جنس زعفران (crocus)یکی از اعضای خانواده بزرگ زنبق (iridaceae) می باشد که شامل 85 گونه بوده که از مدیترانه تا غرب آسیا گسترش یافته اند. ایران یکی از بزرگترین مراکز پراکنش این جنس می باشد. بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت ها و ساختار جمعیت های درون یک گونه نه تنها فرآیندهای تکامل و مکانیسم آن را بررسی می کند، بلکه اطلاعات مفیدی را در مورد حفاظت های بیولوژیکی فراهم می کند. نشانگرهای مولکولی اطلاعات دقیقی درباره ساختار ژنتیکی جمعیت های طبیعی فراهم می کنند. در این مطالعه با استفاده از نشانگرهای issr تنوع ژنتیکی 30 نمونه زعفران وحشی و زراعی موجود در ایران بررسی شده است. تعداد 14 آغازگر، 215 باند قابل تکرار و قابل تفسیر تکثیر کردند که بر اساس وجود و عدم وجود باندها به ترتیب با صفر و یک امتیازدهی شدند. باندهای تکثیر شده صدرصد چندشکلی نشان دادند. محتوای اطلاعات چند شکلی هر نشانگر ((pic در دامنه بین 27/0تا 42/0 قرار گرفت که بیشترین آن متعلق به آغازگرubc834 و کمترین آن مربوط به آغازگر ubc834بود. آغازگرهای ubc834 و ubc840 نیز بیشترین قدرت تفکیک را نشان دادند. تجزیه خوشه ای، ژنوتیپ های مورد مطالعه را در هشت گروه قرار داد و توانست گونه های مختلف را از هم جدا کند. تجزیه به مختصات اصلی نیز نتایج تجزیه خوشه ای را تائید کرد و توانست برخی از گونه ها را بر اساس منطقه جغرافیایی از سایر گونه ها جدا نماید. بیشترین میانگین هتروزیگوسیتی در جمعیت c. haussknechtii مشاهده شد. تجزیه واریانس مولکولی با pt? برابر با 208/0، (001/(p= نشان داد که 21 درصد از تنوع کل توسط واریانس بین جمعیتی و 71 درصد نیز توسط واریانس درون جمعیتی قابل توجیه می باشد. مطالعه حاضر نشان داد که c. haussknechtii بیشترین رابطه خویشاوندی را با زعفران زراعی دارد و احتمالا یکی از اجداد وحشی گونه زراعی باشد. نتایج بدست آمده نشان دهنده تنوع ژنتیکی بالا بین ژنوتیپ های مورد مطالعه بوده و نیز کارایی بالای نشانگرهای issr را در بررسی تنوع ژنتیکی در جنس crocusنشان داد.