دوقلو زایی از صفات مهم اقتصادی در پرورش گوسفند می باشند. صفات تولید مثلی نه تنها در بین نژادهای مختلف گوسفند بلکه در بین گوسفندان یک نژاد نیز دارای تفاوت های عمده می باشند. در این تحقیق مطالعه ارتباط ژنومی با استفاده از 42416 نشانگر تک نوکلئوتیدی برای شناسایی نواحی ژنومی موثر بر نرخ دو قلوزایی در گوسفند بلوچی انجام شد. نمونه های خون از 96 راس گوسفند بلوچی همراه با داده های فنوتیپی زایش متعلق به دو گله از ایستگاه تحقیقاتی عباس آباد تهیه شد. نمونه ها با استفاده از ریز آرایه های نانویی گوسفندی (50k) تعیین ژنوتیپ شدند. با استفاده از نرم افزار plink ماتریس خویشاوندی ibs برای افراد محاسبه شد. مطالعه ارتباط ژنومی برای نرخ دو قلوزایی و تعداد کل بره ها در مجموع 4 شکم زایش با در نظر گرفتن بعد اول آزمون mds و اثر گله به عنوان کووریت انجام شد. برای کنترل نرخ اشتباه در سطح خانواده، از تصحیح بنفرونی استفاده شد و آزمون ارتباط به کمک نرم افزار plink انجام گرفت. ارتباط معنی دار برای دو نشانگر روی کروموزوم 10 و 15 شناسایی شد که تعداد کل بره ها را تحت تاثیر قرار دادند. qtl های پیشنهادی برای نرخ دو قلوزایی در شکم زایش های مختلف نیز روی همین دو کروموزوم شناسایی شدند. نتایج این پژوهش نشان می دهد که انجام مطالعات بیشتر روی کروموزوم های مذکور کمک شایانی در جهت شناسایی ژن های کاندید موثر بر نرخ دو قوزایی در گوسفندان نژاد بلوچی خواهد داشت.

چکیده هدف این تحقیق مقایسه سه روش یادگیری ماشین random forest، boosting و support vector machine در ارزیابی ژنومی و معرفی روش random forest به عنوان یک روش توانمند برای استنباط(پیش¬بینی) ژنوتیپ بود. نتایج برتری روش boosting بر دو روش دیگر را در غالب سناریوهای بررسی شده نشان داد، اگرچه تفاوتها فقط در برخی سناریوها معنی¬دار بود (05/0>p). همچنین علی¬رقم برتری روش boosting بر دو روش دیگر، میزان زمان لازم جهت انجام محاسبات در روش boosting به طور قابل ملاحظه¬ای از دو روش دیگر بیشتر بود. در مقایسه دو روش rf و svm در بیشتر موارد عملکرد روش svm و در برخی موارد دیگر عملکرد روش rf بهتر بود، اگرچه در غالب موارد تفاوت بین دو روش مذکور معنی¬دار نبود (05/0p>). در هر سه روش مطالعه شده، با افزایش وراثت¬پذیری، کاهش تعداد qtl، افزایش تراکم نشانگری، کاهش فاصله ژنتیکی از جمعیت مرجع و افزایش تعداد افراد حاضر در جمعیت مرجع، صحت پیش-بینی ارزش¬های اصلاحی ژنومی افزایش یافت. در ضمن نتایج نشان داد که لحاظ نمودن اثرات متقابل در ارزیابی ژنومی به طور معنی¬دار (05/0>p) منجر به افزایش صحت پیش¬بینی ارزش¬های اصلاحی ژنومی می-شود. میزان اهمیت snpها در صحت پیش¬بینی ارزش¬های اصلاحی متفاوت بود و برخی از آنها تا چندین برابر بر صحت پیش¬بینی تأثیر داشتند. روش random forestکه در این تحقیق برای اولین بار در ارزیابی ژنومی جهت استنباطژنوتیپ مورد استفاده قرار گرفت عملکرد خوبی از خود نشان داد. کاهش در صحت پیش¬بینی ارزش¬های اصلاحی در حالت استنباط5، 30، 50 و70 درصد ژنوتیپ snpها در مقایسه با استفاده از اطلاعات کامل (فاقد اطلاعات استنباطشده) ناچیز بوده (00%? تا 11%) و حتی با حذف اطلاعات ژنوتیپی 95% از snpها و استنباطآنها، 56 تا 60 درصد صحت پیش¬بینی با استفاده از اطلاعات کامل به دست آمد. صحت استنباطژنوتیپ (rt,im) با افزایش درصد ژنوتیپ¬های از دست رفته کاهش یافت به طوریکه با افزایش درصد ژنوتیپ¬های از دست رفته از 5 درصد به 30، 50، 70، 90 و 95 درصد، rt,imاز 99/0 به ترتیب به 93/0، 84/0، 61/0، 71/0 و 58/0 کاهش یافت.

ملانین رنگدانه ای است که به وسیله ملانوسیت ها تولید می شود و رنگ پوست، مو و چشم ها را تعیین می کند. دو نوع ملانین در تشکیل رنگ پوست و پوشش نقش دارند، فائوملانین (قرمز تا زرد) و اوملانین (قهوه ای تا مشکی) که به توسط دو ژن mc1r وasip کنترل می شوند. هدف از این مطالعه شناسایی چند شکلی های موجود در دو جایگاه مذکور و تعیین فراوانی های آللی و ژنوتیپی و نیز بررسی ارتباط آن ها با صفت رنگ پوست و پوشش در دو نژاد اسب عرب (اصیل) و اسب ترکمن بود. استخراج dna از 300 نمونه خون (150 نمونه به ازای هر نژاد) به روش نمکی بهینه یافته انجام و واکنش زنجیره ای پلی مراز (pcr) برای تکثیر قطعات 460 و 102 جفت بازی به ترتیب از ناحیه اگزون 1 ژن mc1r و اگزون 2 ژن asip با استفاده از آغازگرهای اختصاصی صورت گرفت. شناسایی فرم های مختلف آللی در ژن mc1r با استفاده از آنزیم tagi و الکتروفورز محصولات هضم آنزیمی روی ژل آگارز انجام شد. سه ژنوتیپ ee، eeو ee در هر یک از نژادهای اسب عرب (اصیل) با فراوانی به ترتیب، 3/29، 56 و 7/14 و در اسب ترکمن با فراوانی به ترتیب 3/31، 3/57 و 4/11 درصد مشاهد شد. در جایگاه asip نمونه ها با استفاده از الکتروفورز مستقیم محصولات حاصل از واکنش زنجیره ای پلی مراز روی ژل اکریل آمید تعیین ژنوتیپ شدند. فراوانی مشاهده شده برای ژنوتیپ های aa، aa و aa در هر یک از نژادهای اسب عرب (اصیل) به ترتیب برابر با 3/39، 1/58 و 6/2 درصد و در اسب ترکمن به ترتیب برابر با 3/32، 0/66 و 6/2 درصد بود. مقایسه فراوانی ژنی و ژنوتیپی در هر یک از جایگاه های مورد مطالعه در بین دو نژاد تفاوت آماری معنی داری (p>0.05) را نشان ندادند. در این گزارش، یک هم شیبی بین جهش تک نوکلئوتیدی در کدون 84 (gac>aac) در جایگاه گیرنده 1 ملانوکورتین و رنگ پوشش بلوطی و نیز بین حذف یک قطعه 11 جفت بازی در اگزون 2 در جایگاه گیرنده آگوتی و رنگ پوشش سیاه یافت شد. برای فهم دقیق تر مکانیسم کنترل رنگ در اسب، به نظر می رسد که دیگر جایگاه های موثر بر رنگ نیز باید به طور هم زمان مورد بررسی قرار گیرند.

سرعت و استقامت از جمله صفات اقتصادی بسیار مهم در اسبان مسابقه ای می باشند که تا حد زیادی تحت تاثیر شکل، اندازه و نوع بافت ماهیچه اسکلتی قرار می گیرند. میوستاتین یا gdf-8 عضو فاکتور رشد خانواده بتا است که به نظر می رسد با اثر تنیظیمی منفی هم بر تکثیر و هم تمایز میوبلاست، مانع از رشد ماهیچه می شود. تنگی نفس هم در اسب، حاصل تداخل بین فاکتورهای محیطی و ژنتیکی است که یک بیماری متداول تنفسی در صنعت پرورش اسب به حساب می آید. در مطالعات متعددی نشان داده شد که گیرنده ژن اینترلوکین 4 با این بیماری در ارتباط است. برای شناسایی چند شکلی ژن میوستاتین و گیرنده اینترلوکین 4، از تعداد 300 راس اسب نژاد کاسپین و ترکمن (150 راس از هر نژاد) خون گیری به عمل آمد و استخراج dna به روش نمکی بهینه یافته انجام گرفت.

در این تحقیق پارامترهای مورد نیاز جهت طراحی یک مدل ریاضی برای برآورد ضرایب اقتصادی صفات ، محاسبه و مدل ریاضی مورد نیاز طراحی شده است . با استفاده از اطلاعات موجود در مرکز مطالعه و تکثیر مرغ بومی مازندران و همچنین مطالعه هزینه ها و درآمدهای مربوط به پرورش و نگهداری مرغ بومی، کلیه عواملی که در هزینه ها و درآمدهای پرورش مرغ بومی موثر هستند مورد مطالعه قرار گرفته و پارامترهای مورد نیاز جهت طراحی مدل برآورد شدند. حساسیت مدل نسبت به تغییرات هر یک از پارامترهای مدل محاسبه و میزان پیشرفت ژنتیکی مورد انتظار و بازده اقتصادی در انواع شرایط تولیدی محاسبه گردیده است . با استفاده از ضرایب بدست آمده و پارامترهای ژنتیکی جامعه مورد نظر، روند ژنتیکی مورد انتظار در سیستم اصلاح نژاد مرغ بومی مورد پیش بینی و ارزیابی قرار گرفت . ضرایب بدست آمده را می توان برای انتخاب مرغ و خروس در برنامه های اصلاح نژاد مرغ بومی مازندران مورد استفاده قرار داد. مدل بدست آمده در این تحقیق را می توان با اندکی تغییرات ، در برنامه های اصلاح نژاد مرغ بومی در سایر نقاط کشور نیز مورد استفاده قرار داد. حساسیت مدل طراحی شده را می توان با تغییر پارامترها در دامنه مورد قبول مورد آزمایش قرار داده و با استفاده از پارامترهای برآورد شده در هر زمان، ضرایب اقتصادی مناسب آن زمان را برآورد کرد. در نهایت با استفاده از مطالعات انجام شده، یک برنامه رایانه ای طراحی شده است که بتواند به صورت پویا داده های اقتصادی را دریافت کرده و پس از تجزیه و تحلیل داده ها ضرایب اقتصادی را محایبه نماید.

چکیده ندارد.

یک برنامه شبیه سازی کامپیوتری جهت مقایسه روش های مختلف انتخاب طراحی شده است. برای شبیه سازی ژنوتیپ ها و فنوتیپ های حیوانات از مدل ‏‎infinitesimal‎‏ و مدل ‏‎finite locus‎‏ و ترکیبی از هر دو مدل استفاده شده است. روش پیشنهادی جدیدی بنام روش شدت های انتخاب مستقل با روش موجود شاخص انتخاب مقایسه گردیده است. برای ارزیابی و برآورد ارزش های اصلاحی از مدل حیوانی استفاده شده است. ارزش های نسبی اقتصادی متفاوتی بر اساس واریانس های ژنتیکی صفات به هر یک از صفات داده شده است. نتایج بدست آمده نشان می دهد زمانیکه ما بزرگترین ارزش اقتصادی را به صفت با کوچکترین واریانس ژنتیکی اختصاص دادیم، روش شدت های انتخاب مستقل بیشترین پیشرفت ژنتیکی را حاصل کرده و واریانس کوواریانس های ژنتیکی را نیز به مدت طولانی تری حفظ نموده است. ولی زمانی که اهمیت اقتصادی بیشتر به صفت با بزرگترین واریانس ژنتیکی اختصاص داده می شود روش شدت های انتخاب مستقل فقط در حفظ واریانس کوواریانس های ژنتیکی موثرتر است ولی از نظر پیشرفت ژنتیکی هیچ تفاوتی بین دو روش وجود ندارد. بطور کلی در خصوص میزان پیشرفت ژنتیکی هیچ تفاوت عمده ای بین دو روش وجود ندارد اما روش شدت های انتخاب مستقل در حفظ واریانس و کوواریانس های ژنتیکی کارآمدتر است. بنابراین استفاده از این روش در حالاتی که تغییرات اصلاح نژادی در زمان های طولانی اتفاق می افتد توصیه می شود.