شبیه سازی دینامیک مولکولی همه اتم های پلی آلانین در غیاب گوانیدینیوم کلراید و در حضور غلظت های 224/0، 448/0، 673/0، 897/0 و 122/1 مولار از گوانیدینیوم کلراید در دماهای مختلف توسط دینامیک مولکولی با استفاده از بسته محاسباتی گرومکس 3.3 انجام شده اند. یک مولکول از پلی آلانین دارای 21 اسیدآمینه در جعبه ای به ابعاد 2/4×2/4×2/4 نانومترمکعب قرار داده شد. سپس تعداد مختلفی از یونهای گوانیدینیوم به همان تعداد کافی از یون های- cl برای خنثی کردن به محلول اضافه شد. پس از آماده سازی فایل های ورودی، سیستم در دماهای273، 285، 300، 315 ،330، 345 360، 375 و 390 درجه کلوین در محدوده 20 نانو ثانیه بهینه سازی شد. مساحت سطح قابل دسترس (asa) ، میزان دورنگ نمایی دورانی در طول موج 222 نانومتر(cd222)، نقطه میانی دمای گذار ((tm، تعداد و فواصل پیوند هیدروژنی ، تابع توزیع شعاعی و پارامترهای فیزیکی دیگر از آنالیز اطلاعات خروجی دینامیک مولکولی بدست آمدند. ساختار مارپیچ اولیه در بازه زمانی مورد مطالعه به پیچه تصادفی تبدیل شده اند. افزایش دما سرعت تشکیل گذار فاز از حالت مارپیچ به پیچه تصادفی را زیاد می کند در حالی که با ازدیاد غلظت غیر طبیعی کننده، سرعت تبدبل کاهش پیدا می کند. نتایج ظرفیت گرمایی(cp) محاسبه شده در فشار ثابت نشان دادند که دمای این گذار فاز با افزایش غلظت گوانیدینیوم کلراید زیاد می گردد. دمای میانی گذار (tm) 300، 315 و 330 درجه کلوین به ترتیب برای سه غلظت224/0، 673/0 و 122/1 مولار بدست آمدند. در برخی از شرایط ساختار اولیه مارپیچ به پیچه تصادفی تبدیل می شود و سپس ساختار دیگری از قبیل بتا یا ساختار مارپیچ ظاهر می شود و سرانجام در نهایت به پیچه تصادفی تبدیل می شود. بنابر این در نمودار نسبت به دما دو پیک مشاهده می گردد یک پیک مربوط به تبدیل شدن مارپیچ به غیر طبیعی شده جزئی و دیگری تبدیل بتا به پیچه تصادفی می باشد. داده های سینستیکی و توابع توزیع شعاعی نشان می دهند که گوانیدینیوم کلراید در غلظت های پایین مشابه اسمولیت ها رفتار می کند، یعنی مانند آن ها ساختار بتا را کاهش می دهند ولایه های هیدراته و میزان پایداری را زیاد می کنند.