نام پژوهشگر: علی اسماعیلی زاده

بررسی ارتباط نشانگرهای ریز ماهواره ای کروموزوم شماره یک با خصوصیات رشد گوسفند نژاد لری_بختیاری
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده کشاورزی 1389
  رویا حریت   سعدالله هوشمند

اغلب صفات مهم اقتصادی جزءصفات کمی هستند به عنوان مثال صفات وزن و رشد از این جمله هستند، صفات کمی بوسیله چندین ژن، که هر کدام اثرات افزایشی نسبتاً کوچکی روی فنوتیپ دارند کنترل می شوند که اصطلاحاً به این جایگاه ژنی کنترل کننده صفت کمی (qtl) می گویند. توسعه تکنیک ها بیولوژی ملکولی و کاربرد این تکنیک ها در حیوانات مزرعه ای در سال های اخیر با سرعت توسعه یافت است و زمینه های خوبی را برای شناسایی ژن های صفات کمی فراهم نموده است. در صورت شناسایی (qtl)، می توان از روش های نوین انتخاب ژنتیکی بر مبنای تفاوت های افراد در سطح dna آن ها استفاده نمود. استفاده از این روش ها انتخاب را کارآمدتر، موثرتر، قابل اعتمادتر و کم هزینه تر می سازد در واقع ما با شناسایی حیواناتی که دارای بهترین ترکیب ژنی هستند، به آنها اجازه تولید مثل می دهیم و به این ترتیب نسل بعد به طور میانگین ژن های مفید بیشتری نسبت به نسل قبل خواهد داشت و منجر به تغییر تدریجی در معدل یک صفت در نسل های آینده می شود. هدف اصلی این تحقیق، بررسی ارتباط نشانگرهای مولکولی ریزماهواره کروموزوم یک با وزن تولد و سایر صفات رشد بعد از تولد در گوسفند نژاد لری- بختیاری بود. آنالیز نواحی ژنومی موثر بر صفات کمی (qtl) برای داده های یک جمعیت گوسفند نژاد لری- بختیاری با استفاده از تحلیل پیوستگی به روش مکان یابی درون فاصله ای مبتنی بر رگرسیون ساده انجام گردید. این تحقیق روی پنج خانواده ناتنی گوسفند لری- بختیاری انجام شد ، ابتدا از پنج والد نر و157 نتاج آن ها خون گیری کرده و dna آن ها استخراج شد سپس توسط شش جفت نشانگر ریز ماهواره pcr انجام گرفت و با استفاده از الکترفورز عمودی و رنگ آمیزی نیترات نقره، پنج والد نر و نتاج آن ها در یک ناحیه کاندیدا روی کروموزوم یک برای نشانگرهای ریزماهواره تعیین ژنوتیپ شدند. همچنین داده های فنوتیپی شامل اندازه گیری های وزن تولد (bwt)، وزن یک ماهگی (w1)، وزن شیرگیری (wwt)، وزن شش ماهگی (6w)، دور سینه در شش ماهگی (6gi)، طول بدن در شش ماهگی (6lg)، ارتفاع جدوگاه در شش ماهگی (6ht)، وزن نه ماهگی (9w) و وزن دوازده ماهگی (12w) از ایستگاه شولی جمع آوری شد و نهایتاً با استفاده از نرم افزار qtl express داده ها را به منظور شناسایی qtl آنالیز کردیم و یک qtl موثر روی صفت وزن در یک ماهگی در فاصله 6/2?? سانتی مورگان روی کروموزوم یک شناسایی شد . کلمات کلیدی : گوسفند لری - بختیاری، صفت وزن در یک ماهگی، کروموزوم یک و qtl

تحلیل ژنتیکی صفات اقتصادی در بلدرچین ژاپنی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1390
  فریبرز قادری   علی اسماعیلی زاده

در این تحقیق مولفه های واریانس و وراثت پذیری خصوصیات رشد در بلدرچین ژاپنی مورد مطالعه قرار گرفت. آزمایش بر روی 28 پدر و 72 مادر ازسویه وحشی اسپانیایی و پرنده های f1 حاصل از تلاقی سفید روسی و وحشی اسپانیایی انجام گرفت. برای آمیزش پرندگان بصورت یک نر با سه ماده در داخل قفسهای انفرادی قرار داده شدند و در مجموع داده های رشد مربوط به 1123 پرنده مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. رکوردگیری انفرادی وزن بدن در سنهای 1، 7، 14، 21 ، 28 و 35 روزگی برای پرندگان فوق انجام شد. هم چنین میزان افزایش وزن روزانه تولد تا یک هفتگی، یک هفتگی تا دو هفتگی دوهفتگی تا سه هفتگی سه هفتگی تا چهارهفتگی، چهارهفتگی تا پنج هفتگی، تولد تا پنج هفتگی، وزن قبل از کشتار، وزن لاشه، بازده لاشه و نسبت کلیبر نیز مورد اندازه قرار گرفت. در مدل تجزی? آماری اثرات گروه ژنتیکی، جنس و هچ بررسی شد. اثر گروه ژنتیکی بجز برای سه صفت وزن یک روزگی، وزن یک هفتگی افزایش وزن روزانه تولد تا یک هفتگی، برای بقیه صفات معنی دار بود (01/0>p). سرعت رشد گروه ژنتیکی وحشی بیشتر از پرندگان f2 بود. اثر جنس بر وزن کشتار و درصد لاشه معنی دار بود (01/0>p). ماده ها دارای وزن قبل از کشتار بیشتر نسبت به نر ها و درصد لاش? کمتری بودند. اثر هچ بر تمام صفات مختلف معنی دار بود (001/0>p). نسبت کلیبر که از تقسیم افزایش وزن روزانه بر وزن متابولیکی( 75/0w) پرنده بدست می آید همبستگی بالایی با بازدهی خوراک مصرفی دارد. نسبت کلیبر در نژاد وحشی بیشتر از f2 و در جنس ماده بیشتر از جنس نر بود. در بین صفات مورد مطالعه وزن پنج هفتگی (11/0±55/0) و وزن لاشه (1/0±58/0) دارای بیشترین مقدار وراثت پذیری بودند. بنابراین می توان با انتخاب برای این دو صفت، ظرفیت ژنتیکی پرندگان و میانگین وزن بدن را افزایش داد. در بین تمام صفات مختلف وزن تولد علاوه بر وراثت پذیری مستقیم دارای وراثت پذیری مادری نیز بود که این نتیجه نشان می دهد که وزن تولد تحت تأثیر اثرات مادری (وزن تخم) قرار می گیرد. کلید واژه ها: بلدرچین ژاپنی، وزن بدن، افزایش وزن روزانه، گروه ژنتیکی، نسبت کلیبر،

نقشه یابی جایگاه های ژنی (qtl) مرتبط با رشد روی کروموزوم شماره 1 در بلدرچین ژاپنی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1390
  سعید سهرابی   علی اسماعیلی زاده

صفات مرتبط با رشد حیوانات اهلی، به دلیل ارتباط مستقیمی که با سود اقتصادی دارند از اهمیت بالایی برخوردار می باشند. بلدرچین ژاپنی (coturnix coturnix japonica) یکی از گونه های طیور است که تاکنون در زمینه های تحقیقاتی و اقتصادی مورد استفاده قرار گرفته است. همچنین بررسی خصوصیات ژنتیکی این پرنده نیز در طی چندین پژوهش انجام گرفته است. اما، پژوهش های ژنومی اندکی برای یافتن جایگاه های موثر بر صفات کمی (qtl)، به خصوص صفات مرتبط با رشد این پرنده صورت گرفته است. هدف از این تحقیق، پویش کروموزوم شماره یک بلدرچین ژاپنی به منظور تشخیص qtl موثر بر صفات رشد بلدرچین، با استفاده از طرح f2 بود. بدین منظور دو سویه سفید و وحشی بلدرچین ژاپنی تلاقی داده شد و نسل اول ایجاد شد. سپس از تلاقی پرندگان نسل اول، نسل دوم ایجاد شد و داده های فنوتیپی، که شامل اندازه گیری های وزن تولد تا پنج هفتگی، وزن قبل از کشتار، میانگین افزایش وزن روزانه و نسبت کلیبر محاسبه شده برای محدوده های سنی مختلف بود روی این جمعیت جمع آوری شد. کل جمعیت برای 8 نشانگر ریز ماهواره ای تعیین ژنوتیپ شدند. آنالیز qtl به روش مکان یابی درون فاصله ای مبتنی بر رگرسیون و یک مدل تک qtl با استفاده از نرم افزار آنلاین gridqtl در 5 مدل مختلف آماری انجام گردید. در نهایت و پس از آنالیز 5 مدل مختلف، qtl های معنی داری برای صفات وزن تولد، وزن پنج هفتگی، وزن قبل ازکشتار، میانگین افزایش وزن روزانه 1 تا 2 هفتگی، 3 تا 4 هفتگی، 4 تا 5 هفتگی، تولد تا 5 هفتگی،نسبت کلیبر محاسبه شده برای 1 تا 2 هفتگی، 3 تا 4 هفتگی، 4 تا 5 هفتگی و تولد تا 5 هفتگی شناسایی شد.

بررسی مولکولی سویه های مختلف کلستریدیوم پرفرینجنس جدا شده از دستگاه گوارش شترمرغ
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1391
  المیرا زندی   مجید عزتخواه

چکیده کلستریدیوم پرفرینجنس مسئول ایجاد بیماری های زیادی در انسان و حیوانات می باشد. این باکتری دارای پنج تیپ مختلف است که هر کدام بیماری های خاصی را موجب می شوند. جهت شناسایی ژنوتیپ های مختلف این باکتری روش های متفاوتی وجود دارد که هر کدام مزایا و معایبی دارد. هدف از انجام این تحقیق استفاده از روش های پیشرفته ی مولکولی جهت شناسایی ژنوتیپ های مختلف باکتری کلستریدیوم پرفرینجنس در استان کرمان می باشد. در این مطالعه 120نمونه مدفوع از شترمرغ های 12 روستا در اطراف کرمان بطور تصادفی و در دو مرحله گرفته شد. پس از فرآوری و کشت نمونه ها، کلونی های حاصل از نظر ساختاری و رنگ آمیزی بررسی شدند و با استفاده از آزمون های بیوشیمیایی، گونه های آنها شناسایی شد. آزمایش های بیوشیمیایی انجام شده عبارت بودند از: کاتالاز، هیدرولیز ژلاتین، هیدرولیز لستین و لیپاز، تولید اندول، حرکت، واکنش شیر تورنسل دار و تخمیر قندهای ساکارز، گلوکز، لاکتوز و مالتوز. در این تحقیق کلستریدیوم های جدا شده 36.6 درصد نمونه ها را شامل می شدند که عبارت بودند از کلستریدیوم های پرفرینجنس، اسفنوئید، بوتیریکوم، هیستولیتیکوم، پوتریفیکوم ، اینوکوم، سپتیکوم، باراتی ، کارنیس . استخراج dna فقط بر روی گونه ی کلستریدیوم پرفرینجنس جدا شده انجام شد. واکنش pcr با پرایمرهای اختصاصی هر تیپ انجام گردید و سپس جهت تعیین تیپ سویه های کلستریدیوم پرفرینجنس ،از روش multiplex pcr استفاده شد. تنها تیپ جدا شده ی کلستریدیوم پرفرینجنس ، تیپ a بود که جداسازی انواع کلستریدیا از شترمرغ و تعیین تیپ کلستریدیوم پرفرینجنس با روش multiplex pcrبرای اولین بار در دنیا، توسط این مطالعه در ایران انجام گردید. همچنین در این مطالعه، تاثیر جنسیت بر تعداد کلستریدیوم پرفرینجنس جدا شده بررسی شد، بطوری که درصد جداسازی این باکتری بین نرها و ماده ها به ترتیب 2352% و29/16% بود که با احتمال 95% ?<0.05)) معنی دار است.علاوه بر این تاثیر نوع اجزای جیره بر میزان جداسازی این باکتری بررسی شد که نشان داد تغییر جیره بطور معنی داری باعث افزایش تعداد کلستریدیوم پرفرینجنس جدا شده، می گردد. کلمات کلیدی: کلستریدیوم پرفرینجنس، آزمایش های بیوشیمیایی، multiplex pcr

مطالعه چند شکلی ژن پرولاکتین (prl) در بز کرکی راینی و رابطه آن با صفات کرک
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1391
  صغری شمس الدینی لری   محمد رضا محمد ابادی

غلظت های هورمون پرولاکتین با صفات پشم یا کرک مرتبط هستند و تغییرات فصلی آن به وسیله الگوهایی از فعالیت های آنزیمی تعیین می شود و بر رشد فیبر کرک و ریختن آن اثر دارند. همچنین ژن پرولاکتین به طور بالقوه یک ژن کاندیدا برای صفات کرک در انتخاب به وسیله نشانگرهای ملکولی می باشد. بز کرکی راینی یکی از مهمترین نژاد‎های بز در ایران است که به‎واسطه تولید کرک مرغوب و کیفیت بالا از ارزش اقتصادی بالایی در بازارهای جهانی برخوردار است. برنامه‎های اصلاح‎نژادی بیشتر در جهت بهبود وضعیت تولیدی حیوانات اهلی عمل می‎‎کنند که توفیق این برنامه‎ها به میزان تنوع ژنتیکی موجود در گله بستگی دارد. متأسفانه تاکنون تحقیقات مولکولی برای ژن پرولاکتین روی بز کرکی راینی انجام نشده است. لذا، هدف این پژوهش مطالعه چند شکلی ژن پرولاکتین در بز کرکی راینی و رابطه آن با صفات کرک بود. برای این منظور 100 نمونه خون ازسیاهرگ وداج بز های کرکی راینی گرفته شد و در لوله های حاوی edta ریخته شد. استخراج dna به وسیله کیت استاندارد انجام شد. یک جفت پرایمر برای تکثیر ژن پرولاکتین استفاده و محصولات pcr به وسیله ژل آگارز جدا و مشخص شدند که قطعه موردنظر به خوبی تکثیرشده است. و قطعه تکثیر شده در دمای 95 درجه سانتی گراد دناتوره شده و dna به شکل تک رشته ای درآمد. سپس به وسیله تکنیک pcr-sscp محصولات pcr روی ژل آکریل آمید جدا شدند و تعیین زنوتیپ روی ژل آکریل آمید انجام گرفت. و فراوانی های آللی به وسیله نرم افزار popgene برآورد شدند. و فراوانی آللی a و c برای ژن prl به ترتیب 42/0 و 58/0 به دست آمد. نتیجه آزمون کای اسکور نشان داد که جمعیت در تعادل هاردی واینبرگ نیست. تعداد آلل های واقعی، آلل موثر، متوسط هتروزیگوسیتی، شاخص نئی و شاخص شانون به ترتیب 2، 9/1، 48/0 و 68/0 به دست آمد و نشان دهنده این هستند که بز کرکی برای ژن پرولاکتین تنوع بالایی دارند. برای محاسبه ارتباط بین صفات کرک و ژنوتیپ های مشاهده شده از نرم افزار sas و رویه آماری glm استفاده شد و نشان داده شد که اثر ژنوتیپ معنی دار است و ژنوتیپ cc بزرگ بهترین اثر را روی طول کرک دارد.

بررسی اثر متقابل ژنوتیپ و محیط بر آنالیز ژنتیکی تولید شیر در گاوهای هلشتاین ایران با استفاده از رکوردهای روز آزمون
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1391
  یاسر فاضل   مسعود اسدی

در این تحقیق به منظور بررسی اثر متقابل ژنوتیپ و محیط بر آنالیز ژنتیکی میزان تولید شیر گاوهای هلشتاین ایران از 68945 رکورد روزآزمون دوره های شیردهی اول، دوم و سوم مربوط به 8515 حیوان از 100 پدر و 7743 مادر و متعلق به 34 گله که توسط مرکز اصلاح دام کشور طی سال های 1386 تا 1388جمع آوری شده بودند، استفاده گردید. آنالیز ژنتیکی رکوردهای روزآزمون تولید شیر با استفاده از روش تابعیت تصادفی و با کمک نرم افزار asreml انجام شد. به منظور بررسی اثر متقابل ژنوتیپ و محیط، گاوهای نر (پدرها) به عنوان ژنوتیپ های مختلف در نظر گرفته شد. همچنین جهت تعریف محیط های مختلف از ملاک هایی چون اندازه گله ها، میانگین تولید شیرگله ها، میانگین تولید پروتئین گله ها و میانگین تولید چربی گله ها استفاده شد. اضافه کردن هر کدام از اثرات متقابل ژنوتیپ و محیط به مدل آنالیز ژنتیکی تولید شیر شامل اثرات ژنتیکی افزایشی و اثرات محیط دائمی حیوان موجب بهبود لگاریتم حداکثر درستنمایی شد. نتایج حاصل نشان داد که تقسیم بندی محیط ها بر اساس میانگین تولید شیر، بیشترین کارایی را دارد، به طوری که اضافه کردن اثر متقابل پدر و متوسط تولید شیر گله ها موجب کاهش متوسط وراثت پذیری تولید شیر در دوره شیردهی از 22/0 به 16/0 گردید. در این تحقیق تغییرات واریانس ژنتیکی افزایشی و واریانس محیط دائمی حیوان ناشی از اضافه کردن اثر متقابل g×e برآورد گردید. نتایج حاصل نشان داد که اضافه کردن اثر متقابل پدر و متوسط تولید شیر گله ها موجب افزایش همبستگی های فنوتیپی و ژنوتیپی صفت تولید شیر در زمان های مختلف یک دوره شیردهی شد. می توان نتیجه گرفت که اثر متقابل ژنوتیپ و محیط می تواند برآورد پارامترهای ژنتیکی صفت تولید شیر تاثیر بگذارد و در صورتی که در برنامه های اصلاحی به آن توجهی نشود می تواند موجب برآورد اریب پارامترهای ژنتیکی شده و موجب کاهش صحت انتخاب شود. به عبارت دیگر لحاظ کردن این اثر در آنالیز ژنتیکی تولید شیر می تواند باعث تغییر رتبه بندی گاوهای نر در گله های پر تولید، تولید متوسط و کم تولید شود

ارتباط ژن pit1 با ترکیبات شیر در گاوهای هلشتاین استان خراسان رضوی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1391
  زهرا ابراهیمی حسین زاده   محمدرضا محمد آبادی

ژن pit1 از جمله ژن های کاندیدا برای بهبود خصوصیات شیر تولیدی در دام های شیرده می باشد. لذا، هدف این پژوهش مطالعه چند شکلی ژنpit1 و ارتباط آن با ترکیبات شیر در گاو هلشتاین استان خراسان رضوی است. برای این منظور 100 نمونه خون از رگ زیر دم گاوهای هلشتاین استان خراسان رضوی گرفته شد و در لوله های حاوی edta ریخته شد. استخراج dna به وسیله کیت استاندارد انجام شد. یک جفت پرایمر برای تکثیر ژن pit1 استفاده و محصولات pcr به وسیله ژل آگارز جدا و مشخص شدند. سپس محصولات pcr در معرض آنزیم hinfi قرار گرفت تا تشخیص آلل ها امکان پذیر گردد. فراوانی های آللی به وسیله نرم افزار popgene برآورد شدند و فراوانی آللی a و b برای ژن pit1 به ترتیب 25/0 و 75/0 به دست آمد. نتیجه آزمون کای اسکور نشان داد که در جمعیت تعادل هاردی- واینبرگ برقرار است. تعداد آلل های واقعی، آلل موثر، متوسط هتروزیگوسیتی، شاخص نئی و شاخص شانون به ترتیب 2، 60/1، 37/0، 37/0 و 56/0 به دست آمد و نشان دهنده این هستند که گاوهای هلشتاین برای ژن pit1 تنوع بالایی دارند. برای محاسبه ارتباط بین ترکیبات شیر و ژنوتیپ های مشاهده شده از نرم افزار sas و رویه آماری glm استفاده شد و نتایج نشان داد که اثر ژنوتیپ بر درصد چربی و درصد پروتئین معنی دار است (05/0>p). ) ژنوتیپ ab بیشترین اثر را بر روی ترکیبات شیر دارد.

مطالعه چند شکلی ژن igfbp3 در گوسفند کرمانی به روش pcr-sscp
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1392
  سید علی فقیه ایمانی   محمد رضا محمد آبادی

این تحقیق با هدف بررسی چندشکلی ژن igfbp3 در گوسفند کرمانی با روش pcr-sscp انجام شد. در این پژوهش 90 راس گوسفند کرمانی به طور تصادفی مورد خون گیری قرار گرفتند. خون گیری با ونوجکت های edta دار انجام شد. استخراج dna از خون بوسیله کیت استاندارد صورت گرفت. سپس واکنش زنجیره ای پلی مراز (pcr) برای تکثیر قطعه 654 جفت بازی ژن igfbp3 انجام شد. برای تعیین چندشکلی نمونه ها، الکتروفورز محصولات pcr پس از تک رشته شدن قطعات (روش sscp) روی ژل اکریل آمید و رنگ آمیزی ژل به روش نیترات نقره انجام شد. نتایج بیانگر وجود الگوهای متفاوت بود که می تواند ناشی از وجود چندشکلی در این جایگاه باشد. فراوانی الگوهای ژنوتیپی 1، 2، 3، 4 و 5 ژن igfbp3 در این جمعیت به ترتیب 65، 6، 9، 11 و 9 درصد بود. تعداد آلل واقعی، تعداد آلل موثر، شاخص نئی و شاخص شانون به ترتیب 76/1، 49/1، 45/0 و 34/0 به دست آمد.

بررسی اثر متقابل ژنوتیپ و محیط بر آنالیز ژنتیکی میزان پروتئین شیر در دوره های شیردهی اول تا سوم گاوهای هلشتاین ایران
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1392
  زهرا حسینی   مسعود اسدی فوزی

در این تحقیق به منظور بررسی اهمیت اثر متقابل ژنوتیپ و محیط بر آنالیز ژنتیکی میزان پروتئین شیر، از رکوردهای 305 روز صفت پروتئین شیر مربوط به سه دوره شیردهی 56612 رأس گاو هلشتاین از 384 پدر و 47777 مادر استفاده شد . این داده ها طی سال های 1388-1381 توسط مرکزاصلاح نژاد دام کشور از 147 گله جمع آوری شده بود. آنالیز ژنتیکی با استفاده از مدل دام یک متغیره و چند متغیره به کمک نرم افزار asreml انجام شد. در این مدل اثرات ثابت شامل اثرات گله – سال- فصل زایش، سن حیوان برحسب ماه، ماه تولد و ماه زایش اثر معنی داری برمیزان تولید پروتئین شیر داشتند( p<0/001). ولی سال تولد اثرمعنی داری بروی میزان تولید پروتئین شیر نداشت. (در تحقیق حاضر، پدرها به عنوان ژنوتیپ در نظر گرفته شدند. محیط های مورد بررسی شامل استان رکوردگیری، سال زایش، سال تولد، گله، اندازه گله، میانگین تولید شیرگله ومیانگین تولید چربی گله و میانگین تولید پروتئین گله بودند. اضافه کردن اثرات متقابل پدر درسال تولد، میانگین چربی شیر گله، میانگین پروتئین گله (در دوره شیردهی اول ودوم) و اثرات متقابل پدر در استان، گله و اندازه گله (برای هر سه دوره شیردهی) سبب بهبود معنی دار لگاریتم حداکثر درستنمائی مدل آنالیز ژنتیکی شد. لحاظ کردن اثرات متقابل ژنوتیپ و محیط به مدل آنالیز ژنتیکی سبب افزایش همبستگی های ژنتیکی و فنوتیپی بین دوره های مختلف شیردهی شد. به طوری که مقدار همبستگی های ژنتیکی مقدار پروتئین شیر پس از اضافه کردن اثرات متقابل ژنوتیپ ومحیط دوره های شیردهی اول با دوم از 91/0 به 97/0، اول با سوم از 82/0 به 85/0 و دوم با سوم از 94/0 به 98/0 افزایش یافت. اما در مورد همبستگی های فنوتیپی تغییرات بسیار جزئی بود. نتایج حاصل از این آنالیز نشان می دهدکه با افزایش فاصله دوره های شیردهی همبستگی ژنتیکی کاهش می یابد و همبستگی ژنتیکی بین دوره های متوالی بیشتر از دوره های غیر متوالی است. همچنین نتایج این بررسی نشان می دهد که همبستگی بین دوره متوالی دوم و سوم بیشتر از همبستگی بین دوره متوالی اول و دوم می باشد. بنابراین لازم است به موضوع اثر متقابل ژنوتیپ و محیط در آنالیز ژنتیکی صفت پروتئین شیر در گاوهای هلشتاین ایران توجه شود.

آنالیز ژنتیکی صفات تولیدی در گوسفند کبوده شیراز
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1392
  سجاد عابدینی   مسعود اسدی فوزی

آنالیز ژنتیکی صفات رشد (وزن تولد، وزن شیرگیری، وزن شش ماهگی و وزن 12 ماهگی) و صفات پوست (اندازه گل، قطرگل، درخشندگی پوست، طرح و هماهنگی گل و نمره نهایی پوست) با استفاده از 6830 رکورد مربوط به 181 پدر و 3733 مادر در گوسفند کبوده شیراز انجام شد. این رکورها طی سالهای 1381 تا 1383 در ایستگاه علی آباد کمین استان فارس جمع آوری شدند. همچنین صفت وزن پشم در پشم چینی سال اول تا سال چهارم با استفاده از مجموع تعداد 5632 رکورد وزن پشم مورد بررسی قرار گرفت. این رکوردها برروی 1611 حیوان از 85 پدر و 1246 مادر اندازه گیری شده بودند. رکوردهای وزن پشم بین سالهای 1371 تا 1383 جمع آوری شدند. اهمیت اثرات ثابت شامل گله، جنس، نوع تولد، سال و ماه تولد، سال و ماه پشم چینی و اثرات تصادفی شامل اثرات ژنتیکی افزایشی، اثرات ژنتیکی مادری و اثرات محیط دائمی مادری با استفاده از مدل یک، دو و چند متغیره بررسی شدند. اثرات ژنتیکی مادری برای وزن بدن در تمامی سنین مورد بررسی به جز 12ماهگی معنی دار بود. همچنین صفت درخشندگی پوست و نمره نهایی پوست نیز بطور معنی داری تحت تأثیر اثرات ژنتیکی مادری بود. وراثت پذیری مستقیم وزن تولد، وزن شیرگیری، وزن شش ماهگی و وزن 12ماهگی به ترتیب 35/0، 32/0، 43/0، 14/0 برآورد گردید. وراثت پذیری صفات اندازه گل، قطرگل، درخشندگی پوست، طرح و هماهنگی گل و نمره نهایی پوست به ترتیب 18/0، 26/0، 21/0، 24/0 و 24/0 برآورد گردید. وراثت پذیری وزن پشم در پشم چینی های سالهای اول تا چهارم به ترتیب 21/0، 33/0، 3/0 و 16/0 برآورد گردید. مقادیر وراثت پذیری های برآورد شده نشان می دهد که با انجام انتخاب می توان این صفات را از نظر ژنتیکی بهبود بخشید. وراثت پذیری مادری برای وزن تولد، شیرگیری و شش ماهگی به ترتیب 1/0، 1/0 و 1/0 و و برای صفات درخشندگی پوست و نمره نهایی پوست به ترتیب 05/0 و 1/0 برآورد گردید. همبستگی ژنتیکی صفات رشد مثبت و عموماً در حد متوسط برآورد گردیدند. همبستگی ژنتیکی بین وزن تولد با وزن شیرگیری، شش ماهگی و 12ماهگی به ترتیب 1/0، 9/0 و 33/0 و وزن شیرگیری با وزن شش ماهگی و 12ماهگی 1/0 و 1/0 و همچنین وزن شش ماهگی با وزن 12ماهگی 35/0 برآورد گردید. مقدار همبستگی ژنتیکی با افزایش فاصله سن بین صفات رشد کاهش می یابد. همبستگی ژنتیکی بین صفات پوست در دامنه 84/0 تا 99/0 برآورد گردید. همبستگی ژنتیکی بین وزن پشم در پشم چینی های متفاوت در دامنه 2/0 تا 64/0 برآورد گردید. همچنین همبستگی ژنتیکی بین صفات پوست و صفات رشد در دامنه 01/0- تا 3/0 برآورد گردید. همچنین روند ژنتیکی صفات مورد نظر برآورد گردید. نتایج حاصل نشان می دهد که بهبود ژنتیکی قابل ملاحظه و منظمی برای صفات مورد بررسی وجود ندارد که می تواند به دلیل عدم وجود یک برنامه اصلاح نژاد و انتخاب مناسب باشد.

بررسی اثر توزیع اثر qtl بر صحت ارزیابی ژنومی با روش bayesian
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1392
  نازنین محمودی   محمود هنرور

در این مطالعه ژنومی متشکل از 10 کروموزوم هر یک به طول 200 سانتی¬مورگان شبیه¬سازی شد. نشانگرها بر روی ژنوم با فواصل 2/0 سانتی¬مورگان طراحی شدند و جایگاه‏های ژنی مؤثر بر صفات بر روی ژنوم با توزیع تصادفی و تعداد متغیر شبیه¬سازی شدند و تنها اثرات افزایشی ژنها در نظر گرفته ¬شد. در ابتدا جمعیت پایه¬ای از حیوانات با اندازه مؤثر 100 (50 نر و 50 ماده) شبیه¬سازی شد و این ساختار جمعیتی برای 50 نسل با آمیزش تصادفی ادامه یافت تا عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و qtl ایجاد شود. پس از این اندازه جمعیت به 1000 فرد در نسل 51 (نسل مرجع) گسترش یافت. در نسل مرجع از اطلاعات ژنومیک و فنوتیپی اثرات نشانگری محاسبه گردید. در نسل 52 تا 57 (نسل هدف) ارزش اصلاحی ژنومی محاسبه شد. هدف از این تحقیق بررسی اثر سه توزیع کای‏اسکور، بتا و گاما به طور جداگانه بر صحت ارزیابی ژنتیکی و صحت انتخاب بود. در همه توزیع¬ها، با گذشت نسل¬ها از زمان برآورد اثرات نشانگری صحت برآورد ارزش های اصلاحی کاهش یافت. نتایج نشان داد که هر چه از جمعیت مرجع دور می¬شویم با افزایش نسل¬ها از نسل 51 به 57 صحت برآورد ارزش¬های اصلاحی ژنومی کاهش می¬یابد. همچنین وراثت پذیری بالا (2/0) نسبت به وراثت پذیری پایین (05/0) در تعداد qtl مشابه در نسل¬های 51 تا 57 از صحت بیشتری برخوردار می¬باشد. در مقایسه توزیع ها در وراثت پذیری پایین با تعداد 20، 50 و 100qtl، بترتیب توزیع گاما 4 (shape=0.4 , scale=1.66)، توزیع گاما 1 (shape=1.48 , scale=11.2) و توزیع بتا 2 (shape1=3.11 , shape2=1.16)و در وراثت پذیری بالا با تعداد 50 و 100 qtl توزیع گاما 5 (shape=0.4 , scale=1) در هر دو روشlasso و ridge برتری داشتند. با چهار تعداد ژن عمده اثر (10،20، 50و100) تعداد 50 و توزیع اثرات گاما باعث افزایش صحت برآوردها می¬شوند.

آنالیز ژنتیکی صفات رشد در طول عمر بز کرکی راینی
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1392
  سکینه مولوی فر   مسعود اسدی فوزی

چکیده آنالیزژنتیکی صفات رشد در بز کرکی راینی شامل وزن تولد، سه، شش و نه ماهگی با استفاده از 4117 رکورد مربوط به 204 پدر و 1402 مادرانجام شد. این رکوردها از سال 1372 تا 1385 (13 سال) جمع آوری شده بود. به منظور برازش بهترین مدل برای آنالیز ژنتیکی این صفات از مدل حیوانی چند متغیره معین و نامعین و همچنین مدل تکرارپذیری استفاده شد. اثرات ثابت شامل سن، جنس، نوع تولد، شکم زایش و اثر سال و ماه تولد، اثرات تصادفی شامل اثرات ژنتیکی افزایشی، اثرات ژنتیکی مادری و اثرات محیط دائمی مادری در مدل آنالیز ژنتیکی صفات رشد گنجانده شددر این تحقیق مدلی که صفات رشد را به صورت سه صفت وزن تولد، وزن سه ماهگی ووزن پس از شیرگیری(وزن شش و نه ماهگی)در نظر می گرفت بهترین مدل برای آنالیز ژنتیکی صفات رشد در بز کرکی راینی تشخیص داده شد.با استفاده از این مدل وراثت پذیری مستقیم صفات رشداز تولد تا نه ماهگی(وزن دوازده ماهگی بعلت کم بودن تعداد رکوردها از محاسبات حذف شد) به ترتیب 23/0، 29/0، 3/0 و 3/0 برآورد گردید. کلمات کلیدی: بزکرکی راینی، صفات رشد، آنالیز ژنتیکی