هدف از انجام این تحقیق سنجش و مقایسه کارایی نسبی بیمارستان های عمومی تحت نظارت دانشگاه علوم پزشکی مشهد به روش تحلیل پوششی داده ها و بررسی رابطه بین نتایج ارزشیابی این دسته از بیمارستان ها با کارایی نسبی است. در این پژوهش کارایی نسبی هفده بیمارستان عمومی خراسان رضوی که تحت نظارت دانشگاه علوم پزشکی مشهد هستند، تعیین می گردد و بیمارستان های ناکارای نسبی بر اساس مقایسه با بیمارستان هایی که در مرز کارا فعالیت می کنند مشخص می شوند. برای این منظور از مدل تحلیل پوششی داده های bcc ورودی-محور اصلاح شده استفاده می گردد. دو عامل "تعداد پزشک" و "تعداد پرسنل کادر پرستاری (شامل پرستار، بهیار و کمک بهیار)" به عنوان نهاده و سه عامل "نسبت روز-بستری به تخت فعال"، "تعداد مراجعینی که به صورت سرپایی تحت درمان بوده اند" و "تعداد کل اعمال جراحی (شامل اعمال جراحی عادی و اورژانس)" به عنوان ستانده در نظر گرفته شده اند. پس از تجزیه و تحلیل داده ها، مقادیر کارایی نسبی هر بیمارستان در دو حالت بازده به مقیاس ثابت و متغیر مشخص می گردد. بر این اساس در حالت بازده به مقیاس متغیر تعداد شش بیمارستان، ناکارای نسبی تشخیص داده شده است و میانگین کارایی فنی برابر با 0.823، کارایی مدیریتی 0.931 و کارایی مقیاس 0.881 برای بیمارستان های عمومی تعیین می شود. نحوه الگوبرداری بیمارستان های ناکارا از واحد های مجازی کارا نیز بر اساس متغیرهای تعیین شده مدل شرح داده می شود. در بخش دوم این مطالعه، ارتباط بین نتایج ارزیابی عملکرد بیمارستان های عمومی دانشگاه علوم پزشکی مشهد بر مبنای اندازه گیری کارایی با روش تحلیل پوششی داده ها و ارزیابی عملکرد بر مبنای امتیازات ارزشیابی بیمارستان های عمومی بر اساس محورهای ارزیابی مصوب، آزمون شده است. نتایج تحلیل آماری حاکی از عدم وجود ارتباط خطی معناداری بین دو سیستم ارزیابی عملکرد می باشد، بنابراین می توان گفت نظام فعلی ارزیابی عملکرد که بر مبنای امتیاز دهی محورهای از پیش تعیین شده می باشد، قادر به پیش بینی و رتبه بندی کارایی نسبی بیمارستان های عمومی تحت نظارت دانشگاه علوم پزشکی مشهد نیست.