در این پژوهش، اثر سخت زایی بر طول عمر تولیدی گاوهای هلشتاین ایران، بر اساس اطلاعات تولید، شجره و طول عمر 27 سال اخیر مرکز اصلاح نژاد دام و بهبود تولیدات دامی کشور بررسی شد. اطلاعات دوره های شیردهی اول تا ششم 453657 گاو هلشتاین از 563 گله سراسر کشور در نظر گرفته شد. مدل مورد استفاده یک مدل خطر نسبی ویبول پدر-پدربزرگ مادری بود. وراثت پذیری لگاریتمی و تغییریافته طول عمر تولیدی به ترتیب 124/0 و 059/0، برآورد شد. تولید شیر، سن اولین زایش، دوره و مرحله شیردهی، سخت زایی تاثیر معنی داری بر طول عمر تولیدی داشتند (p < 0.01). خطر حذف با افزایش سن اولین زایش تا 11 درصد افزایش یافت (p < 0.01). تولید شیر یک عامل مهم در ماندگاری گاوهای هلشتاین ایران بود؛ به طوری که خطر حذف در گاوهای کم تولید 51/4 برابر گاوهای پرتولید و بیش از 88/2 برابر کلاس میانگین بود. فراوانی سخت زایی 13 درصد بود که بیشترین آن در گاوهای زایش اول و کمترین آن در گاوهای زایش ششم بود. با افزایش درجه سخت زایی، خطر حذف نیز افزایش یافت و در گاوهای سخت زا در مقایسه با گاوهای آسان زا، 10 درصد بیشتر بود. بر اساس منحنی کاپلان مایر، میانه تابع بقا گاوهای آسان زا و سخت زای کشور به ترتیب 1315 و 1243 روز بود.

هدف از این پژوهش بررسی میزان متیلاسیون شماری از ژنهای مهم مرغ بود. بدین منظور 32 ژن از genbank انتخاب شد. پروموتورهای این ژنها با نرم افزار promoter prediction پیدا شدند. جزایر احتمالی موجود در هر توالی با نرم افزار cpg island searcher مشخص شدند. احتمال متیله شدن هر رشته dna یک ژن، با نرم افزار methylator و آنالیز متیلاسیون با نرم افزار epigraph انجام شد. در نهایت با استفاده از مدل مارکف پنهان، نوع رتبه احتمالی cpgها برای هر ژن پیدا شد. احتمال متیلاسیون هریک از جزایر cpg، پس از ایجاد فضای وضعیت، توزیع اولیه وضعیت و ماتریس انتقال، با استفاده از بسته methylkit نرم افزارr محاسبه شد. برای اغلب توالیها جایگاه آغاز رونویسی پیش بینی شده بود. برای برخی ژنها یک (estrogen receptor 1) و برای بعضی تا 11 جایگاه (fatty acid synthase) پیش بینی شد. تنها تفاوت این پیش بینی ها در موقعیت، امتیاز و درجه احتمال پیش بینی ها بود. اغلب جایگاه ها احتمال جایگاه آغاز رونویسی مرزی (امتیاز پیش بینی جایگاه آغاز رونویسی 8/0-5/0) داشتند. 17 ژن از مجموع 32 ژن بررسی شده دارای جزیره و 15 ژن فاقد جزیره بودند. مجموع جزایر یافت شده در این 17 توالی برابر 27 جزیره بود. در برخی ژن ها یک جزیره (progesterone receptor) و برخی دیگر تا 3 جزیره (fatty acid synthase) مشاهده شد. ژنهای myosin light chain kinase و progesterone receptorبیشترین تعداد cpg، و ژنهای glucagon receptor، progesterone receptor و stat5b طویلترین cpgها را داشتند. دامنه احتمال متیلاسیون هر رشته از dna یک ژن 50 تا 2/74 درصد بود. دامنه متیلاسیون توالیهای متیله 75/0-60/0 و میانگین ارزش ویژه متیلاسیون آنها 68/0 بود؛ ولی توالیهای غیرمتیله دارای دامنه متیلاسیون گستردهتر (95/0-62/0 با میانگین 79/0) بودند. دامنه احتمال متیلاسیون cpgها در حالت مارکفی پنهان 99/0-63/0 بدست آمد. ژنهای دارای متابولیسم و عملکرد بالا، نواحی پروموتوری، اگزونی و جزایر cpg فراوانی دارند؛ بنابراین، احتمال وقوع متیلاسیون در آنها بالا است که منجر به سرکوب یا افزایش بیان خواهد شد. واژه های کلیدی: اپی ژنتیک، ژنوم مرغ، متیلاسیون dna

هدف این پژوهش، برآورد پارامترهای ژنتیکی معیارهای تداوم شیردهی و تولید شیر 100 و 305 روز در گاوهای هلشتاین ایران بود. از رکوردهای روز-آزمون تولید شیر گردآوری شده بین سال های 1380 تا 1391 به وسیله مرکز اصلاح نژاد دام و بهبود تولیدات دامی کشور، استفاده شد. داده های استفاده شده شامل 4211763 رکورد روز-آزمون تولید شیر 543749 گاو زایش اول، 3281202 رکورد روز-آزمون تولید شیر 426113 گاو زایش دوم، و 2225641 رکورد روز-آزمون تولید شیر 295086 گاو زایش سوم، بودند. چهار معیار برای سنجش تداوم شیردهی استفاده شد که شامل 1p: نسبت شیر تولیدی در بخش دوم دوره ی شیردهی به شیر تولیدی در بخش نخست دوره ی شیردهی، 2p: نسبت شیر تولیدی در بخش سوم دوره ی شیردهی به شیر تولیدی در بخش نخست دوره ی شیردهی، 3p: سنجه تداوم شیردهی حاصل از پارامترهای تابع گامای ناقص و 4p: تفاوت تولید در روزهای 280 و 60 دوره ی شیردهی بودند. مولفه های واریانس معیارهای تداوم شیردهی و تولید شیر 100 و 305 روز با استفاده از مدل های تک صفتی، چندصفتی و تکرارپذیر و با رویه ی aireml برآورد شدند. وراثت پذیری های برآورد شده برای زایش اول تا سوم به ترتیب 1 تا 6 درصد، 2 تا 10 درصد، و 1 تا 12 درصد بود. وراثت پذیری تولید شیر 100 و 305 روز برای زایش اول تا سوم به ترتیب 8 تا 24 درصد و 14 تا 27 درصد بود. تکرارپذیری معیارهای تداوم شیردهی و تولید شیر 100 و 305 روز به ترتیب 6 تا 20 درصد، 30 درصد و 40 درصد برآورد شد.