاویر ژل با استفاده از نرم افزار photocap انجام گردید. سپس برای رسم نمودار مربوط به هر منشا به صورت جداگانه اطلاعات مربوط به وجود و یا عدم وجود باندی مشخص با صفر و یک در بخش data entery در نرم افزار spss version 16 وارد گردید. واکنشهای تکثیری با کمک دو پرایمرصورت گرفت. نتایج به دست آمده نشان دهنده وجود حدود 35 باند پلیومورف در سویه های اشریشیا کلی سه منشا بود که از bp3000-350 متغییر بودند. در تمامی سویه ها، الگوی باندهای حاصل از واکنش rapd قابلیت تکرار در واکنش های سری دوم را داشت. در مجموع 150 باند در نتیجه استفاده از 2پرایمر rapd ازسویه های اشریشیا کلی با منابع مختلف بدست آمد. همچنین باند های bp650 وbp1000 در اکثرسویه های جدا شده از گوساله های مبتلا به اسهال، باند bp900 در اکثر سویه های جدا شده از نمونه های انسانی و باند bp2300 در اکثر گوساله های تلف شده به موجب سپتی سمی وجود داشت. نتایج بدست آمده از این تحقیق نشان دهنده پتانسیل بالای انگشت نگاری به روشrapd جهت تمایز سویه های اشریشیا کلی از منابع مختلف می باشد و این اطلاعات در تشخیص اکولوژی، مطالعات اپیدمیولوژیکی و طبقه بندی سویه ها مفید خواهد بود.

شناسایی، تعیین پروفایل توکسینی و بررسی تنوع ژنتیکی کلستریدیوم پرفرینجنس جدا شده از گوشت قرمز، مرغ و موارد انسانی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده دامپزشکی 1394
  اسما افشاری   عبدله جمشیدی

مسمومیت غذایی ایجاد شده توسط کلستریدیوم پرفرینجنس در بین یکی از سه عامل مهم ایجاد کننده مسمومیت غذایی درجهان طبقه بندی می شود. این میکروارگانیسم یک باکتری گرم مثبت، بی هوازی و اسپور دار است که در همه جا یافت شده و عامل ایجاد کننده ی تعداد بسیار زیادی بیماری در انسان و حیوانات مختلف شناخته شده است که از جمله آنها مسمومیت غذایی در انسان می باشد.کلستریدیوم پرفرینجنس براساس توانایی تولید 4توکسین اصلی کشنده که شامل توکسین های alpha ?beta ?iota و epsilon می باشد، به 5 تیپ مختلف(a,b,c,d,e) تقسیم می شود. در این مطالعه تعداد 200 نمونه گوشت مرغ، 200 نمونه گوشت چرخ کرده و 25 نمونه مدفوع انسانی به لحاظ حضور این باکتری و نیز شناسایی انواع تیپ های آن مورد ارزیابی قرار گرفت و پس از آن تایپینگ مولکولی سویه های کلستریدیوم پرفرینجنس با دو روش rep-pcrوrapd-pcr با هدف بررسی میزان شباهت ساختار ژنتیکی سویه ها از منشا های مختلف انجام گرفت. در نهایت تعداد 31 ایزوله گوشت مرغ( 9 تیپ a و 22 نمونه تیپc )، 25 ایزوله گوشت چرخ کرده( 22 تیپ a، 1 تیپ b، 1 تیپ dو یک تیپ e) و 20 ایزوله انسانی(18 تیپ a و 2 تیپ d ( مثبت شناخته شدند. بررسی مقاومت حرارتی 8 سویه ی کلستریدیوم پرفرینجنس تولید کننده انتروتوکسین به منظور تعیین مکان حضور ژن cpe ( پلاسمید یا کروموزوم ) نشان داد که تمامی نمونه ها دارایcpe پلاسمیدی می باشند. مقایسه نتایج rapd pcr و rep-pcr نشان می دهد که rapd pcr قدرت بیشتری در تفکیک سویه ها به لحاظ منشا آلودگی دارد. همچنین بر اساس نتایج حاصل، جدایه های به دست آمده از منابع مختلف می توانند از یک کلون منشا گرفته باشند و از طریق مصرف گوشت از حیوان به انسان انتقال یابند.