پژمردگی ورتیسلیومی یکی از بیماری های مهم زیتون است که باعث تخریب سیستم آوندی و در نهایت مرگ گیاه می شود. استفاده از ارقام مقاوم یکی از موثرترین روش های کنترل بیماری محسوب می شود. دراین بررسی ابتدا از زیتون های آلوده منطقه طارم در استان زنجان نمونه برداری صورت گرفت. پس از ضدعفونی سطحی، قطعات نمونه برداری شده بر روی محیط کشت های عمومی pdaو اختصاصی czapec dox agar دردمایc 24ْ و شرایط تاریکی در انکوباتورکشت داده شدند. پس از جدا سازی قارچ با استفاده از روش های استاندارد تک اسپور کردن عمل خالص سازی در محیط آب آگار انجام گرفت. استخراجdna از ورتیسلیوم رشد یافته بر روی محیط مایع pdb انجام شد و نوع پاتوتیپ قارچ عامل بیماری زا در منطقه با استفاده از تکنیک nested-pcr و آغازگرهای اختصاصی نوعd تعیین گردید. در ادامه نهال های پنج ماهه ارقام زرد (بومی طارم)، آربیکن، آبلونکا و کرونایکی موجود در ایستگاه تحقیقات زیتون طارم برای ارزیابی کمی قارچ عامل بیماری و تعیین میزان حساسیت یا مقاومت آنها نسبت به بیماری با سوسپانسیون107 قارچ عامل بیماری به روش root dip تلقیح گردیدند. تعدادی از قلمه ها به عنوان شاهد در نظر گرفته شدند. استخراجdna از ریشه نهال های تلقیح شده و شاهد که در فواصل زمانی معین نمونه برداری شده بودند انجام گرفت. روند افزایش تدریجی میزان dna قارچ موجود در نهال ها با استفاده از تکنیک real- time pcr و به کارگیری سیستم sybr green همراه با آغازگرهای اختصاصی کمیت سنجی گردید. پس از جداسازی قارچ عامل بیماری از درختان آلوده، نتایج بررسی ها نشان داد که ارقام زرد، آربیکن و آبلونکا با توجه به بالا بودن غلظت dna قارچ در کل dna استخراج شده در فواصل زمانی معین بعد از تلقیح به ترتیب حساسیت بیشتری نسبت به رقم کرونایکی در برابر بیماری دارند و رقم کرونایکی تا حدودی در برابر بیماری مقاوم بود. همچنین نتایج حاصله نشان داد که real-time pcr تکنیک مناسبی برای ارزیابی مقاومت ژنوتیپ های مختلف زیتون نسبت به بیماری پژمردگی ورتیسلیومی است که می تواند در کنار روش های معمول برای غربالگری ارقام مقاوم به بیماری مورد استفاده قرار گیرد.

گندم از جمله مهم ترین محصولات زراعی جهان و ایران به شمار می رود. تقریبا یک ششم از کل زمین های زراعی جهان زیر کشت گندم است. در دنیای امروز گندم نه تنها به عنوان یک ماده غذایی مهم و اساسی است بلکه از لحاظ سیاسی نیز از اهمیتی به اندازه نفت و حتی برتر از آن برخوردار است. در کشورمان هر ساله به علت افزایش جمعیت به مصرف گندم افزوده می شود .برای افزایش تولید دو راه بیشتر وجود ندارد: 1- افزایش سطح زیر کشت. 2- بالا بردن میزان تولید در واحد سطح. افزایش سطح زیر کشت به علت محدود بودن اراضی قابل کشت و وجود عوامل محدود کننده مثل آب و لزوم توسعه کشت گیاهان دیگر مقدور نیست. ولی بالا بردن تولید در واحد سطح با رعایت اصول به زراعی و به نژادی و کاهش خسارت و آفات و بیماری ها می تواند موثرترین راه برای رسیدن به خود کفایی باشد . بیماری فوزاریومی سنبله گندم یکی از بیماری های مهم شایع گندم در مناطق مرطوب و نیمه مرطوب جهان بوده و پراکندگی وسیعی در مناطق معتدله و گرمسیری دارد. بلایت سنبله گندم یکی از مهم ترین عوامل کاهش عملکرد گندم محسوب می شود که در اثر بروز اپیدمی آن افت بیش از 50 درصد در عملکرد گزارش شده-است. در ایران بیماری بلایت سنبله در سال 1371 در استان های مازندران و گلستان و در سال 1375 در استان های فارس و هرمزگان به صورت اپیدمی ظاهر شده و خسارت جبران ناپذیری را وارد کرده است. روش-های شیمیایی برای کنترل بیماری های قارچی ( فوزاریوم و سفیدک ) به دلیل تاثیر سایر عوامل رشد بر کنترل شیمیایی، مشکل بودن تعیین زمان استفاده، ایجاد مقاومت در جمعیت های قارچی نسبت به قارچ کش ها کارایی لازم را ندارد یکی از روش های اصلاح نباتات سنتی برای کنترل بیماری های قارچی روش تلاقی بر گشتی است، از بزرگ ترین معایب روش تلاقی برگشتی طولانی بودن این روش است که چندین سال طول می کشد. از آنجائی که مبارزه با این بیماری ها توسط قارچ کش ها کارایی لازم را ندارد و استفاده از روش های اصلاح سنتی مشکل و وقت گیر است. تنها راه موثر، کشت ارقام مقاوم حاصل از مهندسی ژنتیک است. با استخراج ژن های مقاومت به قارچ و انتقال آنها به گیاهان زراعی حساس مورد نظر، مقاومت در برابر عوامل بیماری زای قارچی حاصل می شود. در حال حاضر اکثر استراتژی ها برای تولید گیاهان تراریخته مقاوم به بیماری های قارچی، روی معرفی ژن های کد کننده پروتئین های مربوط به بیماریزایی از جمله کیتیناز و گلوکز ناز متمرکز شده است. تحت شرایط طبیعی اکثر این پروتئین های مربوط به بیماری زایی در اثر حمله عوامل بیماری زا در گیاه تحریک می شوند. بنابراین گیاهانی که در اثر مهندسی ژنتیک تولید می شوند، به طور ساختاری یک یا چند ژن کد کننده پروتئین های مربوط به بیماری زایی را بیان کرده و به این طریق در مقابل شماری از عوامل بیماری زا محافظت می شوند. برای تولید گیاهان مقاوم به بیماری با مقاومت پایدار ضروری است که گیاهان به همه ژنوتیپ های عامل بیماری زا مقاوم باشند. تولید گیاهانی که دارای چند ژن کد کننده پروتئین های ضد قارچی ( کیتیناز و گلوکو ناز ) تحت پیشبرهای مستقل قوی باشد راهکار مناسبی جهت تولید گیاهان تراریخته مقاوم به قارچی می باشند.این ژن ها با تخریب کتین و گلوکان که از اجزای اصلی تشکیل دهنده دیواره قارچ می باشد باعث ایجاد مقاومت به بیماری های قارچی از جمله فوزاریوم خوشه می شوند. ، در صورت تولید گیاهان ترا ریخته حاوی ژن های کیتیناز و گلوکوناز نیازی به واردات سم، سم پاشی و هزینه سم-پاشی نخواهد بود و سلامت انسان ، دام و محیط زیست نیز تامین خواهد شد. کاهش واردات گندم، افزایش تولید و عملکرد، کاهش واردات سموم، کاهش هزینه های تولید، کاهش خسارت های زیست محیطی و کاهش هزینه های درمان مسمومین از نتایج اقتصادی این پروژه است. آنالیز گیاهان تراریخته با روش pcr انجام گرفت.در این مطالعه در30 گیاه از هر لاین آزمایشی حضورژن های مقاومت به قارچ و ژن نشان گر انتخابی با استفاده از روش pcr و پرایمرهای اختصاصی طراحی شده برای هر ژن بررسی می شود تا توارث هم زمان آنها مشخص شود.به طور کلی نتایج به دست آمده از این مطالعه نشان می دهد که از 30 گیاه مورد بررسی فقط تعدادی از آن ها توانستند در نسل دوم حضور ژن را نشان دهند. هم چنین توارث ترانس ژن ها نیز با آزمون chi-square بررسی گردید که نشان داد توارث از اصول مندلی تبعیت نکرده و تفرق ژنی به صورت غیر مندلی می باشد که نشان دهنده ناپایداری انتقال و بیان کم ترانس ژن ها می باشد.

آب به عنوان ماده اصلی تشکیل دهنده پیکره موجودات زنده مصرف فراوانی برای تمام موجودات دارد و بشر از منابع آبی گوناگون، بسته به مورد نیازمندی خود استفاده های مختلف می نماید، که مهمترین این مصارف، مصرف جهت آشامیدن و تامین نیاز آب بدن و نیز مصرف برای کِشت های زراعی و باغی خود است که به عنوان جزء لاینفک حیات محسوب می شوند. بررسی های اپیدمیولوژیک نشان داده است که مصرف آب آلوده و جذب میکروارگانیسمهای آبزی بیماریزای موجود در آب آلوده از طرق مختلف از جمله جذب از طریق سیستم گوارش و پوست انسان، می تواند باعث ابتلا به بیماریهای خطرناک و همه گیر گردد. به ویژه در مورد آب آشامیدنی قبل از قرار گرفتن در سیستم توزیع و مصرف، بایستی از نظر وجود عوامل بیماریزا به دقت مورد بررسی و آزمایش قرار گیرد؛ اما متاسفانه اغلب روشهای مرسوم کنونی که مدتهاست مورد استفاده قرار می گیرند، به دلایل مختلف قادر نیستند با دقت بالایی فرض فوق را مورد آزمون قرار دهند. روشهایی که به منظور کیفیت سنجی میکروبی آب آشامیدنی مورد استفاده قرار می گیرند به دو دسته تقسیم بندی می شوند: 1- روشهای مبتنی بر کشت میکروارگانیسم در محیط کشت 2- روشهای غیر مبتنی بر کشت میکروارگانیسم در محیط کشت روشهای مبتنی بر کشت میکروارگانیسم به طور متداول در آزمایشگاههای کنترل کیفی مورد استفاده قرار می گیرد؛ ولی به دلیل محدودیتهایی که در انجام این روشها وجود دارد، از جمله طولانی بودن زمان انکوباسیون(این زمان در مورد باکتریهایی که سرعت رشد کندتری دارند بیشتر می شود)، طولانی و وقتگیر بودن مراحل آزمایش، مشکل بودن تفسیر نتایج به دلیل امکان ایجاد تداخل توسط باکتریهای هتروتروف، از کارایی چندانی برخوردار نیستند. همچنین به دلیل مخلوط بودن تعدادزیادی از انواع میکروبهای ساپروفیت و بی ضرر(که جزو فلور طبیعی بدن موجود زنده هستند) و تعداد کم میکروبهای خطر ساز از نظر تولید انواع بیماریها، ضریب اطمینان آزمایشهای کیفیت سنجی آب به میزان قابل توجهی کاهش می یابد. پژوهشگران برای غلبه بر این محدودیتها ، روشهای جدیدی را گسترش دادند. از جمله ی این روشها ، روشی است که سنجش میزان باکتریهای اشریشیاکلی و باکتریهای کلی فرم را براساس سنجش سرعت فعالیت آنزیمی تخمین می زنند در این روش با اندازگیری فعالیت آنزیمی ?-d-galactosidase (galase) یا ?-d-glucuronidase ( gluase ) بدون استفاده از محیط های کشت انتخابی ، می توان به سرعت میزان کلی فرم ها و اشرشیاکی را تخمین زد. از عوامل محدود کننده این روش سوبستراهای فلورسانس و رنگی، دستگاهها و تجهیزات گرانقیمت را می توان ذکر کرد. بنابراین معرفی روشی سریع و دقیق برای شناسایی انواع میکروارگانیسمهای موجود در آب (به ویژه آب آشامیدنی)، حتی در حد چند عدد در لیتر آب، ضروری به نظر میرسد.در روشهای غیر وابسته به کشت میکروارگانیسم، برای شناسائی میکروب نیازی به تکثیر میکروب نیست و شناسایی بر پایه وجود یا عدم وجود dna و rna انجام می گیرد. بیشتر تکنیکهایی که د ر این گروه قرار می گیرند یا بر پایه واکنشهای زنجیره ای پایه گذاری شده اند یا بر پایه تکنیک های هیبریداسیون اسید های نوکلئیک. روش معرفی شده در این تحقیق با عنوان real-time pcr، برای کیفیت سنجی آب از لحاظ شناسایی تعداد بسیار اندک و انگشت شمار میکروارگانیزمهای مضر و بیماریزا کارایی کافی و خوبی دارد و قادر است بسیاری از معایب روشهای فوق الذکر را پوشش داده و به عنوان روشی نو برای معرفی استاندارد جدید و معتبری برای بار میکروبی آب مورد استفاده قرار گیرد. روش real time pcr توسط توبیاس بلین و همکاران (2001) برای تعین میزان e. coli موجود در منابع مختلف با استفاده از ژن stx1 به کار گرفته شد. این روش توسط ای. مارک ایبک و همکاران (2002) برای ردیابی و پیدا کردن باکتری اشرشیا کلی از ضایعات آبی منطقه وتلند آمریکا و با استفاده از ژن stx2، به کار رفت. زوفو و همکاران (2004) نیز از این روش برای پیدا کردن وتعیین میزان باکتری مذکور و باکتری salmonella spp. به همراه روش ایمنی سنجی و با هدف قرار دادن ژن eaea استفاده نمودند. روش real time pcr به عنوان روش چاره مناسبی که می تواند جایگزین pcr معمولی جهت ردیابی باکتری salmonella spp. در منابع آبی و غذایی گردد، توسط هین و همکاران (2006) معرفی گردید. دی. ام. وِست و همکاران (2007) توانستند با به کار گیری این روش و هدفگیری ژنهای بیماریزایی (از جمله ژن gad) در e. coli ،موفق به پیدا کردن کمیتهای جزئی این باکتری در منابع آبی گردیدند. در مقاله پژوهشی آی. ام. مک کِی(2002) نیز بر کارایی روش real time pcr در تحقیقات میکروبیولوژیکی و تعیین دقیق بار میکروبی موجود در منابع مختلف از جمله منابع آبی اشاره و تاکید شده است.برای مشخص کردن آلودگی آب آشامیدنی انواعی از باکتریهائی را که بطور طبیعی در روده انسان و حیوانات بسر می برند، از جمله: کلی فرمها شامل اشریشیاکلی ، کلی فرم گرماپا ، کلستریدیوم های احیاکننده سولفیت، آنتروکوک های مدفوعی را در نظر می گیرند