جنس پکتوباکتریوم ( pectobacterium) متعلق به خانواده انتروباکتریاسه (enterobacteriaceae)، از عوامل مهم بیماریزا در گونه های متعلق به 35 درصد از راسته های گیاهی نهاندانه می باشد. گونه ها و زیرگونه های این جنس باعث ایجاد پوسیدگی نرم ، ساق سیاه، نکروز آوندی، پژمردگی و لکه برگی روی طیف وسیعی از گیاهان تک لپه و دو لپه می شوند. با وجود مطالعات قابل توجه در دنیا بر روی pectobacterium های جدا شده از گیاهان مختلف به خصوص سیب زمینی و در سطح محدودتری گیاهان زینتی- آپارتمانی، تحقیق جامعی در زمینه تاکسونومی و فیلوژنی اعضای این جنس در ایران انجام نگرفته است. بنابراین در سالهای 1386 و 1387، هفتاد و یک جدایه متعلق به جنس pectobacterium از غده های سیب زمینی آلوده انبارهای استان خراسان شمالی و برگها و ساقه های بیمار گیاهان زینتی گلخانه ای از استانهای گلستان، گیلان و مازندران جداسازی شد. در بررسی حاضر جدایه ها با مجموعه ای از روشهای مورفولوژیکی، فیزیولوژیکی، بیوشیمیایی، بررسی نقوش پروتئین های سلولی، بیماریزای ، تعیین مقدماتی دامنه میزبانی، انگشت نگاری dna ی ژنومی، واکنش زنجیره ای پلیمراز با آغازگرهای اختصاصی، تعیین توالی ژنهای rna ی ریبوزومی، تکثیر و هضم آنزیمی ناحیه جداکننده رونویسی شونده داخلی (its) و آنالیز توالی چند ژنی مورد بررسی پلی فازی قرار گرفتند. با استفاده از داده ها ی پلی فازی، چهار گونه و یک زیر گونه از جنس پکتوباکتریوم شناسایی شد که یک گونه آن برای ایران و احتمالا دو گونه آن برای دنیا جدید می باشند. بر اساس یافته های این تحقیق، گونه های pectobacterium wasabiae ، p. atrosepticum و زیرگونه p. carotovorum subsp. carotovorum به عنوان عوامل مولد پوسیدگی نرم سیب زمینی در انبارهای شمال شرق کشور، تشخیص داده شدند. بیمارگر p. wasabiae برای اولین بار از ایران گزارش می شود. همچنین علاوه بر زیر گونه p. c. subsp. carotovorum، جدایه هایی از گیاهان زینتی گلخانه های شمال ایران شناسایی شدند که با هیچ یک از گونه های توصیف شده این جنس شباهت کافی نداشته و به نظر میرسد احتمالا دوگونه جدید از pectobacterium باشند. نامگذاری و توصیف کامل تر این دو گونه نیاز به مطالعات تکمیلی هیبریداسیون dna دارد. به نظر می رسد از میان هشت روش تشخیصی به کار برده شده مقایسه توالی چند ژنی به عنوان کاراترین ابزار در بررسی تاکسونومی و فیلوژنی گونه ها و زیر گونه های pectobacterium باشد. تلفیق نتایج بدون ابهام حاصل از توالی چند ژن خانه دار به همراه ویژگی های کلیدی فنوتیپی، تشخیص اختصاصی و نقوش قطعات حاصل از تکثیر ناحیه جداکننده رونویسی شونده داخلی (its) می تواند در تعیین و شناسایی گونه های جدید جنس pectobacterium راه گشا باشد.

به منظور شناسایی نماتدهای انگل گیاهی مزارع حبوبات خراسان شمالی تعداد 41 نمونه خاک و ریشه طی سالهای 90 و 91 جمع آوری و به آزمایشگاه منتقل گردید. پس از انتقال نمونه ها شستشوی خاک و ریشه ها و استخراج نماتدها با استفاده از روش الک و سانتریفیوژ، تثبیت و انتقال آنها به گلیسیرین با استفاده از روش دگریس و جن کینز( 1969) انجام گرفت. سپس از نماتدهای استخراج شده به تفکیک جنس لام های میکروسکوپی تهیه گردید. پس از بررسی های میکروسکوپی، اندازه گیری های لازم و رسم تصاویر مورد نیاز، شناسایی گونه ها با استفاده از منابع و کلیدهای معتبر موجود انجام گرفت و تعداد 11گونه متعلق به 7 جنس از زیرراسته tylenchina شناسایی گردید که عبارتند از: aphelenchusavenae, aphelenchoideslimberi, aphelenchoides spicomucronatus, ditylenchus tenuidens, ditylenchus adasi, filenchus thornei, filenchus cylindricaudatus, geocenamous tenuidense, helicotylenchus vulgaris, pratylenchus thornei, pratylenchus neglectus, گونه های geocenamustenuidens، aphelenchusavenae، pratylenchusneglectus، ditylenchustenuidens و filenchusthornei ، filenchuscylindricaudatusبه ترتیب بیشترین فراوانی را دارا می باشند. از بین جنس ها و گونه های شناسایی شده گونه ditylenchusadasiبرای اولین بار از ایران گزارش می شود.

نماتد ریشه گرهی گوجه فرنگی (meloidojynejavanica)یکی از مهمترین عوامل بیمارگر در بسیاری از محصولات کشاورزی از جمله گوجه فرنگی می باشد. در این بررسی جهت ارزیابی کنترل زیستی نماتد ریشه گرهی گوجه فرنگی از جدایه های جنس باسیلوس استفاده شد. تعداد 150 جدایه باکتریایی از فراریشه گوجه فرنگی مزارع استان خراسان رضوی بعد از تیمار گرمایی خالص سازی گردید. قابلیت آنتاگونیستی جدایه های باکتریایی در مقابل نماتدm. javanicaبه روش آزمون سنجش زیستی مورد ارزیابی قرار گرفت. بیست جدایه که بیشترین درصد مرگ و میر لارو و عدم تفریخ تخم را نشان دادند در مطالعات بعدی نیز از نظر توانایی تولید آنزیم های پروتئاز، آلکالین پروتئاز و لیپاز و نیز تشکیل بیوفیلم مورد سنجش قرار گرفتند. بر اساس نتایج آزمون های آزمایشگاهی، تعداد هشت جدایه به همراه 2 جدایه bacillus thuringiensis-1838وbacillus subtilis (کلکسیون دانشگاه فردوسی مشهد) از نظر تشکیل بیوفیلم و قابلیت کنترل زیستی نماتد روی دو رقم ارلی اوربانا وی اف و موبیل مورد بررسی قرار گرفتند. جدایه هایmd6.5، md1.8 و bag2.13از نظر توانایی کیفی تولید آنزیم، تشکیل بیوفیلم در روش آزمایشگاهی، قابلیت تکثیر بر روی ریشه های هر دو رقم گوجه فرنگی و کاهش علائم گال و توده تخم نماتد در آزمون گلخانه ای نسبت به سایر جدایه ها، شاهد مثبت (گیاه آلوده به نماتد) و شاهد منفی (گیاه سالم) موفق ارزیابی شدند. در بررسی های گلخانه ای نیز جدایه های برتر از لحاظ افزایش شاخص های رشدی نیز موثر عمل نمودند. در این بررسی داده های مربوط به بررسی های گلخانه ای، رقم ارلی اوربانا وی اف را به عنوان رقم متحمل معرفی می کند. نتایج تعیین توالی ناحیه 16srdnaشش جدایه برتر گلخانه حاکی از تعلق جدایه ها به گونه های b. subtilis، b. pumilus، b. flexus و bacillussp. می باشد.جدایهmd6.5به عنوان موثرترین جدایه در کاهش نشانه های بیماری و افزایش شاخص های رشدی معرفی می شود.

سیب زمینی، گیاهی یک ساله با نام علمی solanum tuberosum و متعلق به تیره ی solanaceae می باشد. اردبیل رتبه دوم را در تولید این محصول، در ایران دارد. ساق سیاه و پوسیدگی نرم سیب زمینی از بیماری های مهم باکتریایی این محصول بوده که با توجه به شرایط آب و هوایی مرطوب در اردبیل، در این منطقه شیوع بیش تری دارد. به منظور شناسایی عامل پوسیدگی نرم و ساق سیاه سیب زمینی، ارزیابی روش های فنوتیپی، در تفکیک انتروباکترهای پکتولیتیک و تعیین شدت بیماری در این منطقه، در سال 91 از انبارها و مزارع این استان نمونه های گیاهی با علایم ساق سیاه و پوسیدگی نرم، 511 نمونه جمع آوری شده و 53 جدایه پکتولیتیک جداسازی شد. پس از جداسازی گونه های پکتولتیک و اثبات بیماری زایی، از نظر ویژگی های فنوتیپی، مورد بررسی 2قرار گرفته و با جدایه های استاندارد مقایسه گردیدند. شدت لهیدگی جدایه های مورد بررسی نیز تعیین گردید و درصد آلودگی هر منطقه به جدایه های پکتولیتیک برآورد شد. کلیه جدایه ها گرم منفی، اکسیداز منفی، بی هوازی اختیاری و کاتالاز مثبت بودند. نیترات را احیاء، از سیستئین h2s تولید نموده و روی محیط کشتemb کلنی های سبز متالیک ایجاد کردند. جدایه‎ ها قادر به ایجاد لهیدگی در غده سیب زمینی و ایجاد ساق سیاه در بوته ی گیاه سیب زمینی بودند. نتایج آزمون های فنوتیپی افتراقی ویژه انتروباکترهای پکتولیتیک تنوع بالایی را میان جدایه ها نشان داد. طبق این نتایج جدایه ها در شش گروه مختلف طبقه بندی شدند. جدایه های گروه اول بر اساس خصوصیات بیوشیمیایی و افتراقی به گونه ی pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum، گروه دوم به pectobacterium wasabiae، گروه سوم به گونه ی pectobacterium atrosepticum و جدایه های گروه چهارم به dickeya chrysantemi شبیه بودند. گروه پنجم شامل دو جدایه بوده و خصوصیات این جدایه ها، حد واسط گونه هایpcc و dch بود. گروه ششم که فقط دربرگیرنده یک جدایه می شد، بر اساس ویژگی های فنوتیپی به هر دو گونه pcc و pw شبیه بوده و بینابین این دو گونه قرار گرفت. شدت لهیدگی 18 جدایه پکتولیتیک مورد بررسی قرار گرفته و در سطح احتمال 5 درصد مقایسه شدند. درصد آلودگی هر منطقه نیز برآورد شد. منطقه کلخوران با 18.75 درصد آلودگی، بیش ترین میزان آلودگی را به باکتری های پکتولیتیک در بین مناطق نمونه برداری شده داشت.

نژاد 3، بیووار 2 از کمپلکس گونه‏ای ralstonia solanacearumخسارات اقتصادی قابل توجهی را به سیب زمینی در سراسر دنیا وارد می‏سازد. لذا دستیابی به روش ردیابی حساس و اختصاصی به منظور حذف مواد گیاهی آلوده در مراکز تحقیقات و ایستگاههای بازرسی قرنطینه گیاهی ضروری می‏باشد