یکی از موضوعات قابل توجه در هر نظام و حکومتی آسیب های آن نظام است. در همین راستا آسیب شناسی حکومت از دیدگاه آیت ا... نائینی و امام خمینی مسأله این پژوهش توصیفی ـ تحلیلی قرار گرفت. حکومت از دیدگاه این دو اندیشمند، در دو بخش ساختاری و کارکردی قابل طبقه بندی است. با توجه به آنچه در رساله حاضر آمده، اهم دستاوردهای رساله حاضر چنین است: در حوز? آسیب های ساختاری حکومت، آسیب ضرورت تشکیل حکومت که از نظر آیت الله نائینی انحراف حاکمان از انجام امور نوعی? مردم است اما از نظر امام خمینی آسیب ضرورت تشکیل حکومت اجرا نکردن احکام اسلام است. در آسیب عناصر و نهادهای حکومت که از آسیب های ساختاری می باشد، آسیب نهاد رهبری بررسی شد. آیت الله نائینی حاکم و رهبر را پادشاه می داند و بر این اساس آسیب آن را سلطنت نامحدود و تجاوز از انجام امور نوعیه مردم بر می شمرد اما امام خمینی رهبر را ولی فقیه می داند و بر این اساس آسیب آن را بر شمرده است. در بررسی آسیب قو? مجریه آیت الله نائینی به طور کلی آسیب قو? مجریه را استبدادی شدن قو? مجریه بر شمرد اما نهادی بنام ریاست جمهوری را مورد بررسی قرار نداد. اما امام خمینی نهاد ریاست جمهوری را در ذیل قو? مجریه به طور مفصل مورد آسیب شناسی قرار داد. در بررسی آسیب های قو? مقننه هر دو فقیه بزرگوار شرایطی را برای نمایندگان در نظر گرفته-اند که نبود آن شرایط در آنها، باعث اختلال در انجام وظایف آنها خواهد شد. در بررسی آسیب شناسی قو? قضائیه آیت الله نائینی به طور مختصر و اجمالی این نهاد را مورد آسیب شناسی قرار داد اما امام خمینی به طور مفصل این نهاد را بررسی نموده اند. در بررسی آسیب مرزهای قدرت دولت که در ساختارهای حکومت جای می گیرد آیت الله نائینی مرزهای دولت را مرزهای ملی می داند در صورتیکه امام خمینی آسیب مرزهای دولت را مرزهای ملی می داند. در بررسی آسیب شبک? قدرت دولت که در ذیل ساختارهای حکومت قرار می گیرد. آیت الله نائینی در مورد ورود زنان به درون شبک? قدرت اظهار نظر نکردند اما ورود اقلیت ها را در حد امور محلی و نمایندگی مجلس پذیرفته اند و تجاوز از آن حد را آسیب شمرده اند. در ذیل آسیب های کارکردی حکومت آسیب مرکز تصمیم گیری، آسیب دامن? قدرت دولت، آسیب جریان قدرت دولت و آسیب باز خورد حکومت قابل بررسی است. در بررسی آسیب مرکز تصمیم گیری، آیت الله نائینی مرکز تصمیم گیری را فقها و مردم با هم می داند اما امام خمینی مرکز تصمیم گیری را فقیه جامع الشرایط می داند و بر این اساس آسیب های متفاوتی را برای آن بر می-شمرند آیت الله نائینی و اما خمینی هر دو آسیب قلمرو دخالت دولت را، دخالت دولت در حوز? خصوصی افراد می دانند. این دو فقیه بزرگوار آسیب جریان قدرت را یک طرفه شدن جریان قدرت بر می شمرند. آیت الله نائینی و امام خمینی هر دو ترک امر به معروف و نهی از منکر را از آسیب های باز خوردی حکومت بر شمرده اند.