نام پژوهشگر: علی مخدومی کاخکی

تعیین خصوصیات و شناسایی مولکولی باکتری های لومینسانس دریاچه خزر (جنس vibrio) با استفاده از تکنیک تعیین توالی ژن 16s rdna
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1384
  منا ملک نژاد یزدی   منصور مشرقی

باکتری های بیولومینسانس فراوان ترین ارگانیسم های ساطع کننده نور بوده و نسبت به سایر این ارگانیسم ها از توزیع وسیع تری در طبیعت برخوردار می باشند. شناسایی و تشخیص گونه های باکتریایی بیولومینسانس در محیط های مختلف دریایی و خشکی از گذشته تا به امروز مبحث مورد علاقه محققین بوده است، چراکه این گونه های باکتریایی کاربرد های بسیار قابل توجهی در بیوتکنولوژی و میکروبیولوژی محیطی داشته و در سرتاسر جهان، تحقیقات بسیاری بر این اساس شکل گرفته است. جهت شناسایی گونه های باکتریایی لومینسانس در آبهای سطحی و ساحلی دریاچه خزر، نمونه برداری در ماه های فروردین و خرداد سال 1389، به طور تصادفی از سواحل سه شهر رامسر، چالوس و بهشهر انجام شد. سپس با استفاده از دو محیط کشت apw یک درصد قلیایی و tcbs، گونه ها.....

بررسی و کلونینگ قطعات با آنتی ژنسیته ی بالا از آلفا توکسین clostridium novyi تیپ a
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1392
  نجمه گردنوشهری   محسن فتحی نجفی

باکتری clostridium novyi سیتو توکسینی به نام آلفا توکسین تولید می کند که با وزن مولکولی حدود 250-200 کیلو دالتون دارای فعالیت آنزیمی بوده و بر روی گیرنده های rho سلول های پستانداران تاثیر می گذارد و عامل خونریزی رگ ها و گرد شدن سلول ها در محیط کشت است. بررسی های ایمونولوژیکی نشان می دهد که قسمت کوچک از یک آنتی ژن می تواند سیستم ایمنی را علیه کل آنتی ژن تحریک کند به همین دلیل همسانه سازی (کلون) ناحیه از پروتئین که آنتی ژنسیته ی بالا دارد ، امکان جدیدی برای ایمنی علیه توکسین های کشنده است. مرحله ی کلیدی این روش شامل شناسایی و انتخاب ناحیه ی آنتی ژنیک توکسین می باشد. هدف از این مطالعه به کارگیری ترکیبی از روش های بیوانفورماتیک، زیست شناسی مولکولی و تهیه پروتئین نوترکیب به منظور تولید پروتئین با آنتی ژنسیته ی بالا می باشد. ابتدا قطعات با آنتی ژنسیته ی بالا براساس مطالعات بیوانفورماتیکی و ساختار دوم پروتئین انتخاب و پرایمرهای اختصاصی به منظور تکثیر این قطعات طراحی گردید. قطعات تکثیر شده در وکتور کلونینگ ptz57rt وارد و سپس در وکتور بیانی pet21a(+) کلون گردید. پلاسمید حاوی قطعه به وسیله ی pcr تایید گردید. پس از بیان پروتئین نوترکیب، با استفاده از سولفات آمونیوم پروتئین رسوب داده شد و به وسیله کروماتوگرافی فیلتراسیون ژلی نیمه خالص گردید و خصوصیات آ نتی ژنیک پروتئین با تست های (د ات بلات ، وسترن بلات و الایزا) تایید گردید. سپس به منظور بررسی ایمونوژنسیته پروتئین به موش تزریق گردید و سرم حیوان با هدف انجام واکنش متقاطع با توکسین و پروتئین نوترکیب جمع آوری گردید. نتیجه ی تست های ایمونولوژی آنتی بادی تولید شده بر علیه پروتئین نوترکیب، میل ترکیبی بالایی را در مقایسه با توکسین طبیعی نشان داد. به نظر می رسد، روش های بر پایه ی بیوانفورماتیک می تواند احتمال انتخاب قطعاتی با پتانسیل بالای ایمونوژنسیته را افزایش دهند. این استراتژی روشی برای تولید پپتید واکسن و آنتی بادی برای تست تشخیصی و یا تولید لیگاند برای خالص سازی آنتی بادی ها یا پروتئین ها طبیعی به روش کروماتوگرافی میل ترکیبی می باشد

جداسازی و شناسایی باکتری های مولد آنزیم کیتیناز از ناحیه جنوبی دریای خزر
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1394
  زینت دهقانی جویباری   رضا پورغلام

محیط های آبی حدود %71 سطح زمین را به خود اختصاص داده اند و به عنوان منبع عظیمی از آنزیم های مفید، تاکنون ناشناخته باقی مانده اند. در این میان آنزیم کیتیناز به علت کاربردهای وسیع آن در پزشکی، بیوتکنولوژی، کشاورزی، مدیریت پسماند و حشره کش های زیستی توجهات زیادی را به خود جلب کرده است. در این پژوهش به منظور جداسازی باکتری های مولد آنزیم کیتیناز از دریای خزر، نمونه گیری از سه عمق 0/5، 15 و 30 متر دریای خزر و از چهار منطقه بهشهر، بابلسر، تنکابن و نوشهر انجام شد. پس از تهیه رقت های مناسب و کشت نمونه ها بر روی محیط های کشت مختلف، حدود 300 جدایه به دست آمد که تنها 9 جدایه قادر به تشکیل هاله در محیط انتخابی حاوی کیتین کلوئیدی بودند. با انجام تست کمی دو سویه dc و kp6 با تولید بیشتر، به منظور بهینه سازی انتخاب شدند.در بهینه سازی تک متغیر تاثیر فاکتورهای %nacl، منابع کربن و نیتروژن مختلف، درصد کیتین، ph، مقدار تلقیح، دما و یون های فلزی مختلف، بر رشد سویه و تولید آنزیم مورد سنجش قرار گرفت. تولید سویه dc از 0/023 واحد آنزیمی به 0/084 و سویه kp6 از 0/028 به 0/106واحد آنزیمی افزایش یافت. برای بررسی اثر برهمکنش فاکتورها بر تولید آنزیم ، چهار فاکتور nacl، کیتین، دما و ph با روش طراحی سطح پاسخ مورد بررسی قرار گرفتند که طی آن فعالیت آنزیمی سویه dc از 0/084 به 0/215 واحد آنزیمی و سویه kp6 از 0/106 به 0/148 واحد آنزیمی افزایش یافت. خالص سازی نسبی آنزیم با آمونیوم سولفات انجام و اثر دما، ph و یون های فلزی بر فعالیت آنزیم مورد بررسی قرار گرفت. بهینه دما و ph برای آنزیم جدا شده از سویه dc و kp6 به ترتیب شامل::˚c 40، 9 و:˚c 30، 9 بود. در میان یون های فلزی ca2+، mg2+، zn2+، mn2+، na+ و edta، فقط یون na+ در سویه dc اثر مثبتی را بر فعالیت آنزیم نشان داد. در پایان سویه های تولید کننده آنزیم کیتیناز، با استفاده از تکثیر و تعیین توالی ژن 16s rrna شناسایی شدند. سویه dc بیشترین شباهت (%99/1) را با pseudoalteromonas lipolitica و سویه kp6 بیشترین شباهت را (%98/3) با rheinheimera nanhaiensis نشان دادند.

ارزیابی آلودگی ناشی از فلزات سنگین در آبرفت منطقه تاریک دره با تأکید بر حذف زیستی عنصر سرب
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1393
  عاطفه سفیدیان   منصور مشرقی

آلودگی فلزات سنگین یک تهدید بزرگ زیست¬محیطی در سراسر جهان می باشد. در میان فلزات سنگین، فلز سرب از نظر انتشار، گسترده ترین عنصر سنگین و سمی در محیط زیست است. این آلاینده از منابع طبیعی و زمین¬زاد از قبیل سنگ ها و کانی های فلزدار و منابع انسان¬زاد مانند، کشاورزی، معدنکاری، صنایع باتری سازی، رنگ کاری و... نشأت می گیرند. در این پژوهش به منظور بررسی آلودگی سرب با منشأ زمین¬زاد و انسان¬زاد و همچنین با هدف پاکسازی زیستی سرب با استفاده از باکتری¬های بومی منطقه، نمونه برداری از منابع آب زیر¬زمینی و پساب صورت گرفت. نمونه های انسان¬زاد از کارخانجات باتری¬سازی اتومبیل و صنایع رنگ و لعاب برداشت¬شد، زیرا قسمت عمده پساب این صنایع آلوده به سرب می¬باشد. نمونه های زمین¬زاد از منطقه معدنی تاریک دره تربت¬جام برداشت¬شد. منطقه اکتشافی تاریک دره در 30 کیلومتری شمال¬غرب تربت جام استان خراسان¬رضوی قرار دارد. در این مطالعه به منظور بررسی منشأ و میزان آلودگی سرب در منطقه تاریک دره، تعداد 8 نمونه از منابع آب شرب ساکنین منطقه برداشت و پارامترهای ph، ec، tds و t در زمان نمونه برداری اندازه گیری شد. غلظت کاتیون ها در آب به روش icp-ms و غلظت آنیون ها به روش تیتراسیون اندازه¬گیری شد. در نمونه های آب برداشت شده ضمن تعیین تیپ و رخساره، شاخص های فلزی mi و hpi محاسبه و با استفاده از نمودار گیبس منشأ یون¬های اصلی موجود در آب¬های¬زیرزمینی تعیین شد. همچنین، کیفیت منابع آب از نظر شرب و کشاورزی مورد ارزیابی قرار گرفت. مطالعه زمین شناسی زیست محیطی حاضر نشان می دهد که حضور عنصر سمی سرب در آب شرب منطقه تاریک دره، منبع زمین زاد داشته و لیتولوژی منطقه، منشاء اصلی آلودگی به شمار می¬رود و فرآیندهای طبیعی فعال موجب ورود عناصر سمی نظیر سرب به محیط آب شده¬است. با توجه به محرز شدن آلودگی سرب در نقاط نمونه¬برداری، چگونگی پاکسازی آن مورد بررسی قرار گرفت. تکنیک های پاکسازی سرب از آب زیرزمینی و خاک ها و فاضلاب های صنعتی را می توان در 3 گروه بزرگ طبقه بندی کرد که شامل: فرآیندهای پاکسازی شیمیایی، بیوشیمیایی/ بیولوژیکی/ جذب زیستی، و فیزیکوشیمیایی است. در این مطالعه، از روش جذب زیستی بوسیله بیومس باکتریایی به منظور پاکسازی عنصر سرب بهره¬گرفته¬شد. بدین¬منظور بعد از جمع¬آوری نمونه¬های خاک، آب و پساب، نمونه¬ها کشت¬داده شدند و 422 جدایه باکتریایی بدست¬آمد که در مرحله اول غربال¬سازی، با روش الایزا تنها 35 جدایه مقاوم به سرب تشخیص داده¬شد و میزان حداقل غلظت بازدارنده رشد تا3125mg/l و حداقل غلظت کشنده باکتری تا 6250 mg/lتعیین¬شد. در مرحله دوم غربال¬سازی، از بین 35 جدایه تعداد 8 جدایه بهترین هاله جذب فلز سرب را در روش پومپل نشان¬دادند. پس از انجام تست کمی در هشت سویه، در نهایت دو سویه as2 و as10 با میزان حذف بیشتر سرب در مدت زمان کوتاهتر، برای انجام بهینه سازی حذف سرب انتخاب¬شدند. در بهینه سازی تک متغیره تأثیر فاکتورهای ph، غلظت سرب اولیه، دما، مقدار تلقیح، nacl%، یون¬های فلزی، منابع کربن و نیتروژن مختلف، مدت زمان مجاورسازی سویه ها با سرب، بر رشد سویه ها و میزان حذف سرب مورد سنجش قرار گرفت. در سویه as2 درصد حذف سرب از 1/87% (غلظت سرب اولیه 100میلی¬گرم بر لیتر) به 5/99% (غلظت سرب اولیه 500میلی¬گرم برلیتر) و ظرفیت حذف سرب از 218mg/g به 747mg/g و در سویه as10 درصد حذف سرب از 9/84% (غلظت سرب اولیه 100 میلی-گرم بر لیتر) به 4/99% (غلظت سرب اولیه 500 میلی¬گرم بر لیتر) و ظرفیت حذف سرب از 212mg/g به 745mg/g افزایش یافت. به¬منظور بررسی اثر برهمکنش فاکتورها بر حذف سرب، چهار فاکتور مهم ph، دما، غلظت سرب اولیه و مقدار تلقیح با روش طراحی سطح پاسخ مورد بررسی قرار گرفتند که طی آن، در سویه as2 درصد حذف سرب 99% و ظرفیت حذف سرب 891.2mg/g و در سویه as10 درصد حذف سرب 7/98% و ظرفیت حذف سرب 888.6mg/g افزایش یافت. بعد از بهینه سازی، آزمایش جذب زیستی سرب توسط دو سویه منتخب، بر روی پساب و خاک آلوده به سرب واقعی در طبیعت، انجام¬شد. حذف سرب موجود در پساب واقعی صنایع در شرایط بهینه، بوسیله سویه as2، با 4/98% و ظرفیت جذب 885mg/g و در سویه as10، با 2/98% و ظرفیت جذب 884mg/g صورت¬گرفت. همچنین، حذف سرب موجود در خاک¬ کشاورزی واقعی آلوده به این فلز در شرایط بهینه، بوسیله سویه as2، با 7/98% و ظرفیت جذب 888mg/g و در سویه as10، با 5/98% و ظرفیت جذب 886mg/g صورت¬گرفت. مکانیسم جذب سرب در دو سویه مورد بررسی قرار گرفت. حداکثر بازدهی حذف سرب در هر دو سویه، توسط باکتری فعال از نظر متابولیسمی رخ¬داد. نمونه¬فعال از نظرمتابولیسمی، علاوه بر اینکه از مکانیسم جذب زیستی همانند نمونه های غیرفعال برخوردار است، از روش تجمع زیستی نیز به منظور ذخیره فلز در درون خود استفاده می¬کند. جهت تعیین ظرفیت و مکانیزم جذب سرب توسط بیومس، ایزوترم¬های جذب سطحی مورد بررسی قرار گرفت. معادله¬های ایزوترم لانگمویر و فروندلیچ برای توصیف ریاضی جذب سطحی یون¬های سرب بر روی بیومس بکار می¬روند. از اینرو در این پژوهش، مدل¬های لانگمویر و فروندلیچ برای بررسی رابطه¬ی بین مقدار جذب سرب به وسیله بیومس و غلظت باقیمانده سرب در محلول تعادلی، مورد استفاده قرارگرفت. با توجه به نتایج بدست¬آمده از ایزوترم¬ها، مطابقت جذب سطحی این سویه ها با هر دو مدل لانگمویر و فروندلیچ اثبات¬شد و نتیجتأ، جذب سرب در سطح بیومس هم به صورت هموژن(یکنواخت) و هم هتروژن(غیریکنواخت) تشخیص داده¬شد و بنابراین ظرفیت جذب و شدت جذب در سطح بیومس بسیار بالا می¬باشد. ویژگی بیومس باکتریایی و مکانیسم¬های جذب زیستی با استفاده از روشهای sem و eds و mapping بررسی¬شد. pb(ii) جذب¬شده بر روی دو سویه مورد نظر با استفاده از eds آنالیز شد و مکانیسم تبادل یونی در طی جذب زیستی نمونه ها ثابت شد. با کمک عکس sem سطح دو باکتری مورد نظر مملو از فلز سرب نشان داد. قسمتهای نامشخص یا آسیب¬دیده و تغییر شکل¬یافته بوسیله یون فلزی نیز آشکار شد. در آزمایش دیگری، واجذب سرب از باکتری مورد بررسی قرار گرفت. 50% واجذب سرب از سویه as2 و 66% واجذب سرب از سویه as10 بدست¬آمد. در نهایت، سویه های جاذب سرب از محیط¬های آلوده، با استفاده از تکثیر و تعیین توالی ژن 16srrna شناسایی شدند. سویه as2 بیشترین شباهت (%99/99) را با bacillus aerius strain 24k و سویه as10 بیشترین شباهت (%89/99) را با bacillus tequilensis نشان¬دادند.

مطالعه ژئومیکروبیولوژی منطقه معدنی کوه زر با تاکید بر حذف زیستی سیانید
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1393
  زهرا خمر   علی مخدومی کاخکی

چکیده مدیریت زیست محیطی در معادن روش هایی ارائه می دهد که آلودگی زیست محیطی را کنترل و راهکارهایی برای کاهش آلودگی پیشنهاد می کند. یکی از این آلودگی ها استفاده از سیانید برای استحصال طلا در معادن است. جهت اصلاح و حذف سیانید روش های فیزیکی و شیمیایی زیادی به کار برده شده است اما به علت تولید مواد زائد وگران بودن آن روش ها، استفاده از روش های زیستی به علت دسترسی آسان به موجودات زنده از قبیل قارچ، جلبک، گیاهان و باکتری ها مناسب به نظر می رسد. در این پژوهش با استفاده از باکتری های جداشده از نمونه های پساب سد باطله معدن طلا زرمهر در استان خراسان رضوی در شمال شرق ایران اقدام به بررسی میزان حذف سیانید توسط این سویه ها شد. پس ازکشت نمونه های پساب که از نقاط مختلف حوضچه برداشت شده و کشت در محیط کشت-های مناسب حدود310سویه جدا شد. با انجام تست mic برروی این 310 سویه در محیط کشت انتخابی 5 سویه توانایی تحمل سیانید تا غلظت ppm350 را داشتند. از این 5 سویه ،2 سویه های bn7,og در کنار منبع نیتروژن عصاره مخمر قادر به حذف سیانید است. سه سویهbn1، dnbو dn(a) که از سیانید به عنوان تنها منبع نیتروژن استفاده کرده انتخاب و برای بهینه سازی میزان حذف با دو روش تک عاملی و پاسخ سطحی مورد بررسی قرار گرفتند. بررسی اثر فاکتور های مختلف از قبیل ph، دما، میزان تلقیح و غلظت اولیه سیانید آزاد در روش تک عاملی مورد مطالعه قرارگرفت و مشخص شد هر سه سویه bn1، dnbو dn(a) به ترتیب 66%، 50% و64% سیانید را درشرایط دمای oc25، غلظت سیانید ppm50، 5/9 :ph و میزان تلقیح (v/v) 5/2% بعد از 5 روز حذف می کنند. بعد از بررسی اثر برهمکنش فاکتورها بر میزان حذف سیانید برای سویه های مجزای bn1,dnb با روش طراحی سطح پاسخ با استفاده از چهار فاکتور ph، دما، میزان تلقیح و غلظت اولیه سیانید مشخص شد میزان حذف سیانید به ترتیب 57%، 68%افزایش یافت. بیشترین میزان حذف در محیط کشت مخلوط حاوی دو سویه bn1,dnb با میزان حذف 76% در شرایط بهینه تک متغیره رخ داد. پس از طراحی باکس بنکن برای co-cultureمیزان حذف به 80% افزایش یافت. درحذف سیانید از محلول حاصل از حوضچه باطله با استفاده از سویه های مورد نظر در غلظت های ppm25و50 مشخص شد که سویه ی bn1 کاراتر از دو سویه ی دیگر است.در حالت co-culture دو سویه یbn1, dnb میزان حذف 74% می باشد. در نهایت با استفاده از تکثیر و تعیین توالی ژن16s rrna سویه ای مورد نظر شناسایی شدند ومشخص شد bn1دارای 7/98% شباهت با سویه halomonas nitrilicus،dnb دارای 5/90% شباهت با سویه streptococcus lactarius ، dn(a) دارای 100% شباهت با سویه , pseudomonas alcalophila ، ogدارای 7/99% شباهت با سویه bacillus thuringiensis ،bn7 دارای 100% شباهت با سویه bacillus aerophilus می باشد. مطالعه ژئومیکروبیولوژی در منطقه معدنی کوه زر نشان می دهد باکتری ها بر حذف زیستی سیانید موثر بوده اند. مطالعه آلودگی آب نشان می دهدکه سیانید از سد باطله به درون آب های زیرزمینی نفوذ نکرده است. بررسی کیفیت آب براساس آنیون وکاتیون های اصلی با توجه به دیاگرام های مورد نظر نشان داد که از 6 نمونه آب، نمونه های آب w1، w2 و w6 از نظر شرب قابل قبول نمی باشد، آب زیرزمینی منطقه معدنی و چشمه فدیهه و قلعه جوق از نظر کشاورزی خیلی شور و نامناسب و تیپ آب برای نمونه های w1,w2,w3,w4,w5 ، na - hco3و نمونه ی,w6 na - cl می باشد. با توجه به نمودار گیبس منشا کاتیون ها و آنیون ها، هوازدگی و تبخیر مشخص شد.

جداسازی و شناسایی مولکولی باکتری های سرمادوست و مقاوم به سرما تولید کننده پروتئاز از ارتفاعات بینالود
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1393
  مریم محجوبین تهران   منصور مشرقی

بیشتر سطح زمین را اکوسیستم های سرد فرا گرفته اند. از جمله سرزمین های قطبی، کوهستان های مرتفع، یخچالهای طبیعی، اعماق اقیانوس ها، مناطقی که دما ممکن است تا چندین درجه زیر صفر برسد. در این مناطق میکروارگانیسم های سرمادوست (سایکروفیل) و سازگار با سرما (سایکروتولرانت) ساکن هستند. آنزیم های این میکروارگانیسم ها قادر هستند در دمای پایین با سوبسترا واکنش دهند و از اینرو کاربرد های زیادی خصوصا در صنایع غذایی و شوینده ها دارند. پروتئاز ها گروه مهمی از آنزیم ها به شمار می روند. پروتئاز های تولید شده توسط میکروارگانیسم هایی که در محیط های سرد زندگی می کنند، فعالیت بالایی در دماهای پایین نشان می دهند. . هدف از این پژوهش جداسازی و بررسی ویژگیهای باکتری های سرمادوست و مقاوم به سرما تولید کننده پروتئاز از ارتفاعات بینالود ایران بوده است. نمونه های خاک از ارتفاعات بینالود واقع در شمال شرق ایران جمع آوری گردید. جداسازی باکتریها در محیط کشت تریپتون سوی آگار صورت گرفته و به منظور تفکیک باکتریهای مقاوم به سرما تست دمایی انجام شد. فعالیت پروتئازی جدایه ها به صورت کیفی با استفاده از محیط skim milk agar با اندازگیری هاله شفاف سنجش گردید. در مجموع از میان 240 جدایه جداسازی شده، 41% میانه دوست، 51% جدایه مقاوم به سرما و 8% سرمادوست می باشند که دو گروه اخیر 70% فعالیت پروتئازی نشان دادند. فعالیت پروتئازی 14 جدایه که بالاترین قطر هاله را نشان دادند، به صورت کمی براساس روش kuntiz بررسی شد، که بین مقدار 0.021 و0.391 واحد آنزیمی متغیر بود. دو جدایه atr48 و atr812 که بیشترین تولید را نشان دادند برای بهینه سازی تولید پروتئاز با دو روش تک متغیره و چند متغیره (روش سطح پاسخ) انتخاب شدند. در مجموع با بهینه سازی تولید جدایه atr48 از 0.39 واحد آنزیمی به 3.02 واحد آنزیمی و جدایه atr812 از 0.3 واحد آنزیمی به 2.54 واحد آنزیمی رسید. در نهایت جدایه های برتر به صورت مولکولی شناسایی گردیدند.

جداساطی و شناسایی باکتری های سرما دوست و مقاوم به سرما تولید کننده آنزمی آمیلاز از ارتفاعات بینالود
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم پایه 1393
  راضیه قاضی بیرجندی   معصومه بحرینی

حدود 85% زمین به وسیله اکوسیستم های سرد اشغال شده که شامل دریاهای عمیق، نواحی قطبی و ارتفاعات است. 80% بیوسفر و 90% از محیط دریایی دمای زیر°c 5 را دارند. آنزیم های فعال در سرما، فعالیت کاتالیتیکی بالایی در درجه حرارتهای پایین و متوسط دارند. آمیلاز یکی از مهمترین آنزیم های صنعتی است و تقریبا 25% کل فروش آنزیم ها مربوط به آمیلاز است. آنزیم آمیلاز متعلق به گروه هیدرولازها است و پیوندd ?(1-4) گلیکوزیدی را در زنجیره خطی نشاسته هیدرولیز می کند. در این پژوهش به منظور جداسازی و شناسایی باکتری های سرما دوست و مقاوم به سرما تولید کننده آنزیم آمیلاز از ارتفاعات مختلف کوه های بینالود نمونه برداری صورت گرفت و بعد از تهیه رقت های مختلف از نمونه خاک، کشت در محیط عمومی tsa صورت گرفت و نمونه ها در دماهای 4، 8 و20 درجه سانتی گراد گرماگذاری شدند. از 202 جدایه بدست آمده، 62/37% از آنها دارای فعالیت آمیلازی بودند. پس از انجام سنجش کمی، دو جدایه btr84 و atr812 به منظور بهینه سازی شرایط مختلف رشد و تولید آنزیم انتخاب شدند. پس از انجام بهینه سازی برای فاکتورهای دما،ph ، منبع کربن، منبع نیتروژن، درصد نشاسته و میزان تلقیح فعالیت آنزیم در جدایه btr84 به 38/0و در جدایه atr812 به 116/0 واحد فعالیت آنزیمی رسید. به منظور بررسی اثر برهم کنش بین فاکتورها در تولید آنزیم بهینه سازی به روش طراحی روی سطح پاسخ صورت گرفت و در نهایت فعالیت آنزیم در جدایه btr84 به 01/2 و در جدایه atr812 به 434/0 واحد فعالیت آنزیمی افزایش یافت. تکثیر و تعیین توالی ژن 16s rdna برای 5 جدایه btr84، atr812، btr209، atr2051، btr821 صورت گرفت که به ترتیب جنس های pedobacter، janthinobacterium، flavobacterium،agromyces و pseudomonas تعلق دارند.

شناسایی مولکولی باکتری های تجزیه کننده دی بنزوتیوفن
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده علوم 1393
  نعیما پرتانیان   بهار شهنواز

احتراق سوخت های حاوی گوگرد منجر به تشکیل آلاینده های هوا نظیر دی اکسید گوگرد، ایجاد باران های اسیدی و مشکلات تنفسی می شود. از آن جایی که جداسازی گوگرد از کلیه ترکیبات سولفوردار موجود در سوخت های هیدروکربنی، با استفاده از روش های مرسوم کنونی (نظیر سولفورزدایی با استفاده از هیدروژن) امکان پذیر نمی باشد و روش hds نیازمند دما و فشار بالا و درنتیجه انرژی زیادی است، چندین سال است که استفاده از روش های زیستی جهت رسیدن به این هدف مطرح شده و مورد مطالعه و تحقیق قرار گرفته است. سولفورزدایی زیستی از مسیر 4s در شرایط معتدل ، بدون تولید محصولات مضر و بدون تاثیر در اکتا ن نفت عمل می کند. آنالیز گیبس و سنجش باftir و uv-vis spectroscopy برای تایید و تعیین محصول دسولفوره دو-هیدروکسی بی فنیل (2hbp) انجام شد.