ویروس کوتولگی زرد پیاز یکی از اعضای خانواده پتی ویریده و جنس پتی ویروس و دارای ذرات رشته ای خمش پذیر به طول nm 772 -723 می باشد و ژنوم آن شامل یک مولکول rna خطی تک رشته مثبت (+ssrna) می باشد و توسط شته ها به صورت ناپایا منتقل می گردد. به منظور شناسایی ویروس کوتولگی زرد پیاز در بهار و تابستان 1389 از مناطق عمده پیاز کاری استان های خراسان شمالی و رضوی نمونه برداری صورت گرفت. نمونه های برگی دارای علائم موزائیک، زردی، رگوز و پیچیدگی همراه با کوتولگی غده های پیاز جمع آوری شدند. آلودگی نمونه های فوق با استفاده از آزمون سرولوژیک das-elisa و آغاز گرهای طراحی شده برای تکثیر ژن پروتئین پوششی (cp) در واکنش rt-pcr تایید شد. استخراج rna از نمونه های آلوده با استفاده از کیت آماده (plus)rnx™ انجام شد و به دنبال آن آزمون rt-pcr جهت ساختن cdna و سپس آزمون pcr انجام گردید. الکتروفورز محصول pcr در ژل آگارز 5/1 %، قطعه تکثیر شده bp291 مربوط به ژن کامل cpاین ویروس را در تمام نمونه های مورد آزمایش نشان داد. قطعه تکثیر شده جهت توالی یابی ارسال صحت آن تائید شد. صحت بیماری زایی ویروس نیز در شرایط گلخانه بر روی سه گونه گیاهی سلمه (chenopodium album, c. quinoa, c. amaranticolor) مورد بررسی قرار گرفت. به منظور تعیین پراکنش این ویروس نمونه برداری تصادفی از مزارع حومه شهرستان های مشهد، چناران، قوچان، تربت حیدریه، نیشابور، بردسکن، گناباد، فریمان، فاروج، شیروان، بجنورد و آش خانه به عمل آمد و سپس با استفاده از آزمون das-elisa میزان پراکنش این ویروس در مناطق ذکر شده بررسی گردید. نتایج به دست آمده نشان داد که مزارع حومه چناران، گناباد و نیشابور به این ویروس آلوده بودند و در مزارع سایر شهرستان ها آلودگی مشاهده نگردید.

ویروس موزائیک کلم گل (cauliflower mosaic virus-camv) عضو تیپ جنس caulimovirus از خانواده caulimoviridae می باشد که به عنوان مهم ترین ویروس آلوده کننده گیاهان خانواده کروسیفر در ایران شناخته شده است. به منظور شناسایی و تعیین برخی از خصوصیات بیولوژیکی و مولکولی camv در طی سال های1390-1389 تعداد 358 نمونه گیاهی مشکوک به آلودگی از مزارع کاشت کلم گل و شلغم در استان های خراسان رضوی، شمالی و آذربایجان غربی جمع آوری شد. در ابتدا جهت ارزیابی وجود ویروس در نمونه های مشکوک به آلودگی از آزمون سرولوژیکی das-elisa استفاده گردید. نتایج حاصله نشان داد که از میان 299 نمونه برگی کلم گل، 146 نمونه و از میان 59 نمونه برگی شلغم 36 نمونه آلوده به این ویروس بودند. به منظور تکثیر camv، بر روی گیاهان محک brassica rapa cv. just right، brassica oleracea var. gongylodes و datura stramonium مایه زنی انجام شد. جهت شناسایی، تعیین قابلیت انتقال و بررسی تنوع ژنتیکی در جدایه های ایرانی شناسایی شده در این تحقیق، به ترتیب چارچوب های ژنی چهارم (orf iv)، دوم (orf ii) و ششم (orf vi) ویروس با اندازه های تقریبی 1400, 724 و1500 جفت باز در آزمون pcr تکثیر و از میان نمونه های آلوده شش جدایه جهت تعیین توالی نوکلئوتیدی انتخاب شدند. رسم درخت فیلوژنتیکی برای هر سه ژن با استفاده از نرم افزار mega 5 و بکارگیری روش neighbor joining انجام شد. نتایج حاصل از هم ردیف سازی چندگانه توالی های نوکلئوتیدی چارچوب ژنی دوم جدایه های ایرانی با سایر جدایه های موجود در بانک ژن نشان داد که جدایه های ایرانی به جز جدایه camv-msh8 دارای بیشترین درصد تشابه با جدایه ای از چین (af140604)، 4/99%-7/98 می باشند و این در حالی است که جدایه camv-msh8 دارای بیشترین درصد تشابه با جدایه ای از اصفهان (ay703456)، 7/98% بود. مقایسه توالی های آمینواسیدی orf ii جدایه های ایرانی با سایر جدایه های موجود در بانک ژن و مشاهده اسید های آمینه گلایسین (g) و ایزولوسین (i) به ترتیب در موقعیت های 94 و 105 آمینو اسیدی، احتمال قابلیت انتقال تمامی جدایه های ایرانی توسط شته ناقل را تأیید نمود. نتایج به دست آمده از هم ردیف سازی چندگانه توالی های نوکلئوتیدی چارچوب ژنی چهارم جدایه های ایرانی با سایر جدایه های موجود در بانک ژن نشان داد که جدایه های ایرانی دارای بیشترین درصد تشابه در سطح nt با جدایه هایی از مجارستان و چین به میزان 9/96%-5/96 و 4/96%-96 می باشند. آنالیز مولکولی و رسم درخت تبارزایی orf vi مربوط به شش جدایه نشان داد که جدایه های شناسایی شده از کلم گل دارای بیشترین شباهت در سطح nt با جدایه ای از چین به میزان (%6/98-3/98) می باشند و این در حالی است که جدایه جدا شده از شغلم دارای بیشترین شباهت در سطح nt با جدایه ای از میبد یزد (dq870916)، 7/97% بود. شباهت جدایه camv-turnip2 در سطح nt، 5/85%-85 با جدایه های شناسایی شده از کلم گل بوده که در درخت فیلوژنتیکی رسم شده مجزا از این جدایه ها و در گروه i قرار گرفت. این مطالعه اولین گزارش از وجود ویروس موزائیک کلم گل در استان خراسان شمالی و بعضی از شهرستان های استان خراسان رضوی می باشد.

ویروس زردی غربی چغندرقند (beet western yellows virus-bwyv) عضو تیپ جنس polerovirus از خانواده luteoviridae می باشد که به عنوان یکی از مهم ترین ویروس های آلوده کننده چغندرقند شناخته شده است. به منظور بررسی و تعیین پراکنش ویروس زردی غربی چغندرقند (bwyv) طی تابستان و پاییز 1390-1389 تعداد 1145 نمونه از مزارع چغندرقند استان خراسان رضوی جمع آوری شد. نمونه برداری به دو صورت جمع آوری گیاهان دارای علائم زردی، ضخیم و شکننده شدن برگ ها، کوتولگی برگ ها و سیاه شدن برگ ها، چروکیدگی و لکه های نکروتیک برگ ها و همچنین به روش تصادفی جهت تعیین پراکنش انجام شد. برای شناسایی اولیه و تعیین پراکنــــش از روش های ســــرولوژیک tas-elisa و das-elisa استفاده شد که تعداد 200 نمونه آلوده تشخیص داده شد. بطور کلی متوسط میزان پراکنش این ویروس در استان خراسان رضوی برابر 56/17% بود. بیشترین درصد آلودگی در شهرستان چنـــاران با 33/23% و کمترین میزان در شهرستان قوچان با 9/10% مشاهده شد. جهت شناسایی نهایی در جدایه های ایرانی شناسایی شده در این تحقیق، ژن سوم با اندازه ی تقریبی 609 جفــت باز در آزمـــون rt-pcr تکثیر و از میان نمونه های آلوده هفت جدایه جهت تعیین توالی نوکلئوتیدی انتخاب شدند. ترادف های توالی یابی شده در پایگاه اطلاعاتی ncbi ثبـــت شده، با سایر ترادف های جهانی مقایسه شدند. نتایــــــــــــــج همولوژی با استفاده از نـــــــــرم افزارdnaman version 7 مورد بررسی قرار گرفـــــــت که نتـــــایج حاصله نشاندهنده بیشترین شباهت آنها با ایزولــــه ها ی چینــــی (hm804471 ,hm804472) بود. این شباهت در سطح نوکلئوتیدی 5/99% و در سطح آمینواسیدی 3/99% بود. همچنین نتایج به دست آمده از آنالیز فیلوژنتیکی ژن orfiii با استفاده از نرم افزار 2/5mega و بکارگیری روش neighbor joining بیشترین درصد تشابه را با استرین های چینی تأیید نمود. همچنین توالی یابی این ژن استراتژی بیان ژن readthrough را ثابت کرد. هم ردیف سازی توالی آمینواســـــیدی orfiv جدایه های ایرانی با سایر جدایه های موجود در بانک ژن، قابلیت انتقال تمامی جدایه های ایرانی را توسط شته ناقل تأیید کرد.

ویروس زردی چغندرقند (beet yellows virus-byv) عضو تیپ جنس از خانواده closteroviridae می باشد که به عنوان دومین ویروس غالب گیاهان خانواده کنوپودیاسه در ایران شناخته شده است. به منظور شناسایی و تعیین برخی از خصوصیات بیولوژیکی و مولکولی byv در طی سال های1392-1391 تعداد 175 نمونه گیاهی مشکوک به آلودگی از مزارع کاشت چغندرقند در استان های خراسان رضوی، کرمانشاه، همدان و آذربایجان غربی جمع آوری شد. در ابتدا جهت ارزیابی وجود ویروس در نمونه های مشکوک به آلودگی از آزمون سرولوژیکی dad-elisa استفاده گردید. نتایج نشان داد که از میان 175 نمونه برگی 18 نمونه آلوده به این ویروس بودند. جهت شناسایی، و بررسی تنوع ژنتیکی در جدایه های ایرانی شناسایی شده در این تحقیق ژن های ششم (orf 6) و هشتم (orf 8) ویروس با اندازه های تقریبی به ترتیب 615و 534 جفت باز در آزمون pcr تکثیر و از میان نمونه های آلوده هفت جدایه جهت تعیین توالی نوکلئوتیدی انتخاب شدند. رسم درخت فیلوژنی برای هر دو ژن با استفاده از نرم افزار mega 5.2 و بکارگیری روش neighbor joining انجام شد. نتایج حاصل از آنالیزهای فیلوژنی در مورد ژن شش ویروسی نشانگر دارا بودن بیشترین درصد تشابه جدایه های ایرانی با جدایه ای از اوکراین (x73476) 79/94-19/99% بود. نتایج به دست آمده از آنالیز فیلوژنتیکی ژن هشتم byv نیز نشان داد که جدایه ایرانی دارای بیشترین درصد تشابه در سطح nt با جدایه از اوکراین و به اندازه 58/99% می باشد. در هر دو درخت فیلوژنی رسم شده تمامی جدایه های ایرانی به همراه جدایه اوکراین در یک گروه قرار گرفتند. این مطالعه اولین گزارش این ویروس از شهرستان سبزوار می باشد و هم چنین در استان های مورد بررسی تاکنون نمونه های آلوده یافت شده توالی یابی نشده و این مهم برای اولین بار در این مطالعه صورت گرفته است.

انتخاب روش مناسب و سریع جهت شناسایی عوامل ویروسی که گاهاً خسارات شدیدی بر عملکرد سیب زمینی دارند از اهمیت ویژه ای برخوردار است، بدین منظور روشهای تشخیصی متعددی وجود دارد که تکنیک lamp یکی از آنها می باشد. جهت بررسی کارایی این تکنیک جهت شناسایی ویروس y سیب زمینی و مقایسه آن با روشهای pcr و elisa ابتدا تعداد 250 نمونه برگی از استان خراسان رضوی جمع آوری شد و سپس از انجام تست الایزا با هریک از نمونه تعداد 26 نمونه آلوده بودند. سپس با بهینه سازی دمایی تکنیک lamp، واکنش lamp و pcr از نظر حساسیت در تشخیص نسبت های رقیق سازی مشخص از dna تکثیر شده از روی rna ویروس مورد ارزیابی قرار گرفت. در ادامه حساسیت سه تکنیک تشخیصی elisa، pcr و lamp برای شناسایی ویروس در نمونه های ایجاد شده از نسبت های ترکیبی مشخص از گیاه محک آلوده و سالم مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج نشان داد که در آزمون اول تکنیک lamp و pcr، هر دو قادر به تکثیر حداقل تا پنج کپی نامبر در هر واکنش بودند. در آزمون دوم نیز روش elisa تا نسبت 1 گیاه آلوده به 16 گیاه سالم را قادر به شناسایی بود در حالیکه دو روش lamp و pcr قادر به شناسایی ویروس y در نسبت 1 به 1024 را بودند. در مجموع به نظر می رسد که روش lamp با توجه به سریع، ساده و دقیق بودنش نسبت به روشهای pcr و elisa که زمان بر و پر هزینه هستند روشی مناسب جهت شناسایی ویروس y سیب زمینی باشد.

ویروس های عامل موزاییک خاکزاد در غلات، در مناطق مختلف دنیا از اهمیت بالایی برخوردار می باشند. این ویروس ها در دو جنس bymovirus و furovirus طبقه بندی می گردند. تا کنون هیچ بررسی جامعی در خصوص شناسایی و بررسی خصوصیات مولکولی آن ها در ایران صورت نگرفته است. به منظور شناسایی ویروس های مذکور در طی سال های 1389 تا 1391 تعداد 251 نمونه گیاهی از مزارع جو و 111 نمونه گیاهی از مزارع گندم استان های خراسان شمالی، جنوبی، رضوی، گلستان و آذربایجان غربی با استفاده از سه آنتی سرم(bymv) barley yellow mosaic virus، barley mild mosaic virus (bmmv) و(sbwmv) soilborn wheat mosaic virus مورد بررسی قرار گرفت و نهایتا ویروس ها در تمامی استان ها جز خراسان جنوبی در آزمون الایزا ردیابی گردید. تعدای از نمونه های گیاهی مثبت در آزمون pcr با استفاده از آغازگرهای عمومی bymv1-r1/f1 bammv1-f3 و bammv1-r2، sbwmv-l2 و sbwmv-r2 بررسی شد. سپس به منظور تایید کامل حضور ویروس ها در نمونه های گیاهی محصول pcr مربوط به یک جدایه از هر ویروس تعیین توالی گردید. به منظور بررسی جایگاه فیلوژنی ویروس موزاییک زرد جو تعداد 8 نمونه مربوط به ناحیه کد کننده پوشش پروتئینی و 5 نمونه مربوط به vpg همسانه سازی و تعیین توالی گردید. نتایج نشان داد که جدایه های ایرانی در هر دو این مناطق ژنومی در گروه مجزا از سایر جدایه های دنیا اما نزدیک به جدایه های اروپایی می باشد. در مقایسه دندروگرام رسم شده بر مبنای پوشش پروتئینی و vpg جدایه های ایرانی با جدایه های دنیا نتایج تقریبا مشابه به دست آمد، بنابراین تکامل این دو ژن به صورت موازی صورت گرفته و تنها در مورد vpg به دلیل اینکه شباهت بین جدایه ها کمتر است سرعت تکامل اندکی بیشتر است به منظور تعیین برخی از خصوصیات ژنومی این ویروس توالی کامل rna1 به طول تقریبی 7500 جفت باز و rna2 به طول تقریبی 3500 جفت باز همسانه سازی و تعیین توالی گردید. به طور کلی جدایه ایرانی در دندوگرام رسم شده بر مبنای توالی rna1 بیشتر به جدایه های اروپایی شباهت نشان می دهد در صورتیکه در دندروگرام رسم شده بر مبنای توالی rna2 شباهت به جدایه های آسیایی دارد. بنابراین از نظر تکاملی احتمال می رود جدایه ایرانی به دلیل واقع شدن ایران در موقعیت بینابین اروپا و آسیا، rna1 آن از جدایه های اروپا و rna2 از جدایه های آسیا تکامل یافته باشد. ردیابی و بررسی مولکولی این ویروس ها برای اولین بار در ایران می باشد.

ویروس برگ بادبزنی مو (grapevine fanleaf virus, gflv) متعلق به جنس nepovirus از خانواده secoviridae است. این ویروس یکی از مخرب¬ترین بیماری ویروسی مو در سراسر دنیا است که موجب خسارت جبران ناپذیری در تاکستان¬ها می شود. به منظور شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی gflv در تاکستان¬های استان خراسان¬رضوی در طی سال¬های 1391 و 1392 از تاکستان¬ها و علف هرز های موجود نمونه برداری شد. با استفاده از آنتی¬بادی جدایه ایرانی ویروس در آزمون آلیزا آلودگی به gflv در 114 نمونه مو و 46 نمونه علف هرز تایید شد. در این تحقیق علاوه بر علف¬های هرز مرغ و علف هفت بند برای اولین بار گیاهان قیاق، یونجه¬باغی و بارهنگ به عنوان میزبان¬های طبیعی ویروس برگ بادبزنی مو معرفی شدند. ویروس برگ بادبزنی مو از طریق مایه زنی عصاره آلوده مرغ و قیاق به گیاهان مرغ و قیاق سالم و سلمک انتقال داده شد. با مایه زنی عصاره تاک¬های آلوده به سلمک تولید لکه¬های کلروتیک و رگبرگ روشنی در برگ¬های جدید شد. با استفاده از آغازگر¬های اختصاصی قطعه¬ای بطول 1760 جفت باز مربوط به طول کامل پروتئین پوششی ویروس و 230 نوکلئوتید انتهای ژنوم تکثیر شد. هضم آنزیمی قطعه تکثیر شده با اندونوکلئاز taqi جدایه¬های gflv از خراسان-رضوی را در 18 گروه ژنوتیپی قرار داد. جدایه¬های ایرانی gflv با جدایه¬های سایر نقاط دنیا 36/2±97/88 درصد در سطح نوکلئوتیدی و 72/1±2/95 درصد در سطح آمینواسیدی ژن پروتئین پوششی شباهت داشتند. نتایج آنالیز¬های فیلوژنی بر اساس ژن پروتئین پوششی، جدایه¬های ایرانی gflv را در شاخه¬ای مجزا از جدایه¬های سایر نقاط دنیا قرار داد. همچنین جدایه¬های شرق کشور در گروهی مجزا از جدایه¬های شمال¬غرب کشور قرار گرفتند. که نشان دهنده اثر جدائی جغرافیائی در تکامل gflv است. اسیدآمینه گلایسین 297 (g297) و موتیف r2 که در انتقال اختصاصی ویروس با نماتود نقش دارند در ناحیه مرکزی ژن پروتئین پوششی ویروس صرفنظر از منبع جداسازی به صورت کاملا حفاظت شده بوده که نشان دهنده توانایی انتقال آنها با نماتود x. index است.

با توجه به اهمیت استراتژیک چغندرقند برای بسیاری از کشورهای تولیدکننده آن، مدل های مختلفی برای این گیاه ارائه شده است که قادرند رشد و عملکرد آن را در سطوح پتانسیل و محدودیت منابع و تنشهای محیطی شبیه سازی کنند. یکی از مدلهای شاخص چغندرقند مدلی است که در انگلستان برای شبیه سازی فرآیندهای رشد چغندرقند ارائه شده است. این مدل بر اساس اطلاعات اقلیمی، درصد پوشش کانوپی، عملکرد ماده خشک کل و شکر را به صورت روزانه پیش بینی میکند. در ایران گیاه زراعی چغندرقند با دو چالش اساسی کمبود آب و خسارت شدید بیماری ریزومانیا روبروست که روند تغییرات اقلیمی ممکن است این شرایط را برای این گیاه سخت تر نیز کند. به منظور واسنجی و آزمون مدل در شرایط مشهد، طی سالهای 1389 و 1390، دو آزمایش با موضوع تأثیر تنش خشکی و سه آزمایش با هدف بررسی تأثیر بیماری بر چغندرقند در مشهد اجرا شد. در آزمایشهای تنش خشکی از سه تیمار آبیاری و دو ژنوتیپ حساس و مقاوم چغندرقند و در آزمایشهای بیماری از چهار رقم مقاوم تا حساس نسبت به بیماری در دو شرایط سالم و آلوده به بیماری استفاده شد. براساس نتایج آنالیز رشد چغندرقند در شرایط واقعی مزرعه و همچنین نتایج آزمایشهای دیگر اجرا شده در شرایط مشابه، ضرایب کارایی مصرف نور، اختصاص شکر، ضرایب مربوط به درصد پوشش کانوپی و اجزای موازنه آب خاک واسنجی شدند. آزمونهای تعیین اعتبار مدل در شرایط پتانسیل نشان داد که توانایی مدل در شبیه سازی درصد پوشش کانوپی (5.5=%rmse) و وزن خشک کل عالی (6.04=%rmse) و در رابطه با عملکرد شکر خوب (14.4=%rmse) بود. در شرایط تنش خشکی همچنانکه در سایر مطالعات به آن اشاره شده است توانایی مدل نسبت به شرایط پتانسیل کمتر و برای ماده خشک کل خوب (19.6=%rmse) و برای عملکرد شکر متوسط و قابل قبول (23.2=%rmse) بود. در شرایط بیماری نیز مدل توانایی خوبی در شبیه سازی درصد پوشش کانوپی (11.2=%rmse) و ماده خشک کل (12.9=%rmse) داشت. بر اساس داده های مصنوعی هواشناسی تولید شده توسط مدل¬های hadcm3 و lars-wg5، شبیه سازی مدل در دو دهه آینده نشان داد که عملکرد چغندرقند در شرایط مشهد کاهش خواهد یافت ولی این تغییرات نسبت به سال پایه (1389) معنی دار نخواهد بود. بر اساس نتایج تحقیق حاضر به نظر میرسد مدل رشد مورد مطالعه، در شرایط اقلیمی مشهد به خوبی واسنجی و تعیین اعتبار شده است و با اطمینان و دقت بالا میتوان از این مدل در شرایط جدید بهره برد.

ویروس m سیب زمینی (potato virus m- pvm) متعلق به جنس carlavirus از خانواده betaflexiviridae است. پیکره های ویروس رشته ای و دارای یک قطعه آر.ان.ای تک لای مثبت به اندازه 5/8 کیلو باز و شش چهارچوب ژنی است. میزبان اصلی ویروس سیب زمینی و دارای گسترش جهانی است. به منظور تعیین تنوع ژنهای پروتئین پوششی و پروتئین p11 (چارچوب ژنی ششم) در جدایه های ایرانی ویروس pvmاز مزارع سیب زمینی در استانهای خراسان رضوی، خراسان شمالی، کرمان، فارس، اصفهان و همدان نمونه برداری شد. شناسایی گیاهان آلوده به pvm با استفاده از آزمون الیزای مستقیم انجام شد. آر.ان.ای کل از گیاهان آلوده استخراج و در واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از آغازگرهای اختصاصی، طول کامل پروتئین پوششی و پروتئین p11 ویروس m تکثیر شد. قطعات تکثیر شده پس از همسانه سازی، تعیین توالی و آنالیز توالیها به ترتیب در 30 و 16جدایه انجام شد. نتایج بررسی blast نشان داد که قطعات 915 و 398 جفت بازی تکثیر شده در واکنش زنجیره ای پلی مراز به ترتیب ترادف کامل ژن پروتئین پوششی و p11 ویروس m سیب زمینی است. میزان شباهت این دو ژن در جدایه های ایرانی ویروس m سیب زمینی با جدایه های بانک ژن 98-74 درصد در سطح نوکلئوتیدی و 99-83 درصد در سطح آمینواسیدی بود. در آنالیز فیلوژنی، جدایه های pvm در دو گروه pvm-o شامل جدایه های خراسان شمالی و رضوی و برخی از جدایه های کرمان همراه با جدایه های آمریکای شمالی و pvm-d شامل جدایه های همدان، اصفهان و کرمان با جدایه های اروپایی دسته بندی شدند. در هر گروه شباهت بین اعضاء 100-81 درصد و شباهت بین گروهی 76-74 درصد بود. آنالیزها بر روی توالیهای این دو ژن نشان داد که موتاسیون و موقعیت جغرافیایی، فاکتورهایی موثر در تنوع جدایه های pvm هستند. از سوی دیگر فشار انتخاب منفی نیز تنوع و تکامل این ویروس را هدایت کرده و تغییرات ژنتیکی ایجاد شده را در جمعیت، پایدار می کند. طول کامل ژنوم جدایه ایرانی pvm با آغازگرهای اختصاصی تکثیر و تعیین ترادف ژنوم کامل ویروس pvmبه روش primer walking انجام شد و با رس شمار jx678982 در بانک ژن ثبت گردید. ژنوم کامل جدایه ایرانی pvm با جدایه های موجود در بانک ژن 7/96-1/93 در سطح نوکلئوتیدی شباهت داشت. این جدایه ارتباط نزدیکی با جدایه های آلمان [eu604672] و روسیه [d14449] داشت. ژنوم کامل pvm در ناقل دوگانه pbi 121 تحت کنترل پیشبر 35s ویروس موزائیک گل کلم (camv) قرار گرفت و سازه حاصل به روش agroinoculation به گیاهان سیب زمینی، گوجه فرنگی و توتون مایه زنی شد. 20 روز پس از مایه زنی و بروز علایم در گیاهان، ردیابی ویروس با استفاده از آغازگرهای اختصاصی pvm انجام شد.

به منظور شناسایی ویروئیدهای مو در استان خراسان رضوی نمونه برداری تصادفی از تاکستانهای کاشمر انجام شد. از برگ نمونه ها نوکلئیک اسید کل استخراج و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ویروئیدهای لکه زرد شماره یک مو (grapevine yellow speckle viroid 1)، لکه زرد شماره دو مو (grapevine yellow speckle viroid 2)، ویروئید استرالیایی مو ( australian grapevine viroid ) و ویروئید کوتولگی رازک (hop stunt viroid) با روشrt-pcr بررسی شد. در نمونه های آلوده به ویروئید لکه زرد (gysvds) علائم رگبرگ نواری مشاهده شد که در آلودگی توأم این ویروئید با ویروس برگ بادبزنی مو(grapevine fan leaf virus) بر شدت علائم افزوده می شد. ویروئیدagvd و hsvd در مو بدون علائم هستند. درخت فیلوژنی ترسیم شده با روش maximum likelihood نشان داد که جدایه های توالی یابی شده gysvd1 در این تحقیق متعلق به تیپ یک این ویروئید هستند. جدایه های hsvd در گروه عمومی انگور رازک این ویروئید قرار گرفتند. در ساختمان ثانویه جدایه های hsvd بیشترین تفاوت با سایر جدایه ها به ترتیب در نواحی بیماری زایی ، انتهای سمت چپ و ناحیه مرکزی در ساختار ثانویهhsvd مشاهده شد.

تنوع ژنتیکی ویروس برگ بادبزنی مو در مناطق جنوب غربی ایران از طریق روش rt-pcr-rflp و تعیین ترادف بررسی شد.

به منظور تعیین برخی خصوصیات مولکولی جدایه ایرانی ویروس موزائیک چغندرقند، در بهار سال 1393 تعداد 42 نمونه برگی چغندرقند از مزارع تحقیقاتی موسسه بذر چغندرقند واقع در استان البرز جمع آوری شد. در ابتدا وجود ویروس btmv در نمونه های برگی جمع آوری شده با استفاده از آزمون الایزا تأیید گردید. نتایج نشان داد که از میان 42 نمونه جمع آوری شده، 12 نمونه به این ویروس آلوده بودند. در این تحقیق، نواحی ژنومی دربرگیرنده ژن های p1، 6k2، vpg، nia، nib و cp به کمک واکنش زنجیره ای پلی مراز تکثیر گردید. سپس محصولات pcr در داخل ناقل پلاسمیدی ptz57r/t همسانه سازی و با استفاده از آغازگرهای m13 توالی یابی شدند. شباهت ژن پروتئین پوششی جدایه ایرانی btmv-md با سایر جدایه های btmv موجود از 4/99-6/92 % در سطح نوکلئوتیدی و از 6/99-5/97 % در سطح آمینواسیدی متغیر بود. بیشترین شباهت ژن پروتئین پوششی جدایه btmv-md در سطح نوکلئوتیدی با جدایه های btmv-ir1 و btmv-ren1 از ایران و اسلواکی و به ترتیب به میزان 4/99 % و 8/97 % و کمترین شباهت ژن مذکور در سطح نوکلئوتیدی با جدایه آمریکایی btmv-wa و به میزان 6/92 % بود. درخت فیلوژنتیکی رسم شده با روش neighbor joining بر مبنای ژن پروتئین پوششی در سطح نوکلئوتیدی دارای دو گروه اصلی بود. همه جدایه های btmv که از اوراسیا (انگلستان، اسلواکی، آلمان و چین) گزارش شده اند به همراه تمام جدایه های ایرانی این ویروس در گروه اول و جدایه های آمریکایی موقعیت مجزایی را تشکیل داده و در گروه دوم قرار گرفتند. این مطالعه برای اولین بار بر روی بررسی خصوصیات ژنومی ویروس موزائیک چغندرقند در ایران متمرکز شده است.