در این پژوهش از دو مدل روز آزمون با تابعیت ثابت و تصادفی برای ارزیابی ژنتیکی صفت پروتئین روز آزمون در گاوهای هلشتاین ایران استفاده شد. داده های مورد استفاده شامل 250911 رکورد روز آزمون پروتئین متعلق به 28737 رأس گاو شکم اول (سه بار دوشش) در 396 گله بود که طی سال های 1378 تا 1387 زایش داشتند. اطلاعات مزبور توسط مرکز اصلاح نژاد دام ایران جمع آوری شده بود. به منظور بررسی اثرات محیطی بر پروتئین روز آزمون شیر از رویه مدل مختلط نرم افزار آماری sas استفاده شد. در مدل روز آزمون با تابعیت ثابت، اثر ثابت گله- سال رکوردگیری- فصل تولید- نوع اسپرم (hysc)، متغیرهای همراه درصد ژن هلشتاین، سن گاو هنگام رکوردگیری، روز شیردهی (با توان 3)، اثرات تصادفی ژنتیکی افزایشی و محیط دائمی حیوان، و در مدل روز آزمون با تابعیت تصادفی، اثرات ثابت hysc ، سن رکوردگیری، درصد ژن هلشتاین، و برای در نظر گرفتن شکل منحنی شیردهی از چند جمله ای های متعامد لژاندر (با توان 3) استفاده گردید. در این پژوهش از روش حداکثر درستنمایی محدود شده برای برآورد اجزای واریانس و کواریانس استفاده شد. واریانس ژنتیکی افزایشی، محیط دائمی و فنوتیپی از ابتدا به انتهای شیردهی افزایش داشت. وراثت پذیری 07/0 با مدل روز آزمون با تابعیت ثابت و متوسط وراثت پذیری با مدل روز آزمون با تابعیت تصادفی 104/0 برآورد شد. بین میانگین ارزش های اصلاحی پیش بینی شده از دو مدل مزبور، اختلاف معنی دار آماری وجود داشت (0001/0>p). همبستگی بین ارزش -های اصلاحی پیش بینی شده پروتئین 305 روز مدل روز آزمون با تابعیت تصادفی و ارزش های اصلاحی پیش بینی شده پروتئین 305 روز با مدل روز آزمون با تابعیت ثابت به روش پیرسون برابر با 926/0 و با روش اسپیرمن 915/0 برآورد شد. مدل روز آزمون با تابعیت تصادفی روند ژنتیکی پروتئین 305 روز را 64/410 گرم در سال و این مقدار را به لحاظ آماری معنی دار (0001/0) نشان داد در حالی که با مدل روز آزمون با تابعیت ثابت این مقدار 16/124 گرم برآورد شد و به لحاظ آماری معنی دار (105/0) نبود.