تنوع ژنتیکی 49 ژنوتیپ منتخب از موسسه تحقیقات توتون رشت با استفاده از 12 نشانگر issr، 3 نشانگر رتروترانسپوزون و یک نشانگر ترکیبی issr و رتروترانسپوزون مورد ارزیابی مولکولی و همچنین با 14 صفت مورد ارزیابی مرفولوژی قرار گرفت. با استفاده از 16 آغازگر تعداد 147 نوار چندشکل به دست آمد، که از بین آغازگرهای مورد استفاده، آغازگر tos-2 با 16 نوار و بعد از آن، آغازگرهای ubc811 و tos-1 با 14 نوار بیشترین و آغازگرهای ubc825 و tos-3 با 4 نوار کمترین تعداد نوار چندشکل را ایجاد نمودند. pic نشانگرها بین 27/0 تا 46/0 و mi از 15/1 تا 87/5 متغیر بود. تجزیه به مختصات اصلی نشان داد که دو مولفه اول توانستند مجموعا 75/16 درصد از واریانس کل را توجیه کند. تجزیه خوشه ای به روش upgma، 49 ژنوتیپ مورد مطالعه را در پنج گروه قرار داد، به ترتیب شامل 9، 4، 1، 13 و 22 ژنوتیپ شدند. صحت گروه بندی حاصل از تجزیه خوشه ای توسط تابع تشخیص کانونی به روش خطی فیشر با 6/79 درصد تائید شد. نتایج حاصل از تجزیه واریانس صفات مرفولوژی براساس طرح مربع لاتیس نشان داد که مزیت نسبی این طرح نسبت به طرح بلوک های کامل تصادفی برای تعدادی از صفات خوب می باشد. بیشترین ضریب همبستگی بین عملکرد برگ سبز با عملکرد برگ خشک (845/0) بدست آمد. تجزیه خوشه ای به روش upgma، ارقام مورد مطالعه را در پنج گروه مجزا قرار داد که به ترتیب 6، 1، 25، 4 و 13 ژنوتیپ در گروه ها قرار گرفته شد. صحت گروه بندی حاصل از تجزیه خوشه ای با تابع تشخیص کانونی به روش خطی فیشر 8/87 درصد بود. نتایج حاصل از تجزیه به عامل ها جهت تعیین میزان اشتراک وگروه بندی ارقام و بررسی ضرایب همبستگی بین صفات، براساس مولفه های اصلی پس از چرخش وریماکس چهار عامل با نام های خصوصیات برگ، فنولوژی، قیمت، خصوصیات دوم برگ در مجموع 19/79 درصد از تغییرات بین صفات را توجیه نمود.

اطلاعات مربوط به مقدار تنوع ژنتیکی در ژرم پلاسم و ارتباطات ژنتیکی بین ژنوتیپ ها برای بررسی و طراحی برنامه های به نژادی مهم می باشد و می تواند برای کمک به شناسایی و توسعه ژرم پلاسم به کار رود و موجودیت ارقام را تعریف کند. بنابراین جهت مدیریت و کاربرد موثر منابع ژرم پلاسم، درک کامل دامنه و ساختار تنوع ژنتیکی جمعیت موردنظر ضروری است. با توجه به اهمیت شناسایی و گروه بندی ژرم پلاسم ها، در این تحقیق، تنوع ژنتیکی 48 ژنوتیپ از توتون تیپ های گرمخانه ای، بارلی و شرقی از طریق 12 نشانگر مولکولی issr، 10 نشانگر ssr و 5 نشانگر irap بررسی شد. آغازگرهای ubc825، rtr-10 و آغازگر ترکیبی ubc817+ ubc826 با تعداد 17 باند و بعد از آن، آغازگر ubc817 با تعداد 16 باند و rtr-8 با 15 باند، بیشترین تعداد باند و آغازگر ubc824 با 10 و ubc823 با تعداد 11 باند، کمترین تعداد باند را در بین آغازگرهای issr و irap داشتند. همچنین آغازگرهای pt30044 و pt30046 در بین آغازگرهای ssr، با 2 باند، کمترین تعداد باند را داشتند. درصد چندشکلی بدست آمده در ارقام از 92/76 درصد برای rtr-1 و rtr-7 تا 11/94 درصد برای rtr-10 در آغازگرهای issr و irap متغییر بود و درصد چندشکلی در آغازگرهای ssr، 100 درصد بدست آمد. میانگین درصد چندشکلی به دست آمده در این تحقیق 7/90 درصد، تنوع ژنتیکی ژنوتیپ ها را توجیه می کند. محتوای اطلاعات چندشکل (pic) در این تحقیق بین 31/0 تا 5/0 و میانگین آن 42/0 بود. میانگین تنوع ژنی نی و شاخص شانون نیز به ترتیب 39/0 و 58/0 بدست آمد. تجزیه خوشه ای به روش upgma و با استفاده از معیار تشابه تطابق ساده، 48 ژنوتیپ مورد بررسی را در پنج گروه قرار داد. صحت گروهبندی حاصل از تجزیه خوشه ای توسط تجزیه تابع تشخیص کانونی به روش خطی فیشر با 5/87 درصد تأیید شد. تجزیه به بردارهای اصلی نیز نشان داد که بردارهای اصلی اول و دوم با 1/6 و 94/4 درصد و 14 بردار اول در مجموع 49/51 درصد از تنوع کل را توجیه کردند.

در این مطالعه تنوع ژنتیکی چهار جمعیت بومی شمال کشور شامل ماری، زرد، روغنی و شنگه با استفاده از 27 صفت مورفولوژی، نوزده آغازگر issr، شش آغازگر ssr و سه آغازگر رتروترانسپوزون مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از تجزیه واریانس صفات مورفولوژی، اختلاف معنی دار بین اکثر صفات را نشان داد. بررسی روابط بین صفات مختلف، همبستگی نسبتاً بالایی بین صفات کمی مثل صفات میزان گوشت میوه، وزن میوه، شاخص شکل میوه و شاخص شکل هسته نشان داد. در حالیکه همبستگی بین صفات کیفی پایین بود. نتایج حاصل از تجزیه به عامل ها، صفات را در سه عامل با 93/91 درصد واریانس توجیهی دسته بندی نمود. نمودار دو بعدی حاصل از دو عامل اصلی توانست تفکیک نسبتاً خوبی از ارقام به دست دهد. نتایج حاصل از تجزیه خوشه ای صفات مورفولوژی شش گروه مجزا به دست داد که رقم ماری سه خوشه نزدیک به هم و رقم زرد نیز یکنواختی بالایی نشان داد. رقم شنگه دارای بیشترین میزان تنوع و پراکندگی بود. همبستگی بین صفات کمی با صفت درصد روغن میوه در 51 فرد، همبستگی معنی داری بین صفات مربوط به برگ با صفت درصد روغن نشان نداد. بیشترین اثر مستقیم را صفات طول میوه، و شاخص شکل میوه داشتند. در نهایت 11 آغازگر issr و هر شش آغازگر ssr توانستند 92 باند چند شکل تولید کنند. در حالیکه هیچ یک از آغازگرهای رتروترانسپوزونی نتوانستند الگوی باندی واضحی تولید کنند. از میان آغازگرهای issr، آغازگرهای ubc 808، ubc 810، ubc 822 و ubc 825 با 10 باند و از بین آغازگرهای ssr، آغازگرهای dca-3 و udo99-014 با چهار باند بیشترین تعداد باند را تولید کردند. محتوای اطلاعات چند شکل در آغازگرهای issr بین 31/0 تا 46/0 و در آغازگرهای ssr بین 47/0 تا 75/0 متغیر بود. تجزیه خوشه ای به روش دورترین همسایه ها، 88 فردی که مورد ارزیابی مولکولی قرار گرفته بودند را در پنج گروه قرار داد. صحت گروه بندی حاصل از تجزیه خوشه ای توسط تابع تشخیص کانونی به روش خطی فیشر با 8/89 درصد تأیید شد. نتایج تجزیه واریانس مولکولی تنوع ژنتیکی بالای درون رقم نسبت به تنوع ژنتیکی بین رقم را نشان داد.