کانسار کبالت قمصر، در فاصله 7 کیلومتری شمال قمصر و حدود 26 کیلومتری جنوب شهرستان کاشان، در بخش میانی کمان ماگمایی ارومیه –دختر، و در زیرپهنه تبریز- ساوه واقع شده است. واحدهای سنگی رخنمون یافته در منطقه، شامل ولکانیک های ائوسن، نهشته های دریایی سازند قم و توده های نفوذی است. مجموعه ولکانیکی– رسوبی ائوسن شامل آندزیت، آندزیت بازالتی، ریوداسیت، ریولیت و میان لایه هایی از آهک نازک لایه نومولیت دار، توف، شیل و ماسه سنگ است. بر روی این واحدها، نهشته های دریایی سازند قم، بصورت دگر شیب قرار گرفته که شامل شیل و مارن فسیل دار خاکستری، آهک های نازک لایه فسیل دار خاکستری رنگ با میان لایه های مارن و آهک مارنی، و آهک های ضخیم لایه زرد رنگ است. ترکیب توده های نفوذی منطقه بصورت کوارتزدیوریت، کوارتز مونزودیوریت تا گرانودیوریت است که در میان ولکانیک های ائوسن و آهک های سازند قم تزریق شده اند. سپس، یک توده نیمه عمیق میکرودیوریت پورفیری، درون توده های مزبور و در همبری با آهک های منطقه تزریق شده است که کانه زایی اصلی در ارتباط با این توده است. توده های نفوذی منطقه ماهیت ساب آلکالن و کالک آلکالن داشته و از نظر مقدار آلومین، پرآلومین هستند. این توده ها ویژگی های گرانیتوئیدهای تیپ i را دارند و مشخصات نوع مرتبط با کمربندهای ماگمایی زون فرورانش را نشان می دهند. تزریق توده های نفوذی، موجب تبلورمجدد، اسکارن زایی و کانی سازی در آهک ها و میان لایه های توفی سازند قم شده است. مهمترین اسکارن های مشاهده شده عبارتند از گارنت اسکارن، گارنت- پیروکسن اسکارن، اپیدوت- کلسیت- پیروکسن اسکارن وآمفیبولیت اسکارن. کانه زایی، همه این اسکارن ها را همراهی می کند، اما بخش مهمی از کانه زایی مگنتیت- کبالتیت همراه با آمفیبولیت اسکارن مشاهده می شود. ماده معدنی به شکل رگه ای، توده ای و عدسی و بوده و بافت آن ، جانشینی، پراکنده، برشی، رگه-رگچه ای، پرکننده فضای خالی، توده ای و افشان است. رگه اصلی کانه دار، در امتداد زون گسل چپ گرد با راستای n15e/60se قرار گرفته که توده نفوذی میکرودیوریت پورفیری و آهک های همبر را قطع کرده و در طول حدود 200 متر اما بصورت ناپیوسته و به ضخامت های چند دسی متر تا حداکثر 8 متر کانه زایی انجام شده است. کانی شناسی شامل مگنتیت، کبالتیت، کالکوپیریت، پیریت، آرسنوپیریت، هماتیت و اسفالریت است. و دگرسانی های مشاهده شده در منطقه، عمدتاً شامل آرژیلیک، سریسیتی، پتاسیک، پروپیلیتیک، تورمالینی، سیلیسی، مگنتیتی و هماتیتی و سولفیدی است. ویژگی های توده نفوذی منطقه، هماهنگی بسیار جالبی را با توده های نفوذی مولد اسکارن آهن نشان می دهند. بر اساس تغییر پارامترهای محاسبه شده برای عناصر ree، و همچنین بررسی های ایزوتوپ پایدار گوگرد و اکسیژن، سیالات هیدروترمال موثر درکانه زایی، منشاء ماگمایی همراه با اختلاط با آب های جوی داشته و توده نفوذی در تأمین مواد معدنی تشکیل دهنده اسکارن، سهم عمده را بر عهده داشته است مطالعات میکروترمومتری سیالات درگیر نیز بر روی گارنت و پیروکسن مرحله متاسوماتیسم پیشرونده و کوارتز مرحله دگرسانی پسرونده انجام گرفت. بر اساس این مطالعات، دمای همگن شدن در فاز پیشرونده بین 400 تا بالای 600 درجه سانتی گراد و شوری بین شوری 12 تا 20 درصد معادل وزنی نمک طعام بوده و در مراحل تاخیری فاز پسرونده، دمای همگن شدن در حدود 180 تا 200 درجه سانتی گراد، و شوری آن بین 8/5 تا 9/11 درصد معادل وزنی نمک طعام است. دماسنجی ایزوتوپی، برای جفت کانی های پیریت و کالکوپیریت دمای c? 592 و برای جفت کانی های کوارتز و مگنتیت، دمای oc482 را برای کانی سازی نشان می دهد. به موازات تزریق، جایگیری و تبلور توده نفوذی، مراحل مختلف اسکارنی شدن، شامل دگرگونی ایزوکمیکال، متاسوماتیسم پیشرونده و دگرسانی پسرونده در منطقه رخ داده است. حجم قابل توجهی از سیالات کانه دار، در طول گسل ها شکستگی ها و فضاهای کم فشار حرکت نموده و با نفوذ به داخل سنگهای آهکی سازند قم و بخش هایی از توده میکرودیوریت پورفیری، باعث بروز متاسوماتیسم و کانی سازی شده است. با توجه به ویژگی های کانسار کبالت قمصر ازجمله محیط تکتونیکی، سنگ میزبان، کانی شناسی، دگرسانی و ساخت و بافت، این کانسار در گروه کانسارهای اسکارن کلسیک آهن (کبالت- مس) قرار دارد.