در این مطالعه، به منظور بدست آوردن منشاء، نحوه شکل گیری و ساختار ژنتیکی اسب های بومی ایران نمونه-های خون از 95 رأس اسب از جمعیت های متعدد نقاط مختلف کشور بدست آمد. کل نمونه ها با استفاده از روش شستشوی نمکی استخراج شده و بعنوان الگو برای تکثیر و تعیین توالی ناحیه d-loop ژنوم میتوکندری بکار برده شدند. با آنالیز توالی قطعه 247 جفت بازی ناحیه d-loop ژنوم میتوکندری در نمونه-های فوق، 44 هاپلوتیپ به همراه 39 جایگاه متغیر مشخص شد. هفت هاپلوگروه اصلی (a تا g) بدست آمده برای اسب های موجود در نقاط مختلف جهان به همراه 17 زیرشاخه مرتبط با این هاپلوگروه ها در 95 توالی بدست آمده از اسب های بومی ایران مشاهده شدند. زیرشاخه های a2 و a5 در هاپلوتیپ های بدست آمده از جمعیت های اسب بومی ایران مشاهده نشدند. از هاپلوگروه های بدست آمده بیشترین فراوانی مربوط به هاپلوگروه های a و f در این جمعیت ها بودند. تنوع هاپلوتیپی و نوکلئوتیدی جمعیت ها به ترتیب در دامنه ای بین 058/0 ± 858/0 تا 018/0 ± 995/0 و 010/0 ± 018/0 تا 009/0 ± 028/0 قرار داشتند. آنالیز واریانس مولکولی نشان داد که نحوه تلاقی بین جمعیت های اسب در ایران کنترل شده نیست. با این وجود، برخی از این جمعیت ها، بخصوص نمونه های اسب سیستانی، با سایر جمعیت های مورد مطالعه قرابت ژنتیکی نشان دادند (05/0=p). با توجه به وجود و فراوانی هاپلوگروه های a و f در جمعیت های مورد مطالعه و همچنین وجود آثار باستانی مرتبط با اسب در ایران، می توان گفت که سابقه تاریخی و قدمت اسب در ایران به بیش از 3000 سال قبل از میلاد مسیح برمی گردد. نتایج بدست آمده از این مطالعه فرضیه شکل گیری جمعیت های اسب موجود در نقاط مختلف جهان از جمعیت های اولیه مادری مختلف را تأیید کرده و نشان می دهد که این واقعه به صورت جداگانه در نقاط مختلف جهان از جمله ایران اتفاق نیافتاده است. همچنین مشخص شد که جمعیت اسب های بومی کشور دارای تنوع ژنتیکی بالا و خطوط مادری مختلف بوده، هرچند ساختار ژنتیکی مشابه در برخی از این جمعیت ها مشاهده می شود.

در این مطالعه، بیان ژن های کاندید مرتبط با آسیت در جوجه های گوشتی سالم و آسیتی سویه آرین بررسی شده و تغییرات بیان آنها با افزودن مکمل گیاهان دارویی زردچوبه، آویشن و دارچین مورد تحقیق قرار گرفت. آزمایش در قالب طرح فاکتوریل (2×4) با 8 تیمار و 4 تکرار و 25 قطعه جوجه در هر تکرار انجام گرفت. تیمارهای آزمایشی شامل دو سطح انرژی (جیره رقیق و غلیظ) و چهار سطح گیاهان دارویی (عدم وجود گیاه دارویی، g/kg 5 زرد چوبه، g/kg 5 آویشن، g/kg 5 دارچین در جیره) بودند. شاخص های مورد مطالعه شامل نسبت وزن بطن راست به کل بطن ها و علایم ظاهری لاشه مثل آب آوردگی شکم، رنگ و بافت ریه جوجه ها بود. به منظور بررسی بیان ژن های zfpm2، gata6، myh7، mybpc3، muc2 و rock1 ابتدا کل rna از 4 تکرار بافت قلب، ریه و روده جوجه های تیمار های مختلف استخراج شد و بعد از ساخت cdna نمونه ها، بیان ژن ها با استفاده از روشsemi-quantitative rt-pcr بررسی شد. نتایج حاصله با استفاده از روش glm نرم افزار آماری spss16مورد تجریه قرار گرفت و میانگین تیمار ها با استفاده از آزمون دانکن مقایسه شد. نتایج نشان داد که ژن zfpm2 در هیچکدام از بافت قلب، ریه و روده گروه سالم و آسیتی بیان نداشت. بیان ژن gata6 در بافت قلب جوجه های آسیتی در مقایسه با سالم کاهش و در بافت ریه افزایش نشان داد ولی بیان این ژن در بافت روده دو گروه تفاوتی نداشت. ژن myh7 در بافت قلب و ریه جوجه های آسیتی و سالم بیان نداشت و در بافت روده جوجه های آسیتی و سالم تفاوتی در بیان دو گروه مشاهده نشد. ژن mybpc3 در بافت ریه و روده بیانی نشان نداد و سطح بیان آن در بافت قلب جوجه های آسیتی و سالم تفاوتی نداشت. بیان ژن muc2 در بافت قلب و ریه بیان منسوخ شده و در بافت روده جوجه های مبتلا به آسیت در مقایسه با جوجه های سالم کاهش نشان داد. بیان rock1 در بافت قلب و ریه جوجه های آسیتی در مقایسه با جوجه های سالم کاهش یافته ولی در بافت روده تفاوتی بین دو گروه مشاهده نشد. افزودن مکمل گیاهان دارویی زردچوبه، آویشن و دارچین تاثیر متفاوتی بر بیان ژنها داشت.

در بررسی حاضر از اطلاعات شجره ای 883713 گاو هلشتاین ایران، که توسط مرکز اصلاح دام کشور در طی سال های 1350 تا 1388 ثبت شده بود، استفاده شد. ابتدا ضریب هم خونی گاوها محاسبه و متوسط هم خونی گله های مختلف برآورد شد. از بین گله های تحت پوشش با شاخص شجره کامل بزرگ تر از 80 درصد، 10 گله با بیشترین مشاهده و بیشترین متوسط هم خونی (گروه 1) و 10 گله با بیشترین مشاهده و کم ترین متوسط هم خونی (گروه 2) انتخاب شدند. بعد از ایجاد فایل جمعیت مرجع برای هر یک از گله های دو گروه، پارامترهایی مانند اندازه جمعیت پایه، تعدادی از افراد جمعیت پایه که منشاء 50 درصد ژن های جمعیت هستند، معادل حیوانات بنیان گذار، معادل ژنومی حیوانات بنیان گذار، اندازه موثر حیوانات غیر بنیان گذار، میانگین خویشاوندی، اندازه جمعیت موثر، فاصله نسلی، تعداد معادل نسل های مجزا و مقدار هم خونی دو گروه محاسبه و مقایسه شدند. همچنین این پارامترها برای کل جمعیت گاوهای هلشتاین ایران محاسبه و روند آن ها در سه دوره زمانی، 50 تا 77، 78 تا 81 و 82 تا 87) مقایسه شدند. پارامترهای، معادل حیوانات بنیان گذار، معادل ژنومی حیوانات بنیان گذار و اندازه موثر حیوانات غیر بنیان گذار در گروه هم خونی زیاد (به ترتیب، 4/291، 59/8 و 76/8) نسبت به گروه هم خونی کم (به ترتیب، 2/295، 88/8 و 25) کمتر و ضریب خویشاوندی در گروه با هم خونی زیاد (057/0) نسبت به گروه با هم خونی کم (026/0) بیشتر بود. اندازه جمعیت موثر در گروه با هم خونی زیاد (3/52) نسبت به گروه با هم خونی کم (5/55) کمتر بود. این نتایج نشان می دهند که، هم خونی زیاد در گروه 1 در مقایسه با گروه 2، ناشی از کاهش تعداد حیوانات بنیان گذار و انجام آمیزش های خویشاوندی می باشد. برای کل جمعیت مورد مطالعه، تعداد حیوانات بنیان گذار، معادل حیوانات بنیان گذار، معادل ژنومیکی حیوانات بنیان گذار، تعداد موثر غیر بنیان گذارها، بنیان گذارهای با سهم 50 درصد ژن های جمعیت و فاصله نسلی با گذشت زمان کاهش، و تعداد افراد با والدین معلوم، تعداد معادل نسل مجزا، متوسط خویشاوندی و هم خونی افزایش داشت. این تغییرات می توانند دلایل افزایش هم خونی در جمعیت گاوهای هلشتاین ایران را تفسیر کنند.

به منظور بررسی پتانسیل گیاه رازیانه به عنوان افزودنی در تغذیه جوجه های گوشتی و مرغ تخمگذار، دو آزمایش جداگانه طراحی شد. در آزمایش اول از 640 جوجه راس یک روزه در یک آزمایش فاکتوریال و به صورت کاملا تصادفی استفاده شد که در آن دو جیره پایه (ذرت-سویا و گندم-سویا) و چهار نوع افزودنی (شاهد، آنتی بیوتیک، رازیانه و پروبیوتیک) با هم مقایسه شدند. نتایج این آزمایش نشان داد که جیره پایه و افزودنی های مورد استفاده اثرات ناچیزی بر عملکرد و تفکیک لاشه پرندگان داشته است (05/0<p). پرندگانی که در جیره پایه ذرت-سویا تغذیه نموده بودند پاسخ ایمنی بالاتری (05/0?p) به آنتی ژن srbc نشان دادن (98/4 در مقابل 93/3). همچنین بالاترین (05/0?p) پاسخ به srbc در بین افزودنی ها مربوط به پرندگانی بود که پروبیوتیک مصرف کرده بودند (25/5). جمعیت کلی باسیل ها و کل باکتری های هوازی در پرندگانی که جیره ذرت-سویا تغذیه کرده بودند کمتر از پرندگانی بود که جیره گندم-سویا مصرف کرده بودند (05/0?p). در بین افزودنی ها بالاترین جمعیت کلی باسیل ها مربوط به گروه شاهد (43/7) بود و سایر افزودنی ها به میزان یکسانی جمعیت کلی باسیل ها را کاهش دادند (05/0?p). در مورد باکتری های تولید کننده لاکتیک اسید و جمعیت کل باکتری های هوازی بالاترین جمعیت مربوط به گروهی بود که پروبیوتیک مصرف کرده بودند و کمترین شمارش هم مربوط به گروهی بود که آنتی بیوتیک دریافت کرده بودند (05/0?p). فعالیت آنزیم های گوارشی آمیلاز، لیپاز و پروتئاز برای پرندگانی که جیره گندم-سویا مصرف کرده بودند بالاتر از گروهی بود که جیره ذرت سویا مصرف کرده بودند و به ترتیب برای جیره گندم-سویا برابر 12/171، 76/37 و 46/85 و برای ذرت-سویا برابر 08/16، 47/23 و 05/77 واحد بود (05/0?p). فعالیت هر سه آنزیم در گروه افزودنی های پروبیوتیک و رازیانه بالاترین و برای گروه دریافت کننده آنتی بیوتیک کمترین میزان بود (05/0?p). سطح کلسترول خون در پرندگانی که از جیره ذرت-سویا تغذیه نموده بودند پایین تر از گروهی بود که از جیره گندم-سویا تغذیه نموده بودند (22/120 در مقابل 59/134 میلی گرم بر دسی لیتر) (05/0?p). در بین افزودنی ها کمترین میزان کلسترول خون مربوط به گروهی بود که در جیره خود رازیانه دریافت نموده بودن (56/120 میلی گرم بر دسی لیتر) (05/0?p). در مورد تری گلیسرید خون پرندگانی که جیره گندم-سویا مصرف کرده بودند تری گلیسرید پایین تری داشتند و در بین افزودنی ها کمترین میزان تری گلیسرید (12/67 میلی گرم بر دسی لیتر) مربوط به گروه رازیانه بود (05/0?p). ویسکوزیته محتویات روده در همه بخش های روده برای گروهی که جیره ذرت-سویا مصرف کرده بودند پایین تر از گروه تغذیه شده با جیره پایه گندم-سویا بود (05/0?p). همواره پرندگانی که پروبیوتیک مصرف کرده بودند کمترین و پرندگانی که آنتی بیوتیک مصرف کرده بودند بالاترین ویسکوزیته را در بخش های متفاوت روده باریک داشتند (05/0?p). قابلیت هضم ماده خشک، ماده آلی، پروتئین خام، چربی خام و انرژی خام برای جیره ذرت-سویا بالاتر از جیره گندم-سویا بود (05/0?p). افزودنی های متفاوت تاثیری بر قابلیت هضم مواد مغذی جیره نداشتند (05/0<p). میزان اکسیداسیون چربی و پروتئین در گوشت پرندگانی که از جیره ذرت-سویا تغذیه نموده بودند همواره پایین تر از میزان اکسیداسیون در گوشت پرندگانی بود که از جیره گندم-سویا تغذیه نموده بودند (05/0?p). در بین افزودنی ها کمترین میزان اکسیداسیون مربوط به گروهی بود که رازیانه دریافت کرده بودند (05/0?p). در اکثر اندازه گیری های انجام شده مقادیر به دست آمده برای رازیانه قابل قبول و در حد مقادیر به دست آمده برای پروبیوتیک بود. در آزمایش دوم 60 مرغ تخمگذار (در سن 40 هفتگی) در یک آزمایش فاکتوریال و به صورت کاملا تصادفی تحت دو شرایط دمایی (24 و 34 درجه سلسیوس) سه سطح رازیانه (0، 1 و 2 درصد) را در جیره خود دریافت کردند. فاکتورهای عملکردی و تولید تحت تاثیر دمای پرورش و سطح رازیانه قرار نگرفت (05/0<p) و تنها مصرف خوراک تحت تاثیر تنش گرمایی کاهش یافت (663 در مقایسه با 738 گرم) (05/0?p). تنش گرمایی تولید تخم مرغ شکسته را افزایش داد (65/14 در مقابل 09/3 درصد) و مصرف سطح 2 درصد رازیانه میزان تخم مرغ های شکسته را در شرایط تنش گرمایی تا 36/5 درصد کاهش داد (05/0?p). وزن تخم مرغ و وزن سفیده تحت تاثیر تنش گرمایی کاهش یافت (05/0?p) اما مصرف رازیانه نتوانست این اثر مخرب را بهبود بخشد (05/0<p). فاکتورهای کیفی تخم مرغ شامل ضخامت پوسته، ارتفاع سفیده و واحد هاو تحت تاثیر تنش گرمایی کاهش پیدا کردند (05/0?p) و مصرف رازیانه تا حدود زیادی توانست این اثرات مخرب را بهبود بخشد، به طوری که ضخامت پوسته را از 26/0 به 29/0 میلی متر، ارتفاع سفیده را از 53/6 به 51/7 میلی متر و واحد هاو را از 58/79 به 58/84 رساند (05/0?p). سطح کلسترول و تری گلیسرید تخم مرغ قبل و بعد از تنش گرمایی تحت تاثیر مصرف رازیانه قرار گرفت و کاهش یافت (05/0?p). میزان mda و کربونیل تخم مرغ در شرایط تنش گرمایی افزایش یافت (05/0?p) و در هر دو مورد مصرف رازیانه توانست این اثرات منفی را بهبود بخشد، به طوری که میزان mda از 16/82 نانوگرم بر گرم تخم مرغ به 15/65 و میزان کربونیل تخم مرغ از 22/5 به 83/4 نانومول در هر گرم پروتئین رسید (05/0?p). استفاده از رازیانه به عنوان افزودنی در شرایط تنش گرمایی، تا حدودی توانست اثرات منفی تنش گرمایی بر صفات ذکر شده را بهبود بخشد. نتایج این تحقیق نشان داد که اثرات مثبت رازیانه در تغذیه جوجه های گوشتی و مرغ تخمگذار کاملا مشهود است و به همین دلیل رازیانه این پتانسیل را دارد که به عنوان یک افزودنی در تغذیه جوجه های گوشتی و مرغ تخمگذار معرفی گردد.

تنوع زیستی یکی از عوامل مهم برای اصلاح گران حیوانات اهلی جهت حفظ این ذخایر ژنتیکی محسوب می شود. استفاده از نشانگرهای مولکولی در سالهای اخیر جهت تعیین تنوع ژنتیکی بین جمعیت ها و حیوانات حفاظت شده کاربرد گسترده ای یافته است. در این تحقیق به بررسی ساختارژنتیکی، تنوع ژنتیکی، رابطه فیلوژنتیکی و خطوط پدری جمعیت سگ های بومی ایران، با استفاده از 13 جفت نشانگر ریزماهواره ای اتوزومی (c26.73320، cxx.6727,10,18، fh20609,20، fh20169,20، fh2790، fh2795، fh2914، fh3053، ren59h07، ren87o21، ren126a15، ren144m10، ren86g15) و 4 نشانگر مختص کروموزوم y (650-79.3 ،650-79.4 ، sry، af192268) پرداخته شد. از این جمعیت ها 97 نمونه خون و بافت بدست آمده و استخراج dna آنها از خون به روش استخراج نمکی و از بافت نیز با استفاده از روش تغییر یافته هضم آنزیمی صورت گرفت. نتایج بدست آمده حاکی از آن است که جایگاه fh20609,20 در جمعیت سرابی، جایگاه های fh3053 و fh2914 در جمعیت بومی کردستان، جایگاه های fh3053 و c26.73320 در جمعیت بومی خراسان، جایگاه های fh3053 و fh20609,20 در جمعیت تازی، جایگاه fh2790 در جمعیت بومی، البرز جایگاه های fh3053 و cxx.6727,10,18 در جمعیت کردی، جایگاه های ren86g15، ren144m10 و ren59h07 و جایگاه fh3053 در جمعیت بختیاری در تعادل بودند، بقیه جایگاه های مطالعه شده در جمعیت ها انحراف معنی داری از تعادل هاردی -واینبرگ را نشان دادند .(p<0. 05) جایگاه fh20609,20 با 9 آلل و جایگاه fh3053 با 4 آلل به ترتیب بیشترین و کمترین تعداد آلل را نشان دادند که به دنبال آن جایگاه های فوق با 93/5 و 44/2 به ترتیب بیشترین و کمترین تعداد آلل موثر را داشتند. مطالعه شاخص شانون و معیار pic (محتوای چند شکلی) نیز نشان داد که جایگاه fh3053 دارای کمترین تنوع و جایگاه fh20609,20 دارای بیشترین تنوع در بین جایگاههای مورد مطالعه می باشد. بیشترین میزان هتروزیگوسیتی در جمعیت کردی (72/0) و کمترین آن در جمعیت سنگسری (53/0) مشاهده شد. هم چنین بیشترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت های بومی البرز و تازی و کمترین آن بین جمعیت های سرابی و بختیاری مشاهده شد. برای مطالعه انتساب افراد به جمعیت های مربوطه از 8 روش متفاوت استفاده شد. در بین روشهای مبتنی بر درست نمایی روش بیزی بوراندر و لبرون و در بین روشهای مبتنی بر فاصله ژنتیکی روش حداقل nei بیشترین صحت را دارا می باشند. آنالیز نشانگرهای مختص کروموزوم y نشان دهنده وجود 8 هاپلوتیپ پدری در جمعیتهای مطالعه شده بود که نشان دهنده تنوع بالا در این جمعیت-هاست و می توان گفت، جمعیت یا جمعیت های پدری محدودی در بوجود آمدن جمعیت های کنونی کشور دخالت نداشته اند و احتمالاً این جمعیت ها از چندین جد متفاوت منشاء گرفته اند. با اینحال در طول تکامل، برخی از هاپلوتیپهای اولیه دستخوش تغییر شده و با فراوانی متفاوت در جمعیتهای کنونی دیده می شود. با توجه به نتایج تحقیق حاضر، جمعیت سگ های بومی ایران از تنوع ژنتیکی کافی برخوردارند و استفاده از این نشانگرهای ژنتیکی می تواند در تکمیل برنامه های حفاظتی بسیار سودمند باشند.

چکیده باروری یکی از صفات مهم اقتصادی در پرورش گوسفند می باشد که تحت تاثیر ژن های متعدد افزایشی یا بزرگ اثر می باشد. تحقیق حاضر با هدف دستیابی به عوامل ژنتیکی موثر در چند قلوزایی گوسفندان نژاد شال انجام شد. جهت انجام آزمایش با برسی شجره گوسفندان ایستگاه شال قزوین، حیواناتی که در شجره آنها رکورد چند قلوزایی به ثبت رسیده و خود چند قلوزا بودند به عنوان نمونه های چند قلوزا و حیواناتی که در شجره آنها چند قلوزایی مشاهده نشده و خود تک قلوزا بودند به عنوان شاهد انتخاب شدند. بطور کلی آزمایش در دو بخش انجام گردید. در بخش نخست به منظور بررسی بیان ژن های کاندید lhr، wnt10b، bax، cyp19a1 و tp53، rna هر دو گروه استخراج شده و بعد از ساخت cdnaنمونه ها، بیان ژن به روش sqrt-pcr مورد بررسی قرار گرفت. در بخش دوم با استفاده از روش ddrt-pcr اقدام به بررسی تفاوت بیان ژنتیکی بین دو گروه گوسفندان چند قلوزا و تک قلوزا در سطح ترانسکریپتوم گردید. در این تکنیک از پرایمر oligoa پایین دست در ترکیب با 10 پرایمر بالا دست با نام پرایمر های اختیاری استفاده گردید و در نهایت محصولات pcr بر روی ژل اکریلامید مشاهده شده و باند های با بیان متفاوت تعیین توالی شدند. نتایج بخش اول مشخص کرد که ژن tp53 در حیوانات تک قلوزا تکثیر شده است که نشان دهنده بیان بالای این ژن در این حیوانات می باشد. حضور نسخه های ژن باعث به راه افتادن چرخه مرگ سلولی و احتمالا کاهش یافتن تمایز بافتی در تخمدان می شود. از طرفی عدم بیان ژن فوق در نمونه های چند قلوزا احتمالا سبب تمایز بافتی بیشتر و تعداد فولیکول به بلوغ رسیده بیشتر در بافت تخمدان می شود. نتایج بخش دوم تحقیق مشخص نمود که یکی از نسخه های ژنی حاصل از ترکیب پرایمری oligoa و arbi-a09 با ژن fecb، که عامل اصلی در چند قلوزایی حیوانات مختلف خصوصا گوسفندان مرینو بوده، شباهت توالی نشان می دهد. این ژن از مراحل اولیه فولیکولی تا زمان تخمکریزی در اووسیت و کومولوس گوسفندان چند قلوزای شال بیان داشته ولی در مقابل هیچ بیانی را در نمونه های تک قلوزا نشان نمی دهد. با توجه به نتایج تحقیق حاضر، بررسی ساختار نوکلئوتیدی ژن tp53 و fecb در گوسفندان شال جهت مشخص کردن تفاوتهای نوکلئوتیدی موثر در بیان متفاوت ژنی در تحقیقات تکمیلی می تواند در نظر گرفته شود.

چکیده در بخش اول این مطالعه، به منظور بدست آوردن منشاء، نحوه شکل گیری و ساختار ژنتیکی سگ های بومی ایران نمونه های خون از 93 قلاده سگ از جمعیت های متعدد نقاط مختلف کشور بدست آمد. dna کل نمونه ها با استفاده از روش شستشوی نمکی استخراج شده و بعنوان الگو برای تکثیر و تعیین توالی ناحیه d-loop ژنوم میتوکندری بکار برده شدند. با آنالیز توالی قطعه 582 جفت بازی ناحیه d-loop ژنوم میتوکندری در نمونه های فوق، 25 هاپلوتیپ به همراه 38 جایگاه متغیر مشخص شد. از بین 25 هاپلوتیپ شناسایی شده 6 هاپلوتیپ جدید بوده و برای اولین بار گزارش می شود. چهار هاپلوگروه از 6 هاپلوگروه بدست آمده برای سگ های موجود در نقاط مختلف جهان به همراه 6 زیر هاپلوگروه مرتبط با این هاپلوگروه ها در توالی های بدست آمده از جمعیت های سگ بومی ایران مشاهده شدند. هاپلوگروه های e و f در توالی های بدست آمده از سگ های بومی ایران مشاهده نشدند. از هاپلوگروه های مشخص شده بیشترین فراوانی مربوط به هاپلوگروه a در این جمعیت ها بود. مقادیر تنوع هاپلوتیپی و نوکلئوتیدی در دامنه ای بین 114/0±610/0 تا 07/0±944/0 و 0028/0±0076/0 تا 0026/0±0150/0 قرار داشتند. آنالیز واریانس مولکولی درصد واریانس معنی داری را برای درون جمعیت ها نشان داد (095/0= ?st، 000/0= p). همچنین در این آنالیز اختلاف معنی داری برای تعدادی از جمعیت های مورد مطالعه مشاهده شد. با این وجود، برخی از این جمعیت ها، بخصوص نمونه های سگ های بومی خراسان و کردی، با سایر جمعیت ها مورد مطالعه تشابه ژنتیکی نشان دادند (p?0.01). بنابراین به نظر می رسد که تلاقی بین جمعیت های سگ های بومی ایران کنترل شده نبوده و اختلاط ژنتیکی در بین نمونه-ها صورت گرفته است. همچنین در بخش دوم تحقیق به منظور آگاهی از ساختار کروموزومی برخی از این جمعیت ها، خون تازه از سگ های کردی، سرابی و بومی البرز بدست آمده و برای انجام کاریوتایپ و نواربندی g مورد استفاده قرار گرفتند. کاریوتایپ حیوانات ماده نشان دهنده وجود 78 کروموزوم، شامل 38 جفت کروموزوم اتوزوم آکروسنتریک، یک جفت کروموزوم جنسی متاسنتریک (x) و در حیوانات نر شامل 38 جفت کروموزوم اتوزوم آکروسنتریک، یک کروموزوم جنسی متاسنتریک (x) و یک کروموزوم متاسنتریک (y) بود. تجزیه واریانس داده های کروموزومی نشان داد که در حیوانات مختلف اختلاف معنی داری در 7 پارامتر کروموزومی وجود دارد. میانگین طول نسبی کروموزوم های اتوزومی در نمونه های مطالعه شده دارای دامنه ای از 13/1 تا 89/4 میکرومتر در نرها و در ماده ها از 1/1 تا 21/5 میکرومتر بود.

برای بررسی اثر عوامل مادری بر صفات رشد ( وزن تولد، افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری، وزن شیرگیری، وزن 3 ماهگی، وزن 6 ماهگی و وزن 9 ماهگی) از 1524 رکورد جمع آوری شده طی سالهای 1384 تا 1389 توسط ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد بز عدنی واقع در شهر تنگستان استان بوشهر استفاده شد. اجزای واریانس و کوواریانس ژنتیکی صفات رشد از طریق مدل حیوان و با استفاده از روش حداکثر درستنمایی محدود شده (reml) برآورد شد. برای این صفات از 12 مدل حیوانی مختلف استفاده شد. اجزای مدل شامل، اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم، اثر محیطی دائمی مادری، اثر ژنتیکی افزایشی مادری، اثر محیطی مشترک مادری و هم چنین کوواریانس بین اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و مادری بود. مناسب ترین مدل ها با استفاده از آزمون نسبت درستنمایی تعیین شدند. تجزیه و تحلیل های دو صفتی با استفاده از مناسب ترین مدل ها صورت گرفت. مقایسه مدل های مختلف حیوانی برازش شده نشان داد که اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم (مدل 1) فقط برای وزن 9 ماهگی، اثر ژنتیکی افزایشی مادری (مدل3) برای وزن 3 ماهگی و 6 ماهگی، اثر محیطی مشترک مادری (مدل 7) برای افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری و اثر ژنتیکی افزایشی مادری به همراه اثر محیطی مشترک مادری (مدل8) برای وزن تولد و وزن شیرگیری اهمیت دارد. بر اساس مناسب ترین مدل وراثت پذیری مستقیم وزن تولد، افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری، وزن شیرگیری، وزن 3 ماهگی، وزن 6 ماهگی و وزن 9 ماهگی به ترتیب 07/0 ± 11/0، 09/0 ± 13/0، 08/0 ± 12/0، 10/0 ± 20/0، 09/0 ± 10/0 و10/0 ± 12/0 برآورد شد. این برآورد ها برای وراثت پذیری مادری وزن های تولد، شیرگیری، 3 ماهگی و 6 ماهگی برابر با 04/0 ± 18/0، 07/0 ± 15/0، 05/0 ± 24/0 و 05/0 ± 10/0 بود. برآورد همبستگی ژنتیکی افزایشی بین صفات رشد مثبت و متوسط به بالا بود و دامنه ای از 44/0 (بین وزن تولد با وزن 6 ماهگی) تا 97/0 (بین وزن شیرگیری و افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری و بین وزن 6 ماهگی و وزن 9 ماهگی) داشت. این برآورد ها برای همبستگی فنوتیپی بین صفات کمتر از همبستگی های ژنتیکی افزایشی آن ها بوده، از 19/0 (بین وزن تولد و افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری) تا 77/0 (بین وزن شیرگیری و وزن 3 ماهگی) متغیر بود. همبستگی ژنتیکی افزایشی مادری بین صفات مثبت و بالا و دامنه ای از 44/0 (بین وزن شیرگیری و وزن 6 ماهگی) تا 74/0 (بین وزن 3 ماهگی و وزن 6 ماهگی) داشت. هم چنین همبستگی محیطی مشترک مادری بین صفات مثبت و بالا و در دامنه 58/0 (بین وزن تولد و افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری) تا 95/0 (بین وزن شیرگیری و افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری) قرار داشت. نتایج نشان داد که اثر محیطی مشترک مادری اهمیت بیشتری از اثر محیطی دائمی مادری داشته، حذف آن از مدل تجزیه و تحلیل داده ها منجر به برآورد اریب درمولفه های واریانس ژنتیکی افزایشی مستقیم و وراثت پذیری آن می شود.

به منظور ردیابی باکتری های پروبیوتیکی در دستگاه گوارش جوجه های گوشتی و مقایسه سویه های گرم مثبت و گرم منفی پروبیوتیک ها با آنتی بیوتیک بر عملکرد و سیستم ایمنی در جوجه های گوشتی دو آزمایش انجام شد. آزمایش اول: برای ردیابی مسیر عبور باکتری لاکتوباسیلوس ها در دستگاه گوارش توسط واکنش های زنجیره ای پلیمراز پس از تجویز در هچری لاکتوباسیلوس پلانتاروم توسط پلاسمید حاوی پروتئین سبز فلوئورسانت ترانسفورم شد. بر اساس نتایج به دست آمده مشاهده شد که باکتری ترانسفورم شده در هیچ کدام از نمونه گیری ها در گروه شاهد و تلقیح به کلوآک ردیابی نشد. در گروه تزریق به تخم مرغ تنها جایگزینی ابتدایی و در گروه افشانه جایگزینی باکتری های پروبیوتیکی از 12 ساعت پس از تجویز تا انتهای دوره مشاهده شد. در گروه گاواژ دهانی جایگزینی در تمام طول آزمایش در قسمت های مختلف دستگاه گوارش مشاهده شد. نتایج این آزمایش نشان می دهد که روش گاواژ دهانی که پرنده دوز کامل پروبیوتیک را در آغاز هچ از قسمت ابتدایی دستگاه گوارش دریافت کرد بهترین جایگزینی باکتری ها را در طول دستگاه گوارش نشان داد. آزمایش دوم: در این آزمایش پرندگان تیمارهای پروبیوتیک های گرم مثبت برویباسیلوس لاتروس پیروس و لاکتوباسیلوس رامنوسوس و پروبیوتیک گرم منفی ای کولای نیسل 1917 را به صورت روزانه در آب آشامیدنی و آنتی بیوتیک ویرجینامایسین را در خوراک دریافت کردند. تفاوت معنی دار در میانگین وزن بدن بین گروه های مختلف مشاهده شد )05/0>(p. در دوره پایانی بالاترین میانگین وزن در گروه مصرف کننده ای کولای مشاهده شد. استفاده از تیمارها اثر مثبت بر ایمنی نشان دادند. بالاترین تیتر آنتی بادی علیه گلبول قرمز گوسفند در گروه های مصرف کننده ای کولای و آنتی بیوتیک مشاهده شد. استفاده از پروبیوتیک ها باعث بهبود مرفولوژی دستگاه گوارش شد. بلندترین و کوتاه ترین طول پرز در دوازدهه به ترتیب در گروه های مصرف کننده ای کولای نیسل و شاهد مشاهده شد. استفاده از تیمارهای پروبیوتیکی سطح لیپوپروتئین با چگالی بالا را افزایش و کلسترول را کاهش داد )01/0>(p. به نظر می رسد که پروبیوتیک ها پتانسیل بالایی برای جایگزینی با آنتی بیوتیک در صنعت طیور دارند و پروبیوتیک گرم منفی ای کولای نیسل به نظر کارایی بالاتری در مقایسه با سویه های مثبت پروبیوتیکی لاکتوباسیلوس و بروی باسیلوس دارد.

در این مطالعه به منظور برآورد ارزش های اصلاحی تجمعی تولید شیر بزهای عدنی، از 2364 رکورد روزانه تولید شیر ایستگاه اصلاح نژاد بز عدنی استان بوشهر، که در طی سال های 1385 تا 1391 جمع آوری شده بود، استفاده شد. در بخش اول تحقیق، ابتدا مدل تابعیت تصادفی چند صفتی با درجات متفاوت تابع لژاندر پلی نومیال به منظور تعیین درجه بهینه توصیف کننده اثرات تصادفی حیوان و محیطی دائمی مورد مطالعه قرار گرفت. در تمامی این تجزیه و تحلیل ها، هر یک از دوره های شیردهی به عنوان یک صفت در نظر گرفته شد. عوامل ثابت مدل شامل اثر سال-ماه زایش، چند قلوزایی، ماه رکوردبرداری، سن زایش و ضرایب ثابت منحنی شیردهی بودند. واریانس باقیمانده بصورت ناهمگن و براساس نوبت های رکوردبرداری برای هر دوره شیردهی به 6 دسته تقسیم شد. مقایسه مدل ها، که براساس معیار bic انجام شد، نشان داد که درجه 5 تابع لژاندر پلی نومیال توصیف بهینه ای از اثرات حیوان و محیطی دائمی دارد. نتایج نشان داد که منحنی واریانس های فنوتیپی، ژنتیکی افزایشی، محیطی دائمی و باقیمانده و همچنین پارامترهای وراثت پذیری و تکرارپذیری طی منحنی شیردهی پایدار نبوده و تحت تاثیر روزهای رکوردبرداری قرار دارند. همچنین، بین دوره های شیردهی اول تا سوم هم از لحاظ میزان واریانس و هم از لحاظ روند واریانس تفاوت هایی مشاهده شد. مقادیر وراثت پذیری دوره اول از 13/0 تا 46/0، دوره دوم از 11/0 تا 48/0 و دوره سوم از 24/0 تا 38/0 متغیر بود. در تمام دوره های شیردهی، همبستگی های ژنتیکی داخل دوره شیردهی مثبت بوده و با افزایش فاصله بین روزها، مقدار همبستگی کاهش یافت. همبستگی های ژنتیکی افزایشی بین دوره های شیردهی مثبت بود و مقدار آن نیز متغیر بود. با توجه به اینکه واریانس ژنتیکی افزایشی تولید شیر بطور مدوام در حال تغییر بود و همبستگی های ژنتیکی افزایشی متفاوتی بخصوص بین دوره های شیردهی مشاهده شد، بنابراین می توان انتظار داشت که نواحی ژنومی و میزان تاثیر آنها بر تولید شیر بطور مداوم در حال تغییر باشد. همچنین می توان نتیجه گیری کرد که مقداری نواحی ژنومی مشترک بین زمان های مختلف تولید شیر وجود دارد که انتخاب بر اساس یک رکورد می تواند بر رکوردهای دیگر تاثیر گذار باشد. در بخش دوم تحقیق، تاثیر ارزش های اصلاحی بر سطح بیان تعدادی ژن بررسی شد. برای این منظور، سطح رونوشت برداری ژن های آلفا اس 1 کازئین، بتالاکتوگلوبین، بیوتیروفیلین، گیرنده پرولاکتین، ناقل نوع 1 گلوکز و فاکتور رونویسی stat5a در غدد پستانی در پیش از زایمان، تولید شیر و زمان خشکی در دو گروه از دام های با ارزشهای اصلاحی بالا و پایین مقایسه شد. به همین منظور از ارزشهای اصلاحی تجمعی تولید شیر دوره اول که براساس روش رگرسیون تصادفی چندصفتی تخمین زده شد، استفاده گردید. سپس، از بافت پستانی توسط تفنگ بیوپسی نمونه برداری در زمان های مختلف صورت گرفت و از روش real time pcr برای مطالعه بیان ژن استفاده شد. براساس نتایج این بخش از تحقیق، اثر متقابل بین گروه های ارزش اصلاحی و زمان های نمونه برداری بر سطح بیان ژن های مورد نظر معنی دار بود (01/0>p). نتایج نشان داد که در زمان تولید شیر بین دو گروه ارزش اصلاحی از لحاظ سطح رونوشت-برداری ژن های آلفا اس 1 کازئین، بتالاکتوگلوبین، بیوتیروفیلین، گیرنده پرولاکتین و ناقل نوع 1 گلوکز تفاوت معنی داری وجود دارد، در حالی که در زمان قبل از زایمان تنها سطح رونوشت برداری ژن های آلفا اس 1 کازئین و فاکتور رونویسی stat5a و در زمان خشکی تنها سطح رونوشت برداری ژن های آلفا اس 1 کازئین و بتالاکتوگلوبین بین دو گروه ارزش اصلاحی متفاوت بود. با مشاهده اثر معنی دار گروه ارزش اصلاحی بر بیان ژن ها انتظار می رود که انتخاب براساس ارزش های اصلاحی تولید شیر، اثراتی بر عملکرد و شرایط فیزیولوژیکی غده پستان خواهد گذاشت. این اثرات ممکن است برای صنعت شیر مفید و یا نامناسب باشند. دلایل مشاهده بیان متفاوت ژن ها بین دو گروه در زمان های مختلف ممکن است مجموعه شرایط زمان رونوشت برداری و یا بدلیل تغییرات نواحی ژنومی مرتبط با بیان ژن بخصوص نواحی َ5 و َ3 مجاور ژن باشند. بنابراین بررسی چندشکلی نواحی ژنومی مرتبط با این ژن ها در مطالعات تکمیلی به نظر ضروری می رسد. برای همین منظور، در بخش سوم تحقیق، نواحی َ5 و َ3 مجاور و ناحیه کد کننده ژن پروتئین آلفا اس 1 کازئین و ناحیه کد کننده ژن ناقل نوع 1 گلوکز برای شناسایی چند شکلی ها مورد مطالعه قرار گرفت. در ناحیه َ5 مجاور ژن آلفا اس 1 کازئین، 10 چندشکلی مشاهده شد که تعدادی از آنها در جایگاه اتصال فاکتورهای رونویسی قرار دارند. در ناحیه َ3 مجاور ژن آلفا اس 1 کازئین نیز 9 چند شکلی دیگر مشاهده شد که تعدادی از آنها بر محل اتصال میکروrnaها تاثیر گذار بوده اند. بنابراین پیش بینی می شود که این چندشکلی ها بر سطح بیان ژن آلفا اس 1 کازئین تاثیر گذار باشند. در ناحیه کد کننده ژن آلفا اس 1 کازئین، 5 جایگاه چند شکلی دیگر مشاهده شد که یکی از آنها جهش خنثی بوده، در حالی که 4 جایگاه دیگر منجر به تبدیل کدون اسیدآمینه شد. این نتایج نشان می دهد که ژن آلفا اس 1 کازئین دارای تغییرات ژنتیکی زیادی است و برای اجرای برنامه های اصلاح نژادی و همچنین حفظ ذخایر ژنتیکی بزهای عدنی مناسب می باشد. بررسی قسمتی از توالی ژنومی ناحیه کد کننده ژن ناقل نوع 1 گلوکز نشان داد که هیچ گونه تفاوت ژنومی بین حیوانات مورد مطالعه وجود ندارد اما از مقایسه آن با توالی موجود در پایگاه داده ncbi دو جایگاه چند شکلی در بزهای عدنی مشاهده شد که یکی از آنها جهش خنثی بوده و دیگری باعث تغییر ترکیب اسیدآمینه پروتئین ناقل نوع 1 گلوکز خواهد شد.

در این مطالعه به منظور بررسی ساختار و تفاوت های ژنتیکی برخی از ژن های مرتبط با سوخت وساز انرژی و یا رشد پرندگان در طیور گوشتی، نمونه های خون از 4 خط لاین گوشتی تجاری آرین بدست آمد. در ادامه dna کل نمونه ها با استفاده از روش شستشوی نمکی استخراج شدند. سپس با استفاده از توالی های موجود در سایت بین المللی اطلاعات ژنوم موجودات، آغازگرهای اختصاصی جهت تکثیر کامل ژن های ucp و nd5 و نیز جهت تکثیر نقاط چند شکل ژن های ghsr، atgl، tgfb2، tgfb3 و visfatin با استفاده از نرم افزار الیگو طراحی شده و طی شرایط استاندارد pcr، قطعات ژنی تکثیر شدند. سپس توالی یابی کامل دو ژن ucp و nd5 با بکار گیری روش خاتمه زنجیره انتهایی و استفاده از bigdye در یک ترکیب ژنی از 50 پرنده انجام شد. در ادامه تفاوت های تک نوکلئوتیدی مشخص شده در دو ژن فوق به همراه ژن های ذکرشده دیگر با استفاده از روشهای ساده pcr-sscp و pcr-rflp در250 نمونه بررسی و ژنوتیپ های پرندگان مشخص شدند. ارتباط ژنوتیپ های هر جایگاه ژنی با اطلاعات فنوتیپی صفات رشد و لاشه و اثر جایگزینی آللی با اعمال مدل مناسب با استفاده از نرم افزار spss بررسی شد. نتایج مرحله اول نشان داد که ژن nd5 در جمعیت فوق هیچگونه تفاوت نوکلئوتیدی نداشت ولی ژن ucp در این لاین تجاری 5 تفاوت نوکلئوتیدی در نقاط بالادست، اینترونی، اگزونی و پایین دست ژن آشکار کرد. آنالیز اطلاعات مشخص کرد که بین چند شکلی a(-40)>t ژن ucp با ضریب تیدیل غذایی، مصرف غذای باقیمانده و میانگین افزایش وزن روزانه ارتباط معنی داری (p<0.00) وجود دارد. همچنین جایگاه چند شکل c3286>t ژن ghsr با صفات مصرف غذای روزانه (p<0.05) و با میزان چربی بطنی، درصد چربی بطنی و میانگین افزایش وزن روزانه ارتباط معنی داری (p<0.00) نشان داد. چند شکلی t(-640)>c ژن tgfb2 با ضریب تبدیل غذایی، مصرف غذای باقیمانده، مصرف غذای روزانه و وزن ساق پا درسطح 05/0 و با وزن زنده، وزن لاشه و درصد لاشه ارتباط معنی داری (p<0.00) داشت. وقوع تغییرات فوق در نواحی اگزونی با تاثیر بر دومین پروتئینی و یا در نواحی پروموترژنی با تاثیر بر فاکتورهای نسخه برداری مانند myod در ژن ucp و یا ap-1 در ژن tgfb2 و همچنین تعامل سیستمی با ژن های دخیل در فرآیند های مختلف متابولیسم انرژی و یا چربی ممکن است علت اینگونه ارتباطات معنی دار باشد. دیگر جایگاه های بررسی شده در این جمعیت یک شکل بوده، بنابراین هیچگونه ارتباطی با صفات مورد مطالعه قابل بررسی نمی باشد.

ژن tlr4 بر روی کروموزوم 17 قرار گرفته و دارای 3 اگزون و 2 اینترون است. این ژن باعث سنتز پروتئینی با تعداد843 اسید آمینه می شود که تنظیم و شروع کننده یپاسخ های ایمنی به هنگام آلودگی با باکتری های گرم منفی است. هدف از این مطالعه تجزیه و تحلیل ساختاری ژن tlr4 و ارتباط آن با صفات ایمنی در دو سویه بومی و تجاری بود. برخی از صفات ایمنی مثل میزان عیار پادتن های تولید شده علیه srbc (عیار پادتن کل، ta؛ عیار ایمونوگلوبولین y، igy؛ و عیار ایمونوگلوبولین m، igm)، در دو سن 22 و 50 هفتگی رکورد برداری شده و مورد مقایسه قرار گرفتند. تجزیه و تحلیل داده ها با نرم افزار minitab مشخص کرد عیار پادتن کل، ta و عیار ایمونوگلوبولین y، igy در سن 22 هفتگی بین دو سویه تفاوت معنی داری دارد(05/0p<). بطوریکه هر دو معیار برای سویه بومی بالاتر از آرین ها بود ولی برای عیار ایمونوگلوبولین m، igm در سن 22 هفتگی تفاوت معنی داری از لحاظ آماری مشاهده نشد(05/0p<). برای هیچ کدام از معیارهای پاسخ ایمنی همورال در سن 50 هفتگی از نظر آماری تفاوت معنی داری وجود نداشت (05/0>p)، هر چندمقادیر در سوی? بومی اندکی بیشتر از سوی? آرین بود. شاخص ریش بعنوان معیاری از ایمنی سلولی در سن 50 هفتگی در هر دو سویه آرین و بومی مورد بررسی قرار گرفت که تفاوت معنی داری مشاهده نشد (05/0p<).در این تحقیق از هر دو نژاد مختلف به تعداد120قطعهمرغ وخروس خون گیری شد و استخراج dna و تکثیر ژن مورد نظر انجام شد.با توالی یابی ژن مورد نظر در دو سویه آرین و بومی2 نوع snp جدید شناسایی شد که با معرفی سایت برش برای آنزیم های محدودگر ecori، mseiواکنش هضم آنزیمی صورت گرفت. نتایج نشان دادکه هیچکدام از جایگاه های مورد مطالعه پلی مورف نیستند. همچنین بیان ژن tlr4 در سه بافت کبد، طحال، ریه مورد بررسی قرار گرفت. پس از استخراج rna سنتز cdna انجام شد. باندهای حاصل از تکثیر قطعه ای از ژن tlr4 با الکتروفورز ژل آگارز 1% توسط نرم افزار image j پردازش شد و تجزیه تحلیل آماری با نرم افزار minitab نشان داد در بین دو نژاد بومی و تجاری، بیان ژن tlr4 در بافت های کبد، طحال و ریه تفاوت معنی داری ندارد(05/0p<).

تکنیکهای ژنتیک مولکولی ابزارهای دقیق و سریعی برای شناسائی و استفاده تنوع ژنتیکی در نژادهای بومی فراهم نموده است . این تکنیکها به اصلاحگران اجازه می دهند تا در زمان کوتاهتری حیوانات با ژنوتیپ برتر را انتخاب کنند. نشانگرهای rflp بعلت تکرارپذیری و دقت بالا و عدم تاثر از عوامل محیطی خارجی و داخلی در بررسی ساختار و تنوع ژنتیکی حیوانات مورد توجه قرار داشته و اساس بسیاری از روشهای جدید در اصلاح نژاد را تشکیل می دهند. ژن هورمون رشد به دلیل اثرات مشخص بر بسیاری از صفات اقتصادی مهم در گاو، از جمله صفات شیرواری، بعنوان یک ژن کاندید برای این صفات ، در کانون بسیاری از مطالعات اخیر واقع شده است ، که عمدتا" در نژادهای اروپائی صورت گرفته اند. معهذا، در حال حاضر، اطلاعات ناچیزی در این ارتباط از نژادهای کوهاندار(زبو) در اختیار است . پروژه حاضر جهت بررسی واریانتهای آللی در محدوده اکسونهای 3 و 4 ژن هورمون رشد دو نژاد گاو بومی سیستانی و دشتیاری، که جز نژادهای زبو می باشند، طراحی گردید. نتایج حاصله مبین عدم اختلاف معنی دار بین دو نژاد سیستانی و دشتیاری از نظر rflp مورد بررسی است . معهذا ، همانگونه که مطالعات قبلی در مورد گاو سیستانی نشانداده است اختلاف فاحشی از نظر فراوانی آللی برای این rflp بین زبورهای جنوب شرقی ایران و نژادهای اروپایی وجود دارد. اینکه این تفاوتها تا چه میزان تفاوتهای آشکار، برای خصوصیات شیرواری، بین نژادهای اروپایی و زبوها را توجیه می کند مستلزم مطالعات بیشتری است .