مقدمه: هدف از انجام این پایان نامه تعیین گروه و تحت گروه فیلوژنی سویه های تولید کننده شیگاتوکسین در جدایه های e.coli از مدفوع گاو های سالم در اطراف شهر کرمان بوده است. مواد وروش کار: برای این منظور نمونه های سواب از مدفوع 94 گاو سالم اخذ گردید. نمونه های باکتری شناسی در محیط های مناسب برای جدا سازی e.coliکشت داده جدایه ها بر اساس خصوصیات بیوشیمیایی مورد تایید قرار گرفتند. از هر یک از جدایه ها dna به روش لیز تهیه شده و در آزمایش مولتی پلکس pcr به کار گرفته شد. گروه و تحت گروه فیلوژنی بر اساس حضور ژن های chua، yja و قطعه tspe4.c2 تعیین گردید. نتایج: فراوانی ژن سویه های تولید کننده شیگاتوکسین بر اساس حضور ژن های stx1 ، stx2 و eae تعیین گردید و بر اساس نتایج از تمامی 94 نمونه سوآب اشریشیا کلی جدا گردید. آزمایشات pcr جهت فیلوتایپینگ جدایه ها نشان داد که در آنها در چهار گروه فیلوژنی a (04/34.درصد)، b1 (88/47 درصد)، b2 (44/7 درصد) و d (64/10 درصد) قرار گرفتند. از مجموع 94 جدایه مورد بررسی، 12 جدایه (75/12 درصد) نسبت به یکی از ژن های stx1 و یا eae مثبت بودند که 5 جدایه (66/41 درصد) نسبت به ژن eae و 7 جدایه (34/58 درصد) نسبت به ژن stx1 مثبت بودند. هیچ یک از جدایه ها از نظر حضور ژن stx2 مثبت نبودند. 5 جدایه مثبت از نظر ژن eae متعلق به 2 گروه فیلوژنی a (یک جدایه) و b1 (چهار جدایه) بودند. 7 جدایه مثبت از نظر ژن stx1 در 3 گروه فیلوژنی a (سه جدایه)، b1 (سه جدایه) و b2 (یک جدایه) انتشار داشتند.