تأمل در اندیشه های جزایی و بررسی ادیان مختلف نشان می دهد که در گذشته اصل برائت در تمام یا حداقل در برخی از جرایم پذیرفته نشده بود.به این معنا که به صرف ایراد اتهام و بدون هیچ گونه اماره ای متهم می بایست با اجرای مراسم خاص بی گناهی خود را ثابت کند.اما به تدریج ، با پیشرفت جوامع بشری اصل برائت قوت و استحکام یافت ؛ به طوری که کشور های مختلف در رویه قضایی،قانون اساسی و قوانین عادی خود ، این موضوع را پیش بینی نمودند؛ و مجامع بین المللی نیز در اسناد خود بر این موضوع تأکید نمودند ، و به دنبال آن حقوق متعددی را که ناشی از اصل برائت باشد، برای متهم قائل شدند.چنین اجماع و اتفاق نظری، ناشی از آن است که اصل برائت یک اصل عقلی و مبتنی بر عدالت حقوقی می باشد. چنانچه گذشت ، اصل برائت در نظام حقوقی کشورهای متمدن، از اهمیت بسیاری برخوردار است ؛ و به عنوان ام الاصول در فرآیند دادرسی کیفری از آن نام برده می شود.آثار مهم این اصل در پرتو قوانین شکلی و ماهوی،در حقوق داخلی و بین الملل ، تضمین کننده عملکرد عادلانه دولت های دموکراتیک محسوب می شود. مبنای حقوق، در واقع همان دلیل قانع کننده قانون پذیری است.به عبارت دیگر مبنای حقوق، جواب این سوال، است که، اصولاً چرا باید از قواعد حقوقی تبعیت کرد؟برخی گفته اند که، مبنای حقوق در واقع همان عدالت است. کسانی که معتقد به وجود قواعد بالاتر از اراده حاکمان هستند ، در واقع کسانی هستند که عدالت را مبنای قواعد حقوق می دانند.این قواعد که به قواعد طبیعی معروف هستند ، برای دولتها این الزام را ایجاد می کند که در وضع قانون هم آن را رعایت کنند. در قیاس با فرانسه، از این حیث که در واقع ایران، نظام حقوقی خود را تا اندازه زیادی وامدار کشور فرانسه است، تردیدی وجود ندارد،اما اسلامی بودن نظام ایران که در اصول 4 و 177 قانون اساسی نیز بر آن تأکید شده،در موارد مختلف تأثیر گذار بوده است، تا جایی که می توان توجیهات فراوانی بر اساس مبانی شرعی ، از یک طرف و مبانی و اصول کلی حقوق از طرف دیگر، برای التزام به رعایت اصل برائت و آثار مهم آن در موارد متعدد ذکر کرد. از طرفی بحث رعایت و تصریح به طور ضمنی یا آشکار اصل برائت و آثار آن مطرح می گردد که قانونگذار عادی و اساسی در ایران و فرانسه در موارد لازم به آن اشاره داشته اند.اما سکوت قانونگذار و یا حتی ممنوعیت آشکار و واضح در جهت محروم سازی متهم، برای بهره مندی از سازو کارهای اصل برائت ، به خصوص در ایران، نمی تواند قابل اغماض باشد.برای مثال، ممنوعیت استفاده از وکیل در مرحله ، دادسرا از جانب متهم در ایران یکی از این موارد است که می توان با اصلاح قانون آیین دارسی کیفری این حق آشکار و مهم و بنیادین متهم را مجدداً احیاء کرد.سخت گیری بیش از حد قانونگذار ایران ، برای چنین ممنوعیت قانونی، به طور مطلق و عام در همه جرایم بدون قائل شدن به استثناء بدون توجیه منطقی و معقول ،نمی تواند قابل اغماض باشد.در حوزه قوانین شکلی ، مورد دیگری که می توان به آن اشاره داشت؛ عدم تصریح دقیق برخی از حقوق مسلم متهم، مثل حق استفاده و بهره مندی از سکوت ، قابل توجه است.در حالی که باید قانون آیین دادرسی کیفری با اصلاحات جدی ، موارد مهم عدم تصریح حقوق متهم را ، تحت پوشش قرار دهد؛ با تصریح شفاف و دقیق باید به برخی حقوق به طور خاص توجه نماید. چنانچه گذشت ، به لحاظ دلایل جزائی ، سیستم دلائل معنوی رابطه ای نزدیک با فرض برائت دارد.سنجش آزادانه دلایل اقتضا دارد که برای محکومیت شخص دلایل کافی ارائه نماییم. به عبارت دیگر ، لازم است که قاضی کیفری به درجه ای از اطمینان برسد که از نظر درونی و وجدانی قانع گردد که شخص مجرم است ، اگر ادله کافی در دست نباشد و قاضی دچار شک و تردید باشد ، اصل برائت حاکمیت پیدا می کند و بایستی شک را به نفع متهم تفسیر کرد و حکم نهایی بر برائت صادر نمود. چنانچه اشاره شد ، قوانین ماهوی مانند قانون مجازات اسلامی در مواردی مانند لوث یا مسئولیت کسی که دیگری را به خانه خود فراخوانده است ؛ اماره مجرمیت را بر فرض بی گناهی متهم ترجیح داده است.اما چالش اصلی این است که اصل برائت در مقابله با اماره مجرمیت به طور مطلق ، در فرآیند دادرسی کیفری باید مورد استفاده قرار گیرد؛ یا در مواردی می توان به طور استثنایی، اصل را نادیده گرفت و اماره مجرمیت را بر اصل ترجیح داد.مواردی مانند جرایم علیه امنیت ملی،پولشویی و جرایم جنگی به عنوان نمونه در حقوق ایران و فرانسه مطرح شده اند که در خصوص متهمان به ارتکاب جرایم مذکور ، رعایت اصل برائت با تردید جدی روبروست.حفظ تمامیت ارضی و حیات اقتصادی و سیاسی هر جامعه ، برخورد سخت گیرانه در موارد مذکور، نسبت به دیگر جرایم را در فرآیند دادرسی کیفری اقتضاء می کند.فی الواقع ، در این جرایم در یک قیاس ساده بین منافع جامعه و منافع فردی،آنی و زودگذر افراد، تعارضی آشکار رخ می دهد،اما چالش اصلی آن است که کدام یک باید بر دیگری ترجیح داده شود؛ منافع فرد یا منافع جامعه؟ یکی از چالش های اصلی در حوزه حقوق،اقتصاد و سیاست در هر کشور ، ایجاد توازون و تعادل بین توسعه اقتصادی و توسعه سیاسی،بین امنیت و آزادی و مفاهیمی از این دست مبهم و غیر قابل تعریف می باشد؛ که در حوزه دادرسی کیفری نیز خود را نشان می دهد. اما خصوصیت مثبت قوانین ایران در حوزه دادرسی، در واقع همان تصریح عام قانونگذار ایران در قانون اساسی 1358 و اصلاح بعدی آن در سال 1368 می باشد ؛که اصل برائت به صورت کلی به عنوان یک سازو کار عام حمایت از حقوق متهم در نظر گرفته شده است. مثل حق دسترسی به وکیل به طور کلی،حق دسترسی به دادگاه ها،استقلال قوه قضاییه و....در واقع باید ایرادات موجود در قانون آیین دادرسی کیفری را نیز با قانون اساسی ،که از لحاظ سلسله مراتبی در نظام اسلامی ایران، بالاتر از سایر قوانین است؛ رفع نمود،در این صورت می توان گفت سازو کارهای حمایت از حقوق متهم در ایران از لحاظ قانونی مشکل چندانی ندارد؛ و حقوق متهم در آن به طور عام تضمین گردیده است. امروزه برای حفظ منافع جامعه و محدود کردن راه های گریز بسیاری از مجرمان ،از چنگال دستگاه عدالت کیفری، با تقدم اماره مجرمیت بر فرض بی گناهی متهم ،بار اثبات دعوی از دوش دستگاه قضایی برداشته می شود و بر دوش متهم قرار می گیرد.اما سئوال آن است که تقدم اماره مجرمیت بر اصل برائت چگونه قابل توجیه است؟این موضوع را می توان از این حیث توجیه کرد که در قیاس بین منافع فرد و منافع جامعه، اولویت و تقدم با منافع جامعه است و وجود جرایم سازمان یافته نظیر پولشویی،جرائم جنگی و... می تواند منافع عمومی جامعه و حیات سیاسی دولت را نیز به خطر اندازد.اما از طرف دیگر، نمی توان جامعه را با اصل قرار دادن مجرمیت افراد به سمت امنیتی شدن و در نهایت نقض حقوق افراد کشاند. از این رو باید گفت ؛ این فرآیند باید با رعایت اصول و موازین حقوق بشر و مطابق با معیارهای عام و استاندارد جهانی صورت گیرد؛ و موارد تقدم اماره مجرمیت بر اصل برائت به طور دقیق و شفاف روشن شود؛ تا از هر گونه سوء استفاده احتمالی و تفسیر موسع و نابجا؛ توسط دستگاه قضایی جلوگیری گردد.چرا که حقوق کیفری، مهم ترین ابزار توجیه کننده جنبه ایدئولوژیک، و البته قهر آمیز دولت محسوب می گردد؛ که البته باید شایسته و به جا به کار برده شود.قوانین شکلی در حوزه دادرسی کیفری، نشان دهنده استفاده به جا و متناسب و یا بی مورد و مغایر با شأن و کرامت انسان توسط دولت می باشد،بنابراین به طور ویژه ، وجود قوانین عام و خاص که تضمین کننده عملکرد مثبت و موثر دستگاه قضایی باشد و از نقض حقوق متهم جلوگیری کند؛ لازم و حیاتی است. در ایران، درقانون آیین دادرسی کیفری ، نقض آشکار و ضمنی حقوق متهم در مواردی که اشاره رفت وجود دارد و می توان خلأ های قانونی این چنین را ، با تطبیق متناسب بر نظام حقوقی دیگر کشورها از جمله قانون جدید آیین دادرسی کیفری فرانسه ، پوشش داد.همچنین توجه به اسناد بین المللی جهانی و منطقه ای بدون هیچ گونه بد بینی سیاسی ، در خصوص منشأ وضع و تصویب این اسناد ، با این دید که، توسعه جامعه از بعد سیاسی و حقوقی بدون توجه به اهداف متعالی مندرج در این اسناد ، میسر نخواهد بود؛ نیز باید بیش از پیش در دستور کار هیأت حاکمه قرار گیرد.امروزه احترام به حاکمیت ملی در هر کشور ، اصلی پذیرفته شده است ؛که اعلامیه جهانی حقوق بشر در بند 2 ماده 4 بدان تصریح کرده است ؛ اما تجاوز به حقوق بنیادین بشر راهی را برای توسل به حاکمیت داخلی به دلیل مصون بودن از فشار افکار عمومی داخلی و خارجی باز نگذارده است.این اسناد حداقل می توانند از جهت علمی و تئوریک، مبنای کار قرار گرفته و زمینه اجرایی شدن را در آینده فراهم سازند.از طرف دیگر تصویب قانونی بر دادرسی کیفری که لوازم و آثار اصل برائت در آن تصریح و موارد استثناء و عدول از اصل نیز مشخص شده باشد ؛ می تواند راهکار مناسبی برای حفظ و تضمین حقوق متهم تلقی گردد.