شهرستان نایین، شرقی ترین شهرستان استان اصفهان است و حد فاصل استان خراسان، یزد، و اصفهان قرار دارد و اقلیم آن از نوع بیابانی است. موقعیت قرارگیری این شهرستان به لحاظ واقع شدن در یکی از شاهراههای ارتباطی غرب به شرق کشور و همجواری آن با مراکز فرهنگی چون فارس، اصفهان و خراسان، این منطقه را از دوره ساسانی تا قرون میانه اسلامی به صورت یک بارانداز تجاری مهم و از طرف دیگر آن را به عنوان یکی از مراکز تقابلات فرهنگی تبدیل کرده است که این مطلب با استناد به آثار مکتوب جهانگردان و جغرافیدانان قرون اولیه اسلامی و مدارک باستان شناسی و شواهد معماری آثار موجود در منطقه مشهود است. در این راستا وجود بناهای با ارزش دوره ساسانی همچون مجموعه بناهای نخلک، شیرکوه ، چهارطاقی قلعه دار ، قلعه بیاضه و نارین قلعه از یک سو و وجود دو بنای ارزشمند صدر اسلام به نام مسجد سرکوچه محمدیه و مسجد جامع نایین دلیلی بر این مدعا هستند. در پژوهش حاضر، ابتدا بر اساس متون تاریخی و مستندات باستان شناسی به بررسی پیشینه تاریخی منطقه در دوره ساسانی و صدر اسلام پرداخته شده و سپس آثار و بناهای موجود در سطح منطقه در این دوره زمانی مورد مطالعه قرار گرفته و در نهایت با اتکاء به مستندات معماری موجود به تحلیل تاثیر بناهای ساسانی بر بناهای صدر اسلام پرداخته شده است و از این رهگذر نیم نگاهی نیز به تاثیر ساختار عمومی معماری ساسانی ایران بر معماری منطقه شده است. نتایج تحقیقات انجام شده در منطقه نشان داد که: الف- تداوم تقسیم بندی ایالات دوره ساسانی در شرق اصفهان در دوره اسلامی، مجموعه بناهای پاکوه، محوطه قلعه دار، نارین قلعه و دو مسجد سرکوچه محمدیه و جامع نائین را در حوزه استان فارس قدیم و مجموعه بناهای نخلک و قلعه بیاضه را در حوزه خراسان قدیم تعریف می کند. ب- مجموعه بناهای نخلک و پاکوه به دلیل واقع شدن در مسیر کاروانی خراسان بزرگ و وجود منابع غنی نخلک در ارتباط با تاجران و معدنچیان هستند. ج- معماری این منطقه در دوره ساسانی و اسلامی از ابعاد مختلفی چون فرم، مصالح و تزئینات متاثر از معماری ساسانی است. د- گچبری های جامع نائین کاملا متاثر از آرایه های گچی ساسانی هستند. ه- آنالیز ملات چهاطاقی های منطقه نشانگر آن است که نوع گچ بکار رفته در ملات آنها یکسان بوده است. و- اقلیم به عنوان عاملی تاثیر گذار بر معماری منطقه بشمار می رود.