بیماری اسکراپی یک اختلال عصبی کشنده از خانواده انسفالوپاتی اسفنجی مسری در گوسفندان می باشد. این اختلال به دلیل تغییر ساختار پروتئین پرایون نرمال به فرم بیماری زای آن در سیستم عصبی مرکزی و شبکه لنفاوی می باشد. جهش در کدون های 136 (a و v)، 154 (r و h) و 171 (h، r و q) در پرایون گوسفندی باعث وقوع این دگرگونی و ایجاد بیماری می شود. تحقیق حاضر به منظور شناسایی این جهش ها در سه جایگاه فوق الذکر در جمعیت گوسفندان نژاد زندی انجام گرفته است. برای این منظور از تعداد 100 رأس از گوسفندان نژاد زندی خون گیری به عمل آمد. نمونه ها بلافاصله با حفظ شرایط زنجیره سرد به آزمایشگاه منتقل و تا زمان استخراج دی ان ای در دمای 4 درجه سانتیگراد نگهداری شد. جهت استخراج دی ان ای از روش نمکی بهینه یافته استفاده شد. تکثیر جایگاه ژنی پروتئین پرایون به وسیله واکنش زنجیره ای پلیمراز و شناسایی جهش های مورد نظر توسط آنزیم های محدودالاثر bsphi، acci و bseli صورت گرفت. همچنین جهت اطمینان از ژنوتیپ مشاهده شده از روش پی سی آر اس اس سی پی نیز استفاده گردید. ژنوتیپ arq/arq تنها هاپلوژنوتیپ مشاهده شده در نمونه های آنالیز شده در این تحقیق بود. با توجه به نتایج مشاهده شده، گوسفندان حاضر در این تحقیق در گروه گوسفندان با مقاومت کم به اسکراپی طبقه بندی می شوند. این تحقیق می تواند به عنوان نقطه شروع تحقیقات بعدی در ارتباط با جایگاه ژنی پروتئین پرایون در طراحی برنامه های اصلاح نژادی مرتبط به بیماری اسکراپی در صنعت پرورش گوسفند باشد.