نام پژوهشگر: فرزانه صباحی

طراحی و توسعه تکنیک nasba-elisa برای تشخیص عفونت ویروس نقص ایمنی انسان در خون
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1387
  مریم شهرابی فراهانی   مهدی فروزنده مقدم

چکیده طی دو دهه اخیر روشهای تشخیص hiv نقش مهمی را در حفظ سلامت در جهان ایفا کرده اند. روشهای مولکولی با حساسیت بالا نیز که اخیرا توسعه یافته اند قادرند عفونت را در مراحل بسیار ابتدایی نیز تشخیص دهند ؛ اما بسیاری از این تکنولوژی ها در کشور های در حال توسعه به دلایل اقتصادی قابل اجرا نیستند ؛ ولی چنانچه از هزینه های مربوط به این روشها کاسته شود استفاده از انها میسر می شود . با شروع عفونت hiv-1 اولین مارکر خونی که نشانه ای ازوجود عفونت است rna ویروسی می باشد. از میان روشهای موجود که شناسایی rna را هدف قرار می دهند متداول ترین تکنیک ها nasba و rt-pcr می باشند . nasba یک روش تکثیر هموژن و تکدماست که از عملکرد هم زمان سه انزیم و دو پرایمر برای تکثیر توالی هدف استفاده می کند. nasba مزیتهای متعددی نسبت به rt-pcr ارائه می کند. nasba یک روش تکدما است که نیاز به استفاده از انزیم های مقاوم حساس به حرارت و دستگاه ترمال سایکلر را برطرف می سازد. بنابراین سنجشی مبتنی بر nasba برای تشخیص hiv-1 rna بنا نهاده شد و روش اشکارسازی محصولات نیز elisa قرار داده شد . با وارد کردن نوکلئوتید 11-dig-utp در مخلوط واکنش rna های تولیدی نشاندار شد. محصولات nasba وارد فرایند elisa شد که در ان یک کاوشگر متصل به بیوتین به محصولات در فاز مایع متصل می شود . هیبرید ها rna-dna به یک پلیت میکروتیتر پوشانده شده با اویدین منتقل شدند و اشکارسازی نهایی به روش رنگ سنجی با اضافه کردن کونژوگه انتی دیگوکسی ژنین- پراکسیداز و سوبسترای 2و2 ازینو دی 3 اتیل بنز تیازولین سولفونات صورت گرفت . روشی که تشریح شد قابل انطباق بر ازمایشگاههای تشخیصی می باشد .

آنالیز ژنومی کامل ایزوله های1a hcv در بیماران ایرانی مراجعه کننده به بیمارستان طالقانی تهران
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده پزشکی 1390
  سید داوود موسوی نسب   فرزانه صباحی

عفونت با ویروس هپاتیت c به عنوان یک معضل مهم کلینیکی در سراسر جهان رو به گسترش است. گسترش شیوع این ویروس بسیار وسیع و به وسعت جهان می باشد. طبق آمار سازمان بهداشت جهانی بیش از 170 میلیون نفر در دنیا مبتلا به هپاتیت c هستند. شیوع این ویروس در ایران کمتر از 1 درصد از کل جمعیت کشور پیش بینی شده است که این درصد معادل 300-200 هزار نفر مبتلا در ایران است ویروس هپاتیت c عضوی از جنس هپاسی ویروس و متعلق به خانواده فلاوی ویریده است. ژنوم این ویروس به صورت تک رشته ای با پلاریته مثبت و بسیار متغیر می باشد. ویروس هپاتیت c از 6 ژنو تیپ اصلی و چندین تحت تیپ تشکیل شده است. اهمیت ژنو تیپ های مختلف در نوع ایجاد بیماری مزمن و مقاومت دارویی مشخص شده است. در مناطق مختلف دنیا ژنوتیپ های مختلفی از این ویروس مشاهده شده است. با توجه به نتایج مختلف به نظر می رسد ژنوتیپ اصلی در کشور ما ژنوتیپ 1 باشد و تنها 40 تا 50 درصد بیماران آلوده به ژنوتایپ 1 به این درمان ترکیبی پاسخ میدهند. آنالیز فیلوژنی سکانس کامل ویروس برای طبقه بندی صحیح مورد نیاز می باشد. تعیین ژنوتیپ ابزار مفیدی برای مشخص کردن اپیدمیولوژی مولکولی می باشد. اساس تقسیم بندی ژنوتایپ های hcv در بسیاری از مطالعات، توالی نوکلئوتیدی ناحیه ns5b می باشد. در چندین سال گذ شته مطالعاتی براساس بررسی آنالیز ژنومی کامل شروع شده است. استفاده ازسکانس ژنومی کامل hcv به عنوان یک استاندارد طلایی برای مشخصص کردن ژنوتایپ و ساب تایپ می باشد. روش ها: به منظور به دست آوردن کل سکانسhcv از بیماران ایرانی، پس از مطالعه فراوان و به کار گرفتن مجموعه های مختلفی از پرایمر های اختصاصی به این نتیجه رسیدیم که طراحی 8 قطعه همپوشان که کل ژنوم hcv را در بر بگیرد بهترین استراتژی برای به دست آوردن سکانس کامل ژنوم این ویروس می باشد نتایج: دراین مطالعه مشاهده شد که نتایج بدست آمده بوسیله آنالیز کامل ژنومی به آنالیز ناحیه ns5b نزدیکتر است تا به ناحیه ncr. آنالیز تشابه توالی اسید نوکلئیک و اسید آمینه ای نشان می دهد که بین این ایزوله ها و سایر ایزوله ها تشابه فراوانی وجود دارد. بحث: ژنوتایپینگ براساس این ناحیه جواب های با صحت بالاتری به ما می دهد. و قابل ذکر است که در نمونه های ایرانی بررسی شده نوترکیبی وجود نداشت. و مشاهده گردید که طبق مطالعات گذشته ژنوتیپ 1 به ژنوتیپ 4 نزدیکتر می باشد.

ساخت سازه ژنی جهت بیان پروتئین l-hdag هپاتیت دلتا در رده سلولیhuh7
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده پزشکی 1391
  بهناز فروهر کلخوران   فریدا بهزادیان

ویروسhdv دارای دو آنتی ژن می باشد. یک آنتی ژن 24 دالتونی با نام s-hdag و آنتی ژن 27 دالتونی به نام l-hdag . این دو آنتی ژن کاملا شبیه هم هستند با این تفاوت که l-hdag ، 19 اسید آمینه اضافی در c ترمینال دارد. s-hdag در همانند سازی و ورود ویروس به هسته و l-hdag برای بسته بندی ویروس و پایان همانند سازی مورد نیاز می باشند. در این تحقیق، تکنیک جهش زایی هدفدار بر پایهpcr و به روش overlap extention، طی سه مرحله و با دو جفت پرایمر مختلف بر روی cdna این ویروس انجام شد. قطعه dna حاصل در وکتور واسطه کلون شده و بعد از تأیید تغییرات اعمال شده توسط توالی یابی، در وکتور بیان pcdna3.1- و در سلولهای huh7 و hek293 بیان گردید. سنجش پروتئین حاصله توسط ایمیونوسایتو شیمی و الکتروفورز بر روی ژل پلی آکریل آمید در حضور سدیم دودسیل سولفات (sds-page) و westernblot با استفاده از آنتی بادی حاصل از سرم بیمار که دارای تیتر مناسبی برای hdvag بود انجام پذیرفت. با توالی یابی hdvag جهش یافته، صحت انجام مراحل جهش زایی و کلونینگ تأیید گردید. بیان این پروتئین نو ترکیب در سلولهای hek293 و huh7به خوبی صورت گرفته و روش های انجام شده جهت سنجش محصول بیان نیز ماهیت آن را تأیید نمودند. در این پژوهش سعی شده تا آنتی ژن نوترکیبی ((l-hdag از ویروس تولید شود. این آنتی ژن را می تواند در طراحی کیتهای تشخیصی، مطالعات ایمونولوژیک از قبیل dna vaccine وهمچنین از این ساختار می توان برای ساخت وکتور(جهت انتقال قطعات ژنومی از قبیل رایبوزوم) و سایر مطالعات در مورد ویروس دلتا به نحوی که این آنتی ژن در آن دخیل می باشد، مورد استفاده قرار داد. کلمات کلیدی:hdv, soeing-pcr , l-hdag

شناسایی عفونت hcmv در نمونه های مختلف بافتی تومورهای مغزی گلیوما
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1392
  محمدرضا جباری   فرزانه صباحی

مقدمه: ویروس سایتومگال انسانی (hcmv) بتاهرپس ویروسی است که باعث عفونت پایدار در افراد شده و بیماریهای شدیدی را در جنین و افراد مبتلا به نقص سیستم ایمنی ایجاد میکند. اگر چه hcmv به عنوان یک ویروس عامل در سرطانهای انسانی شمرده نمیشود، مطالعات جدید نشان می دهد عفونت با hcmvممکن است به طور اختصاصی باعث بعضی از سرطانهای انسانی از جمله گلیوما باشد.گلیوما یکی از شایعترین سرطانهای مغزی است که در کودکان و بزرگسالان دیده می شود و دارای 4 grade است. در این پژوهش در راستای شناسایی و تشخیص عفونت با ویروس سایتومگال انسانی (hcmv) در نمونههای گلیومای مغزی، روش real-time pcr و ihc راهاندازی شد و مورد استفاده قرار گرفت. مواد و روشها: نمونه های پارافینه تومور مغزی گلیوما از بیماران مراجعه کننده به بخش جراحی اعصاب بیمارستان امام خمینی انتخاب و به قطعات 5 میکرومتری برش داده شدند. از این قطعات برای استخراجdna و انجام ihc استفاده شد. از آنتی بادیpp65 و ie72-86 سایتومگالوویروس انسانی برایihc استفاده شد. پس از طراحی آغازگرهای اختصاصی برای ناحیه us28hcmv اقدام به بهینه سازی و انجام واکنش realtimepcr گردید. نتایج: نتیجه real- time pcr کیفی روی 4 بیمار از 18 بیمار (2/22) مثبت شد.همچنین13نفر از 18 بیمار از نظر pp65 (72 %) و 7 نفر از 18 بیمار (39 %) از نظر ie72-86 سایتومگالو ویروس انسانی مثبت شدند. نتیجهگیری: این اولین مطالعه جهت ردیابی وجود ژنها و پروتئینهای سایتومگالوویروس انسانی در نمونههای مغزی بیماران مبتلا به گلیوما در ایران است.این مطالعه نشان داد که پروتئینهای سایتومگالوویروس انسانی در بیشتر تومورهای مغزی گلیومی بیان میشوند.با توجه به یافتههای این گزارش و گزارشات دیگران مطالعات گستردهتری با استفاده از روشهای دیگر تشخیصی پیشنهاد می گردد.

آماده سازی یک سازه ژنی بر پایه ژنوم ویروس هپاتیت d حاوی shrna علیه هپاتیت b و بررسی کارایی آن در سلولهای آلوده
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1392
  حسام میرشهابی   فرزانه صباحی

هپاتیت b یکی از شایع ترین بیماریهای کبد در جهان می‎باشد، که عامل ایجاد کننده آن عفونت با ویروس هپاتیت b (hbv) است. محدودیت‎های موجود در درمان hbv به همراه پیشرفت‎هایی که درزمینه بیولوژی مولکولی hbv اتفاق افتاده، تلاشها را برای کشف شیوه‎های جدید در مهار تکثیر hbv افزایش داده است. ژنوم بسیار فشرده و هم‎پوشان با عملکردهای مختلف باعث شده تا hbv به عنوان یک هدف مناسب برای درمان بر پایه هیبریداسیون اسید نوکلئیک از جمله rnaiقرار بگیرد. hdv به طور طبیعی فقط هپاتوسیت ها را آلوده می‎کند. بعضی از مطالعات انجام گرفته پیشنهاد می‎کنند که hdv نوترکیب می‎تواند به عنوان یک ابزار موثر برای تحویل اختصاصی رایبوزایم، sirna یا سایر rnaهایی که از لحاظ بیولوژیکی فعال هستند، عمل نموده و بافتها و یا سلولهای آلوده به hbv را هدف قرار دهد. در این پژوهش ابتدا با غربالگری 5sirna علیه ژنوم hbv ،2 sirna کارآمد جهت مهار تکثیر ویروس hbv با استفاده از روشهای الایزا و real-time pcr انتخاب شدند. در مرحله بعد، از mrna تغییر یافتهhdv ، به عنوان یک وکتور برای تحویلshrna های معادل sirnaهای انتخاب شده به سلولهای آلوده به hbvاستفاده گردید. برای این منظور ابتدا ناحیه مورد نظر در ژنوم hdv برای وارد نمودن توالی shrna انتخاب شد که در انتهای mrnas-hdag می باشد. همچنین توالی shrna در یک توالی پوشاننده از اینترون صناعی قرار داده شد تا بوسیله فرآیند splicing از انتهای mrna آزاد شود. با استفاده از روش pcr هم پوشان قطعه حاوی s-hdag/intronic shrna تولید شد و پس از کلون کردن در وکتور بیانی، اثر مهاری آن بر تکثیر hbv مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج این پژوهش برای اولین بار نشان داد hdv mrna توانایی انتقال توالیintronic shrna را به سلولهای huh-7 دارد و پس از پردازش بوسیله فرآیند splicing می تواند تولید rna و پروتئین های hbv را مهار نماید. بنابراین از این شیوه می توان در تولید ژنوم نوترکیب hdv حاوی توالی shrnaعلیه ویروس hbv و همچنین سایر اختلالات کبدی استفاده کرد.

بررسی اثر عصاره آبی گیاه sumac) rhus coriaria l )روی همانند سازی ویروس هپاتیت b در محیط آزمایشگاه
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1392
  امین فرزانگان قرابلاغ   فرزانه صباحی

مقدمه: عفونت ویروسی هپاتیت b می تواند باعث هپاتیت حاد و مزمن، سیروز کبدی و کارسینوما کبدی hcc در انسان شود. بیماران مبتلا به هپاتیت b مزمن بوسیله ifn-? و آنالوگ های نوکلئوزیدی مانند لامیوودین تحت درمان قرار می گیرند اما این داروها دارای عوارض جانبی می باشند و همچنین جهش های ایجاد شده در ژنوم ویروس باعث ایجاد سوش های مقاوم به دارو می شود. بنابراین درخواست برای درمان بهتر و جدید وجود دارد. گزارش های زیادی از ترکیبات گیاهی دارای اثرات بالقوه در پیشرفت روش های جدید برای مقابله با بیماریهای غیر قابل درمان بدست آمده است. سماق از جمله گیاهانی است که تحقیقات بر روی آن اخیرا در حال انجام است. هدف: هدف از این مطالعه بررسی اثر مهاری عصاره آبی سماق روی تکثیر ویروس هپاتیت b در محیط آزمایشگاه است. مواد و روش ها: اثر ضد hbv عصاره آبی سماق در رده سلولی huh-7 ترنسفکت شده با پلاسمید pch-9/3091 ارزیابی شد. ابتدا میزان سمیت عصاره سماق روی سلولهای huh-7 توسط روش mtt assay مورد ارزیابی قرار گرفت. بعد از بدست آوردن غلظت عصاره با خاصیت غیر سمی بر روی سلولهای huh-7 از آن برای بررسی تیمار سلولهای ترنسفکت شده مورد استفاده قرار گرفت. برای بررسی میزان اثر درمانی عصاره آبی سماق از اندازه گیری پروتئین hbsag (که به طور مستقیم نشان دهنده میزان تکثیر ویروس می باشد) از روش الایزا در زمانهای مختلف با غلظت های مختلف عصاره استفاده شد. یافته ها: نتایج نشان میدهد که مقدار hbsag در گروه تیمار شده با غلظت های عصاره آبی سماق در مقایسه با گروه کنترل تیمار نشده با عصاره آبی سماق کاهش قابل توجهی را نشان داد. همچنین میزان کاهش قابل توجه در hbsag در سلولهای تیمار شده با غلظت های مختلف عصاره با گروه کنترل مثبت که سلولهای تیمار شده با لامیوودین می باشد، مشاهده شد. نتیجه گیری: در مجموع مطالعه ما نشان میدهد که سماق دارای فعالیت ضد hbv در شرایط آزمایشگاه می باشد. این مطالعه فواید جدیدی از عصاره این گیاه و اثرات آن روی سلولهای huh-7 ترنسفکت شده با پلاسمید را نشان می دهد.

اثر پروتئازی پروتئین ns3 ویروس هپاتیت c در بیان ژنهای ایجاد کننده پاسخ ضد ویروسی در رده هپاتوسیت
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1393
  زهرا خانلری   فرزانه صباحی

هدف: تقریبا حدود 3 درصد از جمعیت جهان دارای عفونت هپاتیت c هستند و تخمین زده می شود که فقط یک نفر از پنج نفری که به تازگی عفونی شده اند یک پاسخ ایمنی کافی را برای پاکسازی عفونت داشته باشد. شکست پاسخ ایمنی میزبان حداقل بطور نسبی به علت توانایی ویروس در مخالفت با تولید و انتقال سیگنال از طریق اینترفرون های تیپ یک است. اغلب مطالعات نشان داده اند که ns3/4a پروتئاز ویروس هپاتیت c پاسخ اینترفرون را حذف می کند. مواد و روش ها: در این پژوهش اثر چهار سازه مختلف بیان کننده پروتئین ns3 بر بیان ژن های القا شونده توسط اینترفرون مورد بررسی قرار گرفت. این سازه ها شامل wtns3 بیان کننده پروتئاز ویروسی، muns3 بیان کننده پروتئین فاقد فعالیت پروتئازی، ns3/4a بیان کننده پروتئاز ویروس به همراه پروتئین ns4a و tns3 بیان کننده پروتئاز ویروس که بوسیله یک توالی مربوط به سیتوکروم b5 به غشاهای داخل سلولی تارگت شده بود. پس از ساختن این سازه ها، سلول های hepg2 با آن ها ترنسفکت شد سپس سلول ها با اینترفرون تایپ یک مجاور شده و گروهی از سلول ها با داروی ضد پروتئازی boceprevir مجاور شدند. پس از استخراج rna سلولی بیان ژن های تحریک شونده با اینترفرون مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: بیان ژن های تحریک شونده بوسیله اینترفرون در اثر فعالیت پروتئازی ns3 سازه های wtns3، tns3 و ns3/4a مختل شد. درحضور muns3 تغییر بیان در این ژن ها مشاهده نشد. حضور boceprevir باعث بیان این ژن ها شد. نتیجه گیری: فعالیت پروتئازی پروتئین ns3 نقش اصلی در سرکوب پاسخ ایمنی ذاتی دارد. همچنین نشان داده شد که پروتئین ns4a اثری در این فرآیند ندارد و احتمالا نقش آن در تثبیت و قرار دادن ns3 بر روی غشاهای لیپیدی دولایه است.

ساخت مینی ژنوم ویروس سرخک بر اساس تکنولوژی ژنتیک معکوس
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1393
  مصطفی قادری   فرزانه صباحی

در دهه های اخیر، روش ژنتیک معکوس به طور گسترده برای رها سازی ویروس های rna دار زنجیره منفی از مولکول cdna یا رهایی مینی ژنوم های ویروسی استفاده شده است. این تکنیک برای مطالعه مراحل مختلف تکثیر ویروس و واکنش های متقابل ویروس با میزبان بکار گرفته شده است. ژنتیک معکوس همچنین می تواند برای طراحی واکسن های جدید مورد استفاده قرار گیرد. در مورد رهایی ویروس های rna دار زنجیره منفی فعالیت آنزیم t7 rna polymerase بعلاوه پروتئین های ویروس شامل نوکلئوپروتئین (n)، فسفوپروتئین (p) و پلیمراز (l) برای رهایی ویروس و یا مینی زنوم ویروس ضروری هستند. ویروس سرخک یک ویروس rna دار زنجیره منفی است که ژنوم و نیز مینی ژنوم آن از مولکول cdna آنتی ژنومی ویروس سرخک رها شده است.اهداف: در این پژوهش، ما ساخت یک رده سلول کمکی را برای رهایی مینی ژنوم ویروس سرخک طراحی کردیم. این رده سلول کمکی بطور پایدار آنزیم t7 rna polymerase بعلاوه پروتئین های n و p ویروس سرخک را از طریق مولکول mrna سه سیسترونی بیان می کند.مواد وروش کار: برای رهایی مینی ژنوم ویروس سرخک سلول کمکی پایدار توسط وکتور بیانی سه سیسترونی ساخته شد که آنزیم t7 rna polymerase بعلاوه پروتئین های n و p ویروس سرخک را بیان می کرد. برای ساخت وکتور سه سیسترونی ژن t7 rna polymerase بعد از پروموتر cmv کلون شد و پروتئین های n و p تحت کنترل توالی ires (محل ورود ریبوزوم داخلی) کلون شدند.نتایج: نتایج ما دلالت بر این دارند که مینی ژنوم ویروس سرخک می تواند در این رده سلول کمکی بعد از ترنسفکشن همزمان با پلاسمید حاوی ژن پلیمراز l ویروس سرخک رها شود.بحث: توسط این سیستم مینی ژنوم ویروس سرخک رهایی یافت. مطالعات بیشتری برای بهبودی کارایی رهایی مینی ژنوم ویروس سرخک ضروری است. این احتمالا از طریق ترنسفکت همزمان مینی ژنوم ویروس سرخک همراه با وکتور سه سیسترونی و پلاسمید حاوی ژن پلیمراز ویروس سرخک امکان پذیر است.

بررسی اثر پروتئین ns3 ویروس هپاتیت c بر القای بیان مارکرهای hsp70 و glypican3 هپاتوسلولارکارسینوما
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1393
  سپیده صائب   فرزانه صباحی

گزارش شده است که پروتئین های core, ns3, ns4b, ns5a ویروس هپاتیت c پتانسیل تومورزایی را در کشت سلولی و سیستم های حیوانی آزمایشگاهی نشان داده اند . پروتئین ns3 نقش کلیدی در چرخه زندگی ویروس دارد و بر فعالیتهای نرمال سلولی نظیر پرولیفراسیون ، مرگ سلول و مسیرهای پیام رسان سلول موثر است . دو پروتئین انتخاب شده در این تحقیق یعنی hsp70 و glypican3 از جمله پروتئین های مهم در مسیرهای سلولی می باشند . هدف: هدف از این مطالعه بررسی اثر پروتئین ns3 ویروس هپاتیت c بر القای بیان مارکرهای hsp70 و glypican3 سرطان کبد در مدل موشی بالب سی می باشد . نتایج: نتایج نشان می دهد که میزان بیان ژن های انتخاب شده در گروه تست ، به نسبت گروه کنترل مثبت دارای کاهش معنی دار می باشد . بحث: به نظر می رسد پروتئین ns3 نتوانسته اثر تحریکی بر بیان ژن های انتخاب شده داشته باشد. با توجه به نتایج به دست آمده درباره نقش پروتئین ns3 در تغییر مسیرهای پیام رسانی سلول ، بررسی اثر ns3 بر سایر پروتئین های دخیل در مسیرهای پیام رسانی ، مطالعه دومین های مختلف این پروتئین ، مطالعات آسیب شناسی و بافت شناسی ، تغییر در متد انجام آزمایشات ، لحاظ کردن نقش کوفاکتوری ns4a و استفاده از وکتورهایی با پایداری بیشترپیشنهاد می شود .

تشخیص همزمان ویروس hiv-1 و ویروس hcv با استفاده از تکنیک real-time nasba
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پزشکی 1386
  مهدی پریان نوغانی   مهدی فروزنده مقدم

چکیده ندارد.

توسعه یک real-time pcr چندگانه جهت تشخیص همزمان ویروسهای لوسمی سلولهای tانسانی و ویروس هپاتیت b با استفاده از پروب های molecular beacon
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1387
  وحید کیا   مهدی فروزنده مقدم

یکی از مشکلات قابل توجه در زمینه انتقال خون و فرآورده های خونی، می توان به خطر انتقال عوامل عفونی از جمله ویروس هپاتیت b و ویروس لوسمی سلول های t انسان (htlv) و … اشاره کرد. از راهکارهای قابل توجهی که تاکنون برای رفع این مشکل ارائه شده است و به کاهش میزان انتقال این عوامل عفونی کمک کرده است، می توان به طراحی آزمایش های سرولوژیکی حساس برای غربالگری آنتی ژن سطحی ویروس هپاتیت b (hbs ag) و آنتی بادیهای تولید شده htlv اشاره کرد. با این حال باز مواردی از ابتلای افراد به این عوامل گزارش شد که از جمله علل آن می توان به تغییرات آنتی ژنیک ویروس، آلودگی با سروتیپ های مختلف ویروسی، ناقلان خاموش از نظر ایمونولوژیکی یا ناقلین پنهان و یا نبود آنتی بادی در مراحل اولیه بیماری اشاره کرد.در دهه اخیر، به منظور رفع این مشکل، روشهای مبتنی بر اسیدنوکلئیک (nucleic acid testing: nat) برای شناسایی نوکلئیک اسید ویروسها (dna یا rna) توسعه یافته اند. از مزایای nat می توان به بررسی مستقیم و اختصاصیت بسیار زیاد آن برای ژنوم یک عامل عفونی و تعیین میزان بار گیری ویروس در خون، نسبت به روشهای سرولوژیک یا روشهای جداسازی ویروس (به منظور شناسایی آن عامل عفونی) اشاره کرد.اگرچه امکان انجام و کارآیی بالای nat برای غربالگری خونهای اهدایی به اثبات رسیده است، با اینحال استفاده از آن در مقیاس وسیع به صورت محدود بوده که از دلایل آن به هزینه زیاد و وقتگیر بودن می توان اشاره کرد. در این تحقیق با استفاده از روش multiplex real-time pcr و با استفاده از پروب های molecular beacon که هر یک مختص توالیهای کاملاً حفاظت شده هر ویروس بوده و هر کدام با رنگ فلورسنت خاصی نشاندار شده، این دو ویروس را تشخیص داده و همچنین توانستیم با تهیه استانداردهای پلاسمیدی و رسم منحنی استاندارد،روشی را برای تعیین میزان بار گیری این ویروس ها در خون اندازه گیری کنیم

بررسی جهش های نوکلئوتیدی در مناطق ns5a و e2 از ویروس هپاتیت c ژنوتایپ a1 و ارتباط آن با پاسخ به درمان ترکیبی اینترفرون و ریباویرین
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1387
  ندا یاهو   فرزانه صباحی

مقدمه: ویروس هپاتیت c یکی از عوامل اصلی ایجاد بیماری مزمن کبدی و سرطان کبد است. درمان ترکیبی با پگ اینترفرون و آنالوگ نوکلئوزیدی ریباویرین در بسیاری از بیماران منجر به پاکسازی ویروس می شود. یکی از ژن های القاء شده توسط اینترفرون ، پروتئین کیناز r است. تاثیر ضد ویروسی این پروتئین به علت تعامل با یکی از عوامل شروع ترجمه به نام eif2? و در نتیجه ممانعت از سنتز پروتئین می باشد. به نظر می رسد پروتئین های e2 و ns5a می توانند در ممانعت از سنتز پروتئین توسط این کیناز اختلال ایجاد کند به طوری که موتاسیون های این مناطق با حساسیت به درمان همراه می باشد. بنابراین هدف از این مطالعه، تعیین موتاسیون ها و حفاظت سکانس های آمینواسیدی نواحی e2-pephd ، ns5a-pkr bd وv3 ns5a- در بیماران مبتلا به ویروس هپاتیت c قبل و بعد از درمان است. روش ها: جداسازی rna ویروس از پلاسمای 24 بیمارکه اینترفرون و ریباویرین دریافت می کردند، انجام شد. این بیماران بر اساس پاسخ به درمان به دوگروه پاسخ دهنده به درمان و غیر پاسخ دهنده به درمان تقسیم شدند. طی واکنش rt- nested pcr ، ژنوم ویروس به cdna تبدیل شد و با پرایمرهای اختصاصی تکثیر قطعه مورد نظر انجام شد. محصول pcr توالی یابی شد و داده های آن توسط نرم افزارهای مختلف از جمله chromas ، seqmanو mega4 بررسی شدند و درخت فیلوژنتیکی رسم شد. نتایج: بررسی های فیلوژنتیکی توالی آمینواسیدی نشان داد که ارتباطی بین توالی پروتئینی و پاسخ به درمان وجود ندارد. با مقایسه بین توالی های قبل از درمان و هفته چهار درمان تفاوت قابل ملاحظه ای یافت نشد. بحث: این مطالعه نشان داد که منطقه pephd در افراد درمان شده و درمان نشده حفاظت شده است. تعداد موتاسیون های ns5a در دو گروه تفاوت معنی داری نشان نمی دهد. بنابراین بررسی توالی آمینواسیدی این مناطق ابزار مناسبی برای پیش بینی نتایج درمانی با اینترفرون و ریباویرین نمی باشد.

بکارگیری آزمایش الیزا به منظور نشان دادن igg ضد ویروس اوریون و مقایسه آن با آزمایش خنثی سازی سرم
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1379
  رزیتا عدالت   فرزانه صباحی

ویروس اوریون عامل یک بیماری واگیردار می باشد که بیشتر در کودکان و نوجوانان دیده می شود. و معمولا بی خطر است . این بیماری همراه با عوارض مختلف به ویژه در بزرگسالان می باشد. igg اختصاص علیه ویروس اوریون فرد را در برابر عفونت مجدد حفاظت می کند. کنترل انتقال ویروس به دلیل متغیر بودن دوره کمون، حضور ویروس در بزاق قبل از علائم بالینی توسعه یافته و تعداد زیاد افراد بدون علائم مشکل می باشد. بنابراین تقریبا تنها راه کنترل، استفاده از برنامه دقیق واکسیناسیون است . برای بررسی میزان بازدهی واکسن، تعیین گروههای سنی حساس ، شناسایی، دقیق افراد مبتلا به اوریون، وجود روشهای آزمایشگاهی با حساسیت و ویژگی مناسب ضروری می باشد. در این پژوهش به منظور بررسی عیار igg تست elisa, sn بکار گرفته شد. ابتدا تست خنثی سازی سرم بر روی 400 نمونه سرم خون بند ناف انجام شد که 92/7 درصد. نمونه ها مثبت بودند. آزمایش الیزا نیز طراحی و جهت تعیین عیار آنتی بادی بکار گرفته شد. بدین منظور ویروس اوریون سوش هوشینو در سلولهای vero تکثیر و با استفاده از همادرزپشن تایید گردید. تغلیظ و تخلیص ویوس با استفاده از pec6000 و شیب سوکروز انجام شد و مقدار پروتئین در نمونه های مورد نظر تعیین شد. آنتی ژن ویروس بدست آمده در پلیت coat شد و پس از آن مراحل مختلف روش الیزای غیرمستقیم انجام گرفت . به منظور بررسی کارایی این روش ، از snt به عنوان تست استاندارد استفاده شد. نتایج حاصل از ایندو تست تا حد مطلوبی با یکدیگر مطابقت داشت . حساسیت و ویژگی الیزای طراحی شده به ترتیب 100 و 97 درصد محاسبه شد. با توجه به این نتایج، آزمایش مذکور می تواند روش مناسبی برای نشان دادن آنتی بادیهای ویروس اوریون در نمونه های سر می باشد.

تشخیص ویروس سایتومگال انسانی (hcmv) به روش واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) در بیماران دریافت کننده کلیه
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1380
  صمد امینی باویل علیایی   فرزانه صباحی

ویروس سایتومگال انسانی یکی از هرپس ویروسهای انسانی است که به تحت خانواده بتا- هرپس ویرنیه تعلق دارد. ویروس سایتومگال انسانی در سلولهای فیبروبلاست دیپلوئیدی انسان به خوبی رشد می کند و در کشت سلول دارای سیکل تکثیر طولانی و رشدی کند است . ویروس سایتومگال انسانی در افرادی که سیستم ایمنی آنها سرکوب شده است ، نظیر گیرندگان پیوند کلیه، باعث ابتلا و مرگ و میر قابل ملاحظه ای می شود. بنابراین روشهای آزمایشگاهی برای تشخیص سریع و زودهنگام این ویروس لازم است تا از بیماری ایجاد شده در این افراد جلوگیری به عمل آورد، و بتوان از آن روش برای شروع استراتژی پیشدستی درمانی بهره برد. هدف :در این مطالعه روش واکنش زنجیره ای پلیمرازی راه اندازی و اپتیمایز گردید تا بتواند عفونت ویروس سایتومگال انسانی را سریع و زود تشخیص بدهد و ویروس سایتومگال انسانی بر روی رده سلولی جدید hfff رشد داده شد و سپس جداسازی گشت . نتیجه گیری: راه اندازی روشهای سریع و زودهنگام برای جداسازی dna ویروس سایتومگال انسانی حتی قبل از اینکه نتیجه کشت سلولی مثبت گردد، نشان داده که برای استراتژی پیشدستی درمانی خیلی موثر است . این تکنیک باعث کاهش استفاده از استراتژی پروفیلاکسی جهانی بوسیله داروهای ضدویروسی می شود، در حالیکه باید هرچه سریعتر درمان بیماران صورت بپذیرد. بنابراین ابتلا و مرگ و میر گیرندگان پیوند کلیه در اثر عفونت با ویروس سایتومگال انسانی به طور قابل ملاحظه ای با بهره گیری این تکنیک کاهش پیدا می کند.

بکارگیری روش تقسیم سلولی لنفوسیتی و روش خنثی سازی ویروس به منظور تشخیص ایمنی اختصاصی نسبت به ویروس سرخک
thesis وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1381
  سعید عامل جامه دار   فرزانه صباحی

در باره ارتباط پاسخ ایمنی با محافظت در برابر سرخک اطلاعات محدودی وجود دارد . بررسی نقش ایمنی سلولی در سرخک و بعد از واکسیناسیون سرخک در دهه اخیر مورد توجه بسیاری از محققین قرار گرفته است . اگر چه تستهای سرولوژی در مطالعه اپیدمیولوژی سرخک مفید هستند و تیترهای بالای آنتی بادی شاخص خوبی برای محافظت می باشند، وجود پاسخ ایمنی همورال به ویروس واکسن ممکن است چندان لازم نباشد.