با توجه به نقش گندم در اقتصاد کشاورزی و جایگاهی که در تغذیه انسان ها دارد، افزایش عملکرد این محصول در واحد سطح و افزایش تولید آن در کشور از اهمیت ویژه ای برخوردار است. بیماری سپتوریوز برگی گندم ناشی از septoria tritici و با شکل جنسی mycosphaerella graminicola از عوامل مهم محدود کننده تولید این محصول به ویژه در سال های اخیر بوده. که باعث بروز اپیدمی های شدید در مزارع و کاهش شدید محصول می شود. به منظور دستیابی به منابع مقاومت، به عنوان موثرترین و مناسبترین روش کنترل بیماری سپتوریوز، گندم های تتراپلوئید ایرانی برای مقاومت به این بیماری ارزیابی گردید. به این منظور 46 ژنوتیپ گندم تتراپلوئید ایرانی در یک طرح بلوک کامل تصادفی با هشت تیمار و چهار تکرار مورد ارزیابی قرار گرفت. صد و شصت جدایه قارچ s. tritici از مزارع آلوده مناطق مختلف کشور شامل، اردبیل، آذربایجان غربی، گلستان، کرمانشاه و خوزستان جمع آوری، جداسازی و خالص شد، از این تعداد، هشت جدایه را با در نظر گرفتن شدت بیماری زایی آن ها برای بررسی های گلخانه ای انتخاب و در محیط کشت ymda تکثیر شدند. بذور گندم پس از ضد عفونی در خاک سترون و غنی از لحاظ مواد غذایی(خاک-پیت ماس به نسبت 1:1) کاشته شد. در اینجا ما به بررسی واکنش های مقاومتی 45 توده محلی گندم به هشت جدایه ایرانی m. graminicola پرداختیم. در مجموع 138 مقاومت اختصاصی (از بین 360) و تعداد زیادی مقاومت نسبی برهمکنش یافتیم. بر اساس یافته های ما، بیشترین مقاومت اختصاصی(30 تا از 32 برهمکنش) در بین توده های بومی آذربایجان و بیشترین حساسیت در برابر جدایه های قارچ در بین توده های محلی کرمانشاه مشاهده شد. در مجموع نتایج ما نشان داد توده های جمع آوری شده از استان های مختلف، طیف وسیعی از ژن های مقاومتی را دارند که بایستی در برنامه های آینده مورد شناسایی واقع شوند. در این مطالعه، از 160 جدایه بدست آمده، 96 جدایه جهت بررسی تنوع ژنتیکی با نشانگر rapd و از این بین تعداد 47 جدایه برای بررسی تنوع ژنتیکی با نشانگر ssr انتخاب گردید، در مطالعه تنوع ژنتیکی، از میان شش آغازگر تصادفی rapd، تعداد سه آغازگر و از میان ده آغازگر ssr بررسی شده، پنج آغازگر براساس وضوح باند و تکرار پذیری انتخاب گردید. برای تجزیه و تحلیل خوشه ای الگوهای rapd از نرم افزار ntsys و برای نشانگر ssr از نرم-افزارmvsp32 و روش upgma و ضریب تشابه جاکارد استفاده شد. نتایج حاصل از تجزیه خوشه-ای آغازگرهای مورد استفاده در نشانگر rapd در سطح تشابه 50 درصد، جدایه ها را در بیست گروه قرار داد که نشان دهنده تنوع ژنتیکی بالا در میان جدایه هاست. همچنین تجزیه خوشه ای آغازگرهای ssr، در سطح تشابه 30 درصد، جدایه ها را در نه گروه قرار داد.