در مطالعه حاضر، اثر نر تلاقی گر (service sire)بر صفات تولید مثل، شامل وزن تخم مرغ (egg weight)، سن بلوغ جنسی (age at sexual maturity)، تعداد تخم مرغ های قابل جوجه کشی (eggs set)، تعداد تخم مرغ های بارور (eggs fertile)، تعداد جوجه های حاصل از هر مرغ (chicks number)، درصد تخم های بارور به تخم های قابل جوجه کشی یا باروری (percentage fertility) و درصد جوجه های حاصل از تخم های بارور (percentage hatched of fertile eggs) مورد بررسی قرار گرفت. داده های مورد استفاده مربوط به رکوردهای16599 پرنده ی دارای شجره جمع آوری شده در طی 9 نسل یک گله لاین مادری گوشتی تجاری بودند. این داده ها، با استفاده از مدل حیوان با روش حداکثر درستنمایی محدود شده(restricted maximum likelihood) و نرم افزار asreml تجزیه و تحلیل شدند. با و بدون در نظر گرفتن اثر نر تلاقی گر، 6 مدل حیوانی مختلف برازش شد. مدل 1 شامل فقط اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم حیوان (a) بود. در مدل 2، اثر محیطی نر تلاقی گر (c) به مدل 1 اضافه شد. مدل 3 شامل اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و ژنتیکی افزایشی نر تلاقی گر (ss) با فرض این که کوواریانس بین اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و ژنتیکی افزایشی نر تلاقی گر مساوی صفر (0=?ass) بود. در مدل 4، که مشابه مدل 3 بود، این اثر مخالف با صفر (?ass?0 ) فرض شد. مدل 5، شامل هر دو اثر محیطی و ژنتیکی افزایشی نر تلاقی گر همراه با اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم بدون کوواریانس بین اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و ژنتیکی افزایشی نر تلاقی گر و مدل 6 با کوواریانس بین اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و ژنتیکی افزایشی نر تلاقی گر بود. لگاریتم درستنمایی این مدل ها با استفاده از آزمون نسبت درستنمایی (likelihood ratio test) مقایسه شده و مناسب ترین مدل پیشنهاد شد. وزن تخم مرغ به شدت تحت تاثیر اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم قرار داشته (0.670 = h2a)، اثر نر تلاقی گر بر آن محیطی (0.008 = c2) و ناچیز اما معنی دار (مدل 2) بود. برای سن بلوغ جنسی، علاوه بر اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم (0.377 = h2a)، هر دو اثر محیطی نر تلاقی گر (0.057 = c2) و ژنتیکی نر تلاقی گر (0.010 = h2ss) اهمیت (مدل 5) داشتند. برای صفات تعداد تخم مرغ های قابل جوجه کشی، مدل شامل اثر محیطی نر تلاقی گر (مدل 2) اهمیت داشت (0.127 = h2ss و 0.057 = c2). برای دو صفت تعداد تخم مرغ های بارور و تعداد جوجه های حاصل از هر مرغ، آثار مهم و موثر بر آن ها، اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم (به ترتیب، 0.100 = h2a و 0.148 = h2a)، اثر محیطی نر تلاقی گر (به ترتیب، 0.187 = c2 و 0.163 = c2)، اثر ژنتیکی افزایشی نر تلاقی گر (به ترتیب، 0.010 = h2ss و 0.010 = h2ss) و کوواریانس بین اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و نر تلاقی گر ( به ترتیب، 0.666 = rass و 0.614 =rass) بودند. وراثت پذیری مستقیم صفت درصد تخم های بارور به تخم های قابل جوجه کشی (0.074 = h2a) کمتر از درصد جوجه های حاصل از تخم های بارور (0.144 = h2a)، ولی نسبت واریانس محیطی نر تلاقی گر نسبت به واریانس فنوتیپی آن بیشتر (0.387 = c2 در مقایسه با 0.082 = c2 ) بود. این نتایج نشان می دهد که باروری بیشتر تحت تاثیر خروس بوده اما جوجه درآوری علاوه بر خروس، تحت تاثیر مرغ نیز قرار دارد. به طور کلی، نتایج بررسی حاضر به وضوح اثر نر تلاقی گر را بر اکثر صفات تولید مثل نشان می دهد. بنابراین پیشنهاد می شود در ارزیابی های ژنتیکی این اثر در مدل های آماری در نظر گرفته شود

در این تحقیق به منظور برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات رشد و تولیدمثل در یک لاین تجاری مرغ گوشتی از داده های جمع آوری شده برای 159697 پرنده توسط مرکز اصلاح و پرورش مرغ لاین آرین استفاده شد. به منظور بررسی اثر عوامل مادری برای صفات وزن بدن در 6 هفتگی، وزن لاشه، وزن سینه، عرض سینه، میزان هماتوکریت خون، مقدار غذای مصرفی، مقدار غذای باقیمانده و افزایش وزن روزانه، 6 مدل مختلف حیوان با و بدون اثر عوامل مادری، و برای صفات سن بلوغ جنسی، وزن تخم مرغ، تعداد کل تخم تولیدی 25 تا 50 هفتگی و تعداد کل جوجه تولیدی 28 تا 39 هفتگی 2 مدل مختلف حیوان با و بدون اثر محیطی نرتلاقی گر برازش و مناسب ترین مدل از طریق آزمون نسبت لگاریتم درستنمایی تعیین گردید. داده ها با استفاده از روش حداکثر درستنمایی محدود شده و نرم افزار dmu تجزیه و تحلیل شدند. اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم، ژنتیکی افزایشی مادری، محیطی مادری و کوواریانس اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و مادری (مدل 8) برای صفات وزن بدن در 6 هفتگی، عرض سینه، مقدار غذای مصرفی، مقدار غذای باقیمانده و افزایش وزن روزانه معنی دار (0.01>p) بود. وراثت پذیری مستقیم، مادری و نسبت واریانس محیطی مادری به واریانس فنوتیپی به ترتیب برای وزن بدن در 6 هفتگی 328/0، 026/0، 029/0، عرض سینه 366/0، 039/0، 029/0، مقدار غذای مصرفی 319/0، 017/0، 026/0، افزایش وزن روزانه 257/0، 026/0، 025/0 و مقدار غذای باقیمانده 309/0، 018/0، 023/0، برآورد شدند. برای صفات وزن لاشه و وزن سینه مدل با اثر ژنتیکی افزایشی مادری با در نظر گرفتن کوواریانس اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و مادری (مدل 4) معنی دار (0.01>p) بود. بر اساس این مدل برآورد وراثت پذیری مستقیم و مادری به ترتیب برای وزن لاشه 326/0، 073/0 و برای وزن سینه 485/0، 036/0 بودند. اثر عوامل مادری بر میزان هماتوکریت خون معنی دار نبود (0.05>p). برای صفات تولید مثل، اثر نر تلاقی گر فقط برای تعداد جوجه تولیدی معنی دار بود. همبستگی های ژنتیکی بین صفات رشد مثبت و دامنه ای بین 010/0 تا 967/0 داشت. این همبستگی ها بین صفات تولیدمثل از منفی تا مثبت متغیر بود. به طور کلی، برآوردهای متوسط تا زیاد وراثت پذیری صفات مورد مطالعه نشان می دهد که انتخاب می تواند منجر به بهبود آن شود. هر چند ضرورت دارد به همبستگی های ژنتیکی برخی از آن ها توجه شود

در مطالعه حاضر، اثر نر تلاقی گر (service sire)بر صفات تولید مثل گاوهای هلشتاین ایران، شامل سخت زایی (calving difficulty)، وزن گوساله متولد شده (birth weight)، فاصله بین تلقیح تا آبستنی (first service to conception) و نرخ عدم بازگشت به فحلی مجدد در 56 روزگی(first service non-return rate to 56 days) مورد بررسی قرار گرفت. داده های مورد استفاده مربوط به رکوردهای جمع آوری شده بین سال های 1346 الی 1388 توسط مرکز اصلاح نژاد کشور بودند. این داده ها، با استفاده از مدل حیوان با روش حداکثر درستنمایی محدود شده(restricted maximum likelihood) و نرم افزار dmu تجزیه و تحلیل شدند. با و بدون در نظر گرفتن اثر نر تلاقی گر، 6 مدل حیوانی مختلف برازش شد. مدل 1 شامل فقط اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم حیوان ( ) بود. در مدل 2، اثر محیطی نر تلاقی گر ( ) به مدل 1 اضافه شد. مدل 3 شامل اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و ژنتیکی افزایشی نر تلاقی گر ( ) با فرض کوواریانس بین اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و ژنتیکی افزایشی نر تلاقی گر مساوی صفر ( ) بود. در مدل 4، که مشابه مدل 3 بود، این اثر مخالف با صفر (0 ? ) فرض شد. مدل 5، شامل هر دو اثر محیطی و ژنتیکی افزایشی نر تلاقی گر همراه با اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم بدون کوواریانس اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و ژنتیکی افزایشی نر تلاقی گر و مدل 6 با فرض کوواریانس اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و ژنتیکی افزایشی نر تلاقی گر مخالف صفر بود. لگاریتم درستنمایی این مدل ها با استفاده از آزمون نسبت درستنمایی (likelihood ratio test) مقایسه شده و مناسب ترین مدل پیشنهاد شد. برای صفت سخت زایی، علی رغم پایین بودن اثر وراثت پذیری (02/0 = )، نسبت واریانس محیطی نر تلاقی گر به واریانس فنوتیپی (0024/0 = )، نسبت واریانس ژنتیکی نر تلاقی گر به واریانس فنوتیپی (0024/0 = ) مدل 6 مناسب بود. بر اساس این مدل همبستگی اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و نر تلاقی گر مثبت و 59/0 برآورد شد. برای صفت وزن گوساله متولد شده نیز ، علاوه بر اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم (13/0 = )، اثر محیطی نر تلاقی گر (008/0 = )، اثر ژنتیکی نر تلاقی گر (0204/0 = ) با فرض وجود اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و نر تلاقی گر (78/0= ) اهمیت (مدل 6) داشتند. برای صفت نرخ عدم بازگشت به فحلی مجدد در 56 روزگی، هیچ یک از آثار محیطی یا ژنتیکی نر تلاقی گر اهمیت نداشتند. برای این صفت وراثت پذیری مستقیم نزدیک به صفر (002/0) برآورد شد و برای صفت فاصله بین آخرین تلقیح تا آبستنی مجدد عوامل موثر بر آن ، اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم (013/0 = ) و اثر ژنتیکی نر تلاقی گر (002/0= ) بودند (مدل3). به طور کلی، نتایج بررسی حاضر به وضوح اثر نر تلاقی گر را بر اکثر صفات تولید مثل را از لحاظ آماری نشان می دهد اما با توجه به مقادیر بسیار کم آنها پیشنهاد می شود در برآورد مولفه های واریانس و کواریانس ژنتیکی مدل ساده حیوان (وجود فقط اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم) در نظر گرفته شود.

در بررسی حاضر از اطلاعات شجره ای 883713 گاو هلشتاین ایران، که توسط مرکز اصلاح دام کشور در طی سال های 1350 تا 1388 ثبت شده بود، استفاده شد. ابتدا ضریب هم خونی گاوها محاسبه و متوسط هم خونی گله های مختلف برآورد شد. از بین گله های تحت پوشش با شاخص شجره کامل بزرگ تر از 80 درصد، 10 گله با بیشترین مشاهده و بیشترین متوسط هم خونی (گروه 1) و 10 گله با بیشترین مشاهده و کم ترین متوسط هم خونی (گروه 2) انتخاب شدند. بعد از ایجاد فایل جمعیت مرجع برای هر یک از گله های دو گروه، پارامترهایی مانند اندازه جمعیت پایه، تعدادی از افراد جمعیت پایه که منشاء 50 درصد ژن های جمعیت هستند، معادل حیوانات بنیان گذار، معادل ژنومی حیوانات بنیان گذار، اندازه موثر حیوانات غیر بنیان گذار، میانگین خویشاوندی، اندازه جمعیت موثر، فاصله نسلی، تعداد معادل نسل های مجزا و مقدار هم خونی دو گروه محاسبه و مقایسه شدند. همچنین این پارامترها برای کل جمعیت گاوهای هلشتاین ایران محاسبه و روند آن ها در سه دوره زمانی، 50 تا 77، 78 تا 81 و 82 تا 87) مقایسه شدند. پارامترهای، معادل حیوانات بنیان گذار، معادل ژنومی حیوانات بنیان گذار و اندازه موثر حیوانات غیر بنیان گذار در گروه هم خونی زیاد (به ترتیب، 4/291، 59/8 و 76/8) نسبت به گروه هم خونی کم (به ترتیب، 2/295، 88/8 و 25) کمتر و ضریب خویشاوندی در گروه با هم خونی زیاد (057/0) نسبت به گروه با هم خونی کم (026/0) بیشتر بود. اندازه جمعیت موثر در گروه با هم خونی زیاد (3/52) نسبت به گروه با هم خونی کم (5/55) کمتر بود. این نتایج نشان می دهند که، هم خونی زیاد در گروه 1 در مقایسه با گروه 2، ناشی از کاهش تعداد حیوانات بنیان گذار و انجام آمیزش های خویشاوندی می باشد. برای کل جمعیت مورد مطالعه، تعداد حیوانات بنیان گذار، معادل حیوانات بنیان گذار، معادل ژنومیکی حیوانات بنیان گذار، تعداد موثر غیر بنیان گذارها، بنیان گذارهای با سهم 50 درصد ژن های جمعیت و فاصله نسلی با گذشت زمان کاهش، و تعداد افراد با والدین معلوم، تعداد معادل نسل مجزا، متوسط خویشاوندی و هم خونی افزایش داشت. این تغییرات می توانند دلایل افزایش هم خونی در جمعیت گاوهای هلشتاین ایران را تفسیر کنند.

در تحقیق حاضر مناسب ترین تابع توصیف کننده منحنی تولید تخم مرغ خط مادری یک لاین تجاری گوشتی، با برازش توابع گامای ناقص(وود)، گامای ناقص تصحیح شده، تابع جزء به جزء، تابع جزء به جزء تصحیح شده، تابع رگرسیون چند جمله ای علی و شفر و تابع لجستیک غیرخطی تعیین شد. پارامترهای هر تابع با استفاده از رویه غیر خطی و روش تکرار گوس- نیوتن نرم افزارآماری sas برآورد و سپس هر یک از توابع بر اساس ضریب تعیین تصحیح شده (r2adj) ، میانگین مجموع مربعات خطا (mse) و ضریب اکایک (aic) با یکدیگر مقایسه شدند. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که تابع جزء به جزء نسبت به سایر توابع مورد استفاده در تحقیق حاضر، به نحو مطلوب تری منحنی تولید تخم مرغ خط مادری این لاین تجاری را توصیف می نماید. براساس این تابع، پارامترهای بیشترین پتانسیل تولید تخم هفتگی (a)، شیب مرحله افزایشی تولید (b)، شیب مرحله کاهشی تولید (c)، روز نخست تخم گذاری (d)، زمان اوج تولید و میزان تولید در زمان اوج به ترتیب، 44/7، 041/0، 186/0، 802/0، هفته 33 و 128/5 تخم برآورد شدند. وراثت پذیری های پارامترهای منحنی تولید تخم از کم تا زیاد متغیر بوده، دامنه ای از 094/0 برای پارامتر b تا 264/0 برای میزان تولید در زمان اوج داشتند. این برآوردها برای همبستگی های ژنتیکی نیز از 628/0- (بین پارامتر b و زمان اوج) تا 772/0 (بین پارامتر d و زمان اوج) متغیر بودند. روند تغییرات همبستگی های فنوتیپی، با اندک اختلاف، مشابه همبستگی های ژنتیکی بود. به طور کلی، نتایج این برآوردها نشان داد که انتخاب جهت بهبود شیب مرحله افزایشی یا کاهشی می تواند منجر به بهبود میزان تولید در زمان اوج شود.

تنوع زیستی یکی از عوامل مهم برای اصلاح گران حیوانات اهلی جهت حفظ این ذخایر ژنتیکی محسوب می شود. استفاده از نشانگرهای مولکولی در سالهای اخیر جهت تعیین تنوع ژنتیکی بین جمعیت ها و حیوانات حفاظت شده کاربرد گسترده ای یافته است. در این تحقیق به بررسی ساختارژنتیکی، تنوع ژنتیکی، رابطه فیلوژنتیکی و خطوط پدری جمعیت سگ های بومی ایران، با استفاده از 13 جفت نشانگر ریزماهواره ای اتوزومی (c26.73320، cxx.6727,10,18، fh20609,20، fh20169,20، fh2790، fh2795، fh2914، fh3053، ren59h07، ren87o21، ren126a15، ren144m10، ren86g15) و 4 نشانگر مختص کروموزوم y (650-79.3 ،650-79.4 ، sry، af192268) پرداخته شد. از این جمعیت ها 97 نمونه خون و بافت بدست آمده و استخراج dna آنها از خون به روش استخراج نمکی و از بافت نیز با استفاده از روش تغییر یافته هضم آنزیمی صورت گرفت. نتایج بدست آمده حاکی از آن است که جایگاه fh20609,20 در جمعیت سرابی، جایگاه های fh3053 و fh2914 در جمعیت بومی کردستان، جایگاه های fh3053 و c26.73320 در جمعیت بومی خراسان، جایگاه های fh3053 و fh20609,20 در جمعیت تازی، جایگاه fh2790 در جمعیت بومی، البرز جایگاه های fh3053 و cxx.6727,10,18 در جمعیت کردی، جایگاه های ren86g15، ren144m10 و ren59h07 و جایگاه fh3053 در جمعیت بختیاری در تعادل بودند، بقیه جایگاه های مطالعه شده در جمعیت ها انحراف معنی داری از تعادل هاردی -واینبرگ را نشان دادند .(p<0. 05) جایگاه fh20609,20 با 9 آلل و جایگاه fh3053 با 4 آلل به ترتیب بیشترین و کمترین تعداد آلل را نشان دادند که به دنبال آن جایگاه های فوق با 93/5 و 44/2 به ترتیب بیشترین و کمترین تعداد آلل موثر را داشتند. مطالعه شاخص شانون و معیار pic (محتوای چند شکلی) نیز نشان داد که جایگاه fh3053 دارای کمترین تنوع و جایگاه fh20609,20 دارای بیشترین تنوع در بین جایگاههای مورد مطالعه می باشد. بیشترین میزان هتروزیگوسیتی در جمعیت کردی (72/0) و کمترین آن در جمعیت سنگسری (53/0) مشاهده شد. هم چنین بیشترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت های بومی البرز و تازی و کمترین آن بین جمعیت های سرابی و بختیاری مشاهده شد. برای مطالعه انتساب افراد به جمعیت های مربوطه از 8 روش متفاوت استفاده شد. در بین روشهای مبتنی بر درست نمایی روش بیزی بوراندر و لبرون و در بین روشهای مبتنی بر فاصله ژنتیکی روش حداقل nei بیشترین صحت را دارا می باشند. آنالیز نشانگرهای مختص کروموزوم y نشان دهنده وجود 8 هاپلوتیپ پدری در جمعیتهای مطالعه شده بود که نشان دهنده تنوع بالا در این جمعیت-هاست و می توان گفت، جمعیت یا جمعیت های پدری محدودی در بوجود آمدن جمعیت های کنونی کشور دخالت نداشته اند و احتمالاً این جمعیت ها از چندین جد متفاوت منشاء گرفته اند. با اینحال در طول تکامل، برخی از هاپلوتیپهای اولیه دستخوش تغییر شده و با فراوانی متفاوت در جمعیتهای کنونی دیده می شود. با توجه به نتایج تحقیق حاضر، جمعیت سگ های بومی ایران از تنوع ژنتیکی کافی برخوردارند و استفاده از این نشانگرهای ژنتیکی می تواند در تکمیل برنامه های حفاظتی بسیار سودمند باشند.

چکیده در بخش اول این مطالعه، به منظور بدست آوردن منشاء، نحوه شکل گیری و ساختار ژنتیکی سگ های بومی ایران نمونه های خون از 93 قلاده سگ از جمعیت های متعدد نقاط مختلف کشور بدست آمد. dna کل نمونه ها با استفاده از روش شستشوی نمکی استخراج شده و بعنوان الگو برای تکثیر و تعیین توالی ناحیه d-loop ژنوم میتوکندری بکار برده شدند. با آنالیز توالی قطعه 582 جفت بازی ناحیه d-loop ژنوم میتوکندری در نمونه های فوق، 25 هاپلوتیپ به همراه 38 جایگاه متغیر مشخص شد. از بین 25 هاپلوتیپ شناسایی شده 6 هاپلوتیپ جدید بوده و برای اولین بار گزارش می شود. چهار هاپلوگروه از 6 هاپلوگروه بدست آمده برای سگ های موجود در نقاط مختلف جهان به همراه 6 زیر هاپلوگروه مرتبط با این هاپلوگروه ها در توالی های بدست آمده از جمعیت های سگ بومی ایران مشاهده شدند. هاپلوگروه های e و f در توالی های بدست آمده از سگ های بومی ایران مشاهده نشدند. از هاپلوگروه های مشخص شده بیشترین فراوانی مربوط به هاپلوگروه a در این جمعیت ها بود. مقادیر تنوع هاپلوتیپی و نوکلئوتیدی در دامنه ای بین 114/0±610/0 تا 07/0±944/0 و 0028/0±0076/0 تا 0026/0±0150/0 قرار داشتند. آنالیز واریانس مولکولی درصد واریانس معنی داری را برای درون جمعیت ها نشان داد (095/0= ?st، 000/0= p). همچنین در این آنالیز اختلاف معنی داری برای تعدادی از جمعیت های مورد مطالعه مشاهده شد. با این وجود، برخی از این جمعیت ها، بخصوص نمونه های سگ های بومی خراسان و کردی، با سایر جمعیت ها مورد مطالعه تشابه ژنتیکی نشان دادند (p?0.01). بنابراین به نظر می رسد که تلاقی بین جمعیت های سگ های بومی ایران کنترل شده نبوده و اختلاط ژنتیکی در بین نمونه-ها صورت گرفته است. همچنین در بخش دوم تحقیق به منظور آگاهی از ساختار کروموزومی برخی از این جمعیت ها، خون تازه از سگ های کردی، سرابی و بومی البرز بدست آمده و برای انجام کاریوتایپ و نواربندی g مورد استفاده قرار گرفتند. کاریوتایپ حیوانات ماده نشان دهنده وجود 78 کروموزوم، شامل 38 جفت کروموزوم اتوزوم آکروسنتریک، یک جفت کروموزوم جنسی متاسنتریک (x) و در حیوانات نر شامل 38 جفت کروموزوم اتوزوم آکروسنتریک، یک کروموزوم جنسی متاسنتریک (x) و یک کروموزوم متاسنتریک (y) بود. تجزیه واریانس داده های کروموزومی نشان داد که در حیوانات مختلف اختلاف معنی داری در 7 پارامتر کروموزومی وجود دارد. میانگین طول نسبی کروموزوم های اتوزومی در نمونه های مطالعه شده دارای دامنه ای از 13/1 تا 89/4 میکرومتر در نرها و در ماده ها از 1/1 تا 21/5 میکرومتر بود.

برای بررسی اثر عوامل مادری بر صفات رشد ( وزن تولد، افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری، وزن شیرگیری، وزن 3 ماهگی، وزن 6 ماهگی و وزن 9 ماهگی) از 1524 رکورد جمع آوری شده طی سالهای 1384 تا 1389 توسط ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد بز عدنی واقع در شهر تنگستان استان بوشهر استفاده شد. اجزای واریانس و کوواریانس ژنتیکی صفات رشد از طریق مدل حیوان و با استفاده از روش حداکثر درستنمایی محدود شده (reml) برآورد شد. برای این صفات از 12 مدل حیوانی مختلف استفاده شد. اجزای مدل شامل، اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم، اثر محیطی دائمی مادری، اثر ژنتیکی افزایشی مادری، اثر محیطی مشترک مادری و هم چنین کوواریانس بین اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم و مادری بود. مناسب ترین مدل ها با استفاده از آزمون نسبت درستنمایی تعیین شدند. تجزیه و تحلیل های دو صفتی با استفاده از مناسب ترین مدل ها صورت گرفت. مقایسه مدل های مختلف حیوانی برازش شده نشان داد که اثر ژنتیکی افزایشی مستقیم (مدل 1) فقط برای وزن 9 ماهگی، اثر ژنتیکی افزایشی مادری (مدل3) برای وزن 3 ماهگی و 6 ماهگی، اثر محیطی مشترک مادری (مدل 7) برای افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری و اثر ژنتیکی افزایشی مادری به همراه اثر محیطی مشترک مادری (مدل8) برای وزن تولد و وزن شیرگیری اهمیت دارد. بر اساس مناسب ترین مدل وراثت پذیری مستقیم وزن تولد، افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری، وزن شیرگیری، وزن 3 ماهگی، وزن 6 ماهگی و وزن 9 ماهگی به ترتیب 07/0 ± 11/0، 09/0 ± 13/0، 08/0 ± 12/0، 10/0 ± 20/0، 09/0 ± 10/0 و10/0 ± 12/0 برآورد شد. این برآورد ها برای وراثت پذیری مادری وزن های تولد، شیرگیری، 3 ماهگی و 6 ماهگی برابر با 04/0 ± 18/0، 07/0 ± 15/0، 05/0 ± 24/0 و 05/0 ± 10/0 بود. برآورد همبستگی ژنتیکی افزایشی بین صفات رشد مثبت و متوسط به بالا بود و دامنه ای از 44/0 (بین وزن تولد با وزن 6 ماهگی) تا 97/0 (بین وزن شیرگیری و افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری و بین وزن 6 ماهگی و وزن 9 ماهگی) داشت. این برآورد ها برای همبستگی فنوتیپی بین صفات کمتر از همبستگی های ژنتیکی افزایشی آن ها بوده، از 19/0 (بین وزن تولد و افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری) تا 77/0 (بین وزن شیرگیری و وزن 3 ماهگی) متغیر بود. همبستگی ژنتیکی افزایشی مادری بین صفات مثبت و بالا و دامنه ای از 44/0 (بین وزن شیرگیری و وزن 6 ماهگی) تا 74/0 (بین وزن 3 ماهگی و وزن 6 ماهگی) داشت. هم چنین همبستگی محیطی مشترک مادری بین صفات مثبت و بالا و در دامنه 58/0 (بین وزن تولد و افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری) تا 95/0 (بین وزن شیرگیری و افزایش وزن روزانه از تولد تا شیرگیری) قرار داشت. نتایج نشان داد که اثر محیطی مشترک مادری اهمیت بیشتری از اثر محیطی دائمی مادری داشته، حذف آن از مدل تجزیه و تحلیل داده ها منجر به برآورد اریب درمولفه های واریانس ژنتیکی افزایشی مستقیم و وراثت پذیری آن می شود.

هدف مطالعه حاضر، بررسی تنوع ژنتیکی و تعیین مهمترین دلیل کاهش آن در دو نژاد گوسفند لری- بختیاری و مغانی ایران، به ترتیب با استفاده از اطلاعات شجره ی 6765 و 10510 حیوان بود. برای هر دو نژاد، جمعیت مرجع که شامل حیوانات متولد شده در طی سال های 1387 تا 1389 بود، تشکیل شد. کیفیت اطلاعات شجره برای هر نژاد با استفاده از متوسط تعداد نسل های معادل کامل (gi)، حداکثر تعداد نسل های معادل کامل و متوسط شاخص کامل بودن شجره (pci) سنجیده شد، که مقدار این معیارها برای جمعیت مرجع در گوسفند لری- بختیاری به ترتیب 54/4، 78/7 و 39/55 درصد و در جمعیت مغانی به ترتیب 35/4، 64/7 و 21/52 درصد برآورد شد. اندازه جمعیت موثر تحقق یافته (ner) برای جمعیت مرجع گوسفند لری- بختیاری و مغانی به ترتیب 161 و 163 و میانگین فاصله نسلی آن ها، به ترتیب 57/3 و 39/3 سال بود. میزان نرخ هم خونی (?f) برآورد شده برای حیوانات متولد شده از سال 1368 تا 1389 در نژاد لری- بختیاری 31/0 درصد و در نژاد مغانی 30/0 درصد در هر نسل بود. پارامترهای احتمال منشا ژن از قبیل اندازه موثر حیوانات بنیان گذار (fe)، اندازه موثر اجداد (fa) و معادل ژنومی حیوانات بنیان گذار (fg) در جمعیت مرجع نژاد لری- بختیاری به ترتیب 88، 50 و 27 و در نژاد مغانی به ترتیب 112، 78 و 37 برآورد شد. میزان تنوع ژنتیکی (gd) موجود در جمعیت نژادهای لری- بختیاری و مغانی به ترتیب 1/98 و 6/98 درصد بود. از بین عوامل کاهش دهنده تنوع در بین جمعیت ها، سهم رانش ژنی در هر دو نژاد (به ترتیب 3/1 و 9/0 درصد) بیشتر از مشارکت نامساوی حیوانات بنیان گذار (به ترتیب 6/0 و 5/0 درصد) بود. با استفاده از نتایج بدست آمده می توان نتیجه گرفت که به دلیل جابجایی پیوسته حیوانات، بین گله های مردمی و جمعیت ایستگاه در هر دو نژاد، نرخ هم خونی بسیار پایین تر از سطح بحرانی (یک درصد در هر نسل) و میزان تنوع ژنتیکی این جمعیت ها در حد نسبتا مطلوبی قرار داشت

در این مطالعه به منظور برآورد ارزش های اصلاحی تجمعی تولید شیر بزهای عدنی، از 2364 رکورد روزانه تولید شیر ایستگاه اصلاح نژاد بز عدنی استان بوشهر، که در طی سال های 1385 تا 1391 جمع آوری شده بود، استفاده شد. در بخش اول تحقیق، ابتدا مدل تابعیت تصادفی چند صفتی با درجات متفاوت تابع لژاندر پلی نومیال به منظور تعیین درجه بهینه توصیف کننده اثرات تصادفی حیوان و محیطی دائمی مورد مطالعه قرار گرفت. در تمامی این تجزیه و تحلیل ها، هر یک از دوره های شیردهی به عنوان یک صفت در نظر گرفته شد. عوامل ثابت مدل شامل اثر سال-ماه زایش، چند قلوزایی، ماه رکوردبرداری، سن زایش و ضرایب ثابت منحنی شیردهی بودند. واریانس باقیمانده بصورت ناهمگن و براساس نوبت های رکوردبرداری برای هر دوره شیردهی به 6 دسته تقسیم شد. مقایسه مدل ها، که براساس معیار bic انجام شد، نشان داد که درجه 5 تابع لژاندر پلی نومیال توصیف بهینه ای از اثرات حیوان و محیطی دائمی دارد. نتایج نشان داد که منحنی واریانس های فنوتیپی، ژنتیکی افزایشی، محیطی دائمی و باقیمانده و همچنین پارامترهای وراثت پذیری و تکرارپذیری طی منحنی شیردهی پایدار نبوده و تحت تاثیر روزهای رکوردبرداری قرار دارند. همچنین، بین دوره های شیردهی اول تا سوم هم از لحاظ میزان واریانس و هم از لحاظ روند واریانس تفاوت هایی مشاهده شد. مقادیر وراثت پذیری دوره اول از 13/0 تا 46/0، دوره دوم از 11/0 تا 48/0 و دوره سوم از 24/0 تا 38/0 متغیر بود. در تمام دوره های شیردهی، همبستگی های ژنتیکی داخل دوره شیردهی مثبت بوده و با افزایش فاصله بین روزها، مقدار همبستگی کاهش یافت. همبستگی های ژنتیکی افزایشی بین دوره های شیردهی مثبت بود و مقدار آن نیز متغیر بود. با توجه به اینکه واریانس ژنتیکی افزایشی تولید شیر بطور مدوام در حال تغییر بود و همبستگی های ژنتیکی افزایشی متفاوتی بخصوص بین دوره های شیردهی مشاهده شد، بنابراین می توان انتظار داشت که نواحی ژنومی و میزان تاثیر آنها بر تولید شیر بطور مداوم در حال تغییر باشد. همچنین می توان نتیجه گیری کرد که مقداری نواحی ژنومی مشترک بین زمان های مختلف تولید شیر وجود دارد که انتخاب بر اساس یک رکورد می تواند بر رکوردهای دیگر تاثیر گذار باشد. در بخش دوم تحقیق، تاثیر ارزش های اصلاحی بر سطح بیان تعدادی ژن بررسی شد. برای این منظور، سطح رونوشت برداری ژن های آلفا اس 1 کازئین، بتالاکتوگلوبین، بیوتیروفیلین، گیرنده پرولاکتین، ناقل نوع 1 گلوکز و فاکتور رونویسی stat5a در غدد پستانی در پیش از زایمان، تولید شیر و زمان خشکی در دو گروه از دام های با ارزشهای اصلاحی بالا و پایین مقایسه شد. به همین منظور از ارزشهای اصلاحی تجمعی تولید شیر دوره اول که براساس روش رگرسیون تصادفی چندصفتی تخمین زده شد، استفاده گردید. سپس، از بافت پستانی توسط تفنگ بیوپسی نمونه برداری در زمان های مختلف صورت گرفت و از روش real time pcr برای مطالعه بیان ژن استفاده شد. براساس نتایج این بخش از تحقیق، اثر متقابل بین گروه های ارزش اصلاحی و زمان های نمونه برداری بر سطح بیان ژن های مورد نظر معنی دار بود (01/0>p). نتایج نشان داد که در زمان تولید شیر بین دو گروه ارزش اصلاحی از لحاظ سطح رونوشت-برداری ژن های آلفا اس 1 کازئین، بتالاکتوگلوبین، بیوتیروفیلین، گیرنده پرولاکتین و ناقل نوع 1 گلوکز تفاوت معنی داری وجود دارد، در حالی که در زمان قبل از زایمان تنها سطح رونوشت برداری ژن های آلفا اس 1 کازئین و فاکتور رونویسی stat5a و در زمان خشکی تنها سطح رونوشت برداری ژن های آلفا اس 1 کازئین و بتالاکتوگلوبین بین دو گروه ارزش اصلاحی متفاوت بود. با مشاهده اثر معنی دار گروه ارزش اصلاحی بر بیان ژن ها انتظار می رود که انتخاب براساس ارزش های اصلاحی تولید شیر، اثراتی بر عملکرد و شرایط فیزیولوژیکی غده پستان خواهد گذاشت. این اثرات ممکن است برای صنعت شیر مفید و یا نامناسب باشند. دلایل مشاهده بیان متفاوت ژن ها بین دو گروه در زمان های مختلف ممکن است مجموعه شرایط زمان رونوشت برداری و یا بدلیل تغییرات نواحی ژنومی مرتبط با بیان ژن بخصوص نواحی َ5 و َ3 مجاور ژن باشند. بنابراین بررسی چندشکلی نواحی ژنومی مرتبط با این ژن ها در مطالعات تکمیلی به نظر ضروری می رسد. برای همین منظور، در بخش سوم تحقیق، نواحی َ5 و َ3 مجاور و ناحیه کد کننده ژن پروتئین آلفا اس 1 کازئین و ناحیه کد کننده ژن ناقل نوع 1 گلوکز برای شناسایی چند شکلی ها مورد مطالعه قرار گرفت. در ناحیه َ5 مجاور ژن آلفا اس 1 کازئین، 10 چندشکلی مشاهده شد که تعدادی از آنها در جایگاه اتصال فاکتورهای رونویسی قرار دارند. در ناحیه َ3 مجاور ژن آلفا اس 1 کازئین نیز 9 چند شکلی دیگر مشاهده شد که تعدادی از آنها بر محل اتصال میکروrnaها تاثیر گذار بوده اند. بنابراین پیش بینی می شود که این چندشکلی ها بر سطح بیان ژن آلفا اس 1 کازئین تاثیر گذار باشند. در ناحیه کد کننده ژن آلفا اس 1 کازئین، 5 جایگاه چند شکلی دیگر مشاهده شد که یکی از آنها جهش خنثی بوده، در حالی که 4 جایگاه دیگر منجر به تبدیل کدون اسیدآمینه شد. این نتایج نشان می دهد که ژن آلفا اس 1 کازئین دارای تغییرات ژنتیکی زیادی است و برای اجرای برنامه های اصلاح نژادی و همچنین حفظ ذخایر ژنتیکی بزهای عدنی مناسب می باشد. بررسی قسمتی از توالی ژنومی ناحیه کد کننده ژن ناقل نوع 1 گلوکز نشان داد که هیچ گونه تفاوت ژنومی بین حیوانات مورد مطالعه وجود ندارد اما از مقایسه آن با توالی موجود در پایگاه داده ncbi دو جایگاه چند شکلی در بزهای عدنی مشاهده شد که یکی از آنها جهش خنثی بوده و دیگری باعث تغییر ترکیب اسیدآمینه پروتئین ناقل نوع 1 گلوکز خواهد شد.

هدف مطالعه حاضر، مقایسه ویژگی های کمی و کیفی تخم مرغ در لاین آرین، سویه بومی آذربایجان غربی و سویه راس 308؛ مقایسه ویژگی های کمی و کیفی، جوجه یک‏روزه، وزن بدن و لاشه؛ و بررسی ارتباط بین صفات کمی و کیفی تخم‏مرغ، ویژگی های جوجه یک‏روزه و خصوصیات لاشه در لاین آرین، سویه بومی، آمیخته آرین و بومی، آمیخته بومی و آرین و سویه راس 308 بود. بررسی‏های کمی و کیفی تخم‏مرغ با استفاده از 190 و 210 تخم آرین و بومی در سن 38 هفتگی و 40 تخم سویه راس انجام شد. صفات مورد بررسی عبارت‏ از وزن تخم‏مرغ، طول تخم‏مرغ، عرض تخم‏مرغ، شاخص تخم¬مرغ، ضخامت پوسته تخم¬مرغ، مقاومت پوسته تخم¬مرغ، اختلاف ارتفاع سفیده رقیق و غلیظ، واحد هاو، رنگ زرده، وزن زرده، وزن پوسته و وزن سفیده بودند. سن بلوغ جنسی، وزن بلوغ جنسی و وزن اولین تخم‏مرغ در سویه‏های آرین و بومی ثبت شد. برای بارور کردن تخم‏مرغ‏ها از روش تلقیح مصنوعی استفاده شد. جوجه-های آرین و بومی، به ترتیب نتاج والدین آرین خالص و بومی خالص بودند. آمیخته¬های آرین و بومی حاصل تلقیح مصنوعی مرغ¬های بومی با اسپرم خروس¬های آرین و آمیخته¬های بومی و آرین نیز حاصل تلقیح مصنوعی مرغ¬های آرین با اسپرم خروس¬های بومی بودند. جوجه¬های سویۀ راس 308 نیز از یک گلۀ مادر، که هم سن پرندگان بومی و آرین در مطالعه حاضر بودند، تهیه شدند. جوجه‏ها بعد از تولد و ثبت رکورد ( وزن، قد، طول و عرض شانک) و دریافت شماره انفرادی به سالن پرورش با سیستم بستر منتقل شدند. پرندگان سویه‏های آرین و راس 308 در 42 روزگی، آمیخته‏ها در 56 روزگی و پرندگان سویه بومی در دو سن 42 و 77 روزگی کشتار شدند. خصوصیات مورد بررسی در گوشت عبارت از صفات وزن بدن و اجزای لاشه، ابعاد سینه، ph، رنگ، نیروی برشی و ظرفیت نگهداری آب گوشت بودند. ارتباط بین صفات کمی و کیفی تخم‏مرغ، ویژگی های جوجه یک‏روزه و خصوصیات لاشه با استفاده از روش شبکه‏های عصبی مصنوعی بررسی شد. وزن تخم‏مرغ، ارتفاع سفیده، واحد هاو و وزن سفیده در سویه آرین، شاخص تخم‏مرغ، وزن پوسته و وزن زرده در سویه راس و ضخامت پوسته، مقاومت پوسته و رنگ زرده در سویه بومی بیشترین مقدار را داشتند (01/0 > p). سن بلوغ جنسی، وزن بلوغ جنسی و وزن اولین تخم‏مرغ در سویه آرین بیشتر از سویه بومی بود (01/0 > p). قد جوجه، طول و عرض شانک در سویه راس 308 و وزن تولد در آمیخته بومی و آرین بیشتر از سایر سویه ها بود (01/0 > p). بالاترین ظرفیت نگهداری آب و کم‏ترین روشنایی گوشت به ترتیب متعلق به سویه راس 308 و سویه آرین بود. سویه آرین تردترین گوشت را داشت. با توجه به نتایج مطالعه حاضر، خصوصیات کمی و کیفی تخم‏مرغ در سویه آرین بهتر از سویه بومی بود، پس برای ایجاد آمیخته بین سویه‏های آرین و بومی، بهتر است سویه آرین به عنوان پایه مادری در نظر گرفته شود. هم‏چنین از آن‏جایی که خصوصیات کیفی گوشت سویه‏های آمیخته با سویه راس 308 تفاوت‏های جزیی داشت، در صورت تجاری کردن این سویه‏ها، احتمالاً گوشت آن‏ها از نظر بازار پسندی مشکل نخواهد داشت.

امروزه مطالعه ژنتیکی خصوصیات رفتاری در سگ ها اهمیت بسزایی دارد، هر چند اطلاعات زیادی در رابطه با ژن های کنترل کننده رفتار، خصوصا یادگیری و حافظه، در سگ سانان در دسترس نمی باشد. لذا در تحقیق حاضر ابتدا با کاوش در داده های زیستی و متون علمی موجود، چنین ژن هایی در موش، رت و سایر جانداران یافت شد. اما از آنجا که صرف وجود یک ژن در گونه های مختلف نشان دهنده عملکرد یکسان آن ژن، در آن گونه ها نیست، ابتدا با بررسی و انجام آنالیز هایی در پایگاههای اطلاعاتی متعددی همچون ncbi، uniprot، interpro، kegg، quick go و psort پروتئین های کد شونده توسط این ژن ها در سگ ردیابی شدند و سپس به بررسی خانواده پروتئینی، دومین ها، پروسه های بیولوژیکی، عملکرد مولکولی، موقعیت سلولی و مسیر های متابولیسمی مرتبط با این پروتئین ها پرداخته شد. نتیجه تحقیق نشان داد که تعداد ی از این پروتئین-ها در گونه مورد نظر و سگ دارای دومین های یکسان و موقعیت سلولی یکسان بوده و همچنین در مسیر متابولیسمی یکسانی شرکت دارند. به این ترتیب پیش بینی می شود که این ژن ها در صورت بیان در بافت اصلی کنترل رفتار یادگیری (هیپوکمپوس)، در یادگیری و حافظه در سگ موثر باشند. سپس به منظور بررسی بیان این ژن ها در ناحیه هیپوکمپوس سگ، تمامی این ژن ها در geo profileبررسی شدند و اطلاعات موجود نشان داد که سه ژن bdnf، cck و tac1 در بافت فوق بیان داشته و بنابراین در میان ژن های بررسی شده، این سه ژن به طور حتم از ژن های کاندید مرتبط با یادگیری و حافظه سگ هستند که می توانند مورد بررسی بیشتر قرار گیرند، به همین خاطر به آنالیز ژنی و پروتئینی آن ها پرداخته شد. در بخش دوم تحقیق، توالی های نوکلئوتیدی مربوط به این 3 ژن در سگ و 6 گونه دیگر از بانک اطلاعاتی ncbi بدست آمد و مرتب شد. نتایج سینتنی نشان داد بخشی از قطعه کروموزومی حاوی ژن bdnf و ژن های پیرامون آن در سگ معادل همان بخش در سایر گونه های بررسی شده (گاو، رت، موش، میمون و شامپانزه) به جز انسان می باشد. در مورد بخشی از قطعه کروموزومی حاوی ژن cck و ژن tac1 در سگ و سایر گونه ها، سینتنی کامل دیده می-شود. درخت فیلوژنی و تکامل مولکولی توالی نوکلئوتیدی و پروتئینی با استفاده از روش neighbor-joining با بکارگیری نرم افزارهای clustalx2 و r رسم شد. آنالیز فیلوژنی توالی نوکلئوتیدی هر سه ژن نتایج یکسانی را نشان داد که توالی نوکلئوتیدی سگ و گاو شباهت بیشتری با یکدیگر داشته و با فاصله اندکی از سایر توالی ها در گونه های دیگر قرار دارند. آنالیز فیلوژنی توالی پروتئینی هر سه ژن نشان دهنده شباهت زیاد این سه ژن در گونه های بررسی شده با یکدیگر است، هرچند در دو ژن bdnf و tac1 توالی پروتئینی سگ و رت و در ژن cck توالی پروتئینی سگ و گاو شباهت بیشتری به یکدیگر نشان دادند. ناحیه پروموتر با استفاده از promoter 2.0 prediction پیش بینی شد و سپس آنالیز پروموتر با استفاده از tess و match صورت گرفت، در ادامه نیز متیلاسیون ناحیه پروموتری در هر سه ژن مورد بررسی قرار گرفت. به این ترتیب آنالیز پروموتر ژن bdnf در سگ، فاکتور های رونویسی nkx2-5، rfx1، hnf-4، evi-1 و hnf-3beta را مشخص کرد که در این بین، ناحیه قرار گیری فاکتور رونویسی hnf-4 به دلیل قرار گرفتن در سایت cpg در معرض متیلاسیون قرار دارد و نیز برای ژن tac1 در سگ فاکتور های رونویسی hnf-1، oct-1، pax-4 و pax-6 و برای ژن cck فاکتورهای رونویسی ap-1 و c-rel آشکار شد که هیچ یک از نواحی اتصال فاکتور های رونویسی مربوط به پروموتر این دو ژن در سگ، در سایت های cpg یافت شده قرار ندارد. آنالیز پروتئینی هر یک از این سه ژن در گونه های یاد شده، نشان داد که این سه ژن در هر هفت گونه مورد بررسی عملکرد یکسانی دارند. در انتها به منظور تعیین فشار انتخاب برای هر یک از این سه ژن نسبت dn/ds توسط نرم افزار dnasp5 محاسبه شد که برای ژن های bdnf، tac1 و cck به ترتیب مقدار عددی 0/0426، 0/814و 0/844 نشان دهنده انتخاب خالص در طی تکامل این ژن ها در این گونه ها می باشد. بنابراین بررسی ساختار و میزان بیان ژن های کاندیدای فوق در بافتهای مرتبط با یادگیری در جمعیت سگهای پلیس و بومی کشور جهت معرفی آنها بعنوان کاندید سگ پلیس در تحقیقات تکمیلی باید مد نظر قرار گیرد.

در این مطالعه به منظور بررسی ساختار و تفاوت های ژنتیکی برخی از ژن های مرتبط با سوخت وساز انرژی و یا رشد پرندگان در طیور گوشتی، نمونه های خون از 4 خط لاین گوشتی تجاری آرین بدست آمد. در ادامه dna کل نمونه ها با استفاده از روش شستشوی نمکی استخراج شدند. سپس با استفاده از توالی های موجود در سایت بین المللی اطلاعات ژنوم موجودات، آغازگرهای اختصاصی جهت تکثیر کامل ژن های ucp و nd5 و نیز جهت تکثیر نقاط چند شکل ژن های ghsr، atgl، tgfb2، tgfb3 و visfatin با استفاده از نرم افزار الیگو طراحی شده و طی شرایط استاندارد pcr، قطعات ژنی تکثیر شدند. سپس توالی یابی کامل دو ژن ucp و nd5 با بکار گیری روش خاتمه زنجیره انتهایی و استفاده از bigdye در یک ترکیب ژنی از 50 پرنده انجام شد. در ادامه تفاوت های تک نوکلئوتیدی مشخص شده در دو ژن فوق به همراه ژن های ذکرشده دیگر با استفاده از روشهای ساده pcr-sscp و pcr-rflp در250 نمونه بررسی و ژنوتیپ های پرندگان مشخص شدند. ارتباط ژنوتیپ های هر جایگاه ژنی با اطلاعات فنوتیپی صفات رشد و لاشه و اثر جایگزینی آللی با اعمال مدل مناسب با استفاده از نرم افزار spss بررسی شد. نتایج مرحله اول نشان داد که ژن nd5 در جمعیت فوق هیچگونه تفاوت نوکلئوتیدی نداشت ولی ژن ucp در این لاین تجاری 5 تفاوت نوکلئوتیدی در نقاط بالادست، اینترونی، اگزونی و پایین دست ژن آشکار کرد. آنالیز اطلاعات مشخص کرد که بین چند شکلی a(-40)>t ژن ucp با ضریب تیدیل غذایی، مصرف غذای باقیمانده و میانگین افزایش وزن روزانه ارتباط معنی داری (p<0.00) وجود دارد. همچنین جایگاه چند شکل c3286>t ژن ghsr با صفات مصرف غذای روزانه (p<0.05) و با میزان چربی بطنی، درصد چربی بطنی و میانگین افزایش وزن روزانه ارتباط معنی داری (p<0.00) نشان داد. چند شکلی t(-640)>c ژن tgfb2 با ضریب تبدیل غذایی، مصرف غذای باقیمانده، مصرف غذای روزانه و وزن ساق پا درسطح 05/0 و با وزن زنده، وزن لاشه و درصد لاشه ارتباط معنی داری (p<0.00) داشت. وقوع تغییرات فوق در نواحی اگزونی با تاثیر بر دومین پروتئینی و یا در نواحی پروموترژنی با تاثیر بر فاکتورهای نسخه برداری مانند myod در ژن ucp و یا ap-1 در ژن tgfb2 و همچنین تعامل سیستمی با ژن های دخیل در فرآیند های مختلف متابولیسم انرژی و یا چربی ممکن است علت اینگونه ارتباطات معنی دار باشد. دیگر جایگاه های بررسی شده در این جمعیت یک شکل بوده، بنابراین هیچگونه ارتباطی با صفات مورد مطالعه قابل بررسی نمی باشد.

ژن tlr4 بر روی کروموزوم 17 قرار گرفته و دارای 3 اگزون و 2 اینترون است. این ژن باعث سنتز پروتئینی با تعداد843 اسید آمینه می شود که تنظیم و شروع کننده یپاسخ های ایمنی به هنگام آلودگی با باکتری های گرم منفی است. هدف از این مطالعه تجزیه و تحلیل ساختاری ژن tlr4 و ارتباط آن با صفات ایمنی در دو سویه بومی و تجاری بود. برخی از صفات ایمنی مثل میزان عیار پادتن های تولید شده علیه srbc (عیار پادتن کل، ta؛ عیار ایمونوگلوبولین y، igy؛ و عیار ایمونوگلوبولین m، igm)، در دو سن 22 و 50 هفتگی رکورد برداری شده و مورد مقایسه قرار گرفتند. تجزیه و تحلیل داده ها با نرم افزار minitab مشخص کرد عیار پادتن کل، ta و عیار ایمونوگلوبولین y، igy در سن 22 هفتگی بین دو سویه تفاوت معنی داری دارد(05/0p<). بطوریکه هر دو معیار برای سویه بومی بالاتر از آرین ها بود ولی برای عیار ایمونوگلوبولین m، igm در سن 22 هفتگی تفاوت معنی داری از لحاظ آماری مشاهده نشد(05/0p<). برای هیچ کدام از معیارهای پاسخ ایمنی همورال در سن 50 هفتگی از نظر آماری تفاوت معنی داری وجود نداشت (05/0>p)، هر چندمقادیر در سوی? بومی اندکی بیشتر از سوی? آرین بود. شاخص ریش بعنوان معیاری از ایمنی سلولی در سن 50 هفتگی در هر دو سویه آرین و بومی مورد بررسی قرار گرفت که تفاوت معنی داری مشاهده نشد (05/0p<).در این تحقیق از هر دو نژاد مختلف به تعداد120قطعهمرغ وخروس خون گیری شد و استخراج dna و تکثیر ژن مورد نظر انجام شد.با توالی یابی ژن مورد نظر در دو سویه آرین و بومی2 نوع snp جدید شناسایی شد که با معرفی سایت برش برای آنزیم های محدودگر ecori، mseiواکنش هضم آنزیمی صورت گرفت. نتایج نشان دادکه هیچکدام از جایگاه های مورد مطالعه پلی مورف نیستند. همچنین بیان ژن tlr4 در سه بافت کبد، طحال، ریه مورد بررسی قرار گرفت. پس از استخراج rna سنتز cdna انجام شد. باندهای حاصل از تکثیر قطعه ای از ژن tlr4 با الکتروفورز ژل آگارز 1% توسط نرم افزار image j پردازش شد و تجزیه تحلیل آماری با نرم افزار minitab نشان داد در بین دو نژاد بومی و تجاری، بیان ژن tlr4 در بافت های کبد، طحال و ریه تفاوت معنی داری ندارد(05/0p<).

برای بررسی اثر اندازه ی جمعیت از داده های صفات تولید شیر و درصد چربی جمع آوری شده بین سال های 1375 تا 1389، توسط مرکز اصلاح نژاد گاو شیری کشور استفاده شد. داده های مورد استفاده به سه گروه تقسیم شدند. الف) گروه اول حاوی تمام اطلاعات (سال های 1375 تا 1389)، ب) گروه دوم حاوی داده های 10 سال اخیر (1380 تا 1389) و ج) گروه سوم حاوی داده های 5 سال اخیر (سال های 1385 تا 1389). برآورد اجزای واریانس-کوواریانس ژنتیکی صفات از طریق مدل حیوانی و با استفاده از روش حداکثر درستنمایی محدود شده (reml) انجام شد. ارزش های اصلاحی با دو روش تجزیه تحلیل تک صفتی و دو صفتی و از طریق نرم افزار dmu برآورد شدند. اجزای مدل شامل اثر ژنتیکی افزایشی به عنوان اثر تصادفی و اثر گله-سال-فصل و سن زایش، به عنوان عوامل ثابت، بود. نتایج این پژوهش نشان داد با کاهش اندازه ی جمعیت وراثت پذیری برآورد شده ی هر دو صفت، روند کاهشی داشت. پس از برآورد ارزش های اصلاحی، ضرایب همبستگی پیرسون و رتبه ای اسپیرمن بین آن ها محاسبه شد. با وجود بالا بودن ضرایب همبستگی به ویژه در مقایسه ی گروه اول و دوم، تفاوت تمام ضرایب همبستگی محاسبه شده از عدد 1 معنی دار بود

یک مطالعه ی مقایسه ای بین چهار مدل رگرسیونی غیرخطی (گمپرتز، لجیستیک، ریچاردز، و لوپز) برای بررسی روند رشد در دو گروه با تفاوت مصرف غذای پایین و بالا (lrfi و hrfi) در یک آمیخته ی f2 جدید مرغ در ایران انجام گرفت. همچنین، الگوهای صفات مربوط به بازدهی مصرف خوراک (مقدار مصرف خوراک (fi)، تفاوت مصرف غذا (rfi)، و ضریب تبدیل غذایی (fcr)) و ارتباط بین rfi و طول شانک (sl)، به عنوان یک صفت مورفولوژیک موثر در دفع حرارت بدن و بازدهی مصرف خوراک، در دو گروه rfi مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج نشان داد که در هر دو جنس پرندگان lrfi مصرف خروراک کمتری نسبت به گروه hrfi داشتند. بهترین مدل برازش کننده رشد مدل گمپرتز بود و براساس پیش بینی این مدل وزن نهایی پرنده ها مقادیر قابل توجهی را نشان داد. بنابراین، توصیه می شود که این پرنده ها در مناطق روستایی ایران که پرورش آمیخته های تجاری دشوار است، مورد استفاده قرار گیرند.

سندروم آسیت یک عارضه متابولیکی/ژنتیکی است که در صنعت طیور گوشتی ضرر اقتصادی بسیار زیادی وارد میکند. در این پایان نامه سندروم آسیت علت یابی شد و عامل اصلی آن بررسی گردید. به علاوه بررسی ترنسکریپتوم کل پرندگان سالم با ترنسکریپتوم کل پرندگان آسیتی مورد مقایسه قرار گرفت. در مرحله اول بافت شش به عنوان موثر ترین عامل بروز بیماری شناخته شد. در بررسی ترنسکریپتوم نیز تعداد بالغ بر 100 ژن شناسایی شد که بیان آنها در گروه اسیتی به طور معنی داری متفاوت از گروه سالم بود. در نهایت تعدادی از این ژنها به عنوان ژنهای نشانگر احتمالی آسیت معرفی شدند.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

چکیده ندارد.

در این تحقیق، برای بررسی ضریب هم¬خونی در گاوهای هلشتاین ایران از شجره 878032 حیوان، که طی سالهای 1343 تا 1386 توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور ثبت شده بود، استفاده شد. حدود 24/87 حیوانات پدر نامعلوم،23/90 درصد مادر نامعلوم و 18/93 پدر و مادر نامعلوم داشتند. میانگین ضریب هم¬خونی برای کل جمعیت بر مبنای سال پایه 1357، 0/763 درصد برآورد شد. برآورد کم ضریب هم خونی کل جمعیت ناشی از نامعلوم بودن والدین و شجره ناقص بسیاری از گاوها بود. در این شجره 47/03 درصد حیوانات (412963 حیوان) هم¬خون بودند. متوسط ضریب هم¬خونی این گاوها 1/621 درصد بود. در شجره حاضر، حیوانات ماده 96/35 درصد و حیوانات نر 65/3 درصد کل جمعیت را تشکیل می¬دادند و میانگین ضریب هم¬خونی برای آنها به ترتیب 0/758و 0/889 درصد بود. ازکل حیوانات هم¬خون 96/49 درصد ماده و 3/51درصد نر بودند و میانگین ضریب هم¬خونی برای آنها به ترتیب 1/609 و 1/966 درصد بود. از 220253 رکورد تولید شیر و چربی اولین دوره شیردهی و101362 رکورد پروتئین جمع آوری شده طی سالهای 1371 تا 1386، برای بررسی افت هم¬خونی استفاده شد. نرم افزار مورد استفاده برای این بررسی asreml بود. از مدل حیوانی که هم¬خونی در آن به عنوان متغیر کمکی در نظر گرفته شده بود، استفاده شد. میانگین ضریب هم¬خونی برای حیوانات دارای رکورد تولید شیر، چربی و پروتئین به ترتیب 1/112 ، 1/112 و 1/252درصد بود. ضریب تابعیت برای صفت تولید شیر، چربی و پروتئین به ترتیب 1/526±16/22- ، 1/063±0/399- و 0/066±0/429- کیلوگرم به ازای افزایش یک درصد هم¬خونی، برآورد شد. افت هم¬خونی بر روی شمار سلولهای بدنی (scc)، با استفاده از 374521 رکورد روز آزمون دوره شیردهی اول مربوط به 54356 حیوان از 287 گله انجام شد. متوسط ضریب هم¬خونی برای این گاوها 1/298درصد بود. برای داشتن توزیع نرمال رکوردهای روز آزمون، شمار سلولهای بدنی تبدیل لگاریتمی شده، سپس از طریق میانگین حسابی امتیاز سلولهای بدنی دوره شیردهی محاسبه شده و در مدل از این امتیاز استفاده شد. از مدل حیوانی برای بررسی اثر هم¬خونی بر این صفت استفاده شد. اگر چه حیوانات هم¬خون نسبت به حیوانات غیر هم¬خون امتیاز سلولهای بدنی بیشتری داشتند اما تابعیت این امتیاز از ضریب هم¬خونی نزدیک به صفر بود.

میانگین وراثت پذیری در سه صفت تولید شیر، درصد چربی و درصد پروتئین به ترتیب 0.27، 0.11 و 0.179 می باشد.

چکیده در مطالعه حاضر، ضرایب هم خونی گوسفندان زندی مرکز اصلاح نژاد خجیر مورد بررسی قرار گرفت. میانگین ضریب هم خونی براساس سال پایه 1370، 05/1 درصد برآورد شد. دراین شجره، پایین بودن ضریب هم خونی گله می تواند ناشی از نامعلوم بودن شجره برخی حیوانات (حدود 23 درصد)، و تا حدی ممانعت از آمیزش های خویشاوندان نزدیک باشد. از کل حیوانات شجره حدود 25 درصد آن ها هم خون بوده و متوسط ضریب هم خونی آن ها 21/4 درصد بود. همچنین حدود 17 درصد مادرها هم خون بوده و ضریب هم خونی آن ها 86/4 درصد بود. بالا بودن این ضریب نشان می دهد که حیوانات خویشاوند نزدیک به عنوان والد مادر انتخاب شده اند. در شجره حاضر، حیوانات نر2784 راس و حیوانات ماده 3261 راس از کل جمعیت را تشکیل می دادند. میانگین ضریب هم خونی آنها به ترتیب 15/1 و 97/0 درصد بود. از 1508 راس حیوان هم خون جمعیت گوسفندان زندی مرکز اصلاح نژاد خجیر، 705 راس نر و 803 راس ماده بوده، میانگین ضریب هم خونی آنها به ترتیب، 53/4 و 93/3 درصد بود. در شجره مورد بررسی، 89/82 درصد بره ها یک قلو، 43/16 درصد دو قلو و 20/0 درصد سه قلو بوده، میانگین ضریب هم خونی آنها در کل جمعیت به ترتیب 99/0، 47/1 و صفر درصد و در جمعیت هم خون 07/4، 75/4 و صفر درصد بود. این نتایج نشان می دهد که بره های دو قلو، متوسط هم خونی بیشتری از بره های یک قلو داشتند. بررسی میزان هم خونی بره ها در سطوح مختلف سن مادر نشان می دهد که میانگین ضریب هم خونی بره های متولد شده از این مادران با افزایش سن مادر بطور کلی کاهش می یابد هرچند که دارای نوسانات زیادی هم می باشد. بالاترین میزان میانگین هم خونی (86/1 درصد) مربوط به بره های متولد شده از مادران با 3 سال سن و کمترین مقدار(24/0 درصد) مربوط به بره های متولد شده از مادران با 10 سال سن است. این نشان می دهد که احتمال متولد شدن بره های هم خون از میش های دو و سه ساله بیشتر از میش های مسن تر است. اثر هم خونی در جمعیت گوسفندان زندی، با در نظر گرفتن ضرایب هم خونی حیوان و مادر به عنوان متغیر کمکی در مدل برای هر صفت تولیدی بررسی شد. صفات تولیدی مورد مطالعه شامل وزن های تولد، 3ماهگی، 6 ماهگی، 9 ماهگی، 12 ماهگی و 18 ماهگی بود. ضرایب تابعیت این صفات از هم خونی فرد، به ترتیب 42/8-، 8/29-، 97-، 8/84-، 2/107- و 332- گرم بوده و ضرایب تابعیت آنها از هم خونی مادر، به ترتیب 45/10-، 45-، 3/64-، 8/55-، 7/88- و 113- گرم برآورد شد. تفاوت بین ارزش های اصلاحی برآورد شده از دو مدل با و بدون در نظر گرفتن هم خونی بره و مادر به عنوان متغیر کمکی، با افزایش درصد هم خونی افزایش داشت. این تفاوت بین حیوانات نر اندکی کمتر از حیوانات ماده بود. افزایش تفاوت بین ارزش های اصلاحی برآورد شده در نتیجه افزایش هم خونی در جمعیت تحت مطالعه نشان می دهد که در نظر نگرفتن ضریب هم خونی در مدل ارزیابی حیوانات، چنانچه مقدار آن بالا باشد، منجر به اریبی برآوردها شده و رتبه حیوان را تغییر خواهد داد. واژگان کلیدی: هم خونی، پسروی هم خونی، گوسفند زندی و صفات تولیدی

در این تحقیق ، توزیع صفات تولید تخم مرغ در سن 25 تا 37 ، 38 تا 50 و 25 تا 50 هفتگی ، وزن تخم مرغ و وزن بدن در 6 هفتگی در یک لاین مرغ تجارتی با استفاده از 25453رکورد بررسی شده و اثر تبدیل داده ها بر برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات تولید تخم مرغ مطالعه شد.

به منظور برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات تولید شیر و چربی و فاصله زایش سه دوره شیردهی اول، دوم و سوم جمعیت گاوها هلشتاین ایران از داده های مرکز اصلاح نژاد کشور که در طی سالهای 1371 تا 1379 جمع آوری و ثبت شده بودند استفاده گردید. تجزیه و تحلیل داده ها با استفاده از روش حداکثر درستنمایی محدود شده و مدل حیوانی چند متغیره انجام شد.تعداد رکوردهای تصحیح شده بر اساس 305 روز شیردهی و دوبار دوشش در روز ، در شیردهی اول ، دوم و سوم به ترتیب 51548، 26273 و 12538 رکورد از 806 ، 597، و 413 گله بود.برآورد وراثت پذیری صفات تولید شیر در دوره شیردهی اول ،دوم و سوم به ترتیب 297/0 ،267/0 ،و 203/0 ، تولید چربی به ترتیب 269/0 ،222/0 ،192/0 و فاصله زایش به ترتیب 037/0 ، 036/0 ، و 017/0 بود همبستگی های ژنتیکی بین صفات تولید شیر و چربی در سه دوره شیر دهی اول تا سو و مثبت و زیاد ،بین صفات تولید شیر و فاصله زایش متوسط تا زیاد و بین صفات تولید چربی و فاصله زایش متوسط تا زیاد بود.همبستگی های فنوتیپی کمتر از همبستگیهای ژنتیکی بوده .تکرار پذیری صفات با استفاده از 37614 رکورد حاصل از 12538 گاو هلشتاین برای صفات تولید شیر و چربی و فاصله زایش به ترتیب 514/0 ، 462/0 و 072/0 برآورد گردید.

در مطالعه حاضر ضرایب هم خونی گوسفندان بلوچی گله شماره 2 مرکز پرورش و اصلاح نژاد شمال شرق ایران ( عباس آباد مشهد) مورد بررسی قرار گرفت. میانگین ضریب همخونی کل جمعیت بر مبنای سال پایه 1352 ، 114 درصد برآورد شد. در این شجره 5/9 درصد حیوانات دارای والدین نامعلوم 47/33 درصد دارای اجداد نامعلوم و 9/53 دصد دارای اجداد بزرگ نامعلوم بودند بنابراین میانگین محاسبه شده برای این جمعیت به علت نامعلوم بودن والدین و اجداد تعدادزیادی از حیوانات می تواند کمتر از مقدار واقعی جمعیت برآوده شده باشد.اثر هم خونی در جمعیت گوسفندان بلوچی با در نظر گرفتن ضریب همخونی هر حیوان به عنوان یک متغیر کمکی با استفاده از مدل های حیوانی مناسب برای هر صفت تولیدی بررسی شد. صفات تولیدی مورد مطالعه شامل وزن تولد ، وزن شیرگیری، وزن شش ماهگی، وزن یکسالگی ، وزن میش در هنگام جفتگیری ( 18 ماهگی) و وزن پشم در 18 ماهگی بود از بین این صفات دو صفت وزن میش در هنگام جفتگیری در 18 ماهگی بدلیل تعدادبسیار کم حیوانات همخون دارای رکورد مورد بررسی قرار نگرفتند .ضریب تابعیت صفات وزن تولد وزن شیرگیری وزن شش ماهگی و وزن یکسالگی از ضریب هم خونی 00052/0 ، 026/0 ، 0034/0 ، 024/0 کیلوگرم برآورد شد.

با توجه به نتایج حاصل حد اکثر میزان واریانس باقیمانده برای صفت تولید شیر در اوایل دوره شیردهی برآورد گردید . مقدار واریانس فنوتیپی در اوایل واواخردوره شیردهی بالا بود . حداقل و حد اکثر میزان واریانس ژنتیکی افزایشی به ترتیب در ابتدا و اواسط دوره شیردهی برآورد گردید . حداقل میزان وراثت پذیری در اواخر دوره شیردهی بود . همبستگی های ژنتیکی افزایشی و محیط دائمی برای صفت تولید شیر بین روزهای آزمون مجاور بیش از روزهای آزمون دوراز هم بود . ارزشهای ارثی برآورد شده برای تولید شیر و تداوم شیر دهی برای تعدادی از حیوانات به ترتیب 874/829 - الی 939/798 و 223/241 - الی 015/351 بود .