مارکرهای dna از جمله مواد رایج در بیولوژی مولکولی می باشند.استانداردهای وزنی مولکولی dna ترکیبی از قطعات dna (دو رشته ای یا تک رشته ای) با اندازه شناخته شده می باشند. به صورت معمول، نمونه dna و یک مارکر در حفرات مجاور هم در ژل آگارز بارگذاری می شوند. dnaبه وسیله الکتروفورز در ژل جداشده و اندازه قطعات نمونه به وسیله مقایسه میزان حرکت با باندهای شناخته شده مارکر، معین می گردد. هدف از مطالعه حاضر تهیه مارکر 100bp با دو روش pcr و کلونینگ بود. در روش pcr، 10 جفت پرایمر برای تکثیر قطعاتdna درمحدوده 100 تا bp1000، طراحی گردیدند. بعنوان dna الگو در pcr از پلاسمید باکتریایی pmal-c2x استفاده شد. محصولات pcr با استفاده از محلول فنل-کلروفرم استخراج شده و با اتانول رسوب داده شدند و سپس جذب نوری آنها در طول موجnm 260 آنالیز گردید. در آخر، محصولات pcr برای بدست آوردن محصول نهایی (مارکر) با یکدیگر ترکیب شده و مارکر بدست آمده با یک مارکر تجاری خریداری شده از شرکت های بیوتکنولوژی مقایسه گردید. در روش کلونینگ، مجددا قطعات 100 تاbp 1000 با استفاده از ده زوج پرایمر جدید در pcrتکثیر گردیدند.این پرایمرها دارای محل برش برای آنزیم های eco321، bamhiو bgliiبودند.هر محصول pcr به صورت جداگانه با آنزیم های bamhi و bglii که نواحی انتهایی را برش می دادند هضم گردید و وارد پلاسمید ptz57r که آن نیز با آنزیم bamhi برش داده شده بود، گردید. محل های محدود شده bamhiو bglii اجازه اتصال قطعات در جهت و نظم مناسب را می دادند. محل های eco321 برای رهاسازی مطلوب قطعات از پلاسمید حاصل شده استفاده گردید. در نهایت پلاسمید نوترکیب با آنزیم eco321 هضم و بعنوان مارکر با یک مارکر تجاری مقایسه گردید.

بیماری اسهال ویروسی گاو (bvd)، یکی از بیماری های مهم گاو است که با اسهال، سقط جنین، مرده‎زایی، بازگشت به فحلی و کاهش تولید شیر، خسارت های اقتصادی هنگفتی را سبب می شود. این بیماری توسط ویروس اسهال ویروسی گاو (bvdv) از خانواده فلاوی ویریده و جنس پستی ویروس ایجاد می شود. برنامه های مراقبتی مناسب مانند واکسیناسیون بر ضد ویروس bvd، اهمیت زیادی در پیشگیری و کنترل این بیماری دارند. پروتئین ساختمانی e2با وزن مولکولی kda 53، پروتئین ایمونوژن اصلی ویروس است و سبب القای آنتی بادی های محافظت کننده در حیوانات ایمن یا آلوده می گردد. به همین دلیل پروتئین e2 کاندید اصلی برای تولید واکسن های تحت واحد، واکسن dna و ویروس های نوترکیب می باشد. c3فراوانترین جزء کمپلمان پروتئینی کلیدی و فاکتور عمده ایمنی همورال در دفاع میزبان در سیستم کمپلمان می باشد. پژوهش های متعدد نشان داده اند که همراهی نسخه هایی از c3d ( آخرین جزء ناشی از شکست c3) در واکسن های dna به فعالیت پر توان ادجوانتی انجامیده است. هدف مطالعه حاضر ساخت و بررسی ایمنی زایی پلاسمید کد کننده e2 و جزء c3d کمپلمان گاو در موش بود. بدین منظور توالی کدکننده پروتئین e2 ویروس bvd سویه nadl با آزمایش rt-pcr تکثیر و درون وکتور بیانی یوکاریوتی pse-tag کلون شد. سپس سه نسخه از توالی ژن c3d به این پلاسمید افزوده گردید. 15 سر موش balb/c با سن 6-5 هفته به سه گروه 5 تایی تقسیم شده و به گروه اول [e2-(c3d)3]، µg 100پلاسمید حاوی ژن e2 به همراه سه نسخه از ژن c3d،‏‏ گروه دوم (e2)،µg 100 پلاسمید حاوی ژن e2 به تنهایی و گروه سوم (شاهد)، پلاسمید بدون ژن های فوق تزریق شد. موش ها در مجموع 3 بار با فاصله دو هفته ایمن شده و در روزهای صفر ، 14، 28 و 42 از موش ها خونگیری به عمل آمد. عیار سرمی آنتی بادی ضد e2 در گروه های مختلف با استفاده از روش الیزا ارزیابی گردید. نتایج آزمون الایزا تفاوت معنی داری را میان موش های گروه های اول و دوم با گروه سوم نشان داد اما دو گروه اول تفاوت معنی داری نداشتند. با اینحال این یافته ها حاکی از آن بود که پلاسمید های حاوی ژن e2 تهیه شده در این مطالعه دارای پتانسیل ایمنی زایی بوده و می توانند به عنوان یک dna واکسن در مطالعات میدانی مورد ارزیابی دقیقتری قرارگیرند.