حمله ویرانگر مغول اگرچه کشتار و ویرانی گسترده ای را در ایران به جای نهاد ولی یکی از پیامدهای مثبت آن پایان عصر نظامیه ها و تفکرات جزمی اندیشانه بود. عصری که هرگونه تفکر عقلگرا و نوآوری را بدعت قلمداد می کردند. و فلاسفه و علمای علوم تجربی در تنگنای اندیشه های متعصبانه گرفتار بودند. عصر سلجوقیان و تفکرات متعصبانه آنها خط بطلان بر تمام روزنه ها و امیدهایی بود که در دوران آل بویه بر روی جامعه ایران گشوده شده بود. عصری که به تغییر آدام متز عصر رنسانس اسلامی بود و اگر ادامه پیدا می کرد باید نتایج درخشانی را در جامعه به ارمغان می نهاد. ولی استیلاء سلجوقیان و اندیشه های آنها که نماد آن افرادی چون خواجه نظام الملک و امام محمدغزالی بودند ،این روند را تضعیف و چهارچوبهای علمی و فرهنگی جامعه را با رکود مواجهه نمود و متعاقب آن جامعه را وارد درگیری های فرقه ای و متعصبانه دینی نمود و یکی از دلایلی که جامعه ای این گونه نتوانست در مقابل حمله مغولان تاب مقاومت بیاورد همین بود. ولی با آمدن مغولان که فاقد تعصب بودند فضای تساهل و تسامع دینی بر جامعه حاکم شد. اگرچه همچنان فضای متعصبانه فرهنگی و مذهبی که میراث گذشته بود تداوم پیدا کرد. ولی با تساهل مذهبی مغولان زمینه رشد علوم و فلسفه تا حدودی مهیا شد. نهادهای آموزشی نظیر رصدخانه مراغه و ربع رشیدی ایجاد شد که در آنها سانسور حاکم بر نظامیه ها وجود نداشت. مغولان برای پزشکان و منجمان ارزش زیادی قائل بودند وپزشکان توانستند با دستیابی به مقامات بالا از جمله وزارت تأثیرات زیادی بر روند سیاسی - اجتماعی جامعه داشته باشند. در این عصر بهترین نهاد آموزش پزشکی ربع رشیدی بود که قسمتی از آن اختصاص به آموزش دانشجویان پزشکی داشت. در این عصر دانشمندان پزشکی چون قطب الدین شیرازی ظهور کردند و هم نویسندگان بزرگی چون ابن اصیبعه، ابن قفطی و ابن خلکان که همه آنها از بهترین مراجع تاریخ پزشکی می باشند در این عصر ظهور کردند . پژوهش ذیل اختصاص به این تحولات و رویدادهای مهم در زمینه تاریخ پزشکی دارد.