چکیده: یونجه یکی از گیاهان لگوم است که میزان زیادی علوفه تولید می کند. اغلب گونه های یونجه توانایی قابل توجهی در تثبیت نیتروژن دارند و کیفیت مراتع را در علفزارهای طبیعی و کشت شده بهبود می بخشد. باکتریهای خوانواده ریزوبیاسه قادر به تثبیت اتمسفر در ریشه گیاهان لگومینوزی همچون یونجه هستند. اهداف این تحقیق تعیین تنوع ژنتیکی میان استرین های باکتری گره زای یونجه در نمونه های جدا شده از خاک استان خراسان، شناسایی و آنالیز فیلوژنتیکی و همچنین شناسایی فنوتیپی این باکتری ها بودند. شانزده استرین باکتری از گره ریشه یونجه ایزوله شدند. dnaی آنها استخراج شد و با پرایمرهای یونیورسال برای تکثیر ژن s rrna16 بکار رفتند. مقداری از محصول pcr برای هضم بوسیله چهار آنزیم cfo، haeiii،mspi و hinfi محدود کننده بکار رفت. از قطعه هات بدست آمده از پرایمرهای rd1 و fd1 متعلق به چهار استرین برای توالی یابی ژن srrna16 و بررسی های بیشتر انتخاب گردیدند. برای رسم دندوگرام، قطعات حاصل از pcr-rflp امتیازبندی شده و برای محاسبه تنوع با نرم افزار ntsys-pc بکار رفتند. محصولات pcr با نرم افزار بلاست از پایگاه ncbi و bibi مقایسه شدند. درخت فیلوژنی با روش نیبرجوینینگ با نرم افزار مگا ترسیم شد. نتایج حاصل تنوع بالای ژنتیکی و فنوتیپی در میان باکتریها را آشکار کرد. دندوگرام حاصل pcr-rflp وجود چهار گروه متفاوت را میان باکتریهای بومی نشان داد. بر اساس آنالیز توالی یابی، استرین ها همولوژی بالایی با بعضی از استرین های گونهsinorhizobium meliloti داشتند. این تحقیق اطلاعات شناسایی باکتری های گره زای یونجه را در استان خراسان فراهم می کند. نتایج حاضر تنوع ژنتیکی غنی ریزوبیوم ها را پیشنهاد می کند که می تواند در سطوح اقتصادی و اکوسیستمی با ارزش باشد کلمات کلیدی: ریزوبیوم، یونجه، تنوع ژنتیکی، ژن s rrna16